Rhodopseudomonas palustris cells, c

Rhodopseudomonas palustris cells, credit. F. H. Harrison.Rhodopseudomonas palustris strains BisB5, HaA2, BisB18 and BisA53 (Bacteria, 5.5 Mb each): Phototrophic, fix carbon dioxide and nitrogen, produce hydrogen, degrade biomass-associated aromatic compounds under anaerobic (phototrophic) and aerobic (heterotrophic) conditions.
One strain (CGA009) of R. palustris has been sequenced by the JGI and the sequence has revealed a surprising richness of metabolic versatility. This facultatively phototophic bacterium can grow with or without oxygen, fix nitrogen, produce hydrogen and it has highly developed biodegradation capabilities. The genome sequence of strain CGA009 revealed that the number of options that R. palustris has within its major metabolic modes to take advantage of fluctuating supplies of carbon, nitrogen, light and oxygen is even larger than was previously suspected based on physiological studies. It encodes for example, three nitrogenase isozymes, five benzene ring cleavage pathways and four light harvesting 2 systems. The genome sequence of strain CGA009 thus reinforces the notion that R. palustris is a generalist able to respond and adapt to changing conditions in the temperate soil and water environments in which it is so widely distributed.

Against the background of general metabolic versatility of the R. palustris species there is considerable strain-to-strain diversity. Four additional strains of R. palustris will be sequenced. These additional genome sequences will provide a basis for defining the genetic and functional differences that can exist within the species Rhodopseudomonas palustris. The 16S rRNA sequence of each of the strains differs from that of the already sequenced strain (CGA009) by about 2%. The strains to be sequenced were isolated by direct plating from two different sites, one pristine and one polluted. The strains were frozen immediately following their isolation and have had minimal exposure to the laboratory environment. The strains to be sequenced differ from each other in BOX-PCR genomic DNA fingerprints. Although the strains have not been extensively characterized phenotypically, they have some obvious differences. They differ in pigmentation, in growth on benzoate, and the cells of each strain have slightly different shapes and sizes, although they all have the distinctive appearance of R. palustris

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Rhodopseudomonas palustris เซลล์ สินเชื่อ F. H. Harrison.Rhodopseudomonas palustris สายพันธุ์ BisB5, HaA2, BisB18 และ BisA53 (แบคทีเรีย 5.5 Mb ละ): Phototrophic แก้ไขก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์และไนโตรเจน ผลิตไฮโดรเจน ย่อยสลายสัมพันธ์ชีวมวลหอมสารภายใต้ไม่ใช้ออกซิเจน (phototrophic) และแอโรบิก (heterotrophic)ต้องใช้หนึ่ง (CGA009) ของ R. palustris ได้ถูกเรียงลำดับตาม JGI และลำดับได้เปิดเผยความรุ่มรวยที่น่าแปลกใจของคล่องตัวเผาผลาญ นี้ facultatively phototophic แบคทีเรียสามารถเจริญเติบโตมี หรือไม่ มี ออกซิเจน แก้ไขไนโตรเจน ไฮโดรเจนผลิตและได้สูงพัฒนาความ biodegradation ลำดับกลุ่มของ CGA009 เปิดเผยว่า หมายเลขของตัวเลือกที่มีอาร์ palustris ในโหมดเผาผลาญความสำคัญประโยชน์ของวัสดุความของคาร์บอน ไนโตรเจน แสง และออกซิเจนมีขนาดใหญ่ยิ่งกว่าถูกสงสัยว่าก่อนหน้านี้ต้องใช้ตามศึกษาสรีรวิทยา มันจแมปเช่น isozymes nitrogenase สาม ห้าวงแหวนเบนซีนปริมนต์ และเก็บเกี่ยว 2 ระบบไฟสี่ ลำดับกลุ่มของต้องใช้ CGA009 reinforces palustris อาร์นั้นเป็นคนที่สามารถตอบสนอง และปรับให้เข้ากับการเปลี่ยนแปลงเงื่อนไขในซึ่งดินและน้ำซึ่งมันเป็นเพื่อนำไปเผยแพร่แนวคิดดังกับพื้นหลังของความคล่องตัวเผาผลาญทั่วไปของ palustris อาร์ ชนิดมีมีความหลากหลายต้องใช้ต้องใช้จำนวนมาก สี่สายพันธุ์เพิ่มเติมของ R. palustris จะถูกเรียงลำดับ ลำดับกลุ่มเพิ่มเติมเหล่านี้จะใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานสำหรับการกำหนดแตกต่างทางพันธุกรรม และการทำงานที่สามารถมีอยู่ภายในสายพันธุ์ Rhodopseudomonas palustris ลำดับ 16S rRNA ของแต่ละสายพันธุ์แตกต่างจากสายพันธุ์แล้วตามลำดับ (CGA009) โดยประมาณ 2% สายพันธุ์จะสามารถเรียงลำดับได้แบ่งแยกชุบโดยตรงจากเว็บไซต์อื่นสอง หนึ่งที่เก่าแก่ และหนึ่งเสีย สายพันธุ์ถูกแช่แข็งต่อแยกของพวกเขา และมีแสงน้อยที่สุดเพื่อสิ่งแวดล้อมปฏิบัติการ สายพันธุ์จะมีการเรียงลำดับแตกต่างกันในกล่อง PCR genomic DNA ลายนิ้วมือ แม้สายพันธุ์จะมีไม่ได้อย่างกว้างขวางลักษณะ phenotypically พวกเขามีความแตกต่างชัดเจน พวกเขาแตกต่างผิวคล้ำ อัตราการเติบโตใน benzoate และต้องใช้แต่ละเซลล์มีรูปร่างแตกต่างกันเล็กน้อยและขนาด แม้ว่าพวกเขามีลักษณะโดดเด่นของ R. palustris

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Rhodopseudomonas palustris เซลล์เครดิต FH Harrison.Rhodopseudomonas palustris สายพันธุ์ BisB5, HaA2, BisB18 และ BisA53 (แบคทีเรีย 5.5 Mb ในแต่ละ): phototrophic แก้ไขก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์และไนโตรเจนผลิตไฮโดรเจนลดชีวมวลที่เกี่ยวข้องสารประกอบอะโรมาติกภายใต้การใช้ออกซิเจน (สังเคราะห์แสง) และแอโรบิก (heterotrophic) เงื่อนไข
หนึ่งในสายพันธุ์ (CGA009) ของอาร์ palustris ได้รับการจัดลำดับโดย JGI และลำดับได้เผยให้เห็นความมีชีวิตชีวาน่าแปลกใจของความคล่องตัวการเผาผลาญอาหาร นี้แบคทีเรีย phototophic facultatively สามารถเจริญเติบโตได้โดยมีหรือไม่มีออกซิเจนไนโตรเจนผลิตไฮโดรเจนและก็มีการพัฒนาความสามารถในการย่อยสลายทางชีวภาพสูง ลำดับจีโนมของสายพันธุ์ CGA009 เปิดเผยว่าจำนวนของตัวเลือกที่มีอาร์ palustris ภายในโหมดการเผาผลาญอาหารที่สำคัญที่จะใช้ประโยชน์จากความผันผวนของวัสดุคาร์บอนไนโตรเจนและออกซิเจนแสงแม้จะมีขนาดใหญ่กว่าถูกสงสัยว่าก่อนหน้านี้จากการศึกษาทางสรีรวิทยา มันเข้ารหัสเช่นสามไอโซไซม์ไนโตห้าทุลักทุเลแตกแยกแหวนเบนซินและสี่เก็บเกี่ยวไฟ 2 ระบบ ลำดับจีโนมของสายพันธุ์ CGA009 จึงตอกย้ำความคิดที่ว่าอาร์ palustris เป็น generalist สามารถตอบสนองและปรับตัวเข้ากับการเปลี่ยนแปลงสภาพดินในสภาพแวดล้อมที่อบอุ่นและน้ำในการที่จะมีการกระจายอย่างกว้างขวาง. กับพื้นหลังของการเผาผลาญเก่งกาจทั่วไปของ R ที่ . palustris สายพันธุ์มีความหลากหลายทางสายพันธุ์ไปเครียดมาก สี่สายพันธุ์ที่เพิ่มขึ้นของ palustris อาร์จะติดใจ ลำดับจีโนมเหล่านี้เพิ่มเติมจะให้พื้นฐานสำหรับการกำหนดแตกต่างทางพันธุกรรมและการทำงานที่สามารถมีอยู่ในสปีชีส์ Rhodopseudomonas palustris ลำดับ 16S rRNA ของแต่ละสายพันธุ์แตกต่างจากที่เครียดอยู่แล้วติดใจ (CGA009) โดยประมาณ 2% สายพันธุ์ที่จะติดใจที่แยกได้จากการชุบตรงจากสองเว็บไซต์ที่แตกต่างกันอย่างใดอย่างหนึ่งที่เก่าแก่และเป็นหนึ่งในการปนเปื้อน สายพันธุ์ที่ถูกแช่แข็งทันทีหลังจากการแยกของพวกเขาและได้มีการเปิดรับแสงที่น้อยที่สุดกับสภาพแวดล้อมในห้องปฏิบัติการ สายพันธุ์ที่จะติดใจแตกต่างจากกันใน BOX-PCR ลายนิ้วมือดีเอ็นเอ แม้ว่าสายพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับความโดดเด่นอย่างกว้างขวางลักษณะภายนอกที่พวกเขามีความแตกต่างที่เห็นได้ชัดบาง พวกเขาแตกต่างกันในการสร้างเม็ดสีในการเจริญเติบโตในเบนโซเอตและเซลล์ของแต่ละสายพันธุ์มีรูปร่างที่แตกต่างกันเล็กน้อยและขนาดแม้ว่าพวกเขาทั้งหมดมีลักษณะที่โดดเด่นของอาร์ palustris

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

rhodopseudomonas palustris เซลล์เครดิต เอฟ. เอช. แฮร์ริสัน rhodopseudomonas palustris สายพันธุ์ bisb5 haa2 bisb18 , และ , bisa53 ( แบคทีเรีย , 5.5 MB แต่ละ ) : โฟโตโทรฟิก ซ่อม คาร์บอนไดออกไซด์ และไนโตรเจน การผลิตไฮโดรเจนทำให้ชีวมวลที่ใช้สารหอมใต้ ( โฟโตโทรฟิก ) และแอโรบิก ( แบบ ) เงื่อนไข .
1 สายพันธุ์ ( cga009 ) ของpalustris ได้รับนี้โดย jgi และลำดับ ได้เปิดเผยความน่าประหลาดใจของการเผาผลาญ ความคล่องตัว แบคทีเรีย phototophic นี้ facultatively สามารถเจริญเติบโตที่มีหรือไม่มีออกซิเจน แก้ไขไนโตรเจนผลิตไฮโดรเจนและมีการพัฒนาความสามารถในการย่อยสลาย . ลำดับจีโนมของสายพันธุ์ cga009 เปิดเผยว่าหมายเลขของตัวเลือกที่ .palustris ได้ภายในโหมดรายใหญ่ของการเผาผลาญอาหารเพื่อใช้ประโยชน์จากความผันผวนของวัสดุคาร์บอน ไนโตรเจน และออกซิเจน แสงคือแม้มีขนาดใหญ่กว่าที่เคยสงสัย ตามการศึกษาทางสรีรวิทยา มัน encodes เอนไซม์ไนโตรจีเนส ตัวอย่างเช่น สามห้าแหวนเบนซินและความแตกแยกทางสี่แสงเก็บเกี่ยว 2 ระบบจีโนมลำดับ cga009 เมื่อยจึงตอกย้ำความคิดที่ว่า อาร์ palustris เป็นผู้มีความรู้ความสามารถหลากหลายสามารถตอบสนอง และปรับตัวให้เข้ากับสภาพการเปลี่ยนแปลงของดินและสภาพแวดล้อมในเมืองหนาว น้ำที่เป็นดังนั้นการกระจายอย่างกว้างขวาง .

กับพื้นหลังของความเก่งกาจการเผาผลาญอาหารทั่วไปของ อาร์ palustris ชนิดมีความหลากหลายมากเมื่อยเมื่อย สี่สายพันธุ์ของ เพิ่มเติมpalustris จะนี้ เหล่านี้เพิ่มเติมจีโนมลำดับจะให้พื้นฐานสำหรับการกำหนดทางพันธุกรรมและการทำงานที่แตกต่าง ที่สามารถอยู่ภายในชนิด rhodopseudomonas palustris . การลำดับเบส 16S rRNA ของแต่ละสายพันธุ์ที่แตกต่างจากที่ของนี้แล้วเครียด ( cga009 ) ประมาณ 2%สายพันธุ์ที่แยกได้ โดยจะทำการชุบโดยตรงจากสองเว็บไซต์ที่แตกต่างกัน หนึ่งที่เก่าแก่ และมลพิษ สายพันธุ์ที่ถูกแช่แข็งทันทีต่อไปนี้การแยกของพวกเขาและมีความเสี่ยงน้อยที่สุด ห้องปฏิบัติการสิ่งแวดล้อม สายพันธุ์นี้จะแตกต่างจากแต่ละอื่น ๆใน box-pcr ดีเอ็นเอลายนิ้วมือถึงแม้ว่าสายพันธุ์ได้ อย่างกว้างขวาง ลักษณะ phenotypically พวกเขามีความแตกต่างอย่างเห็นได้ชัด พวกเขาแตกต่างกันในสี ในการเจริญเติบโตในเบนโซเอต และเซลล์ของแต่ละสายพันธุ์มีขนาดและรูปร่างแตกต่างกันเล็กน้อย แต่พวกเขาทั้งหมดมีลักษณะที่โดดเด่นของ palustris R