DNA extracted from the oral and fec

DNA extracted from the oral and fecal samples was used
as a template for amplification of a portion of the 16S
rRNA gene by PCR, using primers specific for bacterial
16S rRNA. The amplification products were inserted into
plasmid vectors to generate libraries from which individual
clones were randomly selected for DNA sequence
determination. More than 200 clones were sequenced in
each study, with 400–700 bases from each used in subsequent
analyses (Table 1). Sequences greater than 98%
identical were considered as a single ‘phylotype’ likely to
be derived from a single species [6]. Both groups found a
considerably larger number of phylotypes — 59 oral and
82 fecal — than had ever been isolated from a single
person by cultivation. Interested readers should consult
the papers [2,3] for further discussion of the criteria used
to define phylotypes (Table 1), and the rationales behind
them. The consensus among microbial taxonomists is
that a bacterial species should be defined in genetic
terms as organisms sharing a minimum of 70% overall
similarity in genomic DNA sequences, usually as measured
by DNA:DNA reassociation [12]. This generally
corresponds to differences of at most 2–3% in 16S rRNA
sequences between isolates of the same species [12].
(Bacteria often contain multiple rRNA operons in their
genome, but these copies typically differ in sequence by
less than 1% [2].)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ใช้ดีเอ็นเอที่สกัดจากตัวอย่างของช่องปาก และ fecalเป็นแม่แบบสำหรับการขยายของส่วนของ 16Sยีนใน rRNA โดย PCR ใช้เฉพาะไพรเมอร์สำหรับแบคทีเรีย16S rRNA ผลิตภัณฑ์ขยายถูกแทรกลงในplasmid เวกเตอร์สร้างไลบรารีจากบุคคลใดโคลนถูกสุ่มเลือกสำหรับลำดับดีเอ็นเอกำหนด มากกว่า 200 โคลนถูกเรียงลำดับในแต่ละการศึกษา มีฐาน 400 – 700 จากแต่ละที่ใช้ในภายหลังวิเคราะห์ (ตาราง 1) ลำดับมากกว่า 98%เหมือนกันได้ถือเป็น 'phylotype' เดียวจะได้มาจากพันธุ์เดียว [6] พบทั้งกลุ่มจำนวนขนาดใหญ่มาก phylotypes — 59 ปาก และ82 fecal — มากกว่าเคยได้แยกต่างหากจากเดียวบุคคล โดยการเพาะปลูก ผู้สนใจควรปรึกษาเอกสาร [2,3] สำหรับคำอธิบายเพิ่มเติมของเกณฑ์ที่ใช้การกำหนด phylotypes (ตารางที่ 1), และ rationales หลังพวกเขา มีมติระหว่างจุลินทรีย์ taxonomistsว่าควรจะกำหนดชนิดเชื้อแบคทีเรียในทางพันธุกรรมเงื่อนไขเป็นสิ่งมีชีวิตร่วมกันอย่างน้อย 70% โดยรวมความคล้ายคลึงกันใน genomic DNA ลำดับ มักจะเป็นวัดโดยดีเอ็นเอ: ดีเอ็นเอ reassociation [12] โดยทั่วไปนี้สอดคล้องกับความแตกต่างมากที่สุด 2-3% ใน 16S rRNAลำดับระหว่างแยกชนิดเดียวกัน [12](แบคทีเรียมักประกอบด้วยหลาย operons rRNA ในของพวกเขาจีโนม แต่สำเนาเหล่านี้จะแตกต่างกันตามลำดับโดยน้อยกว่า 1% [2]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดีเอ็นเอที่สกัดได้จากตัวอย่างในช่องปากและอุจจาระถูกนำมาใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของส่วนหนึ่งของ 16S ยีน rRNA โดยวิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับแบคทีเรีย16S rRNA ผลิตภัณฑ์เครื่องขยายเสียงถูกแทรกลงในเวกเตอร์พลาสมิดที่จะสร้างห้องสมุดซึ่งแต่ละโคลนถูกสุ่มเลือกสำหรับลำดับดีเอ็นเอความมุ่งมั่น มากกว่า 200 โคลนมีลำดับขั้นตอนในการศึกษาแต่ละฐาน400-700 จากแต่ละที่ตามมาใช้ในการวิเคราะห์(ตารางที่ 1) ลำดับที่สูงกว่า 98% เหมือนกันได้รับการพิจารณาเป็นหนึ่งเดียว 'phylotype' มีแนวโน้มที่จะได้รับจากสายพันธุ์เดียว [6] ทั้งสองกลุ่มพบว่ามีจำนวนมากมากของ phylotypes - 59 ในช่องปากและ 82 อุจจาระ - กว่าที่เคยถูกโดดเดี่ยวจากเดียวคนโดยการเพาะปลูก ผู้อ่านที่สนใจควรปรึกษาเอกสาร [2,3] สำหรับการอภิปรายต่อไปของเกณฑ์ที่ใช้ในการกำหนดphylotypes (ตารางที่ 1) และเหตุผลที่อยู่เบื้องหลังพวกเขา มติในหมู่นักอนุกรมวิธานจุลินทรีย์ที่เป็นสายพันธุ์แบคทีเรียที่ควรจะกำหนดไว้ในทางพันธุกรรมเงื่อนไขเป็นสิ่งมีชีวิตร่วมกันอย่างน้อย70% โดยรวมคล้ายคลึงกันในลำดับดีเอ็นเอจีโนมมักจะเป็นวัดโดยดีเอ็นเอreassociation ดีเอ็นเอ [12] ซึ่งมักจะสอดคล้องกับความแตกต่างอย่างมากที่สุด 2-3% ใน 16S rRNA ลำดับระหว่างสายพันธุ์ของสายพันธุ์เดียวกัน [12]. (แบคทีเรียที่มักจะมีหลาย rRNA operons ของพวกเขาในจีโนมแต่สำเนาเหล่านี้มักจะแตกต่างกันในลำดับจากน้อยกว่า 1% [ 2].)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดีเอ็นเอที่สกัดได้จากตัวอย่างอุจจาระ
ช่องปากและใช้เป็นแม่แบบสำหรับการเพิ่มส่วนของ 16S rRNA ยีนโดยวิธี PCR

ส่วนของดีเอ็นเอแบคทีเรียโดยใช้ 16S rRNA . ผลิตภัณฑ์ขยายกำลังแทรกเข้าไปใน
เวกเตอร์ Plasmid เพื่อสร้างห้องสมุดที่โคลนบุคคล
สุ่มเพื่อกำหนดลำดับ
ดีเอ็นเอ มากกว่า 200 โคลนยีนใน
แต่ละการศึกษากับ 400 – 700 ฐานจากแต่ละที่ใช้ในการวิเคราะห์ที่ตามมา
( ตารางที่ 1 ) ลำดับมากกว่า 98%
เหมือนกันถือว่าเป็นโอกาสเดียว ' phylotype

ได้มาจากชนิดเดียว [ 6 ] ทั้งสองกลุ่มพบ
ใหญ่มากจำนวน phylotypes - 59 และช่องปาก
82 ) - กว่าที่เคยเป็น แยกจากบุคคลเดียว
โดยการเพาะปลูก ผู้อ่านที่สนใจควรปรึกษา
เอกสาร [ 23 . อภิปรายเพิ่มเติมของเกณฑ์ที่ใช้กำหนด phylotypes
( ตารางที่ 1 ) และมีเหตุผลที่อยู่เบื้องหลัง
. ฉันทามติของจุลินทรีย์ที่เป็นแบคทีเรียชนิด taxonomists
ที่ควรกำหนดไว้ในแง่พันธุกรรม
เป็นสิ่งมีชีวิตร่วมกันอย่างน้อย 70% โดยรวม
ความเหมือนในจีโนมลำดับดีเอ็นเอ มักจะเป็นวัดโดย reassociation ดีเอ็นเอดีเอ็นเอ
: [ 12 ] โดยทั่วไป
สอดคล้องกับความแตกต่างของ % 2 – 3 ที่สุดในลำดับเบส 16S rRNA
ระหว่างสายพันธุ์ของชนิดเดียวกัน [ 12 ] .
( แบคทีเรียมักจะประกอบด้วยหลาย operons rRNA ใน
( แต่สําเนาเหล่านี้มักจะแตกต่างกันในลำดับโดย
น้อยกว่า 1 % [ 2 ] )