Current typing methods for Mycobact

Current typing methods for Mycobacterium tuberculosis complex evolved from simple phenotypic
approaches like phage typing and drug susceptibility profiling to DNA-based strain typing methods, such
as IS6110-restriction fragment length polymorphisms (RFLP) and variable number of tandem repeats
(VNTR) typing. Examples of the usefulness of molecular typing are source case finding and epidemiological
linkage of tuberculosis (TB) cases, international transmission of MDR/XDR-TB, the discrimination
between endogenous reactivation and exogenous re-infection as a cause of relapses after curative treatment
of tuberculosis, the evidence of multiple M. tuberculosis infections, and the disclosure of laboratory
cross-contaminations.
Simultaneously, phylogenetic analyses were developed based on single nucleotide polymorphisms
(SNPs), genomic deletions usually referred to as regions of difference (RDs) and spoligotyping which
served both strain typing and phylogenetic analysis. National and international initiatives that rely on
the application of these typing methods have brought significant insight into the molecular epidemiology
of tuberculosis. However, current DNA fingerprinting methods have important limitations. They can often
not distinguish between genetically closely related strains and the turn-over of these markers is variable.
Moreover, the suitability of most DNA typing methods for phylogenetic reconstruction is limited as they
show a high propensity of convergent evolution or misinfer genetic distances. In order to fully explore the
possibilities of genotyping in the molecular epidemiology of tuberculosis and to study the phylogeny of
the causative bacteria reliably, the application of whole-genome sequencing (WGS) analysis for all M.
tuberculosis isolates is the optimal, although currently still a costly solution. In the last years WGS for typing
of pathogens has been explored and yielded important additional information on strain diversity in
comparison to the classical DNA typing methods. With the ongoing cost reduction of DNA sequencing
it is possible that WGS will become the sole diagnostic tool in the secondary laboratory diagnosis of
tuberculosis for identification, drug susceptibility testing and genetic characterization.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มัยโคแบคทีเรียวัณโรคซับซ้อนปัจจุบันพิมพ์วิธีพัฒนาจากเรื่องไทป์วิธีเช่นพิมพ์ phage และยาภูมิไวรับสร้างโพรไฟล์โหมตามดีเอ็นเอ วิธีการพิมพ์เช่นเป็นข้อจำกัด IS6110 แยกส่วนความยาว polymorphisms (RFLP) และหมายเลขตัวแปรของการทำซ้ำตัวตามกันไป(VNTR) พิมพ์ ตัวอย่างของประโยชน์ของการพิมพ์ระดับโมเลกุลเป็นกรณีแหล่งค้นหา และความเชื่อมโยงกรณีวัณโรค (TB) การแบ่งแยก XDR/MDR-TB ส่งต่างประเทศระหว่างการเปิดใช้งานใหม่ endogenous และบ่อยการติดเชื้อเป็นสาเหตุของ relapses หลังจากรักษา curativeวัณโรค หลักฐานการติดเชื้อวัณโรคเมตรหลาย และการเปิดเผยของห้องปฏิบัติการขนปนพร้อมกัน วิเคราะห์ phylogenetic ถูกพัฒนาตาม polymorphisms นิวคลีโอไทด์หนึ่ง(SNPs), genomic ลบมักจะเรียกว่าเป็นพื้นที่ของความแตกต่าง (RDs) และ spoligotyping ซึ่งอาหารต้องใช้พิมพ์และวิเคราะห์ phylogenetic ริเริ่ม และนานาชาติที่พึ่งพาการประยุกต์ใช้วิธีการพิมพ์เหล่านี้ได้นำความสำคัญเข้าใจถึงระบาดวิทยาระดับโมเลกุลของวัณโรค อย่างไรก็ตาม วิธีการลายพิมพ์ดีเอ็นเอปัจจุบันมีข้อจำกัดที่สำคัญ พวกเขาสามารถมักจะไม่แยกแยะความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องแปลงพันธุกรรมอย่างใกล้ชิด และไปเปิดของเครื่องหมายเหล่านี้เป็นตัวแปรยิ่งไปกว่านั้น ความเหมาะสมของวิธีพิมพ์ดีเอ็นเอส่วนใหญ่สำหรับฟื้นฟู phylogenetic ถูกจำกัดเหล่านั้นแสดงสิ่งที่สูงของ convergent วิวัฒนาการ หรือ misinfer ระยะทางพันธุกรรม ออกแบบอย่างเต็มของ genotyping ในระบาดวิทยาระดับโมเลกุล ของวัณโรค และศึกษา phylogeny ของเชื้อแบคทีเรียสาเหตุการได้ การประยุกต์ใช้การวิเคราะห์การจัดลำดับทั้งจีโนม (WGS) สำหรับ M ทั้งหมดวัณโรคที่แยกได้เป็นการดีที่สุด แม้ว่าในปัจจุบันยังคงเป็นค่าใช้จ่ายโซลูชัน ในปีสุดท้าย WGS สำหรับการพิมพ์ของโรคได้สำรวจ และหาข้อมูลเพิ่มเติมที่สำคัญเกี่ยวกับความหลากหลายต้องใช้ในเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอคลาสสิกพิมพ์วิธี ลดต้นทุนอย่างต่อเนื่องของลำดับดีเอ็นเอเป็นไปได้ที่ WGS จะกลายเป็น เครื่องมือวินิจฉัยแต่เพียงผู้เดียวในการวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการรองของวัณโรคในรหัส ยาภูมิไวรับทดสอบ และสมบัติทางพันธุกรรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีการพิมพ์ที่ซับซ้อนในปัจจุบันสำหรับเชื้อวัณโรควิวัฒนาการมาจากฟีโนไทป์ง่ายวิธีการเช่นการพิมพ์ทำลายจุลินทรีย์และยาเสพติดที่ไวต่อการทำโปรไฟล์ดีเอ็นเอสายพันธุ์วิธีการพิมพ์ดังกล่าวเป็นส่วนIS6110-ข้อ จำกัด ระยะเวลาในความหลากหลาย (RFLP) และจำนวนตัวแปรซ้ำควบคู่(VNTR) พิมพ์ ตัวอย่างของประโยชน์ของการพิมพ์โมเลกุลแหล่งที่มาของกรณีที่มีการค้นหาและระบาดวิทยาเชื่อมโยงของวัณโรค (TB) กรณีการส่งระหว่างประเทศของ MDR / XDR-TB, การเลือกปฏิบัติระหว่างการเปิดภายนอกและภายนอกติดเชื้ออีกครั้งเป็นสาเหตุของอาการกำเริบหลังการรักษาบำบัดโรควัณโรคหลักฐานหลายเมตรติดเชื้อวัณโรคและการเปิดเผยข้อมูลของห้องปฏิบัติการการปนเปื้อนข้าม. พร้อมกันวิเคราะห์สายวิวัฒนาการได้รับการพัฒนาบนพื้นฐานหลากหลายเดี่ยวเบื่อหน่าย(SNPs) ลบจีโนมมักจะเรียกว่าดินแดนของความแตกต่าง (RDs) และ spoligotyping ซึ่งทำหน้าที่ ทั้งการพิมพ์และการวิเคราะห์สายพันธุ์วิวัฒนาการ ความคิดริเริ่มระดับชาติและนานาชาติที่ต้องพึ่งพาการประยุกต์ใช้วิธีการพิมพ์เหล่านี้ได้นำข้อมูลเชิงลึกที่มีนัยสำคัญเข้ามาระบาดวิทยาโมเลกุลของวัณโรค อย่างไรก็ตามวิธีการพิมพ์ลายนิ้วมือดีเอ็นเอในปัจจุบันมีข้อ จำกัด ที่สำคัญ พวกเขามักจะสามารถไม่เห็นความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดและเปิดเกินของเครื่องหมายเหล่านี้เป็นตัวแปร. นอกจากนี้ยังมีความเหมาะสมมากที่สุดวิธีการพิมพ์ดีเอ็นเอสำหรับการฟื้นฟูสายวิวัฒนาการที่มี จำกัด ขณะที่พวกเขาแสดงให้เห็นถึงแนวโน้มที่สูงของวิวัฒนาการมาบรรจบหรือระยะทางพันธุกรรมmisinfer เพื่อให้เต็มสำรวจความเป็นไปได้ของ genotyping ในระบาดวิทยาโมเลกุลของวัณโรคและเพื่อศึกษาวิวัฒนาการของเชื้อแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดความน่าเชื่อถือ, การประยุกต์ใช้ลำดับทั้งจีโนม (WGS) การวิเคราะห์สำหรับทุกเมตรแยกเป็นวัณโรคที่ดีที่สุดถึงแม้ว่าขณะนี้ยังคงวิธีการแก้ปัญหาค่าใช้จ่าย ในปีที่ผ่านมาสักคนสำหรับการพิมพ์ของเชื้อโรคได้รับการสำรวจและให้ผลข้อมูลเพิ่มเติมที่สำคัญเกี่ยวกับความหลากหลายทางสายพันธุ์ในการเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอคลาสสิกวิธีการพิมพ์ ด้วยการลดค่าใช้จ่ายอย่างต่อเนื่องของลำดับดีเอ็นเอเป็นไปได้ว่าสักคนจะกลายเป็นเครื่องมือในการวินิจฉัยแต่เพียงผู้เดียวในการวินิจฉัยในห้องปฏิบัติการที่สองของวัณโรคสำหรับการระบุการทดสอบความไวต่อยาเสพติดและลักษณะทางพันธุกรรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปัจจุบันพิมพ์วิธีที่พัฒนาจากวิธีของเซลล์เชื้อวัณโรค
ง่ายๆเช่นการพิมพ์และยากลุ่มฟาโปรไฟล์ดีเอ็นเอโดยวิธีพิมพ์เมื่อย เช่น
เป็นสายพันธุ์ปักกิ่งจำกัด fragment length ล ( RFLP ) และหมายเลขตัวแปรตีคู่ซ้ำ
( vntr ) พิมพ์ตัวอย่างของประโยชน์ของการพิมพ์ระดับโมเลกุลเป็นแหล่งการและเชื่อมโยงทางระบาดวิทยา
ของวัณโรค ( TB ) รายการนานาชาติ 2547 / xdr-tb ค่าอำนาจจำแนกระหว่างการฟื้นฟูและการติดเชื้ออีกครั้ง
ภายในภายนอกเป็นสาเหตุของเงินหลังจาก
รักษาโรควัณโรค หลักฐานของหลายเชื้อวัณโรค และการเปิดเผยของ ห้องปฏิบัติการ
ข้ามปนเปื้อน .
พร้อมกัน วิเคราะห์ ซึ่งถูกพัฒนาบนพื้นฐานของความหลากหลายยีนเดียว
( snps ) จีโนมลบมักจะเรียกว่าขอบเขตของความแตกต่าง ( RDS ) และ spoligotyping ซึ่ง
เสิร์ฟทั้งพิมพ์และวิเคราะห์สายพันธุ์ต่างๆ . ระดับชาติและระดับนานาชาติ โดยอาศัย
การประยุกต์ใช้เหล่านี้พิมพ์วิธีการนำข้อมูลเชิงลึกในระดับโมเลกุลทางระบาดวิทยา
ของวัณโรค อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันลายดีเอ็นเอวิธีมีข้อจำกัดที่สำคัญ พวกเขามักจะสามารถ
ไม่แยกแยะระหว่างพันธุกรรมของสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดและหงายของเครื่องหมายเหล่านี้เป็นตัวแปร .
นอกจากนี้ความเหมาะสมของดีเอ็นเอส่วนใหญ่พิมพ์วิธีการฟื้นฟู ซึ่งถูก จำกัด เช่นที่พวกเขา
แสดงความโน้มเอียงสูงของวิวัฒนาการมาบรรจบกัน หรือ misinfer ระยะทางพันธุกรรม เพื่อให้ครบสํารวจ
ความเป็นไปได้ของการอ่านในระบาดวิทยาโมเลกุลของวัณโรคและศึกษาระบบเชื้อชาติของเชื้อแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุได้
,การประยุกต์ใช้ทั้งจีโนมลำดับ ( wgs ) การวิเคราะห์ .
วัณโรคที่แยกได้เป็นดีที่สุด ถึงแม้ว่าในปัจจุบันยังเป็นค่าใช้จ่ายโซลูชั่น ใน ปี ล่าสุด wgs พิมพ์
ของเชื้อโรคได้สำรวจและหาข้อมูลเพิ่มเติมที่สำคัญความเครียดในความหลากหลายใน
เปรียบเทียบกับคลาสสิกรูปแบบดีเอ็นเอวิธี ที่มีอย่างต่อเนื่อง การลดต้นทุนของการจัดลำดับ
ดีเอ็นเอเป็นไปได้ว่า wgs จะกลายเป็นเครื่องมือในการวินิจฉัย แต่เพียงผู้เดียวในการวินิจฉัยวัณโรคทางห้องปฏิบัติการ
การ ทดสอบโดยใช้ยา และพันธุกรรม ทำให้