Research Collaborators for structur

Research Collaborators for structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCBS PDB) began in 1970's by group of the young crystallographers, including Edgar Meyer, Gerson Coheon and Helen M Berman.[1] The project was initiated in 1971 to list the structures of all the amino acids using neutron diffraction and has grown as a major international resource for structural biology containing more than 80,000 entries including proteins: 77,529; nucleic acids: 2420; proteins/DNA complexes: 3795 and other: 24 (totally 83,768 entries) as of Tuesday Aug 14, 2012 at 5 PM DST. The website also proclaims that there have been 62987 structure hits and 11915 ligand hits on this date and that the PDB has 24583 citations.

The main function of this database is to organize 3-D structural data of large biological molecules including proteins and nucleic acids of all the organisms including bacteria, yeast, plants, flies, other animals and humans. The three-dimensional structures of the biological macromolecules data available with PDB is determined by experimental methods such as X-ray crystallography, Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, electron microscopy.[2]

The data is freely accessible and the entire site is maintained and managed by group of members from RCBS: Rutgers and UCSD, and is funded by NSF, NIGMS, DOE, NLM, NCI, MINDS and NIDDK. RCBS-Rutgers and RCBS-UCSD groups are located in the Department of Chemistry and Chemical Biology, Biomaps Institute for Quantitative Biology at Rutgers, New Jersey and the San Diego Supercomputer Centre (SDSC), Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences (SSPPS) at University of California, San Diego (UCSD), respectively. RCBS PDB website required a modern web browser with JavaScript and cookies enabled. This site can be used using Windows, Apple Mac and Linux operating systems and also on a site with mobile support.

The website can be easily searched for the 3-D protein structure based on various search options which can be limited by authors, by macromolecules, by sequence and by ligand. The search option in all categories provides information under molecule name, structural domains and ontology terms. The selected required file has the PDB identification number and macromolecule name with release date, authors name, protein classification, and instrument used for determine the 3-D structure and citation. The selected/ searched macromolecules are downloadable (download PDB file), viewable (view PDB file) and view as a 3-D file (view in 3-D with Jmol). The file format generated from the database was initially in the PDB format which could be viewed using any one of open source computer programs such as MeshLab, Jmol, QuteMol, ACD/ChemSketch freeware and licensed software such as Chimera, MDL Chime, Pymol, Swiss-PDB viewer, etc. In late 2000, PDB released PDB exchange dictionary and the PDB archival data file in XML format named PDBML.[3]

The website also hosts an educational resource for exploring structural Biology named as PDB-101. This section chooses a molecule of the month and highlights it.Queries can be asked at any time in PDB website by logging in your free registered account. The PDB archive is updated every week on or about Wednesday (00:00 UTC) with new and modified entries and updates.

PDB also has a section called “Deposition”, that has a built in structures deposit option. Here one can upload the macromolecular data (electron microscopy/ x-ray/ NMR data of polypeptides, polynucleotides and polysaccharides). The uploaded file is validated and released based on publisher policies. From the “Tool” option a direct download of the protein macromolecules is possible in any one of PDB, mmCIF, PDBXL/XML formats, Structure factors, NMR restraints and Biological assemblies by entering PDB IDs. The tool option also has the “RCBS PDB protein comparison tool” to calculate pairwise sequence or structure alignments and “RCBS PDB widgets” a resource for web developers.

PDB in a joint program between “Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequence” (SIFTS) (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) and Uniportaims to provide an up-to-date resource for residue level mapping. SIFTS is the authoritative source of residue-level annotation of structures in the PDB data available in Uniport, IntEnz, CATH, SCOP, GO, InterPro, Pfam and PubMed.

The RCBS PDB and other organizations such as Protein Data Bank in Europe (PDBe; web link: www.ebi.ac.uk/pdbe/), Protein Data Bank Japan (PDBj; web link: www.pdbj.org/) and Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB; web link: http://www.bmrb.wisc.edu/), USA are jointly working on Worldwide Protein Data Bank (wwPDB; web link: www.wwpdb.org/) in a concerted effort since 2003. The RCBS PDB and PDBj presently act as an archive centre for wwPDB .[4] The wwPDB's mission is to maintain a single PDB archive of macromolecular structural data that is freely and publicly available to the global community.[5]

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผู้ร่วมงานวิจัยสำหรับโครงสร้าง Bioinformatics โปรตีนข้อมูลธนาคาร (RCBS PDB) เริ่มในยุค 1970 โดยกลุ่มของ crystallographers สาว Edgar Meyer, Gerson Coheon และเฮเลน M Berman [1] โครงการเป็นจุดเริ่มต้นในรายการโครงสร้างของกรดอะมิโนทั้งหมดที่ใช้การเลี้ยวเบนของนิวตรอน และได้เติบโตขึ้นเป็นทรัพยากรระหว่างประเทศสำคัญสำหรับวิชาชีววิทยาโครงสร้างที่ประกอบด้วยมากกว่า 80000 รายการรวมทั้งโปรตีน: 77,529 กรดนิวคลีอิก: 2420 โปรตีน/ดีเอ็นเอคอมเพล็กซ์: 3795 และอื่น ๆ: 24 (ทั้งหมด 83,768 รายการ) ณวันอังคาร 14 ส.ค. 2012 เวลา DST 5 PM เว็บไซต์ proclaims ที่ มีโครงสร้าง 62987 ชมและเยี่ยมชม 11915 ลิแกนด์ในวันนี้ และที่ PDB ที่มีอ้าง 24583ฟังก์ชันหลักของฐานข้อมูลนี้เป็นการ จัดระเบียบข้อมูลโครงสร้าง 3 มิติของโมเลกุลชีวภาพขนาดใหญ่รวมทั้งโปรตีนและกรดนิวคลีอิกของสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่รวมทั้งแบคทีเรีย ยีสต์ พืช แมลง สัตว์ และอื่น ๆ มนุษย์ โครงสร้างสามมิติของ macromolecules ทางชีวภาพข้อมูล PDB พร้อมเป็นไปตามวิธีการทดลองเช่นผลิกศาสตร์เอกซเรย์ การสั่นพ้องแม่เหล็กนิวเคลียร์ (NMR) ก microscopy อิเล็กตรอน [2]ข้อมูลจะสามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระ และรักษา และจัดการกลุ่มของสมาชิกจาก RCBS เว็บไซต์ทั้งหมด: Rutgers และ UCSD และได้รับเงินทุน NSF, NIGMS ป้องกัน NLM, NCI จิตใจ และ NIDDK กลุ่ม RCBS Rutgers และ RCBS UCSD อยู่ในภาควิชาเคมีและเคมีชีววิทยา Biomaps สถาบันสำหรับชีววิทยาเชิงปริมาณที่ Rutgers นิวเจอร์ซีย์ และศูนย์ซูเปอร์คอมพิวเตอร์ San Diego (SDSC), โรงเรียน Skaggs ร้านขายยา และเภสัชกรรมศาสตร์ (SSPPS) ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย San Diego (UCSD), ตามลำดับ เว็บไซต์ RCBS PDB จำเป็นต้องใช้เบราว์เซอร์ที่ทันสมัย ด้วย JavaScript และเปิดใช้งานคุกกี้ เว็บไซต์นี้สามารถใช้ได้โดยใช้ระบบปฏิบัติการ Apple Mac, Windows และ Linux และยัง บนไซต์กับโมบายสนับสนุนเว็บไซต์สามารถทำการค้นหาได้อย่างง่ายดายสำหรับโครงสร้าง 3 มิติของโปรตีนโดยใช้ตัวเลือกการค้นหาต่าง ๆ ที่สามารถถูกจำกัด โดยผู้เขียน โดย macromolecules โดยลำดับ และลิแกนด์ เลือกค้นหาทุกประเภทให้ข้อมูลภายใต้ชื่อโมเลกุล โครงสร้างโดเมน และเงื่อนไขภววิทยา ที่เลือกต้องแฟ้มมี PDB รหัสหมายเลขและ macromolecule ชื่อปล่อยวัน ชื่อผู้แต่ง ประเภทโปรตีน และเครื่องมือที่ใช้สำหรับกำหนดโครงสร้าง 3 มิติและอ้างอิง Macromolecules เลือก / ค้นหาจะสามารถดาวน์โหลดได้ (ดาวน์โหลดไฟล์ PDB), สามารถดูได้ (มุมมองแฟ้ม PDB) และเป็นไฟล์สามมิติ (ดูใน 3-D ด้วย Jmol) รูปแบบไฟล์ที่สร้างจากฐานข้อมูลได้เริ่มต้นในรูปแบบ PDB ซึ่งสามารถดูได้โดยใช้ใด ๆ หนึ่งมาเปิดคอมพิวเตอร์โปรแกรมเช่น MeshLab, Jmol, QuteMol, ACD/ChemSketch ฟรีแวร์และซอฟต์แวร์ลิขสิทธิ์ชิเมร่า อเนกประสงค์ MDL คล้องจอง Pymol สวิส-PDB แสดง ฯลฯ ในปลายปี 2000, PDB ออกพจนานุกรมแลก PDB และแฟ้มเก็บถาวรข้อมูล PDB ในรูปแบบ XML ที่ชื่อว่า PDBML [3]นอกจากนี้เว็บไซต์ยังเป็นโฮสต์ทรัพยากรการศึกษาในวิชาชีววิทยาโครงสร้างที่มีชื่อเป็น PDB-101 ส่วนนี้เลือกโมเลกุลของเดือน และเน้นเรื่อง แบบสอบถามที่สามารถถามตลอดเวลาในเว็บไซต์ PDB โดยบันทึกในบัญชีของคุณลงทะเบียนฟรี เก็บ PDB อยู่ทุกสัปดาห์ หรือ เกี่ยวกับวันพุธ (00:00 UTC) รายการใหม่ และปรับเปลี่ยนและปรับปรุงPDB also has a section called “Deposition”, that has a built in structures deposit option. Here one can upload the macromolecular data (electron microscopy/ x-ray/ NMR data of polypeptides, polynucleotides and polysaccharides). The uploaded file is validated and released based on publisher policies. From the “Tool” option a direct download of the protein macromolecules is possible in any one of PDB, mmCIF, PDBXL/XML formats, Structure factors, NMR restraints and Biological assemblies by entering PDB IDs. The tool option also has the “RCBS PDB protein comparison tool” to calculate pairwise sequence or structure alignments and “RCBS PDB widgets” a resource for web developers.PDB in a joint program between “Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequence” (SIFTS) (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) and Uniportaims to provide an up-to-date resource for residue level mapping. SIFTS is the authoritative source of residue-level annotation of structures in the PDB data available in Uniport, IntEnz, CATH, SCOP, GO, InterPro, Pfam and PubMed.The RCBS PDB and other organizations such as Protein Data Bank in Europe (PDBe; web link: www.ebi.ac.uk/pdbe/), Protein Data Bank Japan (PDBj; web link: www.pdbj.org/) and Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB; web link: http://www.bmrb.wisc.edu/), USA are jointly working on Worldwide Protein Data Bank (wwPDB; web link: www.wwpdb.org/) in a concerted effort since 2003. The RCBS PDB and PDBj presently act as an archive centre for wwPDB .[4] The wwPDB's mission is to maintain a single PDB archive of macromolecular structural data that is freely and publicly available to the global community.[5]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิจัยร่วมมือสำหรับชีวสารสนเทศศาสตร์โปรตีนโครงสร้างข้อมูลธนาคาร (RCBS PDB) เริ่มต้นขึ้นในปี 1970 โดยกลุ่มของ crystallographers หนุ่มสาวรวมทั้งเอ็ดการ์เมเยอร์ Gerson Coheon และเฮเลน M Berman. [1] โครงการได้ริเริ่มขึ้นในปี 1971 ในรายการโครงสร้างของอะมิโน กรดโดยใช้เลนส์นิวตรอนและได้เติบโตขึ้นเป็นทรัพยากรที่สำคัญระหว่างประเทศสำหรับชีววิทยาโครงสร้างที่มีมากกว่า 80,000 รายการรวมทั้งโปรตีน: 77529; กรดนิวคลิอิก: 2420; โปรตีน / คอมเพล็กซ์ดีเอ็นเอ 3795 และอื่น ๆ ที่: 24 (ทั้งหมด 83768 รายการ) ณ วันอังคารที่ 14 สิงหาคม 2012 ที่ 05:00 เวลา เว็บไซต์นี้ยังประกาศว่ามี 62,987 ฮิตโครงสร้างและ 11,915 ฮิตแกนด์ในวันนี้และที่ PDB มี 24,583 อ้างอิง. หน้าที่หลักของฐานข้อมูลนี้คือการจัดระเบียบ 3 มิติข้อมูลโครงสร้างของโมเลกุลทางชีวภาพขนาดใหญ่รวมทั้งโปรตีนและกรดนิวคลีอิกของ สิ่งมีชีวิตทั้งหมดรวมทั้งแบคทีเรียยีสต์พืชแมลงวันสัตว์อื่น ๆ และมนุษย์ โครงสร้างสามมิติของข้อมูลโมเลกุลทางชีวภาพที่สามารถใช้ได้กับ PDB จะถูกกำหนดโดยวิธีการทดลองเช่นผลึกเอ็กซ์เรย์ด้วยคลื่นสนามแม่เหล็กนิวเคลียร์ (NMR) สเปกโทรสโก, กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน. [2] ข้อมูลสามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระและเว็บไซต์ทั้งหมดจะถูกเก็บไว้ และการบริหารจัดการโดยกลุ่มสมาชิกจาก RCBS: รัทและ UCSD และได้รับทุนจาก NSF, NIGMS, DOE, NLM, NCI จิตใจและ NIDDK RCBS-รัทและกลุ่ม RCBS-UCSD ตั้งอยู่ในภาควิชาเคมีและชีววิทยาเคมี Biomaps สถาบันชีววิทยาเชิงปริมาณที่ Rutgers, รัฐนิวเจอร์ซีย์และซานดิเอโกซูเปอร์เซ็นเตอร์ (SDSC) Skaggs โรงเรียนเภสัชกรรมและเภสัชศาสตร์ (SSPPS) ที่ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียซานดิเอโก (UCSD) ตามลำดับ เว็บไซต์ RCBS PDB ต้องเว็บเบราเซอร์ที่ทันสมัยด้วย JavaScript และเปิดใช้งานคุกกี้ เว็บไซต์นี้สามารถนำมาใช้ใช้ Windows, Apple Mac และ Linux ระบบปฏิบัติการและในเว็บไซต์ที่มีการสนับสนุนโทรศัพท์มือถือ. เว็บไซต์ได้อย่างง่ายดายค้นหาโครงสร้างโปรตีน 3 มิติขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต่างๆที่สามารถถูก จำกัด โดยผู้เขียนโดยโมเลกุล โดยลำดับและแกนด์ ตัวเลือกการค้นหาในทุกหมวดหมู่ให้ข้อมูลภายใต้ชื่อโมเลกุลโดเมนโครงสร้างและแง่อภิปรัชญา ไฟล์ที่ต้องเลือกมีจำนวนบัตรประจำตัวและชื่อ PDB โมเลกุลกับวันที่ปล่อยชื่อผู้เขียนจำแนกโปรตีนและเครื่องมือที่ใช้ในการตรวจสอบโครงสร้าง 3 มิติและการอ้างอิง ที่เลือก / สืบค้นโมเลกุลสามารถดาวน์โหลด (ดาวน์โหลดไฟล์ PDB) สามารถดูได้ (มุมมองไฟล์ PDB) และมุมมองที่เป็นไฟล์ 3 มิติ (มุมมองใน 3 มิติที่มี Jmol) รูปแบบไฟล์ที่สร้างจากฐานข้อมูลเป็นครั้งแรกในรูปแบบ PDB ซึ่งสามารถดูได้โดยใช้คนใดคนหนึ่งของแหล่งที่มาของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่เปิดเช่น MeshLab, Jmol, QuteMol, ACD / ฟรีแวร์ ChemSketch และซอฟต์แวร์ที่ได้รับอนุญาตเช่นฝัน MDL กระดิ่ง, Pymol สวิส ผู้ชม -PDB ฯลฯ ในปลายปี 2000 ได้รับการปล่อยตัว PDB PDB พจนานุกรมแลกเปลี่ยนและไฟล์ข้อมูลที่จัดเก็บ PDB ในรูปแบบ XML ชื่อ PDBML. [3] เว็บไซต์ยังโฮสต์ทรัพยากรการศึกษาสำหรับการสำรวจชีววิทยาโครงสร้างชื่อเป็น PDB-101 ในส่วนนี้จะเลือกโมเลกุลของเดือนและไฮไลท์ it.Queries สามารถถามในเวลาใด ๆ ในเว็บไซต์ PDB โดยเข้าสู่บัญชีของคุณลงทะเบียนฟรี เก็บ PDB มีการปรับปรุงทุกสัปดาห์หรือประมาณพุธ (00:00 UTC) กับรายการใหม่และการปรับเปลี่ยนและการปรับปรุง. PDB นอกจากนี้ยังมีส่วนที่เรียกว่า "สะสม" ที่ได้สร้างขึ้นในโครงสร้างตัวเลือกการฝากเงิน ที่นี่หนึ่งสามารถอัปโหลดข้อมูลโมเลกุล (ที่กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน / x-ray / ข้อมูล NMR ของ polypeptides, polynucleotides และ polysaccharides) ไฟล์ที่อัพโหลดจะถูกตรวจสอบและปล่อยขึ้นอยู่กับนโยบายของสำนักพิมพ์ จาก "เครื่องมือ" ตัวเลือกดาวน์โหลดโดยตรงของโมเลกุลโปรตีนที่เป็นไปได้ในหนึ่ง PDB, mmCIF, PDBXL / รูปแบบ XML ปัจจัยโครงสร้างพันธนาการ NMR และส่วนประกอบทางชีวภาพโดยการป้อนรหัส PDB ตัวเลือกเครื่องมือนี้ยังมี "RCBS PDB เครื่องมือเปรียบเทียบโปรตีน" ในการคำนวณลำดับคู่หรือการจัดแนวโครงสร้างและ "เครื่องมือ RCBS PDB" ทรัพยากรสำหรับนักพัฒนาเว็บ. PDB ในโครงการร่วมทุนระหว่าง "โครงสร้างการทำงานร่วมกับฟังก์ชั่นอนุกรมวิธานและลำดับ" (sifts ) (http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) และ Uniportaims เพื่อให้เป็นทรัพยากรที่ขึ้นไปวันที่สำหรับการทำแผนที่ระดับสารตกค้าง sifts เป็นแหล่งอำนาจของบันทึกย่อตกค้างระดับของโครงสร้างในข้อมูล PDB ที่มีอยู่ใน Uniport, IntEnz, CATH, SCOP, GO, InterPro, Pfam และ PubMed. PDB RCBS และองค์กรอื่น ๆ เช่นโปรตีนข้อมูลธนาคารในยุโรป (PDBe; การเชื่อมโยงเว็บ: www.ebi.ac.uk/pdbe/) โปรตีนข้อมูลธนาคารญี่ปุ่น (PDBj; ลิงค์เว็บ: www.pdbj.org/) และชีววิทยาด้วยคลื่นสนามแม่เหล็กธนาคารข้อมูล (BMRB; ลิงค์: http: // www bmrb.wisc.edu/) สหรัฐอเมริกาจะร่วมกันทำงานในการทั่วโลกโปรตีนข้อมูลธนาคาร (wwPDB; ลิงค์เว็บ: www.wwpdb.org/) ในความพยายามร่วมกันตั้งแต่ปี 2003 PDB RCBS PDBj และปัจจุบันทำหน้าที่เป็นศูนย์ข้อมูลที่เก็บสำหรับ wwPDB . [4] ภารกิจ wwPDB คือการรักษาระดับเก็บ PDB เดียวของข้อมูลที่มีโครงสร้างโมเลกุลที่เป็นอิสระและสาธารณชนสามารถใช้ได้กับประชาคมโลก. [5]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิจัยเป็นสำหรับโครงสร้างรสนธนาคารข้อมูลโปรตีน ( rcbs PDB ) เริ่มในปี 1970 โดยกลุ่มของ crystallographers ยังรวมถึง Edgar Meyer , เจอร์สัน coheon และเฮเลนเมตร เบอร์แมน[ 1 ] โครงการได้ริเริ่มขึ้นในปี 1971 รายการโครงสร้างของกรดอะมิโนโดยใช้การเลี้ยวเบนนิวตรอนและได้เติบโตขึ้นเป็นทรัพยากรระหว่างประเทศหลักชีววิทยาโครงสร้างที่มีมากกว่า 80 , 000 รายการ ได้แก่ โปรตีน : 77529 ; กรดนิวคลีอิก : จาก ; โปรตีน / DNA complexes : 3795 และอื่น ๆ : 24 ( ทั้งหมด 83768 รายการ ) ของ วันอังคารที่สิงหาคม 14 , 2012 ที่ 5 : 00 เวลา .เว็บไซต์ยังประกาศว่า มีผู้ชม 62987 โครงสร้างและ 11915 ลิแกนด์ที่ฮิตในวันนี้และที่ PDB ได้ 24583 เข้าไว้

หน้าที่หลักของฐานข้อมูลนี้เพื่อจัดระเบียบข้อมูลสามมิติโครงสร้างของโมเลกุลทางชีวภาพขนาดใหญ่ ได้แก่ โปรตีนและกรดนิวคลีอิกของสิ่งมีชีวิตรวมทั้งแบคทีเรีย , ยีสต์ , พืช , แมลง , สัตว์อื่น ๆ และมนุษย์โครงสร้างสามมิติของโมเลกุลทางชีวภาพข้อมูลที่มีอยู่กับเส้นใยจะถูกกำหนดโดยวิธีการทดลอง เช่น รังสีเอกซ์ แม่เหล็กนิวเคลียร์ ( NMR ) spectroscopy , จุลทรรศน์อิเล็กตรอน [ 2 ]

ข้อมูลสามารถเข้าถึงได้อย่างอิสระ และทั้งเว็บไซต์เก็บรักษาและจัดการโดยกลุ่มสมาชิกจาก rcbs : รัท UCSD และ และได้รับเงินทุนสนับสนุน โดย NSF nigms โด nlm , , ,NCI , จิตใจ และ niddk . และ rcbs รัท rcbs-ucsd กลุ่มอยู่ในแผนกเคมี เคมีและชีววิทยา สถาบันเชิงชีววิทยา biomaps รัท , New Jersey และซูเปอร์คอมพิวเตอร์ซานดิเอโกศูนย์ ( sdsc ) Skaggs สำนักวิชาเภสัชศาสตร์และวิทยาศาสตร์เภสัชกรรม ( sspps ) ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก ( UCSD ) ตามลำดับrcbs PDB เว็บไซต์ต้องใช้เว็บเบราเซอร์ที่ทันสมัยกับ JavaScript และคุกกี้ที่เปิดใช้งาน เว็บไซต์นี้สามารถใช้ในการใช้ Windows , Apple Mac และ Linux ระบบปฏิบัติการและยังเว็บไซต์ที่มีการสนับสนุนมือถือ

เว็บไซต์สามารถค้นหา 3-D โปรตีนโครงสร้างขึ้นอยู่กับตัวเลือกการค้นหาต่าง ๆ ที่สามารถถูก จำกัด โดยผู้เขียนโดยโมเลกุลโดยลำดับและโดยลิแกนด์ .ตัวเลือกในการค้นหาทุกประเภทให้ข้อมูลชื่อโดเมนโครงสร้างโมเลกุลและแง่อภิปรัชญา . เลือกไฟล์ที่ต้องการมีเส้นใย และโมเลกุลหมายเลขชื่อกับวันที่ปล่อยเขียนชื่อประเภทของโปรตีน และอุปกรณ์ที่ใช้สำหรับศึกษาโครงสร้าง 3 มิติ และการอ้างอิงเลือก / ค้นหาโมเลกุลดาวน์โหลด ( ดาวน์โหลดไฟล์ PDB ) ปรากฏอยู่ ( อ่าน PDB ไฟล์ ) และดูเป็นแฟ้ม 3 มิติ ( ดูใน 3 มิติด้วย jmol ) รูปแบบแฟ้มที่สร้างขึ้นจากฐานข้อมูล ได้เริ่มต้นใน PDB รูปแบบซึ่งสามารถดูได้โดยใช้ใด ๆของแหล่งที่มาเปิดเครื่องคอมพิวเตอร์ โปรแกรม เช่น meshlab jmol qutemol , , , ACD / chemsketch ฟรีแวร์และซอฟต์แวร์ที่มีลิขสิทธิ์ เช่น ไคมิร่า ,เราตีระฆัง , pymol Viewer PDB สวิส ฯลฯ ในปลายปี 2000 , PDB PDB PDB แลกเปลี่ยนเผยแพร่พจนานุกรมและจดหมายเหตุข้อมูลไฟล์ในรูปแบบ XML ชื่อ pdbml [ 3 ]

เว็บไซต์ยังโฮสต์ทรัพยากรทางการศึกษาสำหรับการสำรวจชีววิทยาโครงสร้าง ชื่อ เป็น pdb-101 . ส่วนนี้จะเป็นโมเลกุลของเดือนและไฮไลท์ .สอบถามสามารถถามได้ตลอดเวลาในเว็บไซต์ PDB โดยการเข้าสู่ระบบบัญชีผู้ใช้ที่ลงทะเบียนฟรี ที่ PDB เก็บการปรับปรุงทุกสัปดาห์ หรือ ประมาณวันพุธ ( 00 : 00 UTC ) กับใหม่และแก้ไขรายการและปรับปรุง

PDB ยังมีส่วนที่เรียกว่า " สะสม " ที่ได้สร้างขึ้นในโครงสร้างเงินฝากตัวเลือก ที่นี่หนึ่งสามารถอัพโหลดข้อมูลแมคโครโมเลกุล ( กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน / X-ray / ข้อมูลโปรตีน NMR ,polynucleotides ไรด์ ) การอัปโหลดไฟล์จะถูกตรวจสอบและออกตามนโยบายของสำนักพิมพ์ จาก " เครื่องมือ " ตัวเลือกดาวน์โหลดโดยตรงของโปรตีนโมเลกุลใหญ่เป็นไปได้ในหนึ่งของเส้นใย mmcif pdbxl / XML รูปแบบ , องค์ประกอบ , โครงสร้าง , NMR restraints และประกอบทางชีวภาพโดยการป้อนรหัส PDB .เครื่องมือตัวเลือกก็มี " rcbs เส้นใยโปรตีนเครื่องมือเปรียบเทียบ " คำนวณคู่ลำดับหรือโครงสร้างการและ " rcbs PDB วิดเจ็ต " ทรัพยากรสำหรับนักพัฒนาเว็บ .

PDB ในโครงการ " บูรณาการร่วมระหว่างโครงสร้างกับหน้าที่ของอนุกรมวิธานและลำดับ " ( sifts ) ( http://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/ ) และ uniportaims ที่จะให้ทรัพยากรที่ทันสมัยสำหรับ แผนที่ระดับสารตกค้างsifts เป็นแหล่งที่มาเผด็จการหมายเหตุระดับสารตกค้างของโครงสร้างใน PDB ข้อมูลที่มีอยู่ใน uniport intenz สก็อปลง , , , , ไป , InterPro pfam PubMed , และ .

rcbs PDB และองค์กรอื่น ๆ เช่น ธนาคารข้อมูลโปรตีนในยุโรป ( pdbe ; เว็บลิงค์ : www.ebi . ac.uk / pdbe / ) , ข้อมูลโปรตีนธนาคารญี่ปุ่น ( pdbj ; เว็บลิงค์ : www.pdbj . org / ) และชีวภาพแม่เหล็กข้อมูลธนาคาร ( bmrb ; เว็บลิงค์ :http : / / www.bmrb . wisc . edu / ) , สหรัฐอเมริกาจะร่วมกันทำงานในธนาคารข้อมูลโปรตีนทั่วโลก ( wwpdb ; เว็บลิงค์ : www.wwpdb . org / ) ในความพยายามร่วมกันตั้งแต่ปี 2003 การ rcbs PDB pdbj ปัจจุบันและทำหน้าที่เป็นคลังศูนย์ wwpdb [ 4 ] เป็น wwpdb ภารกิจคือการรักษาถาวร PDB เดียวโครงสร้าง macromolecular ข้อมูลที่เป็นอิสระและเปิดเผยต่อสาธารณชน เพื่อประชาคมโลก [ 5 ]