The V7–V8 region of the 16S rDNA wa

The V7–V8 region of the 16S rDNA was amplified by using DNA isolated from each vinegar and mother of vinegar sample. The primers WBAC1 (5′-GTC GTC AGC TCG TGT CGT GAG A-3′) and WBAC2 (5′-CCC GGG AAC GTA TTC ACC GCG-3′) were used to amplify an approximately 328 bp fragment of the target region (Lopez et al., 2003). A GC clamp (5′-CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GGC CCG CCG CCC CCG CCC C-3′) was attached to the WBAC1 primer, according to Lopez et al.(2003). All of the PCR amplifications were performed in a final volume of 50 μl, containing 25 μl of commercial PCR master mix (Dream Taq , Fermentas , USA), 40 pmol of forward primer with a GC clamp, 20 pmol of reverse primer and 100 ng sample DNA. The thermal cycler (TC-5000 gradient thermal cycler, Techne, UK) conditions were programmed in accordance with De Vero et al. (2006). The amplification products were checked by electrophoresis in 2% (w/v) agarose gel containing ethidium bromide and visualized under UV light. The sequence specific separation of the PCR products was performed on the Dcode TM Universal Mutation Detection System (BioRad, Hercules, USA) by using 1 mm polyacrylamide gel (8% [wt/vol] acrylamide–bisacrylamide 37.5:1), containing 30% to 60% urea–formamide denaturing gradient (100% corresponds to 7 m urea and 40% [w/v] formamide). Electrophoresis was performed at 60 °Cin TAE buffer1× (40 mMTris base,20mM acetic acid glacial, 1 mM EDTA 0.5 M, pH 8.0 and dH2O) with a constant voltage of 150 V at 60 °C for about 4 h. Afer electrophoresis, the DGGE Gels were viewed under UV transillumination (Gel Doc XR ,BioRad )after being stained with ethidium bromide solution (50 μg/ml) for 20 min.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แคว้น 16S rDNA V7-V8 ถูกขยาย โดยใช้ดีเอ็นเอแยกต่างหากจากแม่ของตัวอย่างน้ำส้มสายชูและน้ำส้มสายชูแต่ละ ไพรเมอร์ WBAC1 (5′-GTC GTC AGC TCG TGT CGT ปิดปาก A-3′) และ WBAC2 (ซีซีซี 5′ GGG AAC GTA ทีทีซีจำกัดบัญชี GCG-3′) ใช้ในการขยายตัวส่วน bp ประมาณ 328 ของพื้นที่เป้าหมาย (Lopez และ al., 2003) คีมหนีบ GC (5′ CGC CCG CCG ซีจีซีซีซีซี GCG ซีซีซี GGC CCG CCG CCG ซีซีซีซีซีซีซี-3′) แนบกับพื้น WBAC1 ตามโลเปซ et al.(2003) PCR amplifications ทั้งหมดถูกทำในปริมาตรสุดท้ายของ μl 50 ประกอบด้วย μl 25 ของพาณิชย์ PCR หลักผสม (Taq ฝัน Fermentas สหรัฐอเมริกา) pmol 40 พื้นไปข้างหน้า ด้วยคีมหนีบ GC, pmol 20 รองพื้นกลับและ 100 ng ตัวอย่างดีเอ็นเอ สภาพความร้อน cycler (TC-5000 cycler ร้อนไล่โทนสี Techne, UK) ได้โปรแกรมตามเด Vero et al. (2006) ผลิตภัณฑ์ขยายถูกตรวจสอบ โดย electrophoresis ในเจล agarose 2% (w/v) ประกอบด้วยโบรไมด์ ethidium และ visualized ภายใต้แสง UV แยกเฉพาะลำดับผลิตภัณฑ์ PCR ทำระบบ Dcode TM สากลกลายพันธุ์ตรวจ (BioRad เฮอร์คิวลิส สหรัฐอเมริกา) โดย 1 มม. polyacrylamide เจล (8% [wt/vol] 37.5:1 อะคริลาไมด์ – bisacrylamide), ประกอบด้วยการไล่ระดับ denaturing urea – formamide 30% ถึง 60% (100% ตรงกับ 7 m urea และ formamide 40% [w/v]) ทำ electrophoresis ที่ 60 ° buffer1 เต้น× (ฐาน 40 mMTris น้ำแข็งกรดอะซิติก 20 มม. 0.5 M EDTA 1 มม. pH 8.0 และ dH2O) ด้วยแรงดันคงที่ 150 V ที่ 60 ° C สำหรับประมาณ 4 h. Afer electrophoresis เจ DGGE ถูกมองภายใต้ UV transillumination (เจอก XR, BioRad) หลังจากถูกสีด้วย ethidium โบรไมด์โซลูชัน (50 μg/ml) ใน 20 นาที

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิภาค V7-V8 ของ 16S rDNA ถูกขยายโดยใช้ดีเอ็นเอที่แยกจากกันน้ำส้มสายชูและแม่ของกลุ่มตัวอย่างน้ำส้มสายชู ไพรเมอร์ WBAC1 (5'-GTC GTC AGC TCG TGT CGT GAG A-3) และ WBAC2 (5'-CCC GGG AAC GTA TTC แม็ก GCG-3) ถูกนำมาใช้เพื่อขยายส่วนประมาณ 328 bp ของพื้นที่เป้าหมาย ( โลเปซ et al., 2003) ยึด GC (5'-CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GGC CCG CCG CCC CCG CCC C-3 ') ถูกแนบมากับไพรเมอร์ WBAC1 ตามที่โลเปซ et al. (2003) ทั้งหมดของเครื่องขยายเสียง PCR ได้ดำเนินการในเล่มสุดท้าย 50 ไมโครลิตรมี 25 ไมโครลิตรผสมต้นแบบ PCR ในเชิงพาณิชย์ (ดรีม Taq, Fermentas สหรัฐอเมริกา) 40 pmol ของไพรเมอร์ไปข้างหน้าด้วยการยึด GC 20 pmol ของไพรเมอร์กลับและ 100 นาโนกรัม ตัวอย่างดีเอ็นเอ Cycler ร้อน (TC-5000 ลาด Cycler ร้อน Techne สหราชอาณาจักร) เงื่อนไขที่ถูกตั้งโปรแกรมให้สอดคล้องกับเดเวโร et al, (2006) ผลิตภัณฑ์เครื่องขยายเสียงถูกตรวจสอบโดยอิเลค 2% (w / v) เจล agarose ที่มีโบรไมด์ ethidium และมองเห็นภายใต้แสงยูวี ลำดับแยกเฉพาะของผลิตภัณฑ์ PCR ได้ดำเนินการใน Dcode TM นิเวอร์แซลมิวเตชันระบบตรวจจับ (BioRad ดาวสหรัฐอเมริกา) โดยใช้ 1 มมเจลอะคริเลต (8% [น้ำหนัก / ปริมาตร] ริลาไมด์-bisacrylamide 37.5: 1) ที่มี 30% 60% ลาด d​​enaturing ยูเรีย formamide (100% สอดคล้องกับ 7 เมตรและยูเรีย 40% [w / v] formamide) electrophoresis ได้ดำเนินการที่ 60 ° Cin TAE buffer1 × (40 ฐาน mMTris, 20mm กรดอะซิติกน้ำแข็ง 1 มิลลิ EDTA 0.5 เอ็มพีเอช 8.0 และ dH2O) ที่มีแรงดันคงที่ 150 V ที่ 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลาประมาณ 4 ชั่วโมง afer อิที่เจล DGGE ถูกมองภายใต้ transillumination ยูวี (เจหมอ XR, BioRad) หลังจากที่ถูกย้อมด้วย ethidium แก้ปัญหาโบรไมด์ (50 ไมโครกรัม / มล.) เป็นเวลา 20 นาที

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ใน V7 V8 –ภูมิภาคของ 16S rDNA ถูกขยายโดยใช้ดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างแต่ละน้ำส้มสายชูและแม่ของส้ม ไพรเมอร์ wbac1 ( 5 ’ - GTC GTC อาซาฮี TCG TGT CGT มุข A-3 School ) และ wbac2 ( 5 ’ - CCC GGG AAC GTA ttc บัญชี gcg-3 School ) ถูกใช้เพื่อขยายประมาณ 328 BP ส่วนของพื้นที่เป้าหมาย ( โลเปซ et al . , 2003 )เป็น GC หนีบ ( 5 ’ - CGC ccg ccg CGC CCC gcg CCC ggc ccg ccg CCC ccg CCC c-3 School ) แนบกับ wbac1 รองพื้นตาม โลเปซ et al . ( 2003 ) ทั้งหมดของ PCR amplifications แสดงในเล่มสุดท้ายของμ 50 ลิตร บรรจุ 25 ลิตรμต้นแบบผสมเทคนิคพาณิชย์ ( ความฝันได้ดี fermentas , USA ) , 40 pmol ของส่งต่อรองพื้นด้วย GC Clamp 20 pmol ไพรเมอร์และกลับ 100 ng ตัวอย่างดีเอ็นเอและวงจรความร้อน ( tc-5000 ไล่ระดับความร้อนรอบ techne , UK ) เงื่อนไขคือโปรแกรมตามเดอเวโร et al . ( 2006 ) ผลิตภัณฑ์ขยายถูกตรวจสอบโดยวิธีอิเล็กโทรโฟรีซีสใน 2 % ( w / v ) เจลที่มีทิเดียมโบรไมด์และมองเห็นภายใต้แสงยูวีลําดับที่เฉพาะแยกผลิตภัณฑ์ PCR ถูกแสดงบน dcode TM สากลระบบตรวจหาการกลายพันธุ์ ( biorad , Hercules , USA ) โดยการใช้เจลอะคริลาไมด์ 1 มม. ( น้ำหนัก / ปริมาตร % [ 8 ] acrylamide – bisacrylamide 37.5:1 ) ที่มี 30% ถึง 60% ยูเรีย– Formamide ี่ลาด ( 100% สอดคล้องกับ 7 M ยูเรีย และ 40% [ w / v ] Formamide )วิธีทำที่อุณหภูมิ 60 องศาซี นแท buffer1 × ( 40 mmtris ฐาน 20mm กรดอะซิติกน้ำแข็ง 1 mM EDTA 0.5 M pH 8.0 และ dh2o ) ด้วยแรงดันคงที่ 150 V 60 °องศาเซลเซียสเป็นเวลา 4 ชั่วโมง หลังการทดลองอิเล็ก , เจลถูกแสดงภายใต้ transillumination UV ( 9000 , หมอเจล biorad ) หลังจากถูกย้อมด้วยสารละลายโบรไมด์คู่ ( 50 μ g / ml ) 20 นาที