A novel, sensitive locus-specific t

A novel, sensitive locus-specific touchdown-multiplex polymerase chain reaction (TMPCR), which is based on two-stage amplification pertaining to multiplex PCR and conditional touchdown strategy, was used in detecting and differentiating Vibrio cholerae serogroups. A panel of molecular marker-based TMPCR method generates reproducible profiles of V. cholerae-specific (588 bp) amplicons derived from ompW gene encoding the outer membrane protein and serogroup-specific amplicons, 364 bp for the O1 and 256 bp for the O139, authentically copied from rfb genes responsible for the lipopolysaccharide biosynthesis. The TMPCR amplification efficiency yields either equally or unequally detectable duplex DNA bands of the O1 (588 and 364 bp) and O139 (588 and 256 bp) or a DNA fragment of non-O1/non-O139 (588 bp) while providing no false positive identifications using the genomic DNA templates of the other vibrios and Enterobacteriaceae. The reciprocal analysis of two-template combinations demonstrated that, using V. cholerae O1, O139, or equally mixed O1 and O139, the TMPCR had a detection limit of as low as 100 pg of the O1, O139, or non-O1/non-O139 in reactions containing unequally or equally mixed gDNAs. In addition, the O serogroup-specific TMPCR method had 100% agreement with the serotyping method when examined for the serotyped V. cholerae reference strains and those recovered from clinical samples. The potential benefit of using this TMPCR tool would augment the serotyping method used in epidemiological surveillance and monitoring of V. cholerae serogroups, O1, O139, and non-O1/non-O139 present in clinical and environmental samples.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นวนิยาย พอลิเมอเรสมัลติเพล็กเหรียญเฉพาะทีสำคัญปฏิกิริยาลูกโซ่ (TMPCR), ซึ่งอ้างอิงขยายสองขั้นตอนเกี่ยวกับการ multiplex PCR และกลยุทธ์เหรียญแบบมีเงื่อนไข ถูกใช้ในการตรวจจับ และเค็ม cholerae serogroups แตกต่าง แผงของ TMPCR วิธีใช้เครื่องหมายโมเลกุลสร้างข้อมูลจำลองของ V. cholerae เฉพาะ (588 bp) amplicons มาจากยีน ompW การเข้ารหัสด้านนอกเยื่อหุ้มเซลล์โปรตีนและ serogroup เฉพาะ amplicons, 364 bp O1 และ 256 bp สำหรับ O139 คัดลอกจากยีน rfb สังเคราะห์ lipopolysaccharide ไถ่ TMPCR ขยายประสิทธิภาพให้แถบดีเอ็นเอสองอย่างเท่าเทียมกัน หรือ unequally สามารถตรวจสอบได้ O1 (588 364 bp) และ O139 (bp 588 และ 256) หรือส่วนดีเอ็นเอของปลอด-O1/ปลอด-O139 (588 bp) ในขณะที่ให้รหัสไม่บวกเท็จโดยใช้ต้นแบบ DNA ออก vibrios หรือ Enterobacteriaceae อื่น ๆ วิเคราะห์ซึ่งกันและกันของชุดแม่แบบสองแสดงให้เห็นว่า ใช้ V. cholerae O1, O139 หรือเท่า ๆ กัน ผสม O1 และ O139, TMPCR ที่มีขีดจำกัดการตรวจจับของต่ำสุด 100 pg O1, O139 หรือไม่-O1/ปลอด-O139 ในปฏิกิริยาที่ประกอบด้วย unequally หรือ gDNAs ผสม นอกจากนี้ วิธีการ TMPCR เฉพาะ serogroup O มีข้อตกลง 100% ด้วยวิธี serotyping เมื่อตรวจสอบสำหรับการ serotyped V. cholerae อ้างอิง สายพันธุ์และผู้กู้คืนจากตัวอย่างที่ทางคลินิก ประโยชน์ของการใช้เครื่องมือ TMPCR นี้อาจจะเสริมวิธี serotyping ที่ใช้ในการเฝ้าระวังทางระบาดวิทยา และการตรวจสอบของ V. cholerae serogroups, O1, O139 และปลอด-O1/ปลอด-O139 ปัจจุบันในตัวอย่างทางการแพทย์ และสิ่งแวดล้อม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นวนิยายที่สำคัญเชื่ออำนาจเฉพาะทัชดาวน์ multiplex (Polymerase Chain Reaction TMPCR) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับสองขั้นตอนที่เกี่ยวข้องกับการใช้เครื่องขยายเสียง multiplex PCR และกลยุทธ์การดาว์นเงื่อนไขถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบและความแตกต่างของเชื้อ Vibrio cholerae serogroups แผงของเครื่องหมายที่ใช้วิธีการ TMPCR โมเลกุลสร้างโปรไฟล์ของทำซ้ำ V. cholerae เฉพาะ (588 bp) amplicons มาจากยีน ompW เข้ารหัสโปรตีนเยื่อหุ้มชั้นนอกและ amplicons serogroup เฉพาะ 364 bp สำหรับ O1 และ 256 bp สำหรับ O139, คัดลอกแท้จริงจากยีน RFB รับผิดชอบในการสังเคราะห์ lipopolysaccharide TMPCR อัตราผลตอบแทนที่มีประสิทธิภาพการขยายอย่างใดอย่างหนึ่งอย่างเท่าเทียมกันหรือตรวจพบอย่างไม่มีที่เปรียบเพล็กซ์วงดนตรีดีเอ็นเอของ O1 (588 และ 364 bp) และ O139 (5​​88 และ 256 bp) หรือชิ้นดีเอ็นเอไม่ใช่ O1 / Non-O139 (5​​88 พี) ในขณะที่ให้ไม่มีเท็จ ระบุในเชิงบวกโดยใช้แม่แบบดีเอ็นเอของวิบิโออื่น ๆ และ Enterobacteriaceae การวิเคราะห์ซึ่งกันและกันของการรวมกันสองแม่แบบแสดงให้เห็นว่าการใช้ V. cholerae O1, O139 หรือผสมเท่าเทียมกัน O1 และ O139 ที่ TMPCR มีขีด จำกัด ของการตรวจสอบของที่ต่ำเป็น 100 PG ของ O1, O139, หรือไม่ O1 / ไม่ใช่ -O139 ในปฏิกิริยาที่มีอย่างไม่มีที่เปรียบหรือ gDNAs ผสมเท่าเทียมกัน นอกจากนี้ O serogroup เฉพาะวิธี TMPCR มีสัญญา 100% ด้วยวิธี serotyping เมื่อตรวจสอบสำหรับ serotyped V. cholerae สายพันธุ์อ้างอิงและผู้ที่หายจากตัวอย่างทางคลินิก ประโยชน์ที่อาจเกิดขึ้นจากการใช้เครื่องมือ TMPCR นี้จะเพิ่มวิธี serotyping ที่ใช้ในการเฝ้าระวังทางระบาดวิทยาและการตรวจสอบของ V. cholerae serogroups, O1, O139 และไม่ใช่ O1 / Non-O139 อยู่ในตัวอย่างทางคลินิกและสิ่งแวดล้อม