16S rRNA gene profiling has revolut

16S rRNA gene profiling has revolutionized the field of microbial ecology. Many researchers in various fields have embraced this technology to investigate bacterial compositions of samples derived from many different ecosystems. However, it is important to acknowledge the current limitations and drawbacks of 16S rRNA gene profiling. Although sample handling, DNA extraction methods and the choice of universal 16S rRNA gene PCR primers are well known factors that could seriously affect the final results of microbiota profiling studies, inevitable amplification artifacts, such as chimera formation and PCR competition, are seldom appreciated. Here we report on a novel micelle based amplification strategy, which overcomes these limitations via the clonal amplification of targeted DNA molecules. Our results show that micelle PCR drastically reduces chimera formation by a factor of 38 (1.5% vs. 56.9%) compared with traditional PCR, resulting in improved microbial diversity estimates. In addition, compartmentalization during micelle PCR prevents PCR competition due to unequal amplification rates of different 16S template molecules, generating robust and accurate 16S microbiota profiles required for comparative studies (e.g. longitudinal surveys).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

16S rRNA ยีนสร้างโพรไฟล์มี revolutionized ด้านนิเวศวิทยาจุลินทรีย์ นักวิจัยจำนวนมากในเขตต่าง ๆ ได้กอดเทคโนโลยีตรวจสอบแบคทีเรียองค์ตัวอย่างที่มาจากระบบนิเวศที่แตกต่างกันมาก อย่างไรก็ตาม มันจะต้องยอมรับปัจจุบันข้อจำกัดและข้อเสียของ 16S rRNA ยีนสร้างโพรไฟล์ แม้ว่าการจัดการตัวอย่าง วิธีการสกัดดีเอ็นเอ และทางเลือกของไพรเมอร์สากล 16S rRNA ยีน PCR จะรู้จักปัจจัยที่สามารถอย่างจริงจังได้ส่งผลกระทบต่อผลลัพธ์สุดท้ายของการสร้างโพรไฟล์การศึกษา microbiota ขยายหลีกเลี่ยงวัตถุ ชิเมร่าก่อตัวและการแข่งขัน PCR จะไม่ใคร่นิยม ที่นี่เรารายงานเกี่ยวกับนวนิยาย micelle โดยขยายกลยุทธ์ ที่ overcomes ข้อจำกัดเหล่านี้ผ่านขยาย clonal ของโมเลกุลดีเอ็นเอเป้าหมาย ผลของเราแสดงว่า micelle PCR ช่วยลดชิเมร่าก่อตัว โดยตัวของ 38 (1.5% เทียบกับ 56.9%) เมื่อเทียบกับ PCR ดั้งเดิม ผลการประเมินความหลากหลายทางชีวภาพจุลินทรีย์ปรับปรุง นอกจากนี้ compartmentalization ระหว่าง micelle PCR ทำให้ PCR แข่งขันเนื่องจากมีอัตราขยายไม่เท่ากันของโมเลกุลแบบต่าง ๆ 16S สร้างโพรไฟล์ microbiota 16S มีประสิทธิภาพ และถูกต้องที่จำเป็นสำหรับการศึกษาเปรียบเทียบ (เช่นสำรวจระยะยาว)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์ของยีน 16S rRNA มีการปฏิวัติด้านการนิเวศวิทยาของจุลินทรีย์ นักวิจัยหลายคนในด้านต่าง ๆ ได้นำเอาเทคโนโลยีนี้ในการตรวจสอบองค์ประกอบของตัวอย่างแบคทีเรียที่ได้รับจากระบบนิเวศที่แตกต่างกัน แต่ก็เป็นสิ่งสำคัญที่จะรับทราบข้อ จำกัด ในปัจจุบันและข้อเสียของ 16S rRNA ยีนโปรไฟล์ แม้ว่าการจัดการตัวอย่างวิธีการสกัดดีเอ็นเอและทางเลือกของสากล 16S rRNA ไพรเมอร์ PCR ของยีนที่เป็นปัจจัยที่รู้จักกันดีอย่างจริงจังที่อาจมีผลต่อผลสุดท้ายของการศึกษา microbiota profiling สิ่งประดิษฐ์ขยายหลีกเลี่ยงไม่ได้เช่นการสร้างความฝันและการแข่งขัน PCR จะไม่ค่อยชื่นชม ที่นี่เรารายงานเกี่ยวกับกลยุทธ์การขยายไมเซลล์ตามนวนิยายซึ่งเอาชนะข้อ จำกัด เหล่านี้ผ่านทางขยาย clonal ของโมเลกุลดีเอ็นเอการกำหนดเป้​​าหมาย ผลของเราแสดงให้เห็นว่าไมเซลล์ PCR ลดฮวบก่อความฝันโดยปัจจัยที่ 38 (1.5% เทียบกับ 56.9%) เมื่อเทียบกับวิธี PCR แบบดั้งเดิมที่ดีขึ้นส่งผลให้ประมาณการความหลากหลายของจุลินทรีย์ นอกจากนี้ในระหว่างการ compartmentalization PCR ไมเซลล์ป้องกันไม่ให้การแข่งขัน PCR เนื่องจากอัตราการขยายที่ไม่เท่ากันของโมเลกุลที่แตกต่างกัน 16S แม่แบบสร้าง 16S ที่มีประสิทธิภาพและถูกต้องโปรไฟล์ microbiota ที่จำเป็นสำหรับการศึกษาเปรียบเทียบ (เช่นการสำรวจระยะยาว)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เบส 16S rRNA ยีนโปรไฟล์มีการปฏิวัติด้านนิเวศวิทยาของจุลินทรีย์ นักวิจัยหลายคนในด้านต่างๆ ได้ กอดเทคโนโลยีนี้เพื่อศึกษาองค์ประกอบของตัวอย่างที่ได้จากแบคทีเรียในระบบนิเวศที่แตกต่างกันมาก อย่างไรก็ตาม , มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะยอมรับปัจจุบันข้อจำกัดและข้อเสียของเบส 16S rRNA ยีนโปรไฟล์ แม้ว่าตัวอย่างในการจัดการวิธีการสกัดดีเอ็นเอและการเลือกเบส 16S rRNA ยีน PCR ไพรเมอร์สากลที่รู้จักกันดีปัจจัยที่อาจกระทบกับผลการศึกษาไมโครไบโ ้าโปรไฟล์ ซึ่งสามารถขยายวัตถุ เช่นการสร้างคิเมร่าและการแข่งขัน PCR , ชื่นชม น้อยมาก ที่นี่เรารายงานในไมเซลล์ใหม่กลยุทธ์ขยายฐานที่เอาชนะข้อ จำกัด เหล่านี้ผ่านการขยายรูปแบบของดีเอ็นเอของโมเลกุลเป้าหมาย ผลของเราแสดงให้เห็นว่าไมเซลล์ PCR หั่นแหลกลดคิเมร่าเกิดโดยปัจจัย 38 ( 1.5% และ 56.9 % ) เมื่อเทียบกับวิธีดั้งเดิม ส่งผลให้เพิ่มความหลากหลายของจุลชีพประมาณการ นอกจากนี้เรื่องการควบคุมอารมณ์ในไมเซลล์และป้องกันการแข่งขันเนื่องจากไม่เท่ากัน ( อัตราแตกต่างกันใช้แม่แบบโมเลกุล PCR , การสร้างที่แข็งแกร่งและแม่นยำ ( ไมโครไบโ ้าโปรไฟล์ที่จำเป็นสำหรับการศึกษาเปรียบเทียบ ( เช่นตามยาวการสำรวจ )