BackgroundThe passion fruit (Passif

Background
The passion fruit (Passiflora edulis) is a tropical crop of economic importance both for juice production and consumption as fresh fruit. The juice is also used in concentrate blends that are consumed worldwide. However, very little is known about the genome of the species. Therefore, improving our understanding of passion fruit genomics is essential and to some degree a pre-requisite if its genetic resources are to be used more efficiently. In this study, we have constructed a large-insert BAC library and provided the first view on the structure and content of the passion fruit genome, using BAC-end sequence (BES) data as a major resource.
Results
The library consisted of 82,944 clones and its levels of organellar DNA were very low. The library represents six haploid genome equivalents, and the average insert size was 108 kb. To check its utility for gene isolation, successful macroarray screening experiments were carried out with probes complementary to eight Passiflora gene sequences available in public databases. BACs harbouring those genes were used in fluorescent in situ hybridizations and unique signals were detected for four BACs in three chromosomes (n = 9). Then, we explored 10,000 BES and we identified reads likely to contain repetitive mobile elements (19.6% of all BES), simple sequence repeats and putative proteins, and to estimate the GC content (~42%) of the reads. Around 9.6% of all BES were found to have high levels of similarity to plant genes and ontological terms were assigned to more than half of the sequences analysed (940). The vast majority of the top-hits made by our sequences were to Populus trichocarpa (24.8% of the total occurrences), Theobroma cacao (21.6%), Ricinus communis (14.3%), Vitis vinifera (6.5%) and Prunus persica (3.8%).
Conclusions
We generated the first large-insert library for a member of Passifloraceae. This BAC library provides a new resource for genetic and genomic studies, as well as it represents a valuable tool for future whole genome study. Remarkably, a number of BAC-end pair sequences could be mapped to intervals of the sequenced Arabidopsis thaliana, V. vinifera and P. trichocarpa chromosomes, and putative collinear microsyntenic regions were identified.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นหลังเสาวรส (Passiflora edulis) เป็นพืชเขตร้อนความสำคัญทางเศรษฐกิจทั้งการผลิตน้ำบริโภคเป็นผลไม้สด น้ำที่ใช้ในผสมเข้มข้นที่ใช้ทั่วโลก อย่างไรก็ตาม น้อยมากเป็นที่รู้จักกันเกี่ยวกับกลุ่มของสายพันธุ์ ดังนั้น ปรับปรุงความเข้าใจของเราของ genomics เสาวรสเป็นสิ่งจำเป็น และบางส่วนถ้าจำเป็นก่อนทรัพยากรพันธุกรรมที่ใช้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในการศึกษานี้ เรามีสร้างรีบัคใหญ่แทรก และให้มุมมองแรกในโครงสร้างและเนื้อหาของกลุ่มผลไม้ ใช้บัคสิ้นสุดลำดับ (ด้านข้าง) ข้อมูลเป็นทรัพยากรที่สำคัญผลลัพธ์ไลบรารีประกอบด้วยโคลน 82,944 และระดับของเอ็น organellar ถูกมาก รี 6 จีโนม haploid เทียบเท่า และ 108 kb มีขนาดเฉลี่ยแทรกนั้น การตรวจสอบของโปรแกรมอรรถประโยชน์การแยกยีน ทดลองตรวจ macroarray ประสบความสำเร็จได้ดำเนินการกับคลิปปากตะเข้เสริมการแปด Passiflora ยีนลำดับในฐานข้อมูลสาธารณะ BACs harbouring ยีนเหล่านั้นถูกใช้ใน hybridizations ใน situ เรืองแสง และตรวจพบสัญญาณเฉพาะสำหรับ BACs chromosomes สามในสี่ (n = 9) เราสำรวจด้านข้าง 10000 แล้วเราระบุน่าจะ มีองค์ประกอบมือถือซ้ำ (19.6% ของทั้งหมดด้านข้าง), ทำซ้ำลำดับโปรตีน putative และประเมินเนื้อหา GC (~ 42%) ของผู้อ่านอ่าน ประมาณ 9.6% ของด้านข้างทั้งหมดพบมีระดับสูงของคล้ายพืชยีนและเงื่อนไขโต้ถูกกำหนดมากกว่าครึ่งหนึ่งของลำดับที่ analysed (940) ฮิตยอดนิยมในที่โดยลำดับของเราส่วนใหญ่มีการ Populus trichocarpa (24.8% เหตุการณ์รวม), Theobroma cacao (21.6%), Ricinus communis (14.3%), Vitis vinifera (6.5%) และนาง persica (3.8%)บทสรุปเราสามารถสร้างไลบรารีขนาดใหญ่แทรกแรกสำหรับสมาชิกของ Passifloraceae ไลบรารีนี้บัคทางทรัพยากรใหม่ศึกษาพันธุกรรม และ genomic เป็นที่แสดงเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการศึกษาจีโนมในอนาคตทั้ง อย่างยิ่ง จำนวนบัคท้ายคู่ลำดับไม่ถูกแมปไปช่วง thaliana Arabidopsis การตามลำดับ V. vinifera และ chromosomes P. trichocarpa และ putative collinear microsyntenic ภูมิภาคระบุ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประวัติความเป็นผลไม้ที่ความรัก (เสาวรส) เป็นพืชเขตร้อนของความสำคัญทางเศรษฐกิจทั้งในการผลิตและการบริโภคน้ำผลไม้เป็นผลไม้สด
น้ำผลไม้ยังใช้ในการผสมอาหารข้นที่มีการบริโภคทั่วโลก แต่น้อยมากที่เป็นที่รู้จักกันเกี่ยวกับจีโนมของสายพันธุ์ ดังนั้นการปรับปรุงความเข้าใจของเราฟังก์ชั่นเสาวรสเป็นสิ่งจำเป็นและในระดับก่อนจำเป็นถ้าทรัพยากรพันธุกรรมของมันจะถูกนำมาใช้อย่างมีประสิทธิภาพ ในการศึกษาครั้งนี้เราได้สร้างห้องสมุดขนาดใหญ่แทรกบัคและให้มุมมองแรกเกี่ยวกับโครงสร้างและเนื้อหาของจีโนมเสาวรสใช้ลำดับบัคเอนด์ (บีอีเอส) ข้อมูลเป็นทรัพยากรที่สำคัญ.
ผลห้องสมุดประกอบด้วย 82,944 โคลน และระดับดีเอ็นเอ organellar ที่อยู่ในระดับต่ำมาก
ห้องสมุดแสดงถึงหกเทียบเท่าจีโนมเดี่ยวและขนาดแทรกเฉลี่ย 108 กิโลไบต์ ในการตรวจสอบยูทิลิตี้สำหรับการแยกยีนที่ประสบความสำเร็จการทดลองการคัดกรอง macroarray ได้ดำเนินการกับฟิวส์ประกอบกับแปด Passiflora ลำดับยีนที่มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะ BACS เก็บงำยีนเหล่านั้นถูกนำมาใช้ในการเรืองแสงใน hybridizations แหล่งกำเนิดและสัญญาณที่ไม่ซ้ำกันได้รับการตรวจพบสี่ BACS ในสามของโครโมโซม (n = 9) จากนั้นเราจะสำรวจ 10,000 บีอีเอสและเราระบุอ่านมีแนวโน้มที่จะมีองค์ประกอบมือถือที่ซ้ำ ๆ (19.6% ของบีอีเอสทั้งหมด) ซ้ำลำดับที่เรียบง่ายและโปรตีนสมมุติและการประมาณเนื้อหา GC (~ 42%) ของผู้อ่าน รอบ 9.6% ของบีอีเอสทั้งหมดถูกพบว่ามีระดับสูงของความคล้ายคลึงกันที่จะปลูกยีนและเงื่อนไข ontological ได้รับมอบหมายให้มากกว่าครึ่งหนึ่งของลำดับการวิเคราะห์ (940) ส่วนใหญ่ของยอดฮิตที่ทำโดยลำดับของเราจะ Populus trichocarpa (24.8% ของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นทั้งหมด) โกโก้ Theobroma (21.6%) Ricinus communis (14.3%) Vitis vinifera (6.5%) และ Prunus persica (3.8 %).
สรุปเราสร้างห้องสมุดขนาดใหญ่แทรกเป็นครั้งแรกสำหรับสมาชิกของ Passifloraceae
ห้องสมุดบัคนี้จะให้ทรัพยากรใหม่สำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมและจีโนมเช่นเดียวกับมันเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการศึกษาทั้งจีโนมในอนาคต ที่น่าสังเกตจำนวนของคู่ลำดับ BAC สิ้นอาจจะแมปไปยังช่วงเวลาของ Arabidopsis thaliana ติดใจโวลต์ vinifera พีโครโมโซม trichocarpa และภูมิภาคสมมุติ microsyntenic collinear ถูกระบุ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลัง
เสาวรส ( เสาวรส ) เป็นพืชในเขตร้อนที่สำคัญทางเศรษฐกิจทั้งการผลิตและการบริโภค เช่น น้ำผลไม้ ผลไม้สด น้ำยังใช้ในอาหารข้นผสมที่ใช้ได้ทั่วโลก แต่น้อยมากที่เป็นที่รู้จักกันเกี่ยวกับพันธุกรรมของสายพันธุ์ ดังนั้นเพิ่มความเข้าใจของเราของเสาวรส Genomics เป็นสิ่งจำเป็นและบางครั้งก่อนจำเป็นถ้าทรัพยากรพันธุกรรมของมันจะถูกใช้อย่างมีประสิทธิภาพ ในการศึกษานี้ เราจะสร้างห้องสมุดขนาดใหญ่แทรก BAC และให้มุมมองแรกในโครงสร้างและเนื้อหาของเสาวรส ( จบ BAC ( BES ) การลำดับข้อมูลเป็นทรัพยากรหลัก ผล

ห้องสมุด จำนวน 82944 โคลนและระดับของ organellar ดีเอ็นเอกันน้อยมาก ห้องสมุดเป็นหกส่วนพันธุกรรมโครโมโซม และแทรกเฉลี่ยขนาด 108 KB ตรวจสอบยูทิลิตี้สำหรับการแยกยีน ประสบความสำเร็จ macroarray คัดกรองการทดลองกับฟิวส์ประกอบแปดเพดานพัดยีน ลำดับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะbacs กับยีนที่ใช้ใน hybridizations เรืองแสงในแหล่งกำเนิดและสัญญาณเฉพาะพบสี่ bacs 3 โครโมโซม ( N   =   9 ) จากนั้นให้เราสำรวจ 10 , 000 คนและเราระบุว่ามีแนวโน้มที่จะมีองค์ประกอบมือถือซ้ำ ( 19.6 % ของทั้งหมดมี ) ทำซ้ำลำดับกรดอะมิโนและโปรตีนอย่างง่าย และประมาณการ GC content ( ~ 42% ) ของคนอ่าน รอบ 96 เปอร์เซ็นต์ของคน พบว่ามีความเหมือนกับยีนพืชในระดับสูงและเงื่อนไขภววิทยา ได้รับมากกว่าครึ่งหนึ่งของลำดับข้อมูล ( 940 ) ส่วนใหญ่ของยอดฮิตที่ทำโดยลำดับของเราเป็นคน trichocarpa ( 24.8% ของเหตุการณ์ทั้งหมด ) , Theobroma cacao ( 21.6 % ) ricinus communis ( 14.3% ) , องุ่น vinifera ( 6.5% ) และการทดสอบความเป็นศาสนา ( 3.8% ) .

สรุปเราสร้างแรกขนาดใหญ่ใส่ห้องสมุดสำหรับสมาชิกของ passifloraceae . ห้องสมุดบัคนี้มีทรัพยากรใหม่สำหรับทางพันธุกรรมจีโนม และการศึกษา ตลอดจนเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับอนาคต โดยศึกษา อย่างน่าทึ่ง , จํานวนของบั๊กจบคู่ลำดับสามารถแมปไปยังช่วงของลำดับ Arabidopsis thaliana V vinifera และ P . trichocarpa โครโมโซมซึ่ง collinear microsyntenic และภูมิภาคมีการระบุ .