For our dating analyses, we added samples of an additional 10
primate taxa to our alignment of NAD5, NAD6, and cytochrome B
coding regions, including another four platyrrhines (Aotus, Saimiri,Callithrix, and Saguinus), three cercopithecoids (Theropithecus,
Papio, and Macaca), two hominoids (Pan and Homo), and Tarsius
(Table 2). We used the software BEAUTi v1.8.0 (Drummond and
Rambaut, 2007) to create the XML input files used by BEAST. For
those inputs, we constrained the phylogenetic relationships among
the taxa in the alignment to be those well documented in many
other studies of primate evolutionary history (e.g., Perelman
et al., 2011; Pozzi et al., 2014). Thus, we set Pan and Homo as sister
taxa; Papio and Theropithecus as sister taxa; Hominoidea and
Cercopithecoidea as sister clades; Catarrhini and Platyrrhini as
sister clades; and Tarsius as the sister taxon to all anthropoids.
Additionally, within the platyrrhines, we constrained
cebids (Aotus + Cebus + Saimiri + Callithrix + Saguinus), callitrichines
(Callithrix + Saguinus), atelids (Alouatta + Lagothrix + Ateles), atelines
(Lagothrix + Ateles), and Ateles all as monophyletic. Finally,
based on the results of our maximum likelihood and Bayesian
phylogenetic analyses of the 27-taxon alignment (see below), we
constrained certain relationships within Ateles to also be monophyletic,
including A. fusciceps + A. geoffroyi and A. belzebuth + A.
chamek. However, because our different phylogenetic analyses suggested
somewhat different relationships among A. fusciceps + A.
geoffroyi, A. paniscus, A. hybridus, and A. belzebuth + A. chamek, we
imposed no monophyly constraints on combinations of those taxa.
For our dating analyses, we added samples of an additional 10primate taxa to our alignment of NAD5, NAD6, and cytochrome Bcoding regions, including another four platyrrhines (Aotus, Saimiri,Callithrix, and Saguinus), three cercopithecoids (Theropithecus,Papio, and Macaca), two hominoids (Pan and Homo), and Tarsius(Table 2). We used the software BEAUTi v1.8.0 (Drummond andRambaut, 2007) to create the XML input files used by BEAST. Forthose inputs, we constrained the phylogenetic relationships amongthe taxa in the alignment to be those well documented in manyother studies of primate evolutionary history (e.g., Perelmanet al., 2011; Pozzi et al., 2014). Thus, we set Pan and Homo as sistertaxa; Papio and Theropithecus as sister taxa; Hominoidea andCercopithecoidea as sister clades; Catarrhini and Platyrrhini assister clades; and Tarsius as the sister taxon to all anthropoids.Additionally, within the platyrrhines, we constrainedcebids (Aotus + Cebus + Saimiri + Callithrix + Saguinus), callitrichines(Callithrix + Saguinus), atelids (Alouatta + Lagothrix + Ateles), atelines(Lagothrix + Ateles), and Ateles all as monophyletic. Finally,based on the results of our maximum likelihood and Bayesianphylogenetic analyses of the 27-taxon alignment (see below), weconstrained certain relationships within Ateles to also be monophyletic,including A. fusciceps + A. geoffroyi and A. belzebuth + A.chamek. However, because our different phylogenetic analyses suggestedsomewhat different relationships among A. fusciceps + A.geoffroyi, A. paniscus, A. hybridus, and A. belzebuth + A. chamek, weimposed no monophyly constraints on combinations of those taxa.
การแปล กรุณารอสักครู่..
สำหรับการวิเคราะห์ของเราเดทเราเพิ่มจำนวนอีก 10
ลิงซ่ากับแนวของเรา nad5 nad6 , และไซโตโครม b
รหัสภูมิภาค รวมถึงอีก 4 platyrrhines ( aotus saimiri callithrix , , , และ saguinus ) , สาม cercopithecoids ( theropithecus
papio , และ macaca ) สอง hominoids ( กระทะและโฮโม ) และ tarsius
( ตารางที่ 2 ) เราใช้ซอฟต์แวร์ v1.8.0 บิวตี้ ( ดรัมมอนด์และ rambaut
,2007 ) ในการสร้าง XML ไฟล์เข้าใช้โดยสัตว์ สำหรับ
ปัจจัยเหล่านั้น เราจำกัดการยืนยันความสัมพันธ์ระหว่าง
ซ่าในการเป็นผู้จัดดีในมากของลิงวิวัฒนาการประวัติศาสตร์
การศึกษาอื่น ๆ ( เช่น เพเรลแมน
et al . , 2011 ; pozzi et al . , 2010 ) ดังนั้นเราจึงตั้งกระทะและโฮโมน้องสาว
papio theropithecus ซ่า ; และเป็นพี่สาวและเอปและ
;cercopithecoidea เป็น clades น้องสาว ; catarrhini platyrrhini
clades และเป็นน้องสาว และ tarsius เป็นน้องสาวชนิดทั้งหมดแอนโธรพอยด์ .
นอกจากนี้ ภายใน platyrrhines เราบังคับ
cebids ( aotus cebus saimiri callithrix saguinus ) callitrichines
( callithrix saguinus ) atelids ( alouatta lagothrix ateles ) atelines
( lagothrix ateles ) ateles ทั้งหมดเป็น monophyletic . ในที่สุด
ขึ้นอยู่กับผลของความน่าจะเป็นสูงสุดของเราและคชกรรมการวิเคราะห์ phylogenetic
27 ชนิดแนว ( ดูด้านล่าง ) เรา
บังคับความสัมพันธ์ภายใน ateles ยังต้อง monophyletic
รวมทั้ง . fusciceps . geoffroyi , และ belzebuth .
chamek . แต่เนื่องจากการวิเคราะห์ของเราที่แตกต่าง ซึ่งมีความสัมพันธ์ค่อนข้างแตกต่างระหว่าง fusciceps
. .
geoffroyi Apaniscus อ. hybridus และ . belzebuth . chamek ที่กําหนด ไม่มีข้อจำกัด เรา
monophyly บนชุดของซ่า .
การแปล กรุณารอสักครู่..