The gram-negative bacterium Xylella

The gram-negative bacterium Xylella fastidiosa (Xf) is the causal agent of Pierce's disease (PD) in grape as well as diseases of many fruit and ornamental plants. The current molecular breeding efforts have identified genetic basis of PD resistance in grapes. However, the transcriptome level characterization of the host response to this pathogen is lacking.


Results

Twelve tissue specific subtractive suppression hybridization (SSH) cDNA libraries derived from a time course sampling scheme were constructed from stems, leaves and shoots of PD resistant and susceptible sibling genotypes (V. rupestris × V. arizonica) in response to Xf infection. A total of 5,794 sequences were obtained from these cDNA libraries from which 993 contigs and 949 singletons were derived. Using Gene Ontology (GO) hierarchy, the non-redundant sequences were classified into the three principal categories: molecular function (30%), cellular components (9%) and biological processes (7%). Comparative analysis found variations in EST expression pattern between infected and non-infected PD resistant and PD susceptible grape genotypes. Among the three tissues, libraries from stem tissues showed significant differences in transcript quality suggesting their important role in grape-Xylella interaction.


Conclusion

This study constitutes the first attempt to characterize the Vitis differential transcriptome associated with host-pathogen interactions from different explants and genotypes. All the generated ESTs have been submitted to GenBank and are also available through our website for further functional studies

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แบคทีเรียแกรมลบ Xylella fastidiosa (Xf) เป็นสาเหตุของการเกิดโรคของเพียร์ซ (PD) ในองุ่นเช่นเดียวกับโรคของผลไม้จำนวนมากและไม้ประดับ ความพยายามในการปรับปรุงพันธุ์โมเลกุลในปัจจุบันมีการระบุพื้นฐานทางพันธุกรรมของความต้านทาน PD ในองุ่น แต่ตัวละครระดับยีนของการตอบสนองเป็นเจ้าภาพการติดเชื้อนี้จะขาด. ผลสิบสองเนื้อเยื่อเฉพาะพันธุ์ปราบปรามลด (SSH) ห้องสมุด cDNA ที่ได้มาจากการสุ่มตัวอย่างเวลาโครงการหลักสูตรได้รับการสร้างขึ้นมาจากลำต้นใบและยอดของ PD ทนและยีนพี่น้องอ่อนแอ (V. rupestris × arizonica โวลต์) ในการตอบสนองต่อการติดเชื้อ Xf รวมของ 5794 ลำดับที่ได้รับจากเหล่านี้ห้องสมุด cDNA ที่ 993 และ 949 contigs singletons ได้มา ใช้ยีนอภิปรัชญา (GO) ลำดับชั้นลำดับที่ไม่ซ้ำซ้อนถูกแบ่งออกเป็นสามประเภทหลักคือฟังก์ชั่นในระดับโมเลกุล (30%), ชิ้นส่วนโทรศัพท์มือถือ (9%) และกระบวนการทางชีวภาพ (7%) การวิเคราะห์เปรียบเทียบพบการเปลี่ยนแปลงในรูปแบบการแสดงออก EST ระหว่างที่ติดเชื้อและไม่ติดเชื้อ PD ทนและ PD องุ่นสายพันธุ์อ่อนแอ หนึ่งในสามเนื้อเยื่อห้องสมุดต้นกำเนิดจากเนื้อเยื่อที่แสดงให้เห็นความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในด้านคุณภาพหลักฐานชี้ให้เห็นบทบาทสำคัญของพวกเขาในการปฏิสัมพันธ์องุ่น Xylella. สรุปการศึกษาครั้งนี้ถือเป็นความพยายามครั้งแรกที่จะอธิบายลักษณะยีนที่แตกต่างกัน Vitis ที่เกี่ยวข้องกับการมีปฏิสัมพันธ์โฮสต์เชื้อจากชิ้นส่วนที่แตกต่างกันและยีน ทั้งหมด ESTs สร้างได้ถูกส่งไปยัง GenBank และนอกจากนี้ยังมีผ่านทางเว็บไซต์ของเราสำหรับการศึกษาการทำงานต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แบคทีเรียแกรมลบ xylella fastidiosa ( XF ) เป็นตัวแทนสาเหตุของโรคเพียร์ซ ( PD ) องุ่น รวมทั้งโรคของไม้ผลและไม้ประดับมากมาย . ปัจจุบันมีความพยายามระบุโมเลกุลพื้นฐานทางพันธุกรรมของพันธุ์ต้านทานใน PD องุ่น อย่างไรก็ตาม ระดับทราน ริปโตมคุณสมบัติของโฮสต์ที่ตอบสนองต่อเชื้อโรคนี้ขาด




ผลสิบสองเนื้อเยื่อเฉพาะใช้การปราบปราม hybridization ( SSH ) cDNA ห้องสมุดมาจากเวลาหลักสูตรโครงการจำนวนสร้างจากลำต้น ใบ และยอดของ PD ทนไวพี่น้องพันธุ์ ( V rupestris ×โวลต์ arizonica ) ในการตอบสนองต่อการติดเชื้อ XF . รวม 5ถ้าลำดับได้จากห้องสมุด cDNA เหล่านี้จากที่ 993 และ singletons สูงต่อได้ . การใช้ยีนอภิปรัชญา ( ไป ) ลำดับชั้น ไม่ซ้ำซ้อน ลำดับแบ่งออกเป็นสามประเภทหลัก : ฟังก์ชันโมเลกุล ( 30% ) , ส่วนประกอบของเซลล์ ( 9% ) และกระบวนการทางชีวภาพ ( 7% )การวิเคราะห์เปรียบเทียบพบว่า การเปลี่ยนแปลงในรูปแบบการแสดงออกระหว่าง EST ติดเชื้อและไม่ติดเชื้อ และป้องกัน PD PD พันธุ์องุ่นพันธุ์ . ระหว่างสามห้องสมุดจากเนื้อเยื่อ เนื้อเยื่อลำต้นจะเห็นความแตกต่างในคุณภาพบริการแนะนำบทบาทที่สำคัญในการ xylella องุ่น




สรุปการศึกษานี้ถือเป็นความพยายามครั้งแรกที่จะอธิบายองุ่นอนุพันธ์ทราน ริปโตมเกี่ยวข้องกับโฮสต์ของเชื้อโรคจากอาหารที่แตกต่างกันและเปรียบเทียบ . ทั้งหมดที่สร้างขึ้นได้ถูกส่งไปยังฐานข้อมูลขนาดและยังใช้ได้ผ่านเว็บไซต์ของเรา เพื่อศึกษาเพิ่มเติมการทำงาน