DNA BARCODIING OF THE FUNGAL GENUS

DNA BARCODIING OF THE FUNGAL GENUS PHOMA FROM NEW ZEALAND
HO, W. (1), Pan, K. (1), Bills, G. (1), Alexander, B. (1)
(1) Plant Health and Environment Laboratory, Ministry of Agriculture and Forestry, Auckland, New Zealand


Parallel Talk, Role of Barcoding in Quarantine Applications and Regulations, Napier LG28, Saturday, 9:30 to 9:45


The New Zealand Ministry of Agriculture and Forestry, Plant Health & Environment Laboratory (PHEL) is responsible for the identification of new and exotic plant pests and diseases that may be damaging to the country’s primary industries and environment. The PHEL has developed a DNA barcoding system using the fungal group Phoma as a model for the identification of pests and diseases of biosecurity concern. Phoma species can cause root rots, stem cankers, leaf spots or severe blights on a wide range of plant hosts, including economically important crops. These fungi are regularly detected during surveillance and from samples intercepted at the border or in quarantine. Therefore, a rapid method is required to identify exotic species.

The PHEL has compiled a barcode database comprising DNA sequences from the internal transcribed spacer regions, the actin gene, and the beta-tubulin gene. Around 800 sequences were generated from 320 Phoma isolates that were collected from culture collections in New Zealand. In addition, over 800 authentic sequences from type or representative specimens have been selected from around 2,000 published sequences.

Using the barcode database, 80% of the 320 isolates were identified to species level; the species names of 44% of the isolates were confirmed as correct, 10% were identified as a different species from their original identification and 25% of the isolates previously identified only to genus level (Phoma sp.) were identified to species. In addition, 32 isolates were identified as belonging to 14 Phoma or closely-related species that had not been reported in New Zealand previously.

The barcode database complements the morphological identification technique used for plant pathogenic fungi and has been demonstrated to accurately identify surveillance samples. The barcoding process is being extended to other groups of plant pests and diseases for rapid and accurate identification.


Keywords: Fungi, Quarantine/Plant Protection, Disease Vectors/Pathogens/Parasites

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

BARCODIING ดีเอ็นเอของ PHOMA สกุลเชื้อราจากนิวซีแลนด์โฮ ปริมาณ (1), แพน คุณ (1) ตั๋ว กรัม (1) อเล็กซานเดอร์ B. (1)(1) พืชสุขภาพ และห้องปฏิบัติการสิ่งแวดล้อม กระทรวงเกษตร และ ป่าไม้ โอ๊คแลนด์ นิวซีแลนด์พูดคุยแบบขนาน บทบาทของซอฟต์แวร์ในการตรวจสอบใบสมัครและข้อบังคับ เปีย LG28 วันเสาร์ 9:30 9:45กระทรวงเกษตรนิวซีแลนด์ และป่าไม้ พืชสุขภาพ และสิ่งแวดล้อมปฏิบัติการ (PHEL) รับผิดชอบรหัสใหม่ และแปลกพืชศัตรูพืชและโรคที่อาจทำลายอุตสาหกรรมหลักของประเทศและสภาพแวดล้อม PHEL ได้พัฒนาระบบซอฟต์แวร์ดีเอ็นเอโดยใช้กลุ่มเชื้อรา Phoma เป็นแบบสำหรับรหัสของศัตรูพืชและโรคของ biosecurity กังวล พันธุ์ Phoma สามารถทำให้เกิดราก rots เกิด cankers ใบจุด หรือ blights อย่างรุนแรงบนความหลากหลายของพืชโฮสต์ รวมถึงพืชสำคัญทางเศรษฐกิจ เชื้อราเหล่านี้จะตรวจพบเป็นประจำใน ระหว่างการรักษาความปลอดภัย และ จากตัวอย่างที่ถูกสกัด ที่ขอบ หรือตรวจสอบ ดังนั้น วิธีการอย่างรวดเร็วจะต้องระบุสายพันธุ์แปลกใหม่PHEL ได้รวบรวมฐานข้อมูลเครื่องอ่านบาร์โค้ดประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอจากภูมิภาคเป็นตัวเว้นวรรคทับภายใน ยีนแอกติน และยีนเบต้า tubulin ลำดับที่ 800 รอบสร้างขึ้นจาก 320 Phoma แยกที่ถูกเก็บรวบรวมจากวัฒนธรรมชุดในใหม่นิวซีแลนด์ ลำดับการแท้กว่า 800 จาก specimens ชนิดหรือตัวแทนได้รับเลือกจากประกาศลำดับประมาณ 2000ใช้ฐานข้อมูลเครื่องอ่านบาร์โค้ด 80% ของแยก 320 ระบุระดับสายพันธุ์ สายพันธุ์ที่มียืนยันชื่อ 44% ของการแยกเป็นแก้ไข 10% ระบุเป็นชนิดที่แตกต่างจากรหัสต้นฉบับของพวกเขา และ 25% ของการแยกระบุไว้ก่อนหน้านี้ เฉพาะในระดับสกุล (Phoma sp.) ที่ระบุให้สปีชีส์ นอกจากนี้ แยก 32 ระบุเป็นของ 14 Phoma หรือสปีชีส์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่มีไม่มีการรายงานในนิวซีแลนด์ก่อนหน้านี้ฐานข้อมูลเครื่องอ่านบาร์โค้ดเสริมเทคนิคของรหัสที่ใช้สำหรับพืช pathogenic เชื้อรา และได้ถูกสาธิตถูกต้องระบุตัวอย่างเฝ้าระวัง การซอฟต์แวร์จะมีขยายกลุ่มอื่น ๆ ของพืชศัตรูพืชและโรคสำหรับรหัสอย่างรวดเร็ว และถูกต้องคำสำคัญ: เชื้อรา ป้องกันตรวจสอบสินค้า/โรงงาน โรคเวกเตอร์/โรค/ปรสิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

BARCODIING ดีเอ็นเอของเชื้อราสกุล PHOMA จากนิวซีแลนด์
HO, W. (1), แพนเค (1), ตั๋วเงินกรัม (1), อเล็กซานเดบี (1)
(1) อนามัยและสภาพแวดล้อมห้องปฏิบัติการ กระทรวงเกษตรและป่าไม้โอ๊คแลนด์นิวซีแลนด์พูดคุยขนานบทบาทของบาร์โค้ดในการประยุกต์ใช้งานกักกันและระเบียบเนเปียร์LG28, เสาร์, 9:30-09:45 นิวซีแลนด์กระทรวงเกษตรและป่าไม้พืชสุขภาพและสิ่งแวดล้อมในห้องปฏิบัติการ (PHEL ) เป็นผู้รับผิดชอบสำหรับบัตรประจำตัวของศัตรูพืชใหม่และแปลกใหม่และโรคที่อาจจะสร้างความเสียหายให้กับประเทศอุตสาหกรรมหลักและสิ่งแวดล้อม PHEL ได้มีการพัฒนาระบบบาร์โค้ดดีเอ็นเอโดยใช้กลุ่มเชื้อรา Phoma เป็นรูปแบบสำหรับการระบุของศัตรูพืชและโรคของความกังวลความปลอดภัยทางชีวภาพ ชนิด Phoma สามารถทำให้เกิดการเน่ารากเข้าเฝือกก้านใบจุดหรือ blights รุนแรงในช่วงกว้างของครอบครัวพืชรวมทั้งพืชเศรษฐกิจที่สำคัญ เชื้อราเหล่านี้จะถูกตรวจพบประจำในช่วงเฝ้าระวังและการขัดขวางจากตัวอย่างที่ชายแดนหรือในการกักกัน ดังนั้นวิธีการที่รวดเร็วจะต้องระบุชนิดที่แปลกใหม่. PHEL ได้รวบรวมฐานข้อมูลบาร์โค้ดประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอจากคัดลอกภายในภูมิภาค spacer ยีนโปรตีนและยีนเบต้า tubulin ประมาณ 800 ลำดับที่ถูกสร้างขึ้นจาก 320 Phoma แยกที่ถูกเก็บมาจากคอลเลกชันวัฒนธรรมในประเทศนิวซีแลนด์ . นอกจากนี้กว่า 800 ลำดับแท้จากประเภทหรือตัวอย่างที่เป็นตัวแทนได้รับการคัดเลือกจากทั่ว 2000 ตีพิมพ์ลำดับการใช้ฐานข้อมูลบาร์โค้ด, 80% ของ 320 สายพันธุ์ที่ถูกระบุถึงระดับสายพันธุ์; ชื่อสายพันธุ์ของ 44% ของสายพันธุ์ได้รับการยืนยันเป็นที่ถูกต้อง 10% ที่ถูกระบุว่าเป็นสายพันธุ์ที่แตกต่างจากบัตรประจำตัวเดิมของพวกเขาและ 25% ของเชื้อที่ระบุไว้ก่อนหน้านี้เท่านั้นในระดับสกุล (Phoma Sp.) ได้รับการระบุสายพันธุ์ นอกจากนี้ยังมี 32 สายพันธุ์ที่ถูกระบุว่าเป็น 14 Phoma หรือสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่ไม่ได้รับการรายงานในนิวซีแลนด์ก่อนหน้านี้. ฐานข้อมูลบาร์โค้ดเติมเต็มเทคนิคการระบุลักษณะทางสัณฐานวิทยาที่ใช้สำหรับพืชที่ทำให้เกิดโรคเชื้อราและได้รับการแสดงให้เห็นถึงตัวอย่างที่ถูกต้องระบุการเฝ้าระวัง กระบวนการบาร์โค้ดจะถูกขยายไปยังกลุ่มอื่น ๆ ของศัตรูพืชและโรคสำหรับประชาชนอย่างรวดเร็วและถูกต้อง. คำสำคัญ: เชื้อรากักกัน / การคุ้มครองพันธุ์พืชโรคเวกเตอร์ / จุลชีพก่อโรค / ปรสิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดีเอ็นเอของเชื้อรา barcodiing โฟมาสกุลจากนิวซีแลนด์
โฮ , W . ( 1 ) , กระทะ , K . ( 1 ) , ตั๋วเงิน , G . ( 1 ) , อเล็กซานเดอร์ บี ( 1 )
( 1 ) สุขภาพพืชและห้องปฏิบัติการสิ่งแวดล้อม , กระทรวงเกษตรและป่าไม้นิวซีแลนด์


ขนานพูด บทบาทของ barcoding ในการใช้งานกักกัน และกฎระเบียบ lg28 เนเปียร์ วันเสาร์ที่ 9 : 30 กับ 9 : 45


นิวซีแลนด์กระทรวงเกษตรและป่าไม้ห้องปฏิบัติการสิ่งแวดล้อม&สุขภาพพืช ( phel ) เป็นผู้รับผิดชอบในการกำหนดใหม่ที่แปลกใหม่และแมลงศัตรูพืชและโรคที่อาจจะสร้างความเสียหายให้กับประเทศหลักอุตสาหกรรมและสิ่งแวดล้อม การ phel ดีเอ็นเอ barcoding ได้พัฒนาระบบโดยใช้เชื้อรากลุ่มโฟมาเป็นนางแบบสำหรับการจำแนกชนิดของศัตรูพืชและโรคของออสเตรเลียเกี่ยวกับ โฟมาสายพันธุ์สามารถทำให้เกิดรากเน่า ,ต้น cankers blights , ใบจุด หรือรุนแรงในช่วงกว้างของครอบครัวของพืช รวมทั้งพืชที่สำคัญทางเศรษฐกิจ เชื้อราเหล่านี้เป็นประจำในการเฝ้าระวังและตรวจพบจากตัวอย่างได้ ที่ ชายแดน หรือในเขตกักกัน ดังนั้น วิธีที่รวดเร็วจะต้องระบุชนิดที่แปลกใหม่ .

การ phel ได้รวบรวมฐานข้อมูลบาร์โค้ดประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอจากภายในและ spacer ภูมิภาค , actin ยีนและเบต้าทูบูลินยีน ประมาณ 800 ลำดับถูกสร้างขึ้นจาก 320 โฟมาเชื้อที่เก็บได้จากวัฒนธรรมคอลเลกชันในนิวซีแลนด์ นอกจากนี้ มากกว่า 800 ชนิดลำดับของแท้จากตัวแทนหรือตัวอย่างที่ได้รับการคัดเลือกจากรอบ 2000 เผยแพร่ลำดับ

ใช้เครื่องอ่านบาร์โค้ดฐานข้อมูล , 80% ของสายพันธุ์เป็นสายพันธุ์ระดับ 320 ที่ระบุ ; ชนิดชื่อของ 44% ของไอโซเลทยืนยันถูกต้อง ร้อยละ 10 ที่ระบุว่าเป็นสปีชีส์ที่แตกต่างจากรหัสเดิมของพวกเขาและ 25% ของสายพันธุ์ก่อนหน้านี้ระบุเพียงระดับสกุล ( โฟมา sp . ) มีการระบุสายพันธุ์ นอกจากนี้32 ไอโซเลตที่ถูกระบุว่าเป็นของ 14 โฟมา หรือชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด ว่า ได้รับรายงานในนิวซีแลนด์ ก่อนหน้านี้

บาร์โค้ดฐานข้อมูลเสริมสัณฐานการใช้เทคนิคสำหรับเชื้อราที่ก่อโรคในพืช และได้แสดงให้ถูกต้องระบุตัวอย่างการเฝ้าระวังส่วนกระบวนการ barcoding จะถูกขยายออกไปกลุ่มอื่น ๆของศัตรูพืชและโรคพืชสำหรับอย่างรวดเร็ว และถูกต้อง ตัว


คำสำคัญ : เชื้อรา , ป้องกันการกักกันพืช โรคพาหะเชื้อโรคปรสิต
/ /