Background: Oil palm is an importan

Background: Oil palm is an important perennial oil crop with an extremely long selection cycle of 10 to 12 years. As such, any tool that speeds up its genetic improvement process, such as marker-assisted breeding is invaluable. Previously, genetic linkage maps based on AFLP, RFLP and SSR markers were developed and QTLs for fatty acid composition and yield components identified. High density genetic maps of crosses of different genetic backgrounds are indispensable tools for investigating oil palm genetics. They are also useful for comparative mapping analyses to identify markers closely linked to traits of interest. Results: A 4.5 K customized oil palm SNP array was developed using the Illumina Infinium platform. The SNPs and 252 SSRs were genotyped on two mapping populations, an intraspecific cross with 87 palms and an interspecific cross with 108 palms. Parental maps with 16 (LGs) linkage groups were constructed for the three fruit forms of E. guineensis (dura, pisifera and tenera). Map resolution was further increased by integrating the dura and pisifera maps into an intraspecific integrated map with 1,331 markers spanning 1,867 cM. We also report the first map of a Colombian E. oleifera, comprising 10 LGs with 65 markers spanning 471 cM. Although not very dense due to the high level of homozygosity in E. oleifera, the LGs were successfully integrated with the LGs of the tenera map. Direct comparison between the parental maps identified 603 transferable markers polymorphic in at least two of the parents. Further analysis revealed a high degree of marker transferability covering 1,075 cM, between the intra- and interspecific integrated maps. The interspecific cross displayed higher segregation distortion than the intraspecific cross. However, inclusion of distorted markers in the genetic maps did not disrupt the marker order and no map expansion was observed. Conclusions: The high density SNP and SSR-based genetic maps reported in this paper have greatly improved marker density and genome coverage in comparison with the first reference map based on AFLP and SSR markers. Therefore, it is foreseen that they will be more useful for fine mapping of QTLs and whole genome association mapping studies in oil palm.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นหลัง: ปาล์มน้ำมันเป็นพืชยืนต้นน้ำมันสำคัญการ มีวงจรเลือกนานมากเป็น 10-12 ปี เครื่องมือที่ความเร็วในกระบวนการการปรับปรุงพันธุกรรม เช่นเครื่องหมายช่วยผสมพันธุ์ เช่น มีราคาสูง ก่อนหน้านี้ มีพัฒนาแผนผังความเชื่อมโยงทางพันธุกรรมโดยใช้เครื่องหมาย AFLP, RFLP และ SSR และระบุ QTLs สำหรับส่วนประกอบของผลผลิตและองค์ประกอบกรดไขมัน แผนที่พันธุตัดพื้นหลังทางพันธุกรรมที่แตกต่างกันความหนาแน่นสูงเป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับการตรวจพันธุศาสตร์ปาล์มน้ำมัน จะมีประโยชน์สำหรับการแม็ปเปรียบเทียบวิเคราะห์เพื่อระบุเครื่องหมายที่เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับลักษณะของดอกเบี้ย ผลลัพธ์: อาร์เรย์ SNP ปาล์ม 4.5 K เองถูกพัฒนาโดยใช้แพลตฟอร์ม Illumina Infinium SNPs และ 252 SSRs ถูก genotyped สองแมปประชากร การขน intraspecific กับปาล์ม 87 และการข้าม interspecific กับปาล์ม 108 ผู้ปกครองแผนผังกลุ่มเชื่อมโยง (แอลจีเอส) 16 ถูกสร้างสำหรับแบบผลไม้ 3 ของ E. แสดงออก (ดูร่า pisifera และ tenera) แผนที่ความละเอียดเพิ่มขึ้นอีก โดยรวมดูร่า และ pisifera แผนที่เป็นแผนที่รวม intraspecific ที่ มีเครื่องหมาย 1,331 รัฐ 1,867 ซม. เรายังรายงาน oleifera เป็น E. โคลัมเบีย แผนที่แรกประกอบด้วยแอลจีเอส 10 พร้อมเครื่องหมาย 65 471 cM รัฐ แม้ว่าไม่หนาแน่นมากเนื่องจากระดับสูงของ homozygosity ใน E. oleifera แอลจีเอสสำเร็จได้ถูกรวมเข้ากับแอลจีเอสผัง tenera เปรียบเทียบโดยตรงระหว่างผู้ปกครองแผนที่ระบุ 603 โอนเครื่องหมาย polymorphic ที่สองของผู้ปกครอง วิเคราะห์เพิ่มเติมเปิดเผยระดับสูงของเครื่องหมาย transferability ครอบคลุม 1,075 ซม. ระหว่างภายใน - และแผนที่รวม interspecific ข้าม interspecific แสดงแบ่งแยกความผิดเพี้ยนสูงกว่าขน intraspecific อย่างไรก็ตาม รวมเครื่องหมายเพี้ยนในแผนที่พันธุไม่รบกวนสั่งเครื่อง และขยายแผนที่ไม่ถูกตรวจสอบ บทสรุป: ความหนาแน่นสูง SNP และแผนที่พันธุ SSR ตามรายงานในเอกสารนี้ มีความหนาแน่นของเครื่องดีขึ้นมากและครอบคลุมกลุ่มเมื่อเปรียบเทียบกับแผนที่อ้างอิงแรกตาม AFLP และ SSR เครื่องหมาย ดังนั้น มันเป็น foreseen ว่า พวกเขาจะมีประโยชน์สำหรับการแม็ปดี QTLs และศึกษาแม็ปความสัมพันธ์ทั้งจีโนมในปาล์มน้ำมัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พื้นหลัง: ปาล์มน้ำมันเป็นพืชน้ำมันที่สำคัญยืนต้นกับรอบคัดเลือกยาวมากจาก 10 ถึง 12 ปี เช่นเครื่องมือที่เพิ่มความเร็วในกระบวนการของการปรับปรุงทางพันธุกรรมเช่นพันธุ์เครื่องหมายช่วยใด ๆ ที่มีค่า ก่อนหน้านี้การเชื่อมโยงทางพันธุกรรมแผนที่ตาม AFLP, RFLP และ SSR เครื่องหมายถูกพัฒนาและ QTLs องค์ประกอบกรดไขมันและส่วนประกอบผลผลิตระบุ ความหนาแน่นสูงแผนที่พันธุกรรมของไม้กางเขนของภูมิหลังทางพันธุกรรมที่แตกต่างกันเป็นเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับการตรวจสอบพันธุกรรมปาล์มน้ำมัน พวกเขายังมีประโยชน์สำหรับการทำแผนที่การวิเคราะห์เปรียบเทียบเพื่อระบุตัวบ่งชี้ที่เชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับลักษณะที่น่าสนใจ ผล: อาร์เรย์ 4.5 SNP K ปาล์มน้ำมันที่กำหนดเองได้รับการพัฒนาโดยใช้แพลตฟอร์ม Illumina Infinium SNPs และ 252 SSRs ถูก genotyped สองประชากรการทำแผนที่ข้ามสำนวน 87 ต้นปา​​ล์มและข้าม interspecific 108 ปาล์ม แผนที่ของผู้ปกครองกับ 16 (LGs) กลุ่มการเชื่อมโยงถูกสร้างขึ้นสำหรับสามรูปแบบผลไม้ของอี guineensis (Dura พิสิฟิและปาล์มเทเนอรา) แผนที่ความละเอียดสูงเพิ่มขึ้นอีกโดยบูรณาการ Dura และพิสิฟิแผนที่ลงในแผนที่แบบบูรณาการด้วยสำนวน 1,331 เครื่องหมายทอด 1,867 cM นอกจากนี้เรายังรายงานแผนที่แรกของอี oleifera โคลอมเบียประกอบด้วย 10 LGs 65 เครื่องหมายทอด 471 cM แม้ว่าจะไม่ได้ความหนาแน่นสูงมากเนื่องจากการระดับสูงของ homozygosity ในอี oleifera, LGs ถูกบูรณาการประสบความสำเร็จกับ LGs แผนที่ปาล์มเทเนอรา การเปรียบเทียบโดยตรงระหว่างผู้ปกครองแผนที่ระบุ 603 เครื่องหมายโอน polymorphic ในอย่างน้อยสองของพ่อแม่ วิเคราะห์ต่อไปเผยให้เห็นระดับสูงของเครื่องหมายการถ่ายโอนครอบคลุม 1,075 cM ระหว่างแผนที่แบบบูรณาการภายในและ interspecific ข้าม interspecific แสดงการบิดเบือนการแยกสูงกว่าข้ามสำนวน แต่การรวมของเครื่องหมายบิดเบี้ยวในแผนที่ทางพันธุกรรมไม่ทำลายเพื่อเครื่องหมายและการขยายตัวแผนที่ไม่เป็นที่สังเกต สรุป: SNP ความหนาแน่นสูงและ SSR ตามแผนที่ทางพันธุกรรมที่มีการรายงานในกระดาษนี้มีการปรับปรุงอย่างมากความหนาแน่นของเครื่องหมายและความคุ้มครองจีโนมในการเปรียบเทียบกับแผนที่อ้างอิงครั้งแรกตาม AFLP และเครื่องหมาย SSR ดังนั้นจึงเล็งเห็นว่าพวกเขาจะมีประโยชน์มากสำหรับการทำแผนที่ที่ดีของ QTLs และทั้งการศึกษาจีโนมในการทำแผนที่สมาคมปาล์มน้ำมัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลัง : ปาล์มน้ำมันเป็นไม้ยืนต้นที่สำคัญ น้ำมันพืช ที่มีวงจรการยาวมาก 10 ถึง 12 ปี เช่น เครื่องมือใด ๆที่เร็วขึ้นกระบวนการปรับปรุงทางพันธุกรรมของมัน เช่น เครื่องหมายช่วยในการปรับปรุงพันธุ์ มีประโยชน์มาก ก่อนหน้านี้ แผนที่พันธุกรรมโดยใช้ RFLP AFLP และ SSR , เครื่องหมายถูกพัฒนาและรับผิดชอบสำหรับองค์ประกอบกรดไขมันและผลผลิตที่ระบุ .ความหนาแน่นสูงของพื้นหลังแผนที่พันธุกรรมสายพันธุ์พันธุกรรมต่างกันเป็นเครื่องมือที่จำเป็นสำหรับการตรวจสอบพันธุกรรมปาล์มน้ำมัน พวกเขายังมีประโยชน์สำหรับการทำแผนที่เปรียบเทียบการวิเคราะห์เพื่อระบุเครื่องหมายเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับคุณลักษณะที่น่าสนใจ ผลลัพธ์ : 4.5 K เองน้ำมันปาล์ม SNP array พัฒนาโดยใช้แพลตฟอร์ม Illumina infinium .การ snps และ 252 ssrs เป็น genotyped สองแผนที่ประชากร เป็นกากบาทเซ็นต์กับ 87 ปาล์มและการผสมข้ามชนิดกับคุณปาล์ม แผนที่ของผู้ปกครองกับ 16 ( อปท. ) กลุ่มการเชื่อมโยงขึ้นสำหรับผลไม้ 3 รูปแบบของ E - ( Dura พิสิเฟอร่า และ เทเนอร่า , )แผนที่ละเอียดเพิ่มขึ้นโดยการบูรณาการ และแผนที่ ดูราพิสิเฟอร่าเป็นเซ็นต์แบบบูรณาการแผนที่ 1331 เครื่องหมายครอบคลุม 2410 ซม เรายังมีรายงานแผนที่แรกของโคลอมเบีย E ด ประกอบด้วย 10 อปท. กับ 65 เครื่องหมายครอบคลุมคุณ cm แม้ว่าจะไม่ได้มากหนาแน่นเนื่องจากระดับสูงของ homozygosity ในด . ,การบูรณาการกับ LGS LGS ได้อย่างสมบูรณ์ของแผนที่เทเนอร่า . การเปรียบเทียบโดยตรงระหว่างผู้ปกครองระบุแผนที่ 603 โอนเครื่องหมายที่มีอย่างน้อยสองของพ่อแม่ พบระดับสูงของการโอนย้ายเครื่องหมายครอบคลุมเกี่ยวกับเซนติเมตร ระหว่างภายในและ interspecific รวมแผนที่โดยการผสมข้ามชนิดแสดงความเพี้ยนสูงกว่าข้ามการเซ็นต์ . อย่างไรก็ตาม การบิดเบือนเครื่องหมายในแผนที่ทางพันธุกรรมไม่ได้ รบกวนสั่งและไม่มีเครื่องหมายแผนที่การขยายตัว ) สรุปความหนาแน่นสูงและใช้แผนที่ทางพันธุกรรม SNP SSR รายงานในกระดาษนี้มีการปรับปรุงอย่างมากและเครื่องหมายของจีโนมครอบคลุมในการเปรียบเทียบกับแผนที่อ้างอิงแรกและตามเทคนิคที่ได้รับเครื่องหมาย จึงเล็งเห็นว่า พวกเขาจะเป็นประโยชน์อย่างมากสำหรับการทำแผนที่จีโนมทั้งหมดและปรับตำแหน่งสมาคมแผนที่การศึกษาในปาล์มน้ำมัน