For more than 100 years, Robert Koch’s postulate that required in part the cultivation of a
pathogen to show a disease/pathogen relationship, was seldom questioned and was considered the basic
standard used in clinical diagnostics. Organism identification to taxon (species, genus) was subsequently
accomplished by studying phenotypic characteristics such as Gram stain, morphology, culture
requirements, and biochemical reactions along with a combination of intuition and stepwise analysis of the
results. In today’s laboratory, the ability to detect and identify pathogens has undergone major changes.
The development of molecular methods that rely on the detection of genomic elements (DNA or RNA)
with or without culture has led the way in this charge. Some of the main reasons for this change from
phenotypic to molecular testing include such issues as the slow growth of pathogens, the detection of
organisms that exhibit biochemical characteristics that do not fit patterns of known species, and the
inability to detect non-cultivatable organisms. Although culture-based methods are still considered the
gold standard for identification diagnosis, molecular methods have emerged as the confirmatory method for
identification in many diagnostic applications.
The basic principle of any molecular test is the detection of a specific nucleotide sequence
(signature sequence) within the organisms’ genome which is then hybridized to a labeled complementary
sequence followed by a detection mechanism. The first application of these methods in the clinical
laboratory was in the development of labeled probes for culture confirmation testing. The original probes
were designed to detect “problem” pathogens such as those that were historically difficult to identify using
phenotypic methods. These original probes included tests for the culture confirmation of dimorphic fungal
pathogens (Blastomyces dermatitidis, Coccidioides immitis, and Histoplasma capsulatum) and to identify
the more common Mycobacterium species (M. tuberculosis complex and M. avium complex).
Subsequently, direct detection probes were designed for high volume testing of STD pathogens e.g.,
Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae and for the testing of pathogens that were difficult to
grow and identify in the laboratory e.g., Legionella pneumophilia and Human papillomavirus.
Although extensively used today, nucleic acid probing unfortunately has been shown to have
limited selectivity and to lack sensitivity when testing from direct specimens. To overcome these
problems, a process whereby the genomic target could be amplified using non-selective means was
developed. The most widely used method for nucleic acid amplification is the polymerase chain reaction
assay i.e., PCR. This assay includes a specific primer pair to amplify a unique genomic target nucleotide
sequence for analysis. Following PCR, a variety of post-amplification methods are used to evaluate the
product such as direct sequence analysis, use of genus or species specific probes, and utilization of
restriction enzymatic analysis of the product, e.g., restriction fragment length polymorphism analysis
(RFLP).
มากกว่า 100 ปี ของโรเบิร์ต คอช สมมุติฐานที่ใช้ในส่วนการเพาะเชื้อของ
แสดงโรค / เชื้อ ความสัมพันธ์ก็ไม่ค่อยถาม และถือเป็นพื้นฐาน
มาตรฐานที่ใช้ในการวินิจฉัยทางคลินิก การระบุถึงสิ่งมีชีวิตชนิด ( ชนิด สกุล ) ต่อมาได้ศึกษาลักษณะฟีโนไทป์
เช่นกรัมคราบ , สัณฐานวิทยา , วัฒนธรรม
ความต้องการ และปฏิกิริยาชีวเคมีต่างๆ พร้อมกับการรวมกันของสัญชาตญาณและการวิเคราะห์แบบ
ผลลัพธ์ ในห้องปฏิบัติการของวันนี้ , ความสามารถในการตรวจสอบและระบุเชื้อโรคมีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ
การพัฒนาโมเลกุล วิธีการที่อาศัยการตรวจสอบองค์ประกอบของจีโนม ( DNA หรือ RNA )
มีวัฒนธรรม จึงได้นำวิธีคิดนี้บางส่วนของเหตุผลหลักนี้เปลี่ยนจาก
คุณสมบัติการทดสอบโมเลกุลรวมถึงประเด็นเช่นการเจริญเติบโตช้าของเชื้อโรค , การตรวจหา
สิ่งมีชีวิตที่จัดแสดงชีวเคมีที่ไม่พอดีกับรูปแบบของชนิดที่รู้จักและไม่ cultivatable
ไม่สามารถตรวจพบสิ่งมีชีวิต แม้ว่าวัฒนธรรมตามวิธีการยังถือว่า
มาตรฐานทองสำหรับการระบุวิธีการโมเลกุลได้กลายเป็นวิธีการยืนยันการวินิจฉัยสำหรับ
ในการใช้งานมากมาย
หลักการพื้นฐานของโมเลกุลใด ๆ การทดสอบการตรวจหาลำดับนิวคลีโอไทด์
( ลำดับเฉพาะลายเซ็น ) ภายในสิ่งมีชีวิต ' จีโนมซึ่งเป็นแล้วสามารถเป็นข้อความประกอบ
ลำดับตามการตรวจสอบกลไกครั้งแรกที่ใช้วิธีการเหล่านี้ในห้องปฏิบัติการทางคลินิก
ในการพัฒนาและทดสอบยืนยันว่าวัฒนธรรม
) เดิมถูกออกแบบมาเพื่อตรวจสอบปัญหาเชื้อโรค เช่น พวกที่ยากในอดีต เพื่อระบุการใช้
วิธีการคุณสมบัติ . วัดเหล่านี้เดิมรวมแบบวัฒนธรรมยืนยันไดมอร์ฟิคเชื้อรา
เชื้อโรค ( blastomyces dermatitidis สมการสมมูล , immitis และฮิสโตพลาสมา capsulatum ) และระบุชนิดเชื้อ
ทั่วไป ( วัณโรคซับซ้อนและ M . avium ซับซ้อน )
ต่อมาโพรบตรวจจับโดยตรงถูกออกแบบมาสำหรับการทดสอบปริมาณสูงของ STD เชื้อโรคเช่น Chlamydia trachomatis และไนซีเรีย
โก โน เรียและการทดสอบของเชื้อโรคที่ยาก
เติบโตและศึกษาในห้องปฏิบัติการเช่น Legionella pneumophilia และมนุษย์ papillomavirus .
แม้จะใช้อย่างกว้างขวางวันนี้ กรดนิวคลีอิกการแหย่ แต่ได้รับการแสดงที่จะมีการ จำกัด และขาดความไว
เมื่อทดสอบจากตัวอย่างโดยตรง เพื่อเอาชนะปัญหาเหล่านี้
, กระบวนการซึ่งสามารถขยายการใช้เป้าหมายอย่างไม่เลือกวิธีการ คือ
พัฒนาวิธีที่ใช้กันอย่างกว้างขวางมากที่สุดสำหรับกรดนิวคลีอิกขยายเป็นปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส
( เช่น PCR การทดสอบนี้มีคู่หลักที่เฉพาะเจาะจงเพื่อขยายเฉพาะเป้าหมายลำดับเบสจีโนม
สำหรับการวิเคราะห์ ต่อไปนี้ PCR , ความหลากหลายของวิธีการขยายโพสต์จะใช้ประเมิน
ผลิตภัณฑ์เช่น การวิเคราะห์ลำดับเบสโดยตรง หรือชนิดที่เฉพาะเจาะจงและใช้สกุล ,และการใช้ประโยชน์จากเอนไซม์
จำกัดการวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ เช่น การ fragment length polymorphism การวิเคราะห์
( RFLP )
การแปล กรุณารอสักครู่..