For our dating analyses, we added s

For our dating analyses, we added samples of an additional 10 primate taxa to our alignment of NAD5, NAD6, and cytochrome B coding regions, including another four platyrrhines (Aotus, Saimiri Callithrix, and Saguinus), three cercopithecoids (Theropithecus, Papio, and Macaca), two hominoids (Pan and Homo), and Tarsius (Table 2). We used the software BEAUTi v1.8.0 (Drummond and Rambaut, 2007) to create the XML input files used by BEAST. For those inputs, we constrained the phylogenetic relationships among the taxa in the alignment to be those well documented in many other studies of primate evolutionary history (e.g., Perelman et al., 2011; Pozzi et al., 2014). Thus, we set Pan and Homo as sister taxa; Papio and Theropithecus as sister taxa; Hominoidea and Cercopithecoidea as sister clades; Catarrhini and Platyrrhini as sister clades; and Tarsius as the sister taxon to all anthropoids. Additionally, within the platyrrhines, we constrained cebids (Aotus + Cebus + Saimiri + Callithrix + Saguinus), callitrichines (Callithrix + Saguinus), atelids (Alouatta + Lagothrix + Ateles), atelines (Lagothrix + Ateles), and Ateles all as monophyletic. Finally, based on the results of our maximum likelihood and Bayesian phylogenetic analyses of the 27-taxon alignment (see below), we constrained certain relationships within Ateles to also be monophyletic, including A. fusciceps + A. geoffroyi and A. belzebuth + A. chamek. However, because our different phylogenetic analyses suggested somewhat different relationships among A. fusciceps + A. geoffroyi, A. paniscus, A. hybridus, and A. belzebuth + A. chamek, we imposed no monophyly constraints on combinations of those taxa.
Using BEAUTi, we then assigned priors for several key diver gences within the Order Primates, both within and outside of the platyrrhines, based on well-established fossil dates. Table 3 presents the fossil-derived calibration points used in this study along with the shape and parameter values of the distribution we used for each prior.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับวิเคราะห์หาคู่ของเรา เราเพิ่มตัวอย่างของ taxa ประชาชนมอบ 10 เพิ่มเติมเพื่อจัดตำแหน่งของเรา NAD5, NAD6 และ ภูมิภาครหัส cytochrome B รวมถึงอีกสี่ platyrrhines (Aotus, Saimiri Callithrix และ Saguinus), 3 cercopithecoids (Theropithecus, Papio และ Macaca), สอง hominoids (Pan และกะเทย), ประชุม (ตาราง 2) เราใช้ v1.8.0 BEAUTi ซอฟต์แวร์ (ดรัมและ Rambaut, 2007) เพื่อสร้าง files อินพุท XML ใช้สัตว์ ในบรรดาปัจจัยการผลิต เราจำกัดความสัมพันธ์ phylogenetic ระหว่าง taxa สอดให้ บรรดาเอกสารทั้งในการศึกษาอื่น ๆ ถือวิวัฒนาการประวัติศาสตร์ (เช่น อรี et al., 2011 Pozzi et al., 2014) ดังนั้น การที่เราตั้งแพนและตุ๊ดเป็นน้อง taxa Papio และ Theropithecus เป็นน้องสาว taxa Hominoidea และ Cercopithecoidea เป็นน้องสาว clades Catarrhini และ Platyrrhini เป็นน้องสาว clades และประชุมเป็นเครือ taxon การ anthropoids ทั้งหมด นอกจากนี้ ภายใน platyrrhines เราจำกัด cebids (Aotus Cebus + Saimiri + Callithrix + Saguinus), callitrichines (Callithrix + Saguinus), atelids (Alouatta + Lagothrix + Ateles), atelines (Lagothrix + Ateles), และ Ateles ทั้งหมดเป็น monophyletic สุดท้าย ตามทฤษฎีวิเคราะห์ phylogenetic ของตำแหน่ง 27 taxon (ดูด้านล่าง) และผลลัพธ์ของความน่าเป็นสูงสุดของเรา จำกัดความสัมพันธ์บางอย่างภายใน Ateles จะ fusciceps A. monophyletic รวม + A. geoffroyi และอ. belzebuth + A. chamek อย่างไรก็ตาม เนื่องจากเราวิเคราะห์ phylogenetic ต่าง ๆ แนะนำต่างสัมพันธ์ A. fusciceps A. geoffroyi, A. paniscus, A. hybridus และ belzebuth อ. + A. chamek เรากำหนดข้อจำกัดเกี่ยวกับชุดของ taxa ที่ monophyly ไม่เราแล้วใช้ BEAUTi กำหนด priors สำหรับ gences นักดำน้ำที่สำคัญต่าง ๆ ภายในสั่ง Primates ทั้งภายใน และภาย นอก platyrrhines ตามฟอสวันดีขึ้น ตาราง 3 แสดงคะแนนเทียบซากดึกดำบรรพ์มาใช้ในการศึกษานี้รวมทั้งค่ารูปร่างและพารามิเตอร์ของการแจกจ่ายที่เราใช้ก่อนละ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับการวิเคราะห์ของเราเดทเราได้เพิ่มตัวอย่างอีก 10 แท็กซ่าเจ้าคณะการจัดตำแหน่งของเรา NAD5, NAD6 และ cytochrome B เข้ารหัสภูมิภาครวมทั้งอีกสี่ platyrrhines (Aotus, Saimiri Callithrix และ Saguinus) สาม cercopithecoids (Theropithecus, Papio และ Macaca) สอง hominoids (แพนและตุ๊ด) และ Tarsius (ตารางที่ 2) เราใช้ซอฟแวร์ beauti v1.8.0 (ดรัมมอนด์และ Rambaut 2007) เพื่อสร้างสายการป้อนข้อมูล XML les ใช้โดย BEAST สำหรับปัจจัยการผลิตที่เรา จำกัด วิวัฒนาการในหมู่แท็กซ่าในการจัดตำแหน่งที่จะบรรดาเอกสารที่ดีในการศึกษาอื่น ๆ ของประวัติศาสตร์วิวัฒนาการเจ้าคณะ (เช่น Perelman et al, 2011;.. Pozzi, et al, 2014) ดังนั้นเราจึงตั้งแพนและตุ๊ดเป็นแท็กซ่าน้องสาว; ปาปิ Theropithecus และเป็นน้องสาวของแท็กซ่า; Hominoidea และ Cercopithecoidea เป็น clades น้องสาว; Catarrhini และ Platyrrhini เป็น clades น้องสาว; และ Tarsius เป็นแท็กซอนน้องสาว anthropoids ทั้งหมด นอกจากนี้ภายใน platyrrhines เรา cebids จำกัด (Aotus Cebus + + + Saimiri Callithrix + Saguinus) callitrichines (Callithrix + Saguinus) atelids (Alouatta + Lagothrix + Ateles) atelines (Lagothrix + Ateles) และ Ateles ทั้งหมดเป็นไฟย์เลติ สุดท้ายขึ้นอยู่กับผลของความน่าจะเป็นสูงสุดของเราและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการคชกรรมของการจัดตำแหน่ง 27 แท็กซอน (ดูด้านล่าง) เรา จำกัด ความสัมพันธ์บางอย่างภายใน Ateles ยังเป็นไฟย์เลติรวมทั้ง A. fusciceps + A. geoffroyi และ A. belzebuth + . Chamek แต่เนื่องจากสายวิวัฒนาการที่แตกต่างกันของเราวิเคราะห์ชี้ให้เห็นความสัมพันธ์ที่ค่อนข้างแตกต่างกัน fusciceps A. + A. geoffroyi, paniscus A. , ไฮบริด A. และ A. belzebuth + Chamek A. เรากำหนดไม่มีข้อ จำกัด monophyly ในการรวมกันของแท็กซ่าเหล่านั้น.
ใช้ beauti เราไพรเออร์ที่ได้รับมอบหมายแล้วสำหรับนักดำน้ำที่สำคัญหลาย gences ภายในบิชอพสั่งซื้อทั้งภายในและภายนอกของ platyrrhines บนพื้นฐานที่ดีขึ้นวันที่ฟอสซิล ตารางที่ 3 นำเสนอจุดสอบเทียบฟอสซิลที่ได้มาใช้ในการศึกษาครั้งนี้พร้อมกับค่ารูปร่างและพารามิเตอร์ของการกระจายที่เราใช้สำหรับแต่ละก่อน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการวิเคราะห์ของเราคบกับเราได้เพิ่มตัวอย่างของเจ้าคณะและ 10 เพิ่มเติมแนวของเรา nad5 nad6 , และไซโตโครม บีรหัสภูมิภาค รวมถึงอีก 4 platyrrhines ( aotus saimiri , callithrix และ saguinus ) , สาม cercopithecoids ( theropithecus papio , และ macaca ) สอง hominoids ( กระทะและโฮโม tarsius ( ) และ ตารางที่ 2 ) เราใช้ซอฟต์แวร์ v1.8.0 ( ดรัมมอนด์และ rambaut บิวตี้ ,2007 ) เพื่อสร้าง XML input จึงเลสที่ใช้โดยสัตว์ สำหรับปัจจัยเหล่านั้น เราจำกัดการยืนยันความสัมพันธ์ระหว่างความสูงในการเป็นผู้จัดดีในการศึกษาอื่น ๆอีกมากมายของลิงวิวัฒนาการประวัติศาสตร์ ( เช่น เพเรลแมน et al . , 2011 ; pozzi et al . , 2010 ) ดังนั้นเราจึงตั้งกระทะและโฮโมเป็นพี่สาวและน้องสาว theropithecus papio ซ่า ; ความสูง ;และเป็น clades เอป cercopithecoidea น้องสาว ; catarrhini platyrrhini clades และเป็นน้องสาว และ tarsius เป็นน้องสาวชนิดทั้งหมดแอนโธรพอยด์ . นอกจากนี้ ภายใน platyrrhines เราบังคับ cebids ( aotus cebus saimiri callithrix saguinus ) callitrichines ( callithrix saguinus ) atelids ( alouatta lagothrix ateles ) atelines ( lagothrix ateles )ateles ทั้งหมดและเป็น monophyletic . สุดท้ายขึ้นอยู่กับผลของความน่าจะเป็นสูงสุดของเราและคชกรรมการวิเคราะห์ phylogenetic 27 ชนิดแนว ( ดูด้านล่าง ) เรากำหนดความสัมพันธ์ภายใน ateles ยังต้อง monophyletic รวมทั้ง . fusciceps . geoffroyi และ A . belzebuth . chamek . อย่างไรก็ตามเพราะการวิเคราะห์ของเราแตกต่างกัน ซึ่งชี้ให้เห็นความสัมพันธ์แตกต่างกันบ้างระหว่าง . fusciceps . geoffroyi อ. paniscus อ. hybridus และ . belzebuth . chamek เราบังคับ ไม่มีข้อจำกัด monophyly บนชุดของซ่า .
ใช้บิวตี้ เรามอบหมายแล้วก่อนหน้านี้เพื่อ gences คีย์นักดำน้ำหลายภายในเพื่อมนุษย์ทั้งภายในและภายนอกของ platyrrhines ,จากวันที่รู้จักฟอสซิล ตารางที่ 3 แสดงฟอสซิลได้มาปรับเทียบคะแนนที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ พร้อมกับรูปร่างและค่าพารามิเตอร์ของการแจกแจงที่เราใช้สำหรับแต่ละก่อน
.