การติดต่อของโรค
จากสุกรไปสุกร
พบว่าการแพร่เชื้อไวรัสนิปาห์จากสุกรตัวหนึ่งไปยังสุกรอีกตัวหนึ่งเกิดขึ้น โดยการสัมผัสโดยตรงกับเลือด ปัสสาวะ หรืออุจจาระของสัตว์ป่วยซึ่งมีเชื้อปนเปื้อนอยู่ นอกจากนี้ยังพบเชื้อไวรัสถูกขับออกมากับน้ำเชื้อ (semen) ของพ่อพันธุ์สุกรได้ การแพร่เชื้อโดยละอองที่เกิดจากการไอ (Coughing droplet) อาจเป็นอีกทางหนึ่งของการติดต่อของโรคดังกล่าวในสุกร แต่อย่างไรก็ตามไม่มีรายงานว่าโรคสมองอักเสบนิปาห์แพร่จากฟาร์มสุกรหนึ่งไปยังอีกฟาร์มหนึ่งโดยการแพร่ไปทางอากาศ (Airborne Transmission)
จากสุกรไปยังสุนัขและแมว
พบว่าการแพร่เชื้อไวรัสนิปาห์จากสุกรป่วยไปยังสุนัขหรือแมว เกิดขึ้นจากการกินซากของสัตว์ป่วย หรือกินวัสดุที่มีการปนเปื้อนเชื้อไวรัสปนเปื้อนมากับสิ่งคัดหลั่งของสัตว์ป่วย เช่น ปัสสาวะเป็นต้น
จากสุกรไปคน
จากประวัติของผู้ป่วยด้วยโรคสมองอักเสบในประเทศมาเลเซีย พบว่าส่วนใหญ่เป็นคนงานในฟาร์มเลี้ยงสุกร และบางส่วนเป็นคนงานในโรงฆ่าสุกร ผู้ป่วยทุกคนมีประวัติสัมผัสโดยตรงกับสุกรมีชีวิต ไม่มีรายงานการป่วยในกลุ่มบุคคลต่อไปนี้ ผู้บริโภคเนื้อสุกร แพทย์ พยาบาล หรือเจ้าหน้าที่ที่ดูแลรักษาผู้ป่วย และยังไม่พบหลักฐานว่ามีการติดต่อจากคนหนึ่งไปยังอีกคนหนึ่ง
จากฟาร์มสุกรหนึ่งไปอีกฟาร์มหนึ่ง
ส่วนใหญ่มักเกิดจาการเคลื่อนย้ายสุกรป่วยหรือนำโรคโดยพ่อค้าคนกลางที่ไปรับเชื้อสุกร จากฟาร์ม