Reverse engineering of regulatory n

Reverse engineering of regulatory networks in human B cells

Katia Basso1, Adam A Margolin2, Gustavo Stolovitzky3, Ulf Klein1, Riccardo Dalla-Favera1,4 & Andrea Califano2

Abstract
Cellular phenotypes are determined by the differential activity of networks linking coregulated genes. Available methods for the reverse engineering of such networks from genome-wide expression profiles have been successful only in the analysis of lower eukaryotes with simple genomes. Using a new method called ARACNe (algorithm for the reconstruction of accurate cellular networks), we report the reconstruction of regulatory networks from expression profiles of human B cells. The results are suggestive a hierarchical, scale-free network, where a few highly interconnected genes (hubs) account for most of the interactions. Validation of the network against available data led to the identification of MYC as a major hub, which controls a network comprising known target genes as well as new ones, which were biochemically validated. The newly identified MYC targets include some major hubs. This approach can be generally useful for the analysis of normal and pathologic networks in mammalian cells.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เครือข่ายกำกับดูแลในเซลล์ B มนุษย์วิศวกรรมย้อนกลับเทียร์ Basso1 อดัม A Margolin2 คุณ Stolovitzky3, Ulf Klein1, Riccardo Dalla-Favera1, 4 และ Andrea Califano2บทคัดย่อเซลลูลาร์ไทป์ถูกกำหนด โดยกิจกรรมต่างของเครือข่ายที่เชื่อมโยง coregulated ยีน วิศวกรรมย้อนกลับของเครือข่ายดังกล่าวจากข้อมูลจีโนมทั้งนิพจน์ส่วนวิธีประสบความสำเร็จในการวิเคราะห์ของ eukaryotes ล่างกับ genomes ง่ายเท่านั้น เราใช้วิธีใหม่ที่เรียกว่า ARACNe (อัลกอริทึมสำหรับการฟื้นฟูเครือข่ายมือถือที่ถูกต้อง), รายงานการฟื้นฟูเครือข่ายกำกับดูแลจากส่วนกำหนดค่านิพจน์ของเซลล์มนุษย์ B ผลจะชี้นำลำดับชั้น ฟรีขนาดเครือข่าย ที่ยีนสูงเชื่อมต่อกี่ (ฮับ) ส่วนใหญ่ของการโต้ตอบ ตรวจสอบเครือข่ายจากข้อมูลที่มีอยู่นำไปสู่การระบุของ MYC เป็นสำคัญ ซึ่งควบคุมเครือข่ายที่ประกอบด้วยยีนเป้าหมายรู้จักเป็นคนใหม่ ซึ่งได้ผ่านการตรวจสอบ biochemically เป้าหมาย MYC ระบุใหม่ได้แก่ฮับบางใหญ่ วิธีการนี้สามารถใช้โดยทั่วไปสำหรับการวิเคราะห์เครือข่ายปกติ และพยาธิในเซลล์ที่เลี้ยงลูกด้วยนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิศวกรรมย้อนกลับของเครือข่ายการกำกับดูแลในเซลล์มนุษย์ B

Katia Basso1, อดัม Margolin2, กุสตา Stolovitzky3, Ulf Klein1, Riccardo Dalla-Favera1,4 และอันเดรีย Califano2

บทคัดย่อ
phenotypes มือถือจะถูกกำหนดโดยกิจกรรมที่แตกต่างกันของเครือข่ายเชื่อมโยงยีน coregulated วิธีการที่ใช้ได้สำหรับวิศวกรรมย้อนกลับของเครือข่ายดังกล่าวจากจีโนมทั้งการแสดงออกได้รับความสำเร็จเฉพาะในการวิเคราะห์ของยูคาริโอที่ต่ำกว่าด้วยจีโนมที่เรียบง่าย โดยใช้วิธีการใหม่ที่เรียกว่า ARACNe (อัลกอริทึมสำหรับการฟื้นฟูของเครือข่ายโทรศัพท์เคลื่อนที่ที่ถูกต้อง) เรารายงานการฟื้นฟูของเครือข่ายการกำกับดูแลจากโปรไฟล์การแสดงออกของ B เซลล์ของมนุษย์ ผลลัพธ์ที่ได้จะชี้นำลำดับชั้นเครือข่ายขนาดฟรีที่ไม่กี่ยีนที่เชื่อมต่อกันสูง (ฮับ) บัญชีสำหรับส่วนมากของปฏิสัมพันธ์ การตรวจสอบเครือข่ายกับข้อมูลที่มีอยู่จะนำไปสู่การระบุ MYC เป็นศูนย์กลางที่สำคัญซึ่งควบคุมเครือข่ายประกอบด้วยยีนเป้าหมายที่รู้จักกันเช่นเดียวกับคนใหม่ซึ่งได้รับการตรวจสอบคุณสมบัติทางชีวเคมี ที่ระบุเป้าหมายใหม่ MYC ได้แก่ ฮับที่สำคัญบางอย่าง วิธีการนี้จะมีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์โดยทั่วไปของเครือข่ายปกติและพยาธิในเซลล์เลี้ยงลูกด้วยนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิศวกรรมย้อนกลับของเครือข่ายหรือ B เซลล์มนุษย์คา basso1 อดัมเป็น margolin2 กุ stolovitzky3 klein1 ล์ฟ , , , ริคาร์โด dalla-favera1,4 & califano2 แอนเดรียบทคัดย่อฟีโนไทป์ของเซลล์จะถูกกำหนดโดยค่ากิจกรรมของเครือข่ายการเชื่อมโยง coregulated ยีน วิธีการที่ใช้ได้สำหรับวิศวกรรมย้อนกลับของเครือข่ายดังกล่าวจาก genome-wide รูปแบบการแสดงออกได้ประสบความสำเร็จเฉพาะในการวิเคราะห์ของยูแคริโอตช่วงล่างด้วยหาง่าย ใช้วิธีการใหม่ที่เรียกว่า aracne ( อัลกอริทึมสำหรับการฟื้นฟูของเครือข่ายโทรศัพท์มือถือที่ถูกต้อง ) , เรารายงานการฟื้นฟูเครือข่ายกฎระเบียบจากหน้าโปรไฟล์ของมนุษย์ขเซลล์ ผลลัพธ์เป็นข้อเสนอเครือข่ายไท - วัดลําดับชั้น ซึ่งน้อยมากที่เชื่อมโยงยีน ( ฮับ ) บัญชีสำหรับส่วนใหญ่ของการโต้ตอบ การตรวจสอบของเครือข่ายต่อต้านข้อมูลนำไปสู่การมิคเป็นศูนย์กลางหลัก ซึ่งการควบคุมเครือข่ายประกอบด้วยยีนรู้จักเป้าหมายรวมทั้งใหม่ ซึ่ง biochemically เรียบร้อย ระบุเป้าหมายใหม่มิครวมบางสาขาฮับ . วิธีการนี้จะเป็นประโยชน์โดยทั่วไปสำหรับการวิเคราะห์เครือข่ายปกติและพยาธิวิทยาใน mammalian เซลล์