Molecular marker analysis Two sets

Molecular marker analysis Two sets of SSR markers developed from cucumber whole genome sequences were employed for polymorphism screening and the development of melon
linkage maps. The first set included 2,012 SSR markers from the draft genome of cucumber inbred line 9930 [43] and the second set included a collection of 83,689 SSRs developed from the Gy14-derived draft genome[66]. Also employed were 21 watermelon microsatellite
markers known to amplify in the cucumber genome (U.Reddy, unpublished data). Information regarding all mapped markers used herein (i.e., primer sequences and their scaffold locations in the Gy14 and 9930 draft genomes)is provided in Table S3 (Additional File 1).For DNA extraction, unexpanded young leaves from each F2 plant or five plants from each RIL were placed into a 2.0 ml microcentrifuge tube, lyophilized in a freeze dryer, and ground into fine powder in a highthroughput homogenizer (OPS Diagnostics, Lebanon,
NJ, USA). Genomic DNA from all samples was extracted using the CTAB method [91].
Each polymerase chain reaction (PCR) contained 25 ng template DNA, 0.5 μM each of forward and reverse primers, 0.2 mM dNTP mix, 0.5 unit of Taq DNA polymerase
and 1× PCR buffer (Fermentas, Glen Burnie,MD, USA) in a total volume of 10.0 μl. A“touch-down”PCR program was employed for all primer sets [92].The PCR products were size-fractionated in a 9% polyacrylamide gel. After gel electrophoresis, band patterns
were visualized with silver staining, and gel images were taken with a digital camera.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์เครื่องหมายโมเลกุล 2 ชุดเครื่องหมาย SSR ที่พัฒนาจากทั้งจีโนมลำดับถูกว่าจ้างสำหรับคัดกรองโพลิมอร์ฟิซึมและการพัฒนาของแตงโมแตงกวาแผนผังความเชื่อมโยงกัน ชุดแรกรวม 2,012 SSR เครื่องหมายจากจีโนมร่างของแตงกวา inbred บรรทัด 9930 [43] และที่ตั้งรวมสองชุดของ 83,689 SSRs พัฒนาจากจีโนมมา Gy14 ร่าง [66] นอกจากนี้ยัง มีการว่าจ้างถูกชนิด microsatellite แตงโม 21เครื่องหมายที่จะขยายในจีโนมแตงกวา (U.Reddy ยกเลิกประกาศข้อมูล) ข้อมูลทั้งหมดแมปเครื่องหมายใช้นี้ (เช่น รองพื้นลำดับและตำแหน่งที่ตั้งนั่งร้านใน Gy14 และร่าง 9930 genomes) ไว้ในตาราง S3 (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 1)สำหรับการสกัดดีเอ็นเอ ออก unexpanded หนุ่มจากแต่ละโรงงาน F2 หรือพืชห้าจากเหลือแต่ละถูกวางลงในหลอด microcentrifuge 2.0 ml, lyophilized ในหยุดเป่า และพื้นดินเป็นผงดีใน homogenizer highthroughput (OPS วินิจฉัย เลบานอนNJ สหรัฐอเมริกา) Genomic DNA จากตัวอย่างทั้งหมดถูกสกัดโดยใช้วิธี CTAB [91]แต่ละปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR) ประกอบด้วยดีเอ็นเอแม่ ng 25, 0.5 μM แต่ละของไพรเมอร์ไปข้างหน้า และย้อนกลับ ผสม dNTP 0.2 mM, Taq DNA พอลิเมอเรส 0.5 หน่วยและ 1 × PCR บัฟเฟอร์ (Fermentas เกล็นเบอร์นี่ MD สหรัฐอเมริกา) ในปริมาณรวมของ 10.0 μl โปรแกรม PCR "ลงสัมผัส" ถูกจ้างสำหรับชุดรองพื้นทั้งหมด [92]ผลิตภัณฑ์ PCR ได้แบ่งขนาดในเจ polyacrylamide 9% หลังจากเจ electrophoresis วงลวดลายมี visualized กับย้อมสีเงิน และเจภาพที่ถ่าย ด้วยกล้องดิจิตอล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์โมเลกุลสองชุดของเครื่องหมาย SSR พัฒนามาจากแตงกวาลำดับจีโนมทั้งที่ถูกว่าจ้างในการคัดกรองหลายรูปแบบและการพัฒนาของแตงโม
แผนที่เชื่อมโยง ชุดแรกรวม 2,012 SSR เครื่องหมายจากจีโนมร่างของแตงกวาสายพันธุ์แท้ 9930 [43] และชุดที่สองรวมถึงชุดของ 83689 SSRs พัฒนามาจากจีโนมร่าง Gy14 มา [66] ยังใช้เป็น 21 ไมโครแตงโม
เครื่องหมายที่รู้จักกันในการขยายในจีโนมแตงกวา (U.Reddy ข้อมูลไม่ได้) ข้อมูลเกี่ยวกับเครื่องหมายแมปที่ใช้ในที่นี้ (เช่นลำดับประถมศึกษาและสถานที่นั่งร้านของพวกเขาใน Gy14 9930 และจีโนมของร่าง) ให้ไว้ในตารางที่ S3 (File เพิ่มเติม 1) ตัวอย่างการสกัดดีเอ็นเอใบอ่อนที่ยังไม่ขยายจากโรง F2 แต่ละหรือห้าพืชจาก แต่ละ RIL ถูกวางลงในหลอด 2.0 มิลลิลิตรไมโคร, แห้งในเครื่องอบแช่แข็งและบดเป็นผงละเอียดในการโฮโมจีไน highthroughput (OPS วินิจฉัย, เลบานอน,
นิวเจอร์ซีย์สหรัฐอเมริกา) ดีเอ็นเอจากตัวอย่างทั้งหมดถูกสกัดโดยวิธี CTAB [91]
แต่ละวิธี Polymerase chain reaction (PCR) ที่มี 25 เส้นทางแม่ดีเอ็นเอ 0.5 ไมครอนแต่ละข้างหน้าและย้อนกลับไพรเมอร์ผสม dNTP 0.2 มิลลิเมตร 0.5 หน่วยของ Taq ดีเอ็นเอโพลิเมอร์
และ 1 บัฟเฟอร์× PCR (Fermentas, เกลนเบอร์นี, MD, USA) ในปริมาณรวมของ 10.0 ไมโครลิตร "สัมผัสลง" โปรแกรม PCR ถูกจ้างสำหรับชุดไพรทั้งหมด [92] ผลิตภัณฑ์ PCR ได้โดยง่ายมีขนาด fractionated ในเจล polyacrylamide 9% หลังจากที่เจลอิเล็กรูปแบบวงดนตรี
ได้รับการมองเห็นด้วยการย้อมสีเงินและภาพเจลถูกนำด้วยกล้องดิจิตอล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์เครื่องหมายโมเลกุล SSR Markers 2 ชุดพัฒนาจากแตงกวาทั้งจีโนมลำดับแบบสอบถามคัดกรองความหลากหลายและการพัฒนาแผนที่การเชื่อมโยงแตงโม

ชุดแรกรวม 2012 ที่ได้รับเครื่องหมายจากร่างจีโนมแตงกวาสายพันธุ์แท้สาย 9930 [ 43 ] และชุดที่สองประกอบด้วยคอลเลกชันของ 83689 ssrs พัฒนามาจาก gy14 ได้มาร่างพันธุกรรม [ 66 ]ยังใช้เป็นเครื่องหมายไมโครแซทเทลไลท์
21 แตงโมรู้จักขยายในแตงกวา ( u.reddy เผยแพร่ข้อมูลจีโนม , ) ข้อมูลเกี่ยวกับแผนที่ทั้งหมดเครื่องหมายที่ใช้ในที่นี้ ( คือลำดับของรองพื้นและนั่งร้านที่ตั้งอยู่ใน gy14 9930 และร่าง Genomes ) ไว้ในโต๊ะ S3 แฟ้ม ( เพิ่มเติม 1 ) การสกัดดีเอ็นเอใบอ่อน unexpanded จากแต่ละ F2 หรือพืชพืชที่ห้าจากแต่ละริลอยู่เป็น 2.0 มิลลิลิตรไมโครเซนตริฟิวจ์หลอดแห้งแช่แข็งไว้ในเครื่องอบแห้ง และบดให้เป็นผงละเอียด ใน highthroughput โฮโมจิไนซ์ ( Ops การวินิจฉัย , เลบานอน ,
NJ , USA ) ดีเอ็นเอจากตัวอย่างทั้งหมดถูกสกัดโดยใช้วิธี ctab [ 91 ] .
แต่ละปฏิกิริยาลูกโซ่ ) บรรจุ 25 ของแม่แบบดีเอ็นเอ , 05 μ M แต่ละไปข้างหน้าและย้อนกลับไพรเมอร์ผสม dntp 0.2 มม. 0.5 หน่วยแท็ค DNA polymerase
บัฟเฟอร์ PCR 1 × ( fermentas Glen Burnie , MD , USA ) ในปริมาตรรวม 8.8 μ L " สัมผัส " ลงโปรแกรม PCR โดยใช้ primer ชุดทั้งหมด [ 92 ] ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกพบในโพลีอะคริลาไมด์เจลขนาด 9 % หลังจากเจลรูปแบบ
วงถูกมองเห็นเงินการย้อมสีและเจลให้ภาพที่ถ่ายด้วยกล้องดิจิตอล