reactions were performed in a Perki

reactions were performed in a Perkin–Elmer GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystem). The thermal program was as follows: 95 °C for 10 min, followed by 30 cycles of 95 °C for 30 s, 60 °C for 30 s, 72 °C for 40 s, and a final extension at 72 °C for 7 min.

The profiles of amplified 16S rDNA fragments were analyzed by DGGE on the DGGE-2000 system apparatus (CBS Scientific Company, Del Mar, CA). Briefly, samples containing equal amounts of PCR products were loaded onto 8% (wt/vol) polyacrylamide gels in 1X TAE buffer with a denaturing gradient ranging from 40 to 70% denaturants (100% denaturant contains 7 M urea and 40% [vol/vol] formamide in 1X TAE). Electrophoresis was performed at 60 °C for 13 h at a constant voltage of 100 V. Following electrophoresis, the gel was stained with SYBR Gold nucleic acid stain (Invitrogen, USA) for 30 min. The images were visualized on a UV transilluminator and captured using Biovision CN 1000/26 M (Vilber Lourmat, France).

The target DGGE bands were excised, re-suspended in 20 μL of MilliQ water, and stored at 4 °C overnight. The DNA fragments that recovered from the gel were used as templates for re-amplification using a primer set without a GC-clamp. The amplified PCR products were purified and sequenced by 1st BASE, Malaysia. Sequences were compared with available databases by use of the BLAST search program from the NCBI to determine their approximate phylogenetic affiliations (Altschul et al., 1990).

2.8. Statistical analysis

Data were analyzed by SPSS program version 11. The significance of treatments was set at a P-value of less than or equal to 0.05.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปฏิกิริยาถูกดำเนินการในเพอร์ – เอลเมอ GeneAmp PCR ระบบ 9700 (ใช้ Biosystem) โปรแกรมความร้อนได้ดังนี้: 95 ° C 10 นาที ตาม ด้วยรอบ 30 95 ° c 30 s, 60 ° C 30 s, 72 ° C สำหรับ 40 s และนามสกุลเป็นขั้นสุดท้ายที่ 72 ° C เป็นเวลา 7 นาทีของส่วนขยาย 16S rDNA ถูกวิเคราะห์ โดย DGGE บนเครื่องระบบ DGGE-2000 (บริษัท CBS วิทยาศาสตร์ Del Mar, CA) สั้น ๆ ตัวอย่างที่ประกอบด้วยจำนวนเท่ากับผลิตภัณฑ์ PCR ถูกโหลดลงบนเจลที่ตรวจสอบวิเคราะห์ 8% (wt/vol) ใน 1 X TAE บัฟเฟอร์ด้วย denaturing ไล่ระดับตั้งแต่ 40 ถึง 70% denaturants (100% denaturant ประกอบด้วยยูเรีย 7 M และ 40% [vol/vol] formamide ใน 1 X TAE) อิดำเนินการ 60 ° c สำหรับ 13 ชม.ที่แรงดันไฟฟ้า 100 V คง ต่อไปนี้อิ เจถูกย้อม ด้วยย้อมกรดนิวคลีอิก SYBR ทอง (Invitrogen สหรัฐอเมริกา) 30 นาที ภาพถูกแสดงเป็นภาพบนที่ transilluminator UV และถ่ายโดยใช้ Biovision CN 1000/26 M (Vilber Lourmat ฝรั่งเศส)วงดนตรี DGGE เป้าหมายสรรพสามิต หยุดชั่วคราวอีกครั้งใน μL 20 MilliQ น้ำ และเก็บที่ 4 ° C ค้างคืน ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่กู้คืนจากเจถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายโดยใช้ไพรเมอร์ที่ตั้ง โดย GC-แคลมป์ ผลิตภัณฑ์ PCR ขยายบริสุทธิ์ และเรียงลำดับตามฐาน 1 มาเลเซีย ลำดับถูกเปรียบเทียบกับฐานข้อมูล โดยใช้โปรแกรมค้นหาระเบิดจาก NCBI เพื่อกำหนดความผูกพันผลของพวกเขาโดยประมาณ (Altschul et al. 1990)2.8. สถิติวิเคราะห์มีวิเคราะห์ข้อมูล โดยโปรแกรม SPSS รุ่นที่ 11 มีการตั้งค่าความสำคัญของการรักษาที่มีค่า P น้อยกว่า หรือเท่ากับ 0.05

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปฏิกิริยาที่ได้ดำเนินการในเพอร์กินเอลเมอ GeneAmp PCR ระบบ 9700 (Applied Biosystem) โปรแกรมการระบายความร้อนได้ดังนี้ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาทีตามด้วย 30 รอบจาก 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, 72 ° C เป็นเวลา 40 วินาทีและขยายสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 7 นาที.

โปรไฟล์ของชิ้นดีเอ็นเอ 16S rDNA วิเคราะห์ DGGE ในระบบ DGGE-2000 อุปกรณ์ (วิทยาศาสตร์ บริษัท ซีบีเอส Del Mar, CA) สั้น ๆ ตัวอย่างที่มีปริมาณที่เท่ากันของผลิตภัณฑ์ PCR ถูกโหลดลง 8% (น้ำหนัก / ปริมาตร) เจลอะคริเลตใน 1X TAE buffer ที่มีการไล่ระดับสีขั้นเปลี่ยนตั้งแต่ 40 ถึง denaturants 70% (100% denaturant มี 7 มยูเรียและ 40% [ปริมาตร / ฉบับ] formamide ใน 1X TAE) electrophoresis ได้ดำเนินการที่ 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 13 ชั่วโมงที่แรงดันไฟฟ้าคงที่ 100 โวลต์ต่อไปนี้ electrophoresis, เจลที่ถูกย้อมด้วยกรดนิวคลีอิก SYBR ทองคราบ (Invitrogen, สหรัฐอเมริกา) เป็นเวลา 30 นาที ภาพที่ได้รับการมองเห็นใน transilluminator รังสียูวีและถูกจับโดยใช้ Biovision CN 1000/26 M (Vilber Lourmat ฝรั่งเศส).

วง DGGE เป้าหมายถูกตัดอีกครั้งระงับใน 20 ไมโครลิตรน้ำ MilliQ และเก็บไว้ที่ 4 องศาเซลเซียสในชั่วข้ามคืน ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่หายจากเจลที่ถูกนำมาใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายอีกครั้งโดยใช้ชุดไพรเมอร์โดยไม่ต้อง GC-หนีบ ผลิตภัณฑ์ PCR ขยายบริสุทธิ์และลำดับขั้นตอนที่ 1 ฐานมาเลเซีย ลำดับเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลที่มีอยู่โดยการใช้โปรแกรมค้นหาระเบิดจาก NCBI เพื่อตรวจสอบความผูกพันของสายวิวัฒนาการของพวกเขาโดยประมาณ (Altschul et al., 1990).

2.8 การวิเคราะห์ทางสถิติ

วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้โปรแกรมสำเร็จรูป SPSS รุ่น 11. ความสำคัญของการรักษาที่ถูกกำหนดไว้ที่ P-ค่าน้อยกว่าหรือเท่ากับ 0.05

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปฏิกิริยาที่แสดงในเพอร์กินเอลเมอร์ geneamp PCR และระบบ 9700 ( biosystem ประยุกต์ ) โปรแกรมความร้อนดังนี้ 95 องศา C นาน 10 นาที ตามด้วย 30 รอบ 95 องศา C เป็นเวลา 30 , 60 ° C เป็นเวลา 30 วินาที , 72 ° C 40 S , และส่วนขยายสุดท้ายที่ 72 องศา C เป็นเวลา 7 นาทีโปรไฟล์ของเบส 16S rDNA เศษได้มาจากการทดลองในระบบการ dgge-2000 เครื่องมือวิทยาศาสตร์ บริษัท เดลมาร์ ( CA ) สั้น , ตัวอย่างที่มีปริมาณเท่ากันของสินค้าทั้งหมดจะถูกโหลดลง 8 % ( น้ำหนัก / ปริมาตร ) โพลีอะคริลาไมด์เจลในบัฟเฟอร์ที่มีการจัดอันดับแที่ตั้งแต่ 40 ถึง 70 % denaturants ( 100% ทำให้ผิดธรรมชาติ ประกอบด้วย 7 M ยูเรียและ 40% [ Vol / Vol ] ฟอร์มาไมด์ใน 1X แท ) วิธีทำที่ 60 ° C 13 H ที่คงที่แรงดัน 100 โวลต์ ตามวิธี เจลที่เปื้อนคราบ SYBR ทองกรดนิวคลีอิก ( Invitrogen , USA ) เป็นเวลา 30 นาที ให้ภาพการมองเห็นใน transilluminator UV และจับการใช้ biovision CN 1000 / 26 ม ( vilber lourmat , ฝรั่งเศส )เป้าหมายการทดลองรัดตัดอีกครั้ง 20 ลิตร milliq μแขวนลอยในน้ำและเก็บรักษาที่อุณหภูมิ 4 องศา C ในชั่วข้ามคืน มีชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่ได้จากเจล ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายจะใช้ไพรเมอร์ชุดไม่มี GC ที่หนีบ การขยาย PCR ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์และลำดับเบสที่ 1 โดยฐานของมาเลเซีย ลำดับ โดยเปรียบเทียบกับของฐานข้อมูลโดยใช้โปรแกรมค้นหาระเบิดจาก ncbi กำหนดความผูกพันของพวกเขา ซึ่งโดยประมาณ ( แอลเชิล et al . , 1990 )2.8 . สถิติที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลวิเคราะห์ข้อมูลด้วยโปรแกรม SPSS รุ่นที่ 11 ความสำคัญของการรักษาคือการตั้งค่าที่ p-value น้อยกว่าหรือเท่ากับ 0.05