องค์พระปฐมเจดีย์ เป็นที่ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ ของพระพุทธเจ้า เป็นที่เคารพ สักการบูชาของ บรรดา พุทธศาสนิกชนทั่วโลก ทางวัดกำหนดให้มีงานเทศกาลนมัสการองค์พระปฐมเจดีย์ ในวันขึ้น ๑๒ ค่ำ เดือน ๑๒ ถึง วันแรม ๕ ค่ำ เดือน ๑๒ รวม ๙ วัน ๙ คืน เป็น ประจำทุกปี
องค์พระปฐมเจดีย์ เป็นพระเจดีย์ใหญ่ รูประฆังคว่ำ ปากผายมหึมา โครงสร้างเป็นไม้ซุง รัดด้วยโซ่เส้นมหึมาก่ออิฐ ถือปูน ประดับด้วยกระเบื้องปูทับ ประกอบด้วยวิหาร ๔ ทิศ กำแพงแก้ว ๒ ชั้น