Genomic DNA of all the isolates of

Genomic DNA of all the isolates of endophytic fungi was
extracted using Nucleopore gDNA Fungal Bacterial Mini
Kit (Genetix, India) as per the manufacturer’s instructions.
For extraction of genomic DNA, each fungal isolate was
grown on Potato Dextrose Broth which is a liquid medium
and genomic DNA was isolated from the harvested mycelium.
For amplification of ITS-rDNA, the whole genomic DNA was
amplified in a thermocycler (Gen Amp 9700, Applied Biosystem,
US) using primer pair ITS1 (TCCGTAGGTGAACCT
GCGG) and ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC) [53]
which allow to amplify the ITS region of the fungal species.
The conditions for Polymerase Chain Reaction for ITSrDNA
amplification was 95 C for 5 min, 35 cycles of 94 C
for 45 s, 60 C for 30 s, 72 C for 45 s and final 72 C for
5 min. The product size was approximately 575 bp which was
visible in 1.2% agarose gel under UV light. The PCR product
of each isolate was purified using PCR purification kit (Fermentas,
Lithuania) as per the provided protocol. Sequencing
of the PCR product was done by a Sanger’s Dideoxy method
on applied Biosystem 3730XL (Bioloink, New Delhi, India).
The sequence of each isolate was subjected to BLAST search
(http://wwwncbinlmgov/BLAST) with NCBI database [1].
All the sequences were aligned with representative sequences
in the NCBI database using CLUSTAL W [48] and employing
MEGA 52 software, the phylogenetic analysis of the alignment
was performed with Maximum Likelihood Method.
182

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ออกดีเอ็นเอของทั้งหมดแยกของเชื้อ endophytic ถูกสกัดโดยใช้ Nucleopore gDNA มินิแบคทีเรียเชื้อราชุด (Genetix อินเดีย) ตามคำแนะนำของผู้ผลิตสำหรับสกัด DNA ออก isolate แต่ละเชื้อราได้ปลูกบนน้ำซุปมันฝรั่งเดกซ์โทรสซึ่งเป็นเหลวและออกดีเอ็นเอแยกจากยังเก็บเกี่ยวสำหรับการขยายของของ rDNA ดีเอ็นเอทั้งหมดออกเป็นขยายในเครื่อง thermocycler (Gen แอมป์ 9700 ใช้ Biosystemสหรัฐ) โดยใช้ไพรเมอร์คู่ ITS1 (TCCGTAGGTGAACCTGCGG) และ ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC) [53]ซึ่งช่วยให้สามารถขยายพื้นที่ของของสายพันธุ์เชื้อราเงื่อนไขสำหรับปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสสำหรับ ITSrDNAขยายเป็น 95 C 5 นาที 35 รอบที่ 94 Cสำหรับ 45 s, 60 C สำหรับ s, 72 C 30 45 วินาทีและสุดท้าย 72 C สำหรับ5 นาที สินค้าขนาดถูกประมาณ 575 bp ซึ่งมองเห็นได้ใน 1.2% agarose เจภายใต้แสงยูวี ผลิตภัณฑ์ PCRของแต่ละโปรตีนบริสุทธิ์โดยใช้ PCR kit ทำให้บริสุทธิ์ (Fermentasลิทัวเนีย) ตามโพรโทคอลให้ การจัดลำดับของ PCR ที่ ทำผลิตภัณฑ์ ด้วยวิธี Dideoxy Sanger เป็นบนใช้ Biosystem 3730XL (Bioloink นิวเดลี อินเดีย)ลำดับของโปรตีนแต่ละได้ภายใต้การค้นหาระเบิด(http://wwwncbinlmgov/BLAST) กับฐานข้อมูล NCBI [1]ลำดับที่สอดคล้องกับลำดับตัวแทนในฐานข้อมูล NCBI ใช้ W CLUSTAL [48] และจ้างเมกา 52 ซอฟต์แวร์ การวิเคราะห์ผลของการจัดตำแหน่งดำเนินการ ด้วยวิธีความเป็นไปได้สูงสุด182

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดีเอ็นเอของเชื้อทั้งหมดของเชื้อราเอนโดไฟท์ถูก
สกัดโดยใช้ Nucleopore gDNA เชื้อราแบคทีเรีย Mini
Kit (Genetix, อินเดีย) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต.
สำหรับการสกัดดีเอ็นเอแต่ละแยกเชื้อราได้รับการ
ปลูกใน potato dextrose น้ำซุปซึ่งเป็นอาหารเหลว
และ จีโนมดีเอ็นเอที่แยกได้จากเส้นใยเก็บเกี่ยว.
สำหรับการขยายตัวของมัน-rDNA ดีเอ็นเอจีโนมทั้งหมดถูก
ขยายใน thermocycler A (Gen Amp 9700 ประยุกต์ Biosystem,
สหรัฐอเมริกา) โดยใช้ไพรเมอร์คู่ ITS1 (TCCGTAGGTGAACCT
GCGG) และ ITS4 (TCCTCCGCTTATTGATATGC) [53 ]
ซึ่งอนุญาตให้มีการขยายพื้นที่ของเชื้อรา.
เงื่อนไขสำหรับ Polymerase Chain Reaction สำหรับ ITSrDNA
ขยายเป็น 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที, 35 รอบ 94 C
เป็นเวลา 45 วินาที, 60 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 45 วินาทีและ สุดท้าย 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา
5 นาที ขนาดสินค้าประมาณ 575 bp ซึ่ง
มองเห็นได้ในเจล agarose 1.2% ภายใต้แสงยูวี ผลิตภัณฑ์ PCR
ของแต่ละแยกบริสุทธิ์โดยใช้วิธี PCR บริสุทธิ์ Kit (Fermentas,
ลิทัวเนีย) ตามโปรโตคอลให้ การเรียงลำดับ
ของผลิตภัณฑ์ PCR ที่ได้กระทำโดยวิธี dideoxy ของแซงเจอร์
. ประยุกต์ Biosystem 3730XL (Bioloink นิวเดลีอินเดีย)
ลำดับของแต่ละแยกได้ภายใต้การค้นหาระเบิด
(http: // wwwncbinlmgov / BLAST) กับฐานข้อมูล NCBI [1] .
ลำดับทั้งหมดถูกสอดคล้องกับลำดับตัวแทน
ในฐานข้อมูล NCBI ใช้ Clustal W [48] และการจ้าง
MEGA 52 ซอฟต์แวร์การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของการจัดตำแหน่ง
ได้ดำเนินการกับวิธีที่ควรจะเป็นสูงสุด.
182