The microbial diversity of the samp

The microbial diversity of the sample was determined by PCR-DGGE. The bacterial V6–V8 region of the 16S rRNA gene was amplified using the bacterial primers U968 + GC and L1401 (Ercolini 2004) (Table 1), which amplified a 490-bp fragment, including a 40 bp GC-clamp (Table 1). Bacterial PCR was performed using the following cycle conditions: initial denaturation at 94 °C for 4 min, 30 cycles of denaturation at 94 °C for 30 s, annealing at 57 °C for 30 s, elongation at 72 °C for 45 s, and a final elongation at 72 °C for 10 min. For the fungi, the primer pair NS1 (Table 1) and the fungus-specific primer Fungi + GC (Table 1) were used to amplify a 370 bp fragment, including a 40 bp GC-clamp (Table 1). Fungal PCR was performed using the following conditions: initial denaturation at 94 °C for 5 min, 30 cycles of denaturation at 94 °C for 30 s, annealing at 58 °C for 30 s, elongation at 72 °C for 15 s, and a final elongation at 72 °C for 10 min. PCR was performed using 2.5 μl of 10× Ex Taq buffer (20 mM Mg2+, TaKaRa), 2 μl of 2.5 mM dNTP mixture, 0.25 μl of 5 units μl−1 Ex Taq polymerase (TaKaRa), 1 μl of each primer (10 μM), 1 μl of diluted template and H2O for a total of 25 μl. The products from the bacterial and fungal PCR reactions were verified by agarose gel electrophoresis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลากหลายตัวอย่างจุลินทรีย์ที่ถูกกำหนด โดย PCR DGGE ภูมิภาค V6 – V8 แบคทีเรีย 16S rRNA ยีนถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์แบคทีเรีย U968 + GC และ L1401 (Ercolini 2004) (ตาราง 1), ซึ่งขยายส่วน 490 bp รวม 40 ตัว bp GC-แคลมป์ (ตารางที่ 1) ทำ PCR แบคทีเรียใช้วงจรต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 ° C สำหรับ 4 นาที วงจร 30 การ denaturation ที่ 94 ° C สำหรับ 30 s การอบเหนียวที่ 57 ° C สำหรับ 30 s, elongation ที่ 72 ° C สำหรับ 45 s และ elongation ขั้นสุดท้ายที่ 72 ° C สำหรับ 10 นาที สำหรับเชื้อรา ที่รองพื้นคู่ NS1 (ตาราง 1) และรองพื้นเฉพาะเชื้อราเชื้อรา + GC (ตาราง 1) ใช้ขยายส่วน bp 370 รวม 40 ตัว bp GC-แคลมป์ (ตารางที่ 1) ทำ PCR เชื้อราโดยใช้เงื่อนไขต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 ° C สำหรับ 5 นาที วงจร 30 การ denaturation ที่ 94 ° C สำหรับ 30 s การอบเหนียวที่ 58 ° C สำหรับ 30 s, elongation ที่ 72 ° C 15 s และ elongation ขั้นสุดท้ายที่ 72 ° C สำหรับ 10 นาที PCR ถูกดำเนินการโดยใช้ μl 2.5 ของ 10 ×บัฟเฟอร์ Ex Taq (20 มม. Mg2 +, TaKaRa), 2 μl ผสม dNTP 2.5 mM, 0.25 μl ของ μl−1 หน่วย 5 อดีต Taq พอลิเมอเรส (TaKaRa) μl 1 แต่ละพื้น (10 μM), μl 1 แม่แตกออกและ H2O จำนวน 25 μl ผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยา PCR แบคทีเรีย และเชื้อราถูกตรวจสอบ โดย agarose เจ electrophoresis

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความหลากหลายของจุลินทรีย์ของกลุ่มตัวอย่างที่ถูกกำหนดโดยวิธี PCR-DGGE แบคทีเรียภูมิภาค V6-V8 ของยีน 16S rRNA ถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์ของแบคทีเรีย U968 + GC และ L1401 (Ercolini 2004) (ตารางที่ 1) ซึ่งการขยายส่วน 490-BP รวมถึง 40 bp GC-ยึด (ตารางที่ 1) . PCR แบคทีเรียได้รับการดำเนินการโดยใช้เงื่อนไขวงจรต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 4 นาที, 30 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 ° C เป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่ 57 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, การยืดตัวที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 45 วินาที, และการยืดตัวสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที สำหรับเชื้อรา, คู่ไพร NS1 (ตารางที่ 1) และไพรเมอร์เชื้อราเฉพาะเชื้อรา + GC (ตารางที่ 1) ถูกนำมาใช้ในการขยายส่วน 370 bp รวมถึง 40 bp GC-ยึด (ตารางที่ 1) เชื้อรา PCR ได้รับการดำเนินการโดยใช้เงื่อนไขต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที, 30 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 ° C เป็นเวลา 30 วินาที, การอบที่ 58 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาที, การยืดตัวที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 15 วินาทีและ การยืดตัวสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที PCR ได้รับการดำเนินการโดยใช้ 2.5 ไมโครลิตรของ 10 × Ex บัฟเฟอร์ Taq (20 มม Mg2 + TaKaRa) 2 ไมโครลิตรของส่วนผสม 2.5 มิลลิ dNTP, 0.25 ไมโครลิตรของ 5 หน่วยไมโครลิตร-1 Ex โพลิเมอร์ Taq (TaKaRa) 1 ไมโครลิตรของแต่ละไพรเมอร์ (10 ไมครอน) 1 ไมโครลิตรของแม่แบบเจือจางและ H2O รวมเป็น 25 ไมโครลิตร ผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยา PCR แบคทีเรียและเชื้อราได้รับการตรวจสอบโดยเจลอิเล็ก agarose

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความหลากหลายของเชื้อจุลินทรีย์ในตัวอย่างดินจากดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ . เชื้อแบคทีเรีย V6 V8 และภูมิภาคของเบส 16S rRNA ยีนโดยใช้แบคทีเรียชนิดอื่น u968 GC และ l1401 ( ercolini 2004 ) ( ตารางที่ 1 ) ซึ่งขยายขนาด 490 คู่เบส รวมทั้งยึด 40 BP GC ( ตารางที่ 1 ) ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสโดยใช้แบคทีเรียรอบเงื่อนไขต่อไปนี้ : เริ่มต้นที่ 94 ° C ( 4 นาที30 รอบ ( ที่ 94 ° C เป็นเวลา 30 วินาที annealing ที่ 57 องศา C 30 S ความยาว 72 ° C เป็นเวลา 45 วินาที และยืดสุดท้ายที่ 72 ° C เป็นเวลา 10 นาที สำหรับเชื้อรา ไพรเมอร์คู่ 1 ( ตารางที่ 1 ) และเชื้อรา โดยเฉพาะเชื้อรารองพื้น GC ( ตารางที่ 1 ) ถูกใช้เพื่อขยายขนาด 370 BP รวมทั้งยึด 40 BP GC ( ตารางที่ 1 ) ซึ่งเป็นเชื้อราโดยใช้เงื่อนไขต่อไปนี้ :( เริ่มต้นที่ 94 ° C เป็นเวลา 5 นาที 30 รอบ ( ที่ 94 ° C เป็นเวลา 30 วินาที annealing ที่ 58 องศา C 30 S ความยาว 72 ° C เป็นเวลา 15 วินาที และยืดสุดท้ายที่ 72 ° C 10 นาทีโดยการใช้ 2.5 μ L 10 ×อดีตได้ดี กันชน ( 20 มม. mg2 Takara , ) , 2 μลิตรผสม dntp 2.5 มม. , 0.25 μ L 5 หน่วยμ L − 1 เช่นแท็ก Polymerase ( ทาการะ ) 1 μ L ของแต่ละสี ( 10 μ M )1 μล. เจือจางแม่แบบและ H2O รวมเป็น 25 μลิตร ผลิตภัณฑ์ที่ได้จากแบคทีเรียและเชื้อราปฏิกิริยา PCR ได้ถูกตรวจสอบโดยกาโรสเจล