Analyzing the merit of an alignment

Analyzing the merit of an alignment is equivalent to analyzing the merit
of the corresponding path in the edit graph. Given any two strings, there
are a large number of different alignment matrices and corresponding paths
in the edit graph. Some of these have a surplus of mismatches and indels
and a small number of matches, while others have many matches and few
indels and mismatches. To determine the relative merits of one alignment
over another, we rely on the notion of a scoring function, which takes as
input an alignment matrix (or, equivalently, a path in the edit graph) and
produces a score that determines the “goodness” of the alignment. There are
a variety of scoring functions that we could use, but we want one that gives
higher scores to alignments withmorematches. The simplest functions score
a column as a positive number if both letters are the same, and as a negative
number if the two letters are different. The score for the whole alignment is
the sum of the individual column scores. This scoring scheme amounts to

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บุญของตำแหน่งการวิเคราะห์จะเหมือนกับการวิเคราะห์ในของเส้นตรงในกราฟแก้ไข กำหนดให้มีสองสาย มีมีตำแหน่งอื่นเมทริกซ์และเส้นทางที่สอดคล้องกันเป็นจำนวนมากกราฟแก้ไข เหล่านี้มี mismatches และ indelsและจำนวนตรงกัน ความตรงกันมากและน้อยขนาดเล็กindels และ mismatches กำหนดบุญสัมพันธ์ของตำแหน่งหนึ่งกว่าอีก เราอาศัยแนวคิดของฟังก์ชันให้คะแนน ซึ่งจะเป็นป้อนเมทริกซ์การจัดตำแหน่ง (หรือ equivalently เส้นกราฟแก้ไข) และให้คะแนนที่กำหนด "ความกตัญญู" ของการจัดตำแหน่ง มีความหลากหลายของฟังก์ชันการให้คะแนนที่เราสามารถใช้ แต่เราต้องการที่ให้คะแนนสูงกว่าการจัดแนว withmorematches คะแนนฟังก์ชันที่ง่ายที่สุดคอลัมน์ เป็นตัวเลขค่าบวกถ้าทั้งสองตัวเหมือน และการลบหมายเลขถ้าตัวอักษรสองแตกต่างกัน คะแนนสำหรับตำแหน่งทั้งหมดผลรวมของคะแนนแต่ละคอลัมน์ โครงร่างนี้ให้คะแนนยอดเงิน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์บุญของการจัดตำแหน่งเทียบเท่ากับการวิเคราะห์บุญ
ของเส้นทางที่สอดคล้องกันในกราฟการแก้ไข ใดก็ตามสองสายที่มี
อยู่เป็นจำนวนมากของการฝึกอบรมการจัดตำแหน่งที่แตกต่างกันและเส้นทางที่สอดคล้องกัน
ในกราฟการแก้ไข บางส่วนของเหล่านี้มีการเกินดุลที่ไม่ตรงกันและ indels
และขนาดเล็กจำนวนมากของการแข่งขันขณะที่คนอื่นมีการแข่งขันจำนวนมากและไม่กี่
indels และไม่ตรงกัน การตรวจสอบบุญสัมพันธ์ของการจัดตำแหน่งหนึ่ง
ไปอีกที่เราจะพึ่งพาความคิดของฟังก์ชั่นการให้คะแนนซึ่งจะเป็น
อินพุทเมทริกซ์การจัดตำแหน่ง (หรือเท่ากันเส้นทางที่อยู่ในรูปแบบของกราฟแก้ไข) และ
ก่อให้คะแนนที่กำหนด "ความดี" ของการจัดตำแหน่ง มี
ความหลากหลายของฟังก์ชั่นการให้คะแนนที่เราจะได้ใช้ แต่เราต้องการหนึ่งที่ช่วยให้
ได้คะแนนที่สูงขึ้นเพื่อจัดแนว withmorematches ฟังก์ชั่นที่ง่ายคะแนน
คอลัมน์เป็นจำนวนบวกถ้าตัวอักษรทั้งสองเหมือนกันและเป็นเชิงลบ
จำนวนถ้าตัวอักษรสองตัวจะแตกต่างกัน คะแนนสำหรับการจัดตำแหน่งทั้งหมดเป็น
ผลรวมของคะแนนแต่ละคอลัมน์ รูปแบบการให้คะแนนจำนวนนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิเคราะห์คุณค่าของการจัดเทียบเท่ากับการวิเคราะห์บุญ
ของเส้นทางที่สอดคล้องกันในการแก้ไขกราฟ ให้ 2 สาย มี
เป็นจํานวนมากที่แตกต่างกันและสอดคล้องกันในเมทริกซ์แนวเส้นทาง
ในแก้ไขกราฟ เหล่านี้บางส่วนมีการส่งออกและความไม่ indels
และจำนวนเล็ก ๆของการแข่งขัน ในขณะที่คนอื่น ๆมีการแข่งขันมากและไม่กี่ และความไม่ indels
.เพื่อตรวจสอบญาติของแนวร่วม
มากกว่าอีก เราพึ่งความคิดของการให้คะแนนการทำงาน ซึ่งจะเป็นแนว
ใส่เมทริกซ์ ( หรือ ก้อง เป็นเส้นทางในการแก้ไขกราฟ ) และ
ผลิตคะแนนที่กำหนด " ความดี " ของแนว มีความหลากหลายของฟังก์ชั่น
คะแนนที่เราใช้ แต่เราต้องการคนที่จะช่วยให้คะแนนสูงกับการ withmorematches
.ฟังก์ชันที่ง่ายคะแนน
คอลัมน์ที่เป็นตัวเลขบวกถ้าตัวอักษรที่เหมือนกัน และเป็นตัวเลขลบ
ถ้าสองตัวอักษรที่แตกต่างกัน คะแนนสำหรับการทั้งหมด
ผลรวมของคะแนนแต่ละคอลัมน์ . นี้คะแนนของจํานวน