Ahmed R. Elbeltagy , Animal Product

Ahmed R. Elbeltagy , Animal Production Research Institute, Cairo, Egypt
Eui-Soo Kim , Iowa State University, Ames, IA
Adel M. Aboul-Naga , Animal Production Research Institute, Cairo, Egypt
Barbara Rischkowsky , Intern. Center for Agric. Res. in the Dry Areas, ICARDA, Addis Ababa, Ethiopia
Max F. Rothschild , Iowa State University, Ames, IA
Barki sheep and goats are indigenous to the Coastal Zone of the Western Desert in Egypt, and thus well adapted to desert conditions. In an initiative to characterize the genomic regions involved in adaptation to heat stress, 68 Barki sheep and 59 Barki goats, were genotyped using Illumina 50k SNP chips. The genotyped animals represented heat tolerant and susceptible phenotypes that had been selected from 240 sheep and 147 goats. Tolerance levels to heat stress were defined by a physiological index composed of observed changes in thermal, respiratory and heat production parameters after exposure to physical exercise under high temperature. Signatures of natural selection were examined based on the extent of haplotype homozygosity (iHS). Several candidate regions were detected across the genome. Similarity of these small ruminant genomes allowed finding evidence of common selection between goats and sheep under the same geographic region. Barki share a consensus selection signature that is located in a conserved syntenic segment between 35 and 43 Mb on chromosome 10 in sheep and chromosome 12 in goats. The FST analysis of European Texel and Romney sheep vs. Barki sheep, demonstrated substantial genomic differences, whereas Barki goats did not show explicit differences when compared to the Mediterranean LaMancha goat. Association of stress tolerance traits with candidate autosomal regions was also examined. The results present an example of consensus signatures of natural selection and initiate GWAS studies for tolerance to heat stress. This may provide signals to identify genes of adaptation to the studied desert conditions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Ahmed R. Elbeltagy สัตว์ผลิต สถาบันวิจัย ไคโร อียิปต์Eui เพื่อคิม มหาวิทยาลัยรัฐไอโอวา อาเมส IAAdel M. Aboul นาค สัตว์ผลิต สถาบันวิจัย ไคโร อียิปต์บาร์บารา Rischkowsky ช่างเทคนิคฝึกหัด ศูนย์ทรัพยากร Agric. ในพื้นที่แห้ง ICARDA แอดดิสอบาบา เอธิโอเปียสูงสุด F. Rothschild มหาวิทยาลัยรัฐไอโอวา อาเมส IABarki sheep and goats are indigenous to the Coastal Zone of the Western Desert in Egypt, and thus well adapted to desert conditions. In an initiative to characterize the genomic regions involved in adaptation to heat stress, 68 Barki sheep and 59 Barki goats, were genotyped using Illumina 50k SNP chips. The genotyped animals represented heat tolerant and susceptible phenotypes that had been selected from 240 sheep and 147 goats. Tolerance levels to heat stress were defined by a physiological index composed of observed changes in thermal, respiratory and heat production parameters after exposure to physical exercise under high temperature. Signatures of natural selection were examined based on the extent of haplotype homozygosity (iHS). Several candidate regions were detected across the genome. Similarity of these small ruminant genomes allowed finding evidence of common selection between goats and sheep under the same geographic region. Barki share a consensus selection signature that is located in a conserved syntenic segment between 35 and 43 Mb on chromosome 10 in sheep and chromosome 12 in goats. The FST analysis of European Texel and Romney sheep vs. Barki sheep, demonstrated substantial genomic differences, whereas Barki goats did not show explicit differences when compared to the Mediterranean LaMancha goat. Association of stress tolerance traits with candidate autosomal regions was also examined. The results present an example of consensus signatures of natural selection and initiate GWAS studies for tolerance to heat stress. This may provide signals to identify genes of adaptation to the studied desert conditions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อาเหม็ดอาร์ Elbeltagy, ผลิตสัตว์สถาบันวิจัยกรุงไคโรประเทศอียิปต์
Eui ซูคิม, Iowa State University, เอมส์, ไอโอวา
เดลเอ็ม Aboul-นาคผลิตสัตว์สถาบันวิจัยกรุงไคโรประเทศอียิปต์
Rischkowsky บาร์บาร่า, Intern ศูนย์ Agric Res ในพื้นที่แห้ง ICARDA แอดดิสอาบาบาเอธิโอเปีย
แม็กซ์เอฟ Rothschild, Iowa State University, เอมส์, ไอโอวา
Barki แกะและแพะเป็นชนพื้นเมืองไปยังเขตชายฝั่งของทะเลทรายตะวันตกในอียิปต์และทำให้ปรับตัวได้ดีกับสภาพทะเลทราย ในความคิดริเริ่มที่จะอธิบายลักษณะภูมิภาคจีโนมที่เกี่ยวข้องในการปรับตัวเพื่อให้ความร้อนความเครียด 68 Barki แกะและแพะ 59 Barki ถูก genotyped ใช้ Illumina 50k ชิป SNP สัตว์ genotyped ตัวแทน phenotypes ร้อนใจกว้างและอ่อนไหวที่ได้รับการคัดเลือกจาก 240 แกะและแพะ 147 ระดับความทนทานต่อความร้อนความเครียดที่ถูกกำหนดโดยดัชนีสรีรวิทยาประกอบด้วยการเปลี่ยนแปลงที่สังเกตในการระบายความร้อนระบบทางเดินหายใจและพารามิเตอร์การผลิตความร้อนหลังจากที่สัมผัสกับการออกกำลังกายภายใต้อุณหภูมิสูง ลายเซ็นการคัดเลือกโดยธรรมชาติมีการตรวจสอบขึ้นอยู่กับขอบเขตของ haplotype homozygosity (ไอเอชเอ) ภูมิภาคที่ผู้สมัครหลายคนถูกตรวจพบทั่วทั้งจีโนม ความคล้ายคลึงกันของจีโนมของสัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็กเหล่านี้ได้รับอนุญาตให้หาหลักฐานของการเลือกร่วมกันระหว่างแพะและแกะภายใต้พื้นที่ทางภูมิศาสตร์เดียวกัน Barki แบ่งปันลายเซ็นฉันทามติเลือกที่อยู่ในส่วน syntenic อนุรักษ์ระหว่าง 35 และ 43 Mb บนโครโมโซม 10 โครโมโซมแกะและแพะ 12 การวิเคราะห์ของ FST Texel ยุโรปและรอมนีย์แกะกับแกะ Barki แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญจีโนมในขณะที่แพะ Barki ไม่ได้แสดงความแตกต่างอย่างชัดเจนเมื่อเทียบกับแพะเมดิเตอร์เรเนียน Lamancha สมาคมของลักษณะความทนทานต่อความเครียดกับภูมิภาค autosomal ผู้สมัครยังได้รับการตรวจสอบ ผลนำเสนอตัวอย่างของลายเซ็นฉันทามติของการคัดเลือกโดยธรรมชาติและเริ่มต้นการศึกษา GWAS สำหรับความทนทานต่อความร้อนความเครียด นี้อาจให้สัญญาณในการระบุยีนของการปรับตัวในการศึกษาสภาพทะเลทราย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อาเหม็ด อาร์ elbeltagy การผลิตสัตว์ , สถาบันวิจัย , ไคโร , อียิปต์
อึยซูคิม มหาวิทยาลัยมลรัฐไอโอวา เอมส์ , IA
เดล ม. aboul นาค , สถาบันวิจัยและพัฒนาการผลิตสัตว์ , ไคโร , อียิปต์
Barbara rischkowsky เด็กฝึกงาน ศูนย์ Agric . ศาสตร์ในพื้นที่บริการ icarda แอดดิสอาบาบา ประเทศเอธิโอเปีย , F .
แมกซ์ Rothschild , มหาวิทยาลัยมลรัฐไอโอวา เอมส์ , IA
แกะและแพะพื้นเมือง บากิไปยังชายฝั่งตะวันตกของทะเลทรายในอียิปต์ และดังนั้นจึง ได้ดัดแปลงสภาพทะเลทราย ในการริเริ่มเพื่อวิเคราะห์จีโนมภูมิภาคมีส่วนร่วมในการปรับตัวต่อความเครียดจากความร้อน , 68 และ บากิ แพะ แกะ บากิ 59 , genotyped ใช้ Illumina 50K SNP ชิปการ genotyped สัตว์แสดงความร้อนใจกว้างไวฟีโนไทป์ที่ได้รับเลือกจาก 147 240 แกะและแพะ ความอดทนระดับความเครียดความร้อนถูกกำหนดโดยทางสรีรวิทยาประกอบด้วยดัชนีสังเกตการเปลี่ยนแปลงในความร้อน , การหายใจและการผลิตความร้อนพารามิเตอร์หลังจากการออกกำลังกายภายใต้อุณหภูมิสูงลายเซ็นของ ธรรมชาติ การเลือกศึกษาตามขอบเขตของพบ homozygosity ( IHS ) ภูมิภาคของผู้สมัครหลายที่ถูกตรวจพบในจีโนม . ความเหมือนของสัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็กเหล่านี้หาอนุญาต การหาหลักฐานการคัดเลือกร่วมกันระหว่างแพะและแกะในพื้นที่ทางภูมิศาสตร์เดียวกันแบ่งปันฉันท์ บากิเลือกลายเซ็นที่อยู่ในป่าสงวน syntenic ส่วนระหว่าง 35 และ 43 MB บนโครโมโซม 10 ในโครโมโซม 12 ในแกะและแพะ การวิเคราะห์ f ของ Texel ยุโรปและรอมนีย์แกะกับแกะ บากิ แสดงให้เห็นถึงความแตกต่างอย่างมาก ในขณะที่ บากิ แพะไม่แสดงความแตกต่างอย่างชัดเจนเมื่อเทียบกับแพะทะเลเมดิเตอร์เรเนียนลาแมนซา .สมาคมของความทนทานต่อความเครียดลักษณะผู้สมัคร autosomal ภูมิภาคยังตรวจสอบ ผลตัวอย่างเอกฉันท์ลายเซ็นของการคัดเลือกโดยธรรมชาติและเริ่มต้น gwas ศึกษาเพื่อความทนทานต่อความเครียดความร้อน นี้อาจมีสัญญาณของการปรับตัวเพื่อการระบุยีนที่ศึกษาทะเลทรายเงื่อนไข