Transcriptome Sequencing and Assemb

Transcriptome Sequencing and Assembly: Alaskan Samples
Tissue biopsies were obtained from two male bowhead whales harvested by
Inupiat hunters at Barrow, Alaska during the Fall hunt of 2010; heart, cerebellum,
liver, and testes were biopsied from male bowhead number 10B16,
and retina from male bowhead 10B20. Samples were immediately placed in
liquid nitrogen and transported in a dry shipper to Purdue University. RNA
was extracted using TRIZOL reagent (Invitrogen) following the manufacturer’s
protocol. RNA was purified using an Invitrogen PureLink Micro-to-Midi columns
from the Total RNA Purification System using the standard protocol.
RNA quantity and quality was estimated with a spectrophotometer (Nanodrop)
and by gel electrophoresis using an Agilent model 2100 Bioanalyzer. cDNA
libraries were constructed by random priming of chemically sheared poly A
captured RNA. Randomly primed DNA products were blunt ended. Products
from 450–650 bp were then isolated using a PippenPrep. After the addition
of an adenine to the fragments, a Y primer amplification was used to produce
properly tailed products. Paired-end sequences of 100 bp per end were generated
using the Illumina HiScan platform. Sequences with primer concatamers,
weak signal, and/or poly A/T tails were culled. The Trinity software package for
de novo assembly (Grabherr et al., 2011) was used for transcript reconstruction
(Table S1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Transcriptome ลำดับและแอสเซมบลี: ตัวอย่างของอะแลสกาประสาทการตรวจชิ้นเนื้อเนื้อเยื่อได้รับจากปลาวาฬ bowhead ชายสองเก็บเกี่ยวโดยล่านายพราน Inupiat ที่บาร์โร อลาสก้าในช่วงฤดูใบไม้ร่วงของปี 2010 หัวใจ ซีรีเบลลัมตับ ลิ้มนำ biopsied จาก bowhead ชายหมายเลข 10B16และเรตินาจาก bowhead ชาย 10B20 ตัวอย่างถูกเก็บไว้ในทันทีไนโตรเจนเหลว และขนส่งในผู้จัดส่งสินค้าแห้งมหาวิทยาลัยเพอร์ดู อาร์เอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ TRIZOL รีเอเจนต์ (Invitrogen) ของผู้ผลิตต่อไปนี้โพรโทคอลการ อาร์เอ็นเอที่บริสุทธิ์โดยใช้คอลัมน์ Invitrogen PureLink ไมโครกับ-Midi เป็นจากระบบฟอกอาร์เอ็นเอทั้งหมดโดยใช้โพรโทคอลมาตรฐานอาร์เอ็นเอปริมาณและคุณภาพถูกประเมิน ด้วยเครื่องทดสอบกรดด่าง (Nanodrop)และ โดยเจ electrophoresis Agilent ใช้รุ่น 2100 Bioanalyzer cDNAไลบรารีถูกสร้าง โดยการสุ่มด้วยของ A ตัดสารเคมีโพลีอาร์เอ็นเอที่จับ ผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอมีการรองสุ่มได้ทื่อสิ้นสุด ผลิตภัณฑ์จาก 450 – 650 bp ได้แยกต่างหากโดยใช้การ PippenPrep หลังจากการเพิ่มของ adenine กับชิ้นส่วน การขยายพื้น Y ถูกใช้ในการผลิตผลิตภัณฑ์หางอย่างถูกต้อง สุดท้ายจับคู่ลำดับ 100 bp ต่อท้ายเกิดใช้แพลตฟอร์ม Illumina HiScan ลำดับกับรองพื้น concatamersสัญญาณอ่อน และ/หรือโพลี A/T หางถูก culled ทรินิตี้ซอฟต์แวร์แพคเกจสำหรับใช้สำหรับฟื้นฟูเสียงบรรยายประกอบ de novo (Grabherr et al., 2011)(ตาราง S1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยีนลำดับและสภา:
ตัวอย่างอลาสก้าขริบเนื้อเยื่อที่ได้รับจากสองวาฬbowhead
ชายเก็บเกี่ยวโดยนักล่าอินูเปียตสาลี่อลาสกาล่าในช่วงฤดูใบไม้ร่วงของปี2010; หัวใจสมอง,
ตับและอัณฑะถูก biopsied จากจำนวน bowhead ชาย 10B16,
และจอตาจากชาย bowhead 10B20
ตัวอย่างถูกวางไว้ทันทีในไนโตรเจนเหลวและการขนส่งในการขนส่งสินค้าแห้งมหาวิทยาลัยเพอร์ดู อาร์เอ็นเอถูกสกัดโดยใช้น้ำยา Trizol (Invitrogen) ดังต่อไปนี้ผู้ผลิตโปรโตคอล อาร์เอ็นเอบริสุทธิ์โดยใช้คอลัมน์ Invitrogen PureLink ไมโครเพื่อ Midi จากระบบรวม RNA บริสุทธิ์โดยใช้โปรโตคอลมาตรฐาน. ปริมาณอาร์เอ็นเอและคุณภาพเป็นที่คาดกันกับสเปก (Nanodrop) และข่าวคราวโดยใช้รูปแบบการ Agilent 2100 Bioanalyzer ยีนห้องสมุดที่ถูกสร้างขึ้นโดยการสุ่มของรองพื้นตัดเคมีโพลีจับอาร์เอ็นเอ primed สุ่มผลิตภัณฑ์ดีเอ็นเอถูกทื่อสิ้นสุดวันที่ สินค้าที่450-650 bp ถูกแยกแล้วใช้ PippenPrep หลังจากการเพิ่มของ adenine เศษที่เป็นไพรเมอร์ขยาย Y ถูกนำมาใช้ในการผลิตผลิตภัณฑ์เทลด์ได้อย่างถูกต้อง ลำดับที่จับคู่สิ้น 100 bp ต่อท้ายถูกสร้างขึ้นโดยใช้แพลตฟอร์มIllumina HiScan ลำดับ concatamers กับไพรเมอร์, สัญญาณอ่อนแอและ / หรือโพลีหาง / T ถูกคัดมา แพคเกจทรีนีตี้ซอฟแวร์สำหรับโนโวชุมนุม (Grabherr et al., 2011) ถูกนำมาใช้สำหรับการฟื้นฟูหลักฐาน (ตาราง S1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับทราน ริปโตมและประกอบ : อลาสก้า เนื้อเยื่อเซลล์ที่ได้จากตัวอย่าง

สองชาย bowhead ปลาวาฬเก็บเกี่ยวโดยนักล่า inupiat ที่ Barrow , อลาสกาในช่วงฤดูใบไม้ร่วงล่า 2010 ; หัวใจสมองส่วนล่าง
ตับ ตัว biopsied จาก 10b16 หมายเลข bowhead ชาย
และเรตินา จาก 10b20 bowhead ชาย จำนวนทันทีวางไว้ใน
ไนโตรเจนเหลว และขนส่งในผู้ส่งแห้งมหาวิทยาลัยเพอร์ดู อาร์เอ็นเอ
ถูกสกัดโดยใช้ trizol Reagent ( Invitrogen ) ทำตามขั้นตอนของ
ผู้ผลิต อาร์เอ็นเอบริสุทธิ์ใช้ MIDI purelink Invitrogen ไมโครคอลัมน์
จากผลรวม RNA ฟอกระบบโดยใช้โปรโตคอลมาตรฐาน คุณภาพและปริมาณ RNA
ประมาณกับ Spectrophotometer (
nanodrop )และโดยวิธีเจลใช้เลนต์รุ่น 2100 bioanalyzer . ห้องสมุด cDNA
ถูกสร้างโดยการสุ่มของปั๊มเคมี sheared โพลีเป็น
จับ RNA สุ่ม primed DNA ผลิตภัณฑ์ทื่อสิ้นสุด สินค้า
จาก 450 – 650 BP แล้วแยกใช้ pippenprep . หลังจากเติมของเพศตรงข้ามกับเศษ
, y ( ไพรเมอร์ใช้ผลิต
อย่างถูกต้องตามผลิตภัณฑ์คู่สุดท้าย ลำดับ 100 BP ต่อสิ้นสุดขึ้น
ใช้แพลตฟอร์ม Illumina hiscan . ลำดับด้วยไพรเมอร์ concatamers
, สัญญาณอ่อน และ / หรือโพลี / T หางถูกคัดออกหมด แพคเกจซอฟต์แวร์ที่ทรินิตี้สำหรับ
อีกครั้งประกอบ ( grabherr et al . , 2011 ) ใช้บันทึกการฟื้นฟู
( ตาราง S1 )