Quantifying OEU reproducibility acr

Quantifying OEU reproducibility across OEU calling methodologies. To compare
the effects of different OEU-calling algorithms, OEU calling was performed as
described for the main 2013 data set except replacing the Euclidean distance
(L2 norm) with the L1 distance (Bray–Curtis).
Statistical methodology quantifying OEU reproducibility. To quantify the
reproducibility of the OEUs between time points or between sample preparation
methods, we computed the numbers of pairs of OTUs such that the following applied:
• Both OTUs are present in both data sets (for example, in both the 2008 and 2013
data sets).
• Both OTUs were in the same OEU in both data sets (for example, OTUs A and B
were both in OEU X in the 2008 data set and both in OEU Y in the 2013 data set).
We compared this number of pairs against the number of pairs satisfying the same
criteria that would arise at random, specifically, if we randomly shuffled the
abundances of OTUs in each sample before computing the Euclidean distance
between OTUs.
Reference OTU selection. Reference OTUs were selected by matching the Illumina
OTUs to Sanger clone sequences. Only exact matches between the 77 bp Illumina
OTUs and Sanger clones were considered. Three Illumina OTUs matched multiple
Sanger clones with nucleotide distances between clones larger than 0.1 and resulted
in OTU distributions that were the product of two distinct organismal signals. These
were corrected by aligning Sanger clone sequences to identify discriminating bases 5′
of the Illumina OTU sequence end point. One or two differentiating bases were
identified for each of the three cases and the length of sequence required to
differentiate between the two sequences was determined. Once a unique sequence

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เชิงปริมาณ OEU แสดงใน OEU เรียกวิธี การเปรียบเทียบผลอัลกอริทึมต่าง ๆ โทร OEU, OEU โทรได้ดำเนินการเป็นอธิบายชุดข้อมูล 2013 หลักยกเว้นแทนระยะทางแบบยุคลิด(ปกติ L2) มีระยะ L1 (Bray – เคอร์ติส)ระเบียบวิธีทางสถิติเชิงปริมาณ OEU แสดง การวัดปริมาณการทำสำเนาของ OEUs ระหว่างจุดเวลา หรือ ระหว่างการเตรียมตัวอย่างวิธี เราคำนวณเลขคู่ของ OTUs ซึ่งนำไปใช้ต่อไปนี้:• OTUs ทั้งสองมีอยู่ในทั้งสองชุดข้อมูล (ตัวอย่าง ในการ 2008 และ 2013ชุดข้อมูล)• OTUs ทั้งสองอยู่ใน OEU เดียวกันในทั้งสองชุดข้อมูล (เช่น OTUs A และ Bใช้ได้ทั้งใน OEU X ในชุดข้อมูล 2008 และทั้งใน OEU Y ในชุดข้อมูล 2013)เราเปรียบเทียบจำนวนคู่กับจำนวนคู่ที่น่าพอใจเหมือนกันเกณฑ์ที่จะเกิดขึ้นที่สุ่ม เฉพาะ ถ้าเราสับแบบสุ่มร้านของ OTUs ในแต่ละอย่างก่อนคำนวณระยะทางแบบยุคลิดระหว่าง OTUsการเลือก OTU อ้างอิง เลือก โดยการจับคู่การ Illumina OTUs อ้างอิงOTUs การ Sanger โคลนลำดับ เฉพาะ ตรงตรงระหว่าง 77 bp IlluminaOTUs และ Sanger โคลนถูกนำมาพิจารณา สาม Illumina OTUs ตรงหลายSanger โคลนกับระยะทางของนิวคลีโอไทด์ระหว่างโคลนมากกว่า 0.1 และส่งผลให้ในการกระจาย OTU ที่ผลิตภัณฑ์ของสองสัญญาณ organismal ที่แตกต่าง เหล่านี้ถูกแก้ไขโดยลำดับโคลน Sanger ระบุ 5 ′ฐานเหยียดอย่างของจุดสิ้นสุดลำดับ Illumina OTU หนึ่ง หรือสองฐานที่แตกต่างอย่างมีระบุสำหรับแต่ละกรณีสามและความยาวของลำดับที่ต้องการแยกความแตกต่างระหว่างสองกำหนดลำดับ เมื่อลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปริมาณการทำสำเนา OEU ข้ามวิธีการโทร OEU เพื่อเปรียบเทียบ
ผลกระทบที่แตกต่างกันของอัลกอริทึม OEU โทรที่ OEU โทรได้ดำเนินการตาม
ที่อธิบายไว้สำหรับหลัก 2013 ข้อมูลที่กำหนดยกเว้นการเปลี่ยนระยะทางยุคลิด
(L2 บรรทัดฐาน) กับ L1 ระยะทาง (Bray-เคอร์ติ).
วิธีการทางสถิติปริมาณ OEU การทำสำเนา ต้องการปริมาณ
การทำสำเนาของ OEUs ระหว่างจุดเวลาหรือระหว่างการเตรียมสารตัวอย่าง
วิธีการที่เราคำนวณตัวเลขของคู่ Otus ดังกล่าวว่าต่อไปนี้ใช้:
•ทั้งสอง Otus ที่มีอยู่ในทั้งสองชุดข้อมูล (ตัวอย่างเช่นในทั้ง 2008 และ 2013
ข้อมูล ชุด).
•ทั้งสอง Otus อยู่ใน OEU เดียวกันในทั้งสองชุดข้อมูล (เช่น Otus A และ B
มีทั้งใน OEU X ในชุดข้อมูลปี 2008 และทั้งใน OEU Y ในชุด 2013 ข้อมูล).
เราเมื่อเทียบกับจำนวนนี้ คู่กับจำนวนคู่ที่น่าพอใจเดียวกัน
เกณฑ์ที่จะเกิดขึ้นโดยการสุ่มโดยเฉพาะถ้าเราสุ่มสับ
อนุภาค Otus ในแต่ละตัวอย่างก่อนที่จะคำนวณระยะทางยุคลิด
ระหว่าง Otus.
เลือกอ้างอิง OTU อ้างอิง Otus ได้รับการคัดเลือกโดยการจับคู่ Illumina
Otus แซงเจอร์ลำดับโคลน เพียง แต่ที่แน่นอนตรงระหว่าง 77 bp Illumina
Otus และแซงเจอร์โคลนได้รับการพิจารณา สาม Illumina Otus จับคู่หลาย
โคลนแซงเจอร์เบื่อหน่ายด้วยระยะทางระหว่างโคลนขนาดใหญ่กว่า 0.1 และส่งผล
ในการกระจาย OTU ที่มีสินค้าของสัญญาณทั้งสองมีชีวิตที่แตกต่างกัน เหล่านี้
ได้รับการแก้ไขโดยจัดลำดับแซงเจอร์โคลนเพื่อแจ้งฐานเหยียด 5 '
ของจุด Illumina OTU ลำดับท้าย หนึ่งหรือสองฐานความแตกต่างได้รับการ
ระบุสำหรับแต่ละกรณีที่สามและความยาวของลำดับที่จำเป็นในการ
แยกความแตกต่างระหว่างสองลำดับถูกกำหนด เมื่อมีการเรียงลำดับไม่ซ้ำกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปริมาณคาร์บอนใน oeu oeu เรียกวิธีการ เพื่อเปรียบเทียบผลที่แตกต่างกัน oeu เรียกขั้นตอนวิธี oeu เรียกได้เป็นอธิบายหลัก 2013 ข้อมูลชุดยกเว้นแทนระยะทางแบบยุคลิด( L2 L1 C ) กับระยะทาง ( เบรย์ ( เคอร์ติส )วิธีการทางสถิติ oeu ปริมาณคาร์บอน ช่วงตรวจสอบของ oeus ระหว่างเวลาจุด หรือระหว่างการเตรียมตัววิธีการที่เราคำนวณตัวเลขของคู่ในที่ใช้ต่อไปนี้ :บริการทั้งในที่มีอยู่ในข้อมูลทั้งสองชุด ( ตัวอย่างเช่นในปี 2013 ทั้งชุดข้อมูล )บริการทั้งในใน oeu เดียวกันในข้อมูลทั้งสองชุด ( ตัวอย่างเช่นใน A และ Bทั้งใน oeu x ใน 2008 ข้อมูลชุด และทั้งใน oeu Y ใน 2013 ชุดข้อมูล )เราเทียบจํานวนนี้คู่กับหมายเลขของคู่ที่น่าพอใจเหมือนกันเกณฑ์ที่จะเกิดขึ้นแบบสุ่ม โดยเฉพาะถ้าเราสุ่มสับที่ของในในแต่ละตัวอย่าง abundances ก่อนการคำนวณระยะทางแบบยุคลิดระหว่างใน .การเลือก otu อ้างอิง การอ้างอิงในสุ่มตัวอย่างโดยการจับคู่ Illuminaการโคลนใน แซงเกอร์ ลำดับ แต่แน่นอน การแข่งขันระหว่าง 77 BP Illuminaใน แซงเกอร์ โคลนและพิจารณาด้วย สาม Illumina ในตรงกันหลายแซงเกอร์โคลนยีนระยะทางระหว่างโคลนขนาดใหญ่กว่า 0.1 และผลในการแจกแจงที่ otu ผลิตภัณฑ์สองสัญญาณ organismal แตกต่างกัน เหล่านี้ถูกแก้ไขโดยการจัดเรียงลำดับแซงเจอร์โคลนการระบุจำแนกฐาน 5 ’ของ Illumina otu ลำดับจุดจบ หนึ่งหรือสองการฐานคือการระบุสำหรับแต่ละสามราย และความยาวของลำดับ ต้องความแตกต่าง ระหว่าง สองลำดับจะถูกนำ เมื่อลำดับกัน