One of my favorite things to do wit

One of my favorite things to do with a student the first time they work with DNA plasmid preps is to have them run an agarose gel containing 2 samples: uncut plasmid DNA, and plasmid DNA that has been linearized with an restriction enzyme. I love to have them try and figure out the banding pattern of uncut plasmid DNA (why do you see 2-3 bands?) versus the single band of linearized DNA (and why do all bands convert to 1 band when linearized?).

I like this exercise because understanding the forms they are seeing on the gel requires an understanding of the nature of DNA. In this article I will focus on the four most common species of plasmid DNA observed on a gel and how to recognize them. And in my next article I’ll cover how to increase recovery of the desired supercoiled species.
When plasmid DNA is isolated and run on an agarose gel, you may observe 2, 3 or even 4 or more bands. Hopefully the majority of your isolated DNA will be supercoiled DNA, but other forms can also crop up. How these forms will show up on an agarose gel (in terms of relative migration speeds) is shown in the diagram below.
Supercoiled Plasmid

Supercoiled DNA is the native confirmation found in vivo and occurs when extra twists are introduced into the double helix strand. People often compare the forms of DNA to rubber bands or telephone cords (I know some you must still remember phones with cords!). If you over twist a rubber band or telephone cord, coils stack up upon one another introducing tension. In the case of plasmid preps, this superhelical tension cannot be relieved because the ends of the plasmid are joined together. Supercoiled DNA migrates faster than predicted in an agarose gel due to its conformation. Supercoiled DNA is the desired species when isolating plasmid DNA.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สิ่งที่ฉันชอบที่จะทำกับนักเรียนเป็นครั้งแรกที่พวกเขาทำงานกับเตรียม plasmid DNA อย่างใดอย่างหนึ่งคือการให้เรียกใช้เป็นเจล agarose ประกอบด้วยตัวอย่างที่ 2: ขาว plasmid DNA และ plasmid DNA ที่ได้รับเส้นตรง ด้วยเอนไซม์จำกัด ผมชอบที่จะได้ลอง และคิดออกลายแถบขาว plasmid DNA (ทำไมคุณเห็นวง 2-3) เมื่อเทียบกับสายเดี่ยวของดีเอ็นเอเส้นตรงแล้ว (และทำไมไม่สายทั้งหมดแปลงเป็น 1 วงเมื่อเส้นตรง)ชอบออกกำลังกายนี้ทำความเข้าใจในรูปแบบที่พวกเขาเห็นบนเจต้องมีความเข้าใจธรรมชาติของดีเอ็นเอ ในบทความนี้ ผมจะเน้นสี่สายพันธุ์ที่พบมากที่สุดของ plasmid DNA สังเกตบนเจลและวิธีการรู้จักพวกเขา และในบทความถัดไปของฉัน ฉันจะครอบคลุมวิธีการเพิ่มการกู้คืน supercoiled พันธุ์ที่ต้องการเมื่อแยก และเรียกใช้บนตัวเจล agarose plasmid DNA คุณอาจสังเกตเห็นวงที่ 2, 3 หรือแม้กระทั่ง 4 หรือมากกว่า หวังว่าส่วนใหญ่ของดีเอ็นเอของคุณแยกจะเป็น supercoiled ดีเอ็นเอ แต่ในรูปแบบอื่น ๆ ยังสามารถเกิดขึ้นได้ วิธีแบบฟอร์มเหล่านี้จะแสดงบนตัวเจล agarose (ในแง่ของความเร็วสัมพัทธ์โยกย้าย) แสดงในแผนภาพด้านล่างนี้Supercoiled PlasmidSupercoiled ดีเอ็นเอยืนยันดั้งเดิมที่พบในร่างกาย และเกิดขึ้นเมื่อเพิ่มบิดจะนำเข้าสู่สาระเกลียวคู่ ท่านมักจะเปรียบเทียบรูปแบบดีเอ็นเอการยางหรือสายโทรศัพท์ (ฉันรู้ว่าบางคนนอกจากนี้คุณยังต้องจำโทรศัพท์มือถือ มีสาย) ถ้าคุณไปบิดยางรัดหรือสายโทรศัพท์ ขดลวดกองซ้อนเมื่อคนอื่นนำความตึงเครียด ในกรณีที่เตรียม plasmid ความตึงเครียดนี้ superhelical ไม่โล่งใจเนื่องจากปลายของ plasmid มีร่วมกัน ดีเอ็นเอ supercoiled ย้ายเร็วกว่าคาดการณ์ในการเจล agarose เนื่องจากโครงสร้างของ Supercoiled ดีเอ็นเอเป็นสายพันธุ์ที่ต้องการเมื่อแยก plasmid DNA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หนึ่งในสิ่งที่ชื่นชอบของฉันจะทำอย่างไรกับนักเรียนเป็นครั้งแรกที่พวกเขาทำงานร่วมกับพลาสมิดดีเอ็นเอ preps คือการมีพวกเขาทำงานเจล agarose มี 2 ตัวอย่างดีเอ็นเอพลาสมิดเจียระไนและพลาสมิดดีเอ็นเอที่ได้รับการเชิงเส้นที่มีเอนไซม์ จำกัด ฉันรักที่จะมีพวกเขาพยายามและคิดออกรูปแบบแถบดีเอ็นเอพลาสมิดเจียระไน (ทำไมคุณเห็นวงดนตรีที่ 2-3?) เมื่อเทียบกับวงเดียวของดีเอ็นเอเชิงเส้น (และทำไมวงดนตรีที่ทุกแปลง 1 วงเมื่อเชิงเส้น?).

ฉัน เช่นการออกกำลังกายนี้เพราะการทำความเข้าใจรูปแบบที่พวกเขาจะได้เห็นในเจลต้องมีความเข้าใจธรรมชาติของดีเอ็นเอที่ ในบทความนี้ผมจะมุ่งเน้นไปที่สี่ชนิดที่พบบ่อยที่สุดของพลาสมิดดีเอ็นเอพบในเจลและวิธีการที่จะรู้จักพวกเขา และในบทความต่อไปผมจะครอบคลุมวิธีการเพิ่มการกู้คืนของสายพันธุ์ที่ต้องการ supercoiled.
เมื่อดีเอ็นเอพลาสมิดจะถูกแยกออกและเรียกใช้บน agarose gel ที่คุณอาจสังเกต 2, 3 หรือแม้กระทั่ง 4 หรือมากกว่าวงดนตรี หวังว่าเสียงส่วนใหญ่ของดีเอ็นเอที่แยกของคุณจะได้รับการ supercoiled ดีเอ็นเอ แต่รูปแบบอื่น ๆ นอกจากนี้ยังสามารถปลูกขึ้น วิธีแบบฟอร์มเหล่านี้จะปรากฏขึ้นบนเจล agarose (ในแง่ของความเร็วในการโยกย้ายญาติ) จะแสดงในแผนภาพด้านล่าง.
Supercoiled พลาสมิด

Supercoiled ดีเอ็นเอยืนยันพื้นเมืองที่พบในร่างกายและเกิดขึ้นเมื่อบิดพิเศษจะนำเข้าสู่เกลียวสาระคู่ คนมักจะเปรียบเทียบรูปแบบของดีเอ็นเอกับวงยางหรือสายโทรศัพท์ (ฉันรู้ว่าบางอย่างที่คุณยังคงต้องจำโทรศัพท์พร้อมสาย!) หากคุณมากกว่าบิดแถบยางหรือสายโทรศัพท์, ขดลวดกองขึ้นอยู่กับอีกคนหนึ่งแนะนำความตึงเครียด ในกรณีของพลาสมิด preps นี้ความตึงเครียด superhelical ไม่สามารถจะโล่งใจเพราะปลายของพลาสมิดที่มีร่วมกัน Supercoiled ดีเอ็นเอย้ายได้เร็วกว่าที่คาดการณ์ไว้ในเจล agarose เนื่องจากโครงสร้างของมัน Supercoiled ดีเอ็นเอเป็นสายพันธุ์ที่ต้องการเมื่อแยกดีเอ็นเอพลาสมิด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หนึ่งในสิ่งที่ชื่นชอบของฉันจะทำอย่างไรกับนักเรียนในครั้งแรกที่พวกเขาทำงานกับพลาสมิดดีเอ็นเอ Preps คือ ให้ใช้เจลที่มีพลาสมิดดีเอ็นเอ 2 ตัวอย่าง : เจียระไน และพลาสมิดดีเอ็นเอที่ได้รับช่วงที่มีเอนไซม์ . ฉันชอบที่จะมีพวกเขาพยายามและคิดออกแถบพลาสมิดดีเอ็นเอรูปแบบการเจียระไน ( ทำไมคุณเห็น 2-3 วง ? ) เมื่อเทียบกับช่วงเดียวของแถบดีเอ็นเอ ( และทำไมกลุ่มแปลง 1 วง เมื่อช่วง ? ) .ผมชอบออกกำลังกาย เพราะความเข้าใจในรูปแบบที่พวกเขาเห็นบนเจลต้องมีความเข้าใจในธรรมชาติ ของดีเอ็นเอ ในบทความนี้ผมจะเน้นสี่ชนิดที่พบมากที่สุดของพลาสมิดดีเอ็นเอที่พบในเจลและวิธีการรับรู้พวกเขา และในบทความถัดไปของฉันฉันจะครอบคลุมวิธีการเพิ่มการฟื้นตัวของที่ต้องการ supercoiled ชนิดพลาสมิดดีเอ็นเอที่แยกได้และเมื่อวิ่งบนเจล คุณอาจสังเกต 2 , 3 หรือ 4 หรือมากกว่าวง หวังว่าส่วนใหญ่ของคุณจะ supercoiled แยกดีเอ็นเอดีเอ็นเอ แต่รูปแบบอื่น ๆยังสามารถปลูกขึ้น วิธีการแบบฟอร์มเหล่านี้จะแสดงขึ้นบนเจล ( ในแง่ของความเร็วในการโยกย้ายญาติ ) จะแสดงในแผนภาพด้านล่างsupercoiled พลาสมิดsupercoiled ดีเอ็นเอเป็นภาษาพื้นเมืองยืนยันพบในสิ่งมีชีวิต และเกิดขึ้นเมื่อบิดเสริมเข้าไปในเกลียวเกลียวคู่ . ผู้คนมักเปรียบเทียบรูปแบบของดีเอ็นเอหนังยางหรือโทรศัพท์สาย ( ผมรู้ว่าคุณต้องจำโทรศัพท์ด้วยสาย ! ) ถ้าคุณบิดยางหรือสายโทรศัพท์ม้วนกองขึ้นเมื่อหนึ่งอื่นแนะนําแรง ในกรณีของ Preps พลาสมิดนี้ superhelical ความตึงเครียดไม่สามารถโล่งใจเพราะปลายของพลาสมิดมีร่วมกัน . supercoiled ดีเอ็นเอย้ายเร็วขึ้นกว่าที่คาดการณ์ในเจล ( เนื่องจากมีโครงสร้าง supercoiled ดีเอ็นเอเป็นชนิดที่ต้องการ เมื่อแยกพลาสมิดดีเอ็นเอ