DGGE. Denaturing gradient gel elect

DGGE. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of
16S rRNA gene fragments was performed using a D-Code System (Bio-
Rad) as described previously (17), with a gradient of 40 to 60%, except gels
were silver stained as described elsewhere (20). DGGE of the fungal ITS
region was performed as described above except that the denaturing gradient
was 30 to 70%. Selected DGGE bands were excised and placed into
100 l of nuclease-free water for storage at 4°C. DGGE bands were reamplified
using either F341 and R534 primers for bacterial DNA or ITS3 and
ITS4 primers for fungal DNA, purified using the GenElute PCR Clean-Up
kit (Sigma-Aldrich), and sequenced by GATC Biotech (Germany). The
sequences obtained were compared with public DNA database sequences
using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

DGGE Denaturing ไล่ระดับเจอิ (DGGE) วิเคราะห์ส่วน 16S rRNA ยีนดำเนินการโดยใช้ระบบรหัส D (Bio-Rad) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (17), ด้วยการไล่ระดับสีของ 40 ถึง 60% ยกเว้นเจมาย้อมสีตามที่อธิบายไว้ในที่อื่น (20) สีเงิน DGGE ของของเชื้อราภูมิภาคได้ดำเนินการตามที่อธิบายข้างต้นยกเว้นที่ไล่ระดับ denaturingคือ 30-70% เลือก DGGE วงสรรพสามิต และวางลงในl 100 ฟรี nuclease น้ำเก็บที่ 4 องศาเซลเซียส วง DGGE ได้ reamplifiedใช้ไพรเมอร์ทั้ง F341 และ R534 แบคทีเรียดีเอ็นเอหรือ ITS3 และไพรเมอร์ ITS4 สำหรับเชื้อราดีเอ็นเอ บริสุทธิ์โดยใช้การ GenElute PCR ล้างชุด (Sigma Aldrich), และเรียงลำดับตามเทคโนโลยีชีวภาพ GATC (เยอรมนี) การลำดับที่ได้รับมาเปรียบเทียบกับลำดับฐานข้อมูลดีเอ็นเอที่สาธารณะโดยใช้การพื้นฐานท้องถิ่นตำแหน่งค้นหาเครื่องมือ (ระเบิด)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

DGGE denaturing วิเคราะห์ลาด gel electrophoresis (DGGE) ของ
16S rRNA เศษยีนดำเนินการโดยใช้ D-Code ระบบ (Bio-
Rad) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (17) ที่มีความลาดชัน 40-60% ยกเว้นเจล
ได้รับเงินเปื้อนตามที่อธิบายไว้ในที่อื่น (20) DGGE ของเชื้อรา ITS
ภูมิภาคได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ข้างต้นยกเว้นว่าการไล่ระดับสีขั้นเปลี่ยน
30 ถึง 70% เลือกวงดนตรีที่ DGGE ถูกตัดและวางลงใน
100 ลิตรน้ำ Nuclease ฟรีสำหรับการเก็บรักษาที่ 4 องศาเซลเซียส วงดนตรีที่ได้รับการ DGGE reamplified
ใช้ F341 และไพรเมอร์ R534 ดีเอ็นเอของเชื้อแบคทีเรียหรือ ITS3 และ
ITS4 ไพรเมอร์สำหรับดีเอ็นเอเชื้อราบริสุทธิ์โดยใช้วิธี PCR GenElute สะอาดขึ้น
Kit (Sigma-Aldrich) และลำดับขั้นตอนโดย GATC ไบโอเทค (เยอรมนี)
ลำดับที่ได้รับเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลลำดับดีเอ็นเอประชาชน
ใช้ในพื้นที่การจัดเครื่องมือค้นหาขั้นพื้นฐาน (BLAST)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทดลอง . ี่ลาด gel electrophoresis ( การทดลอง ) วิเคราะห์เบส 16S rRNA ยีนเศษถูกดำเนินการโดยใช้ระบบ d-code ( ไบโอ -RAD ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( 17 ) ด้วยการไล่ระดับสี 40 ถึง 60 เปอร์เซ็นต์ ยกเว้น เจลมีสีเงินเลอะตามที่อธิบายไว้ในที่อื่น ( 20 ) การทดลองของราของเขตได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ข้างต้นยกเว้นที่ี่ไล่ระดับ30 ถึง 70 % เลือกวงดนตรีที่ถูกตัดและวางลงในการทดลอง100 ลิตรนิวเคลียสน้ำฟรีสำหรับกระเป๋าที่อุณหภูมิ 4 องศา รัด reamplified การทดลองใช้ f341 r534 ดีเอ็นเอและดีเอ็นเอแบคทีเรียหรือ its3 และits4 ไพรเมอร์สำหรับเชื้อราดีเอ็นเอบริสุทธิ์ ใช้ genelute PCR ทำความสะอาดชุด ( ซิกม่า Aldrich ) และลำดับเบสโดย gatc BIOTECH ( เยอรมนี ) ที่ได้ลำดับ DNA เปรียบเทียบกับลำดับฐานข้อมูลสาธารณะการใช้เครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด )