รอย คีน เริ่มเข้าวงการฟุตบอลอาชีพกับทีม คอมบ์ แรมเบลอร์ แห่งเมืองน็อตติ้งแฮม ก่อนที่ “กุนซือปากกรรไกร” ไบรอัน ครัฟฟ์ จะคว้าตัวเขามาอยู่กับยอดทีมแห่งซิตี้ กราวน์ (น็อตติ้งแฮม ฟอร์เรส) ซึ่งในขณะนั้นคีนมีอายุเพียง 18 ปีเท่านั้น และครัฟฟ์ให้เขาลงเล่นโดยทันที แต่คีนก็อยู่กับทีมได้เพียง 3 ปีเท่านั้น เพราะเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 1993 แมนฯ ยูไนเต็ด ได้ซื้อตัวเขาเข้ามาร่วมทีมด้วยค่าตัว 3.75 ล้านปอนด์ (ทำลายสถิติสโมสรในขณะนั้น) ด้วยวัยเพียง 21 ปีเท่านั้น
ด้วยการครองบอล และส่งบอลที่หนักหน่วง แม่นยำ รวมไปถึงการวิ่งเข้าหาบอลแบบบ้าระห่ำ ทำให้เขายกระดับตัวเองเป็นมิดฟิลด์ตัวรับที่โดดเด่น จนอเล็ก เฟอร์กูสัน ได้มอบตำแหน่งกัปตันทีมต่อจาก เอริค คันโตน่า ที่แขวนสตั๊ดเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพไปในปี 1997 แต่คีนกลับต้องนั่งเป็นตัวสำรองเกือบตลอดฤดูกาล 1997-98 เมื่อเขามีอาการบาดเจ็บที่เอ็นหลังหัวเข่า แต่ก็หายกลับมาเล่นจนประสบความสำเร็จในฤดูกาล 1998-99 และต่อมาก็เป็นปีที่ทีมประสบความสำเร็จสูงสุดเมื่อคว้าทั้งแชมป์ลีก, เอฟ.เอ คัพ และยูฟ่า แชมเปี้ยนลีก แต่คีนก็ไม่สุขเต็มที่เพราะเขาโดนแบนในรอบชิงยูฟ่า แชมเปี้ยนลีก เพราะโดนโทษ 2 ใบเหลือง จากรอบรองฯ กับยูเวนตุส แต่ถึงกระนั้นเขาก็ได้รับการยกย่องว่าเป็นนักเตะที่ไม่มีใครเทียบในนัดที่ทีมเอาชนะบาร์เซโลน่าในรอบก่อนหน้านั้น
ในฤดูกาลต่อมาคีนได้ต่อสัญญาอีก 4 ปีกับสโมสร หลังจากที่มีข่าวยืดเยื้ออยู่นาน ซึ่งในฤดูกาลนั้นเขาทำประตูได้ถึง 12 ประตู จนถึงช่วงปี 2000-01 คีนไม่ได้ลดความยิ่งใหญ่ในสนามลง เมื่อยูไนเต็ดสามารถคว้าแชมป์ลีกได้อีกครั้ง แต่นอกสนามเขากลับสร้างภาพลบของตัวเองเมื่อเขาได้วิจารณ์เพื่อนร่วมทีมและแฟนๆ ของทีมอย่างรุนแรงเมื่อยูไนเต็ดตกเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ตกรอบยูฟ่า แชมเปี้ยนลีก ในปีเดียวกัน
ถึงแม้ว่าในสโมสรเขาจะเป็นหัวใจของทีม แต่สำหรับทีมชาติคีนถูกถอดจากทีมชาติไอร์แลนด์ในฟุตบอลโลกครั้งที่ผ่านมา หลังจากที่ระเบิดอารมณ์ใส่ มิค แมคคาร์ธี ผู้จัดการทีม แต่ในช่วงที่เขาโดนแบนเขาก็ได้เข้ารับการผ่าตัดที่สะโพกทำให้คีนต้องพักยาวราว 4 เดือน แต่การบาดเจ็บครั้งนี้ทำให้เขาหลุดจากการเป็นข่าวได้พักใหญ่
เมื่อคีนกลับมาลงเล่นใหม่หลังจากการผ่าตัด เขาเปลี่ยนเป็นคนละคน และกลับมาเป็นนักเตะที่เป็นกำลังสำคัญสร้างความยิ่งใหญ่ให้กับทีมอีกครั้ง ทั้งๆ ที่เขาเป็นนักเตะเลือดเดือดชอบความรุนแรงดุดัน แต่คีนก็ยังเป็นหัวใจของทีมอย่างไม่เสื่อมคลาย และด้วยความสามารถอันยอดเยี่ยมทำให้ทีมใหญ่ๆ ในยุโรปอยากจะได้เขาไปร่วมทีม แต่คีนยังคงปักหลักเป็นกัปตันทีมตัวจริงแห่งโอลด์ แทร็ฟฟอร์ดต่อไป
แต่ในปี 2005-2006 ลงเล่นเพียงแค่ 5 นัดหลังจากเปิดฤดูกาล และประสบปัญหาบาดเจ็บจึงต้องพักยาว ในที่สุดรอย คีนก็โบกมือลา แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด แบบจากกันด้วยดี หลังจากอยู่รับใช้สโมสรมา 12 ปี ด้วยสถิติลงเล่น 480 แมท ยิงไป 51 ประตู