DGGE is simplified for a given fragm

DGGE is simpli
fied for a given fragment when the
region of interest lies in a single domain. However,
functional genes such as the nirS, nirK and nosZ genes
have great sequence variation, and melting profiles obtained in WinMelt showed that all three denitrification
genes had multiple melting domains. Some of the nirS
fragments that were analysed had up to six different
domains. To minimise the effects of these domains and
avoid complete denaturing of the PCR-amplified fragments, a 33-bp GC-clamp was added to the three reverse
primers, R3cd, R3Cu and nosZ1622R. The introduction
of the GC-clamp did not affect the amplification efficiency of either the denitrifying strains or the environmental samples. After amplification, the three different
DGGE methods in our study were optimised regarding
gradient concentration and running time using amplicons from the denitrifying strains as controls. We initially experienced problems with multiple bands, but
once the DGGE methods were optimised, only one band
appeared on the gel from each of the pure cultures
without any smear. After the DGGE optimisations,
partial nirK and nosZ genes from denitrifying pure cultures were clearly separated from each other and covered the whole gradient, but the nirS-gene separation
was not as good (e.g., Fig. 2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

DGGE เป็น Simpli
เอ็ด Fi สำหรับชิ้นส่วนที่กำหนดเมื่อ
ภูมิภาคที่น่าสนใจอยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตาม
ยีนทำงานเช่น nirS, nirK และ nosZ ยีน
มีการเปลี่ยนแปลงลำดับที่ดีและละลายโปร Fi les ได้รับใน WinMelt แสดงให้เห็นว่าทั้งสาม denitri Fi ไอออนบวก
ยีนมีโดเมนละลายหลาย บางส่วนของ nirS
ชิ้นส่วนที่ถูกนำมาวิเคราะห์ได้ถึงหก di FF ต่างกัน
โดเมน เพื่อลด E ECTS FF โดเมนเหล่านี้และ
หลีกเลี่ยงขั้นเปลี่ยนที่สมบูรณ์ของ PCR-Fi ampli เศษเอ็ด 33 bp GC-ยึดถูกบันทึกอยู่ในสามกลับ
ไพรเมอร์, R3cd, R3Cu และ nosZ1622R การแนะนำ
ของ GC-ยึดไม่ได้เป็น FF ect ampli Fi ไอออนบวก E FFI ciency ของทั้งสายพันธุ์ Denitrifying หรือตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม หลังจากไอออนบวก Fi ampli สาม di FF ต่างกัน
วิธีการ DGGE ในการศึกษาของเราได้ที่ดีที่สุดเกี่ยวกับ
ความเข้มข้นของการไล่ระดับสีและทำงานโดยใช้เวลา amplicons จากสายพันธุ์ Denitrifying เป็นตัวควบคุม เราเริ่มประสบปัญหากับวงดนตรีหลาย แต่
ครั้งเดียววิธี DGGE ที่ถูกที่ดีที่สุดเพียงหนึ่งวง
ที่ปรากฏบนเจลจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์
โดยไม่ต้องละเลงใด ๆ หลังจาก optimisations DGGE ที่
บางส่วน nirK และ nosZ ยีนจาก Denitrifying เชื้อบริสุทธิ์ถูกแยกออกอย่างชัดเจนจากแต่ละอื่น ๆ และปกคลุมลาดทั้งหมด แต่การแยกยีน nirS
ไม่ดี (เช่นรูปที่. 2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทดลองคือ Simpliจึงเอ็ดให้แตก เมื่อภูมิภาคที่น่าสนใจอยู่ในโดเมนเดียว อย่างไรก็ตามยีนที่ทํางาน เช่น nirs เนิร์ก และ nosz , ยีนมีลำดับการเปลี่ยนแปลง และละลายได้ใน winmelt เลสโปรจึงพบว่า ทั้งสามจึง denitri ไอออนบวกยีนมีหลายละลายโดเมน บางส่วนของ nirsเศษที่วิเคราะห์ได้ถึงหกff erent ดิโดเมน เพื่อลดและffผลของโดเมนเหล่านี้หลีกเลี่ยงสมบูรณ์ี่ของ PCR ampli จึงเอ็ดชิ้นส่วน Clamp 33 BP GC ได้เพิ่มสามกลับไพรเมอร์ r3cd r3cu , และการ nosz1622r .ของ GC หนีบไม่ff ect การถ่ายทอดการ ampli E ffiประสิทธิภาพของทั้งสองสายพันธุ์ดีไนตริฟายอิง หรือตัวอย่างสิ่งแวดล้อม หลังจาก ampli จึงบวก สามff erent ดิวิธีที่ดีที่สุดเกี่ยวกับการทดลองในการศึกษาของเราไล่ระดับความเข้มข้นและเวลาวิ่งใช้ amplicons จากสายพันธุ์ดีไนตริฟายอิง เช่น การควบคุม เราเริ่มประสบปัญหากับวงดนตรีหลาย แต่เมื่อการทดลองวิธีการที่ดีที่สุดเพียงหนึ่งวงปรากฏบนเจลจากแต่ละวัฒนธรรมบริสุทธิ์โดยไม่ต้องใด ๆภายใน หลังจาก optimisations การทดลอง ,เนิร์กบางส่วนและ nosz ยีนจากเชื้อบริสุทธิ์ดีไนตริฟายอิง ก็แยกจากกันและครอบคลุมการไล่ระดับสีทั้งหมด แต่แยก nirs ยีนไม่เก่งเช่น ( รูปที่ 2 )