In order to address the above issue

In order to address the above issues we have developed Taxoner, a simple, parallelizable pipeline that allows one to align millions of reads against the full NT database of NCBI [15] on a standard personal computer or laptop. Bowtie2 carries out the alignment and the output includes the alignments and the taxa assigned. Unlike most metagenome analysis programs, Taxoner allows identification and functional overview of the genes that received hits. We are particularly concerned with the problem of detecting low abundance species in complex datasets. This includes detecting spurious bacterial pathogens in human or animal samples. In this task, Taxoner is approximately at least as accurate as, and at times even more accurate than BLAST + MEGAN and it requires considerably (two orders of magnitude) less CPU time.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อแก้ไขปัญหาข้างต้น เราได้พัฒนา Taxoner เรียบง่าย parallelizable ไลน์ที่ช่วยให้การจัดตำแหน่งล้านอ่านจากฐานข้อมูล NT เต็มของ NCBI [15] บนแล็ปท็อปหรือคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลมาตรฐาน Bowtie2 ดำเนินการจัดตำแหน่ง และผลผลิตรวมถึงการจัดแนวและ taxa ที่กำหนด ซึ่งแตกต่างจากโปรแกรมส่วนใหญ่ในการวิเคราะห์ metagenome, Taxoner ช่วยให้รหัสและภาพรวมการทำงานของยีนที่ได้รับชม เกี่ยวข้องโดยเฉพาะอย่างยิ่งปัญหาตรวจสายพันธุ์ความอุดมสมบูรณ์ต่ำใน datasets ที่ซับซ้อนได้ ตรวจสอบเก๊โรคแบคทีเรียในตัวอย่างของมนุษย์ หรือสัตว์ไว้ ในงานนี้ Taxoner มีประมาณน้อยเป็นความถูกต้องเป็น และเวลาที่ถูกต้องยิ่งกว่าระเบิด + เมแกน และต้องการมาก (สองอันดับของขนาด) เวลา CPU

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อที่จะแก้ไขปัญหาดังกล่าวข้างต้นที่เราได้มีการพัฒนา Taxoner, ง่ายท่อขนานหนึ่งที่ช่วยให้สอดคล้องล้านอ่านจากฐานข้อมูล NT เต็มรูปแบบของ NCBI [15] บนคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลมาตรฐานหรือแล็ปท็อป Bowtie2 ดำเนินการจัดตำแหน่งและการส่งออกรวมถึงการจัดแนวและแท็กซ่าที่ได้รับมอบหมาย ซึ่งแตกต่างจากส่วนใหญ่โปรแกรมการวิเคราะห์ metagenome, Taxoner ช่วยให้ประชาชนและภาพรวมการทำงานของยีนที่ได้รับความนิยม เรามีความกังวลโดยเฉพาะอย่างยิ่งที่มีปัญหาในการตรวจหาสายพันธุ์ที่มีความอุดมสมบูรณ์ต่ำในชุดข้อมูลที่ซับซ้อน ซึ่งรวมถึงการตรวจหาแบคทีเรียปลอมในตัวอย่างมนุษย์หรือสัตว์ ในงานนี้จะอยู่ที่ประมาณ Taxoner อย่างน้อยเป็นที่ถูกต้องและในบางครั้งแม้จะถูกต้องกว่าระเบิด + เมแกนและมันต้องมาก (สองคำสั่งของขนาด) เวลา CPU น้อย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อแก้ไขปัญหาข้างต้น เราได้พัฒนา taxoner , ง่าย , ท่อ parallelizable ที่ช่วยให้หนึ่งที่จะจัดล้านคนอ่านต่อเต็ม nt ฐานข้อมูล ncbi [ 15 ] ตามมาตรฐานของเครื่องคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคลหรือแล็ปท็อป bowtie2 ดําเนินการและการส่งออกรวมถึงการและและได้รับมอบหมาย โปรแกรมการวิเคราะห์ metagenome ที่สุดtaxoner ช่วยให้ระบุและการทำงานภาพรวมของยีนที่ได้รับความนิยม . เราเป็นกังวลกับปัญหาของการตรวจหาต่ำมากมายชนิดข้อมูลที่ซับซ้อน ซึ่งรวมถึงการตรวจหาแบคทีเรียก่อโรคในคน ทำให้มนุษย์หรือสัตว์ ในงานนี้ taxoner ประมาณอย่างน้อยต้องเป็นและในบางครั้งแม้แต่ยิ่งกว่าระเบิด เมแกน และต้องการมาก ( คำสั่งของขนาดสอง ) เวลาซีพียูน้อยลง