In phylogenetics, maximum parsimony

In phylogenetics, maximum parsimony is an optimality criterion under which the phylogenetic tree that minimizes the total number of character-state changes is to be preferred. Under the maximum-parsimony criterion, the optimal tree will minimize the amount of homoplasy (i.e., convergent evolution, parallel evolution, and evolutionary reversals). In other words, under this criterion, the shortest possible tree that explains the data is considered best. The principle is akin to Occam's razor, which states that—all else being equal—the simplest hypothesis that explains the data should be selected. Some of the basic ideas behind maximum parsimony were presented by James S. Farris [1] in 1970 and Walter M. Fitch in 1971.[2]

Maximum parsimony is an intuitive and simple criterion, and it is popular for this reason. However, although it is easy to score a phylogenetic tree (by counting the number of character-state changes), there is no algorithm to quickly generate the most-parsimonious tree. Instead, the most-parsimonious tree must be found in "tree space" (i.e., amongst all possible trees). For a small number of taxa (i.e., less than nine) it is possible to do an exhaustive search, in which every possible tree is scored, and the best one is selected. For nine to twenty taxa, it will generally be preferable to use branch-and-bound, which is also guaranteed to return the best tree. For greater numbers of taxa, a heuristic search must be performed.

Because the most-parsimonious tree is always the shortest possible tree, this means that—in comparison to the "true" tree that actually describes the evolutionary history of the organisms under study—the "best" tree according to the maximum-parsimony criterion will often underestimate the actual evolutionary change that has occurred. In addition, maximum parsimony is not statistically consistent. That is, it is not guaranteed to produce the true tree with high probability, given sufficient data. As demonstrated in 1978 by Joe Felsenstein,[3] maximum parsimony can be inconsistent under certain conditions, such as long-branch attraction.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในวงศ์วานวิวัฒนาการ parsimony สูงสุดเป็นเกณฑ์ optimality การที่ต้นไม้ phylogenetic ที่ช่วยลดจำนวนการเปลี่ยนแปลงสถานะการอักขระ จะต้อง ภายใต้เงื่อนไขสูงสุด parsimony ต้นที่เหมาะสมจะลดจำนวน homoplasy (เช่น convergent วิวัฒนาการ วิวัฒนาการคู่ขนาน และกลับวิวัฒนาการ) ในคำอื่น ๆ ภายใต้เงื่อนไขนี้ อันสั้นได้ต้นที่อธิบายข้อมูลถือว่าดีที่สุด หลักจะเหมือนกับมีดโกนอ็อกคัม ซึ่งระบุว่า ตัวอื่นทั้งหมดจะเท่า — ควรเลือกสมมติฐานที่ง่ายที่สุดที่อธิบายข้อมูล บางแนวความคิดพื้นฐาน parsimony สูงสุดถูกนำเสนอ โดย James S. Farris [1] ในปี 1970 และ Walter ฟิทช์เมตรใน [2]Parsimony สูงสุดเป็นเกณฑ์ง่าย และใช้งานง่าย และเป็นที่นิยมสำหรับเหตุผลนี้ อย่างไรก็ตาม แม้ว่าจะคะแนนต้นไม้ phylogenetic (โดยการนับจำนวนการเปลี่ยนแปลงสถานะการอักขระ), มีไม่มีอัลกอริทึมการสร้างแผนภูมิส่วนใหญ่ parsimonious อย่างรวดเร็ว แทน ต้น parsimonious ส่วนใหญ่ต้องพบใน "แผนภูมิ"พื้นที่ (เช่น ท่ามกลางต้นไม้ได้ทั้งหมด) สำหรับจำนวนขนาดเล็กของ taxa (เช่น น้อยกว่าเก้า) ก็ได้ทำการค้นหาที่ครบถ้วนสมบูรณ์ ในคะแนนทุกทรีได้ และเลือกหนึ่งดีที่สุด สำหรับเก้า-ยี่สิบ taxa โดยทั่วไปจะใช้สาขา และผูก ซึ่งยังรับประกันคืนต้นไม้ดีกว่า สำหรับจำนวน taxa มากกว่า การค้นหาแล้วต้องดำเนินการเพราะต้นไม้ส่วนใหญ่ parsimonious เสมอเป็นต้นไปได้ที่สั้นที่สุด ซึ่งหมายความ ว่า — โดยต้น "จริง" ที่จะ อธิบายถึงประวัติวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตภายใต้การศึกษา — ทรี "ดี" ตามเกณฑ์สูงสุด parsimony มักจะดูถูกดูแคลนการเปลี่ยนแปลงวิวัฒนาการที่แท้จริงที่เกิดขึ้น นอกจากนี้ parsimony สูงได้สอดคล้องกันทางสถิติ นั่นคือ มันจะไม่รับประกันผลิตต้นที่จริง มีความเป็นไปได้สูง ให้ข้อมูลที่เพียงพอ ดังที่แสดงใน 1978 โดยโจ Felsenstein, parsimony สูงสุด [3] ได้ไม่สอดคล้องกันภายใต้เงื่อนไขบางอย่าง เช่นเที่ยวสาขาลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ใน phylogenetics สูงสุดประหยัดเป็นเกณฑ์ optimality ตามที่ phylogenetic ต้นไม้ที่ช่วยลดจำนวนของการเปลี่ยนแปลงตัวละครของรัฐคือการเป็นที่ต้องการ ภายใต้เกณฑ์สูงสุดประหยัดต้นไม้ที่เหมาะสมจะช่วยลดปริมาณของ homoplasy (เช่นวิวัฒนาการมาบรรจบวิวัฒนาการขนานและพลิกผันวิวัฒนาการ) ในคำอื่น ๆ ภายใต้เกณฑ์นี้ต้นไม้ที่สั้นที่สุดที่อธิบายข้อมูลถือว่าดีที่สุด หลักการจะคล้ายกับสาธารณรัฐโคลัมเบียซึ่งระบุว่าทุกคนเท่าเทียมกัน-สมมติฐานที่ง่ายที่สุดที่จะอธิบายถึงข้อมูลที่ควรจะเลือก บางส่วนของความคิดพื้นฐานที่อยู่เบื้องหลังความประหยัดสูงสุดถูกนำเสนอโดยเจมส์เอส Farris [1] ในปี 1970 และวอลเตอร์เอ็มฟิทช์ในปี 1971 [2] สูงสุดประหยัดเป็นเกณฑ์ที่ใช้งานง่ายและง่ายและเป็นที่นิยมสำหรับเหตุผลนี้ อย่างไรก็ตามแม้ว่ามันจะเป็นเรื่องง่ายที่จะทำคะแนนต้นไม้สายวิวัฒนาการ (โดยการนับจำนวนของการเปลี่ยนแปลงตัวอักษรของรัฐ) มีขั้นตอนวิธีการได้อย่างรวดเร็วสร้างต้นไม้เค็มมากที่สุดไม่มี แต่ต้นไม้ที่ประหยัดมากที่สุดจะต้องพบใน "พื้นที่ต้นไม้" (กล่าวคือท่ามกลางต้นไม้ที่เป็นไปได้ทั้งหมด) สำหรับจำนวนเล็ก ๆ ของแท็กซ่า (เช่นน้อยกว่าเก้า) มันเป็นไปได้ที่จะทำการค้นหาหมดจดในการที่ต้นไม้ทุกต้นที่เป็นไปได้คือคะแนนและเป็นคนที่ดีที่สุดจะถูกเลือก สำหรับ 9-20 แท็กซ่านั้นโดยทั่วไปจะดีกว่าที่จะใช้สาขาและผูกพันที่มีการประกันเพื่อกลับไปยังต้นที่ดีที่สุด สำหรับตัวเลขที่มากขึ้นของแท็กซ่า, การค้นหาการแก้ปัญหาจะต้องดำเนินการ. เพราะต้นไม้เค็มมากที่สุดอยู่เสมอต้นไม้ที่สั้นที่สุดนี้หมายความว่าในการเปรียบเทียบกับ "ความจริง" ต้นไม้ที่จริงอธิบายประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตที่อยู่ภายใต้ study- "ดีที่สุด" ต้นไม้ตามเกณฑ์สูงสุดประหยัดมักจะประมาทการเปลี่ยนแปลงวิวัฒนาการที่เกิดขึ้นจริงที่เกิดขึ้น นอกจากนี้ยังมีความประหยัดสูงสุดไม่สอดคล้องสถิติ นั่นคือมันไม่ได้รับประกันว่าจะให้ต้นไม้จริงมีโอกาสสูงที่ได้รับข้อมูลที่เพียงพอ แสดงให้เห็นว่าในปี 1978 โดยโจ Felsenstein [3] ประหยัดสูงสุดสามารถที่ไม่สอดคล้องกันภายใต้เงื่อนไขบางอย่างเช่นสถานที่น่าสนใจในระยะยาวสาขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไฟโลเจเนติกตระหนี่ใน , สูงสุดคุณภาพภายใต้เกณฑ์ที่ ซึ่งต้นไม้ที่ช่วยลดจำนวนของตัวอักษรการเปลี่ยนแปลงสภาพเป็น ที่ต้องการ ภายใต้เกณฑ์ความตระหนี่ที่สุด ต้นไม้ที่เหมาะสมจะช่วยลดปริมาณของ homoplasy ( เช่น วิวัฒนาการ การขนานวิวัฒนาการและวิวัฒนาการ reversals ) ในคำอื่น ๆภายใต้เกณฑ์นี้ที่สั้นที่สุดของต้นไม้ที่อธิบายถึงข้อมูลจะถือว่าดีที่สุด หลักการคล้ายกับหลักการของออคแคม ซึ่งระบุว่า ทุกสิ่งเป็นเท่ากับง่ายสมมติฐานที่อธิบายถึงข้อมูลที่ควรถูกเลือก บางส่วนของความคิดพื้นฐานที่อยู่เบื้องหลังความตระหนี่สูงสุดถูกนำเสนอโดย James S . ฟาร์ริส [ 1 ] ในปี 1970 และวอลเตอร์เมตรโดยในพ.ศ. 2514 [ 2 ]

ความตระหนี่สูงสุดเป็นเกณฑ์ที่ใช้งานง่ายและง่าย และเป็นที่นิยมสำหรับเหตุผลนี้ อย่างไรก็ตาม ถึงแม้ว่ามันเป็นเรื่องง่ายที่จะได้คะแนน phylogenetic ต้นไม้ ( โดยการนับจำนวนของตัวอักษรการเปลี่ยนแปลงรัฐ ) , ไม่มีวิธีรวดเร็วสร้างต้นไม้ตระหนี่ที่สุด แทนต้นไม้ที่ตระหนี่ที่สุดต้องสามารถพบได้ในพื้นที่ที่ " ต้นไม้ " ( เช่น ท่ามกลางต้นไม้ที่เป็นไปได้ทั้งหมด )สำหรับจำนวนขนาดเล็กของแทกซา ( เช่น น้อยกว่าเก้า ) มันเป็นไปได้ที่จะทำการค้นหาที่ละเอียดถี่ถ้วน ซึ่งต้นไม้ที่เป็นไปได้ทุกคะแนน และดีที่สุดคือเลือก เก้ายี่สิบและจะโดยทั่วไปจะเป็นที่นิยมใช้ในสาขาและจำกัด ซึ่งยังมีรับประกันคืนเงินต้นที่ดีที่สุด สำหรับตัวเลขที่มากขึ้นของความสูง , ค้นหา heuristic

จะต้องถูกดำเนินการ