16S rRNA, 23S rRNA and RAPD Fingerp

16S rRNA, 23S rRNA and RAPD Fingerprinting Analysis of Helicobacter Genomic DNA

Next, we investigated the 16S rRNA of these isolates in direct comparison with various Helicobacter species including H. pylori, H. acinonychis, H. felis, H. fennelliae, H. hepaticus, H. mustelae, H. salomonis, H. bilis, H. cinaedi, H. typhlonius, H. magdeburgensis, H. bizzozeroni, H. canis and H. aurati. For this purpose, we amplified a 1.2 kb DNA fragment of the 16S rRNA region which is highly conserved within the genus Helicobacter [53]. All Helicobacter species revealed the expected PCR product, while Campylobacter jejuni or other controls did not (Fig. 2A and data not shown). To confirm the specificity of these fragments, all PCR products were then digested with the restriction endonuclease HhaI or AluI, which yield specific band patterns for known Helicobacter species [54]. The RFLP pattern was similar between various Helicobacter isolates (Fig. 2B and Fig. S2A–B), and SB-1 was most similar to those of H. pylori and H. acinonychis, which suggests that our Bengal tiger isolates are closely related to these species. This conclusion is in good agreement with the RAPD fingerprinting profiles using various primers (Fig. 2C and Fig. S2C–D). The 16S rRNA genes from our individual isolates were then sequenced (GenBank accession number JN251811.1). They belong phylogenetically to a specific 16S rRNA gene cluster, which includes isolates of the species H. acinonychis and H. pylori (Fig. 3A). Sequencing of a 23S rRNA gene fragment yielded a dendrogram which was also in full agreement with that generated by the analysis of the 16S rRNA gene (Fig. S3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

16S rRNA, 23S rRNA และ RAPD วิเคราะห์ลายพิมพ์ดีเอ็นเอออก HelicobacterNext, we investigated the 16S rRNA of these isolates in direct comparison with various Helicobacter species including H. pylori, H. acinonychis, H. felis, H. fennelliae, H. hepaticus, H. mustelae, H. salomonis, H. bilis, H. cinaedi, H. typhlonius, H. magdeburgensis, H. bizzozeroni, H. canis and H. aurati. For this purpose, we amplified a 1.2 kb DNA fragment of the 16S rRNA region which is highly conserved within the genus Helicobacter [53]. All Helicobacter species revealed the expected PCR product, while Campylobacter jejuni or other controls did not (Fig. 2A and data not shown). To confirm the specificity of these fragments, all PCR products were then digested with the restriction endonuclease HhaI or AluI, which yield specific band patterns for known Helicobacter species [54]. The RFLP pattern was similar between various Helicobacter isolates (Fig. 2B and Fig. S2A–B), and SB-1 was most similar to those of H. pylori and H. acinonychis, which suggests that our Bengal tiger isolates are closely related to these species. This conclusion is in good agreement with the RAPD fingerprinting profiles using various primers (Fig. 2C and Fig. S2C–D). The 16S rRNA genes from our individual isolates were then sequenced (GenBank accession number JN251811.1). They belong phylogenetically to a specific 16S rRNA gene cluster, which includes isolates of the species H. acinonychis and H. pylori (Fig. 3A). Sequencing of a 23S rRNA gene fragment yielded a dendrogram which was also in full agreement with that generated by the analysis of the 16S rRNA gene (Fig. S3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S rRNA, 23S rRNA และ RAPD การวิเคราะห์ลายนิ้วมือของ Helicobacter DNA ของยีนต่อไปเราจะตรวจสอบ 16S rRNA ของเชื้อเหล่านี้ในการเปรียบเทียบโดยตรงกับสายพันธุ์ต่าง ๆ รวมทั้ง Helicobacter pylori เอชเอช acinonychis เอช Felis เอช fennelliae เอช hepaticus เอช mustelae เอช Salomonis เอช bilis เอช cinaedi เอช typhlonius เอช magdeburgensis เอช bizzozeroni เอชเอช canis และ aurati เพื่อจุดประสงค์นี้เราขยาย 1.2 KB ชิ้นดีเอ็นเอของภูมิภาค 16S rRNA ซึ่งเป็นป่าสงวนที่อยู่ในสกุล Helicobacter ม [53] ทุกสายพันธุ์ Helicobacter เปิดเผยผลิตภัณฑ์ PCR คาดว่าในขณะที่ Campylobacter jejuni หรือการควบคุมอื่น ๆ ไม่ได้ (รูป. 2A และไม่ได้แสดงข้อมูล) เพื่อยืนยันความจำเพาะของชิ้นส่วนเหล่านี้ผลิตภัณฑ์ PCR ทั้งหมดถูกย่อยแล้วด้วยข้อ จำกัด endonuclease HhaI หรือ AluI ซึ่งผลผลิตรูปแบบวงดนตรีที่เฉพาะเจาะจงสำหรับชนิดที่รู้จักกัน Helicobacter [54] รูปแบบ RFLP มีความคล้ายคลึงระหว่างสายพันธุ์ Helicobacter ต่างๆ (รูป. 2B และรูป. S2A-B) และ SB-1 เป็นส่วนใหญ่คล้ายกับของเอชเอช pylori และ acinonychis ซึ่งแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์เบงกอลเสือของเรามีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับ สายพันธุ์เหล่านี้ ข้อสรุปนี้อยู่ในข้อตกลงที่ดีกับโปรไฟล์ลายนิ้วมือดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์ต่างๆ (รูป. 2C และรูป. S2C-D) ยีน 16S rRNA จากสายพันธุ์ของเราแต่ละคนมีลำดับขั้นตอนแล้ว (GenBank หมายเลขภาคยานุวัติ JN251811.1) พวกเขาอยู่ phylogenetically กับคลัสเตอร์ยีน 16S rRNA เฉพาะซึ่งรวมถึงสายพันธุ์ของสายพันธุ์เอช acinonychis และ H. pylori (รูป. 3A) การเรียงลำดับของยีน 23S rRNA ชิ้นส่วนผล dendrogram ซึ่งก็ยังอยู่ในข้อตกลงที่เต็มไปด้วยที่สร้างโดยการวิเคราะห์ของยีน 16S rRNA ที่ (รูป. S3)