2.3. Marker genotypingDNA was extra

2.3. Marker genotyping

DNA was extracted from 6–8 individuals in each accession following the method of Zheng et al. [18]. To facilitate marker-assisted selection (MAS), sequence tagged site (STS) markers, rather than single nucleotide polymorphism (SNP) markers, were developed based on Insertion/Deletions (InDels) between the Nipponbare and 9311 genome sequences at the SKC1 (Chr. 1) [6], SalT (Chr. 1) [8] and DST (Chr. 3) [19] loci. Primers ( Table 1) were designed using Oligo 7.0 software. Eight STS markers were developed, 2 for SKC1, 3 for SalT and 3 for DST ( Table 1). Wn11463 and Wn11466 were designed based on 4 bp and 17 bp InDels downstream of SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 was based on a 4 bp InDel upstream of SalT (LOC_Os01g24710); Wn13902 and Wn13903 were based on 7 bp and 8 bp InDels in the SalT coding region; Th32637 was based on a 3 bp InDel upstream in DST (LOC_Os03g57240); and Th32638 and Th32369 were based on 12 bp and 18 bp InDels in the coding region of DST.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3 เครื่อง genotypingดีเอ็นเอที่สกัดจาก 6-8 คนในแต่ละทะเบียนตามวิธีของเจิ้ง et al. [18] เพื่อช่วยในการเลือกเครื่องช่วย (มาส) ลำดับเครื่องหมายไซต์ติดแท็ก (STS) แทนที่เครื่องหมายเดียวนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม (SNP) ได้รับการพัฒนาแทรกตามลบ (InDels) ระหว่างการ Nipponbare และ 9311 จีโนมลำดับที่ SKC1 (Chr. 1) [6], เกลือ (Chr. 1) [8] และ DST (Chr. 3) [19] loci ไพรเมอร์ (ตาราง 1) ถูกออกแบบโดยใช้ซอฟต์แวร์ Oligo 7.0 เครื่องหมายแปด STS ได้พัฒนา 2 สำหรับ SKC1, 3 สำหรับเกลือและ 3 สำหรับ DST (ตารางที่ 1) Wn11463 และ Wn11466 ถูกออกแบบตาม 4 bp และ 17 bp InDels น้ำของ SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 เป็นไปตาม 4 bp InDel ต้นน้ำเกลือ (LOC_Os01g24710); Wn13902 และ Wn13903 ได้ตาม 7 bp และ 8 bp InDels เกลือรหัสภูมิภาค Th32637 เป็นไปตาม 3 เป็น bp InDel ต้นน้ำใน DST (LOC_Os03g57240); และ Th32638 และ Th32369 จาก 12 bp และ 18 bp InDels ในภูมิภาครหัสของ DST

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 genotyping เครื่องหมายดีเอ็นเอถูกสกัด6-8 คนในแต่ละภาคยานุวัติต่อไปนี้วิธีการของเจิ้งเหอและอัล [18] เพื่ออำนวยความสะดวกการเลือกเครื่องหมายช่วย (MAS) ลำดับที่ติดแท็กเว็บไซต์ (STS) เครื่องหมายมากกว่าความแตกต่างเบื่อหน่ายเดียว (SNP) เครื่องหมายได้รับการพัฒนาอยู่บนพื้นฐานของการแทรก / ลบ (InDels) ระหว่าง Nipponbare และ 9311 ลำดับจีโนมที่ SKC1 (Chr 1). [6] เกลือ (Chr. 1) [8] และเวลา (Chr. 3) [19] ตำแหน่ง ไพรเมอร์ (ตารางที่ 1) ได้รับการออกแบบโดยใช้ซอฟแวร์ Oligo 7.0 แปดเครื่องหมายเอสทีได้รับการพัฒนา 2 SKC1 3 เกลือและ 3 เวลา (ตารางที่ 1) Wn11463 Wn11466 และได้รับการออกแบบขึ้นอยู่กับ 4 bp และ 17 bp InDels ล่อง SKC1 (LOC_Os01g20160); Wn13900 อยู่บนพื้นฐานของต้นน้ำ Indel bp 4 ของเกลือ (LOC_Os01g24710); Wn13902 Wn13903 และอยู่บนพื้นฐานของ bp 7 และ 8 bp InDels ในภูมิภาคเข้ารหัสเกลือ; Th32637 อยู่บนพื้นฐานของ Indel 3 bp ต้นน้ำในเวลา (LOC_Os03g57240); และ Th32638 Th32369 และอยู่บนพื้นฐานของ 12 bp และ 18 bp InDels ในภูมิภาคการเข้ารหัสของเวลา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 เครื่องหมายเขต

ดีเอ็นเอจาก 6 – 8 บุคคลในแต่ละชนิดตามวิธีการของเจิ้ง et al . [ 18 ] เพื่อความสะดวกในการใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอช่วยในการคัดเลือก ( MAS ) ลำดับแท็กเว็บไซต์ ( STS ) เครื่องหมายมากกว่าซิงเกิลนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม ( SNP ) เครื่องหมาย ถูกพัฒนาขึ้นจากการแทรก / ลบ ( indels ) ระหว่าง nipponbare 9311 จีโนมและลำดับที่ skc1 ( Chr . 1 ) [ 6 ]เกลือ ( Chr . 1 ) [ 8 ] และเวลา ( Chr . 3 ) [ 19 ] สถานะ . ไพรเมอร์ ( ตารางที่ 1 ) ได้รับการออกแบบโดยใช้โอลิโก 7.0 ซอฟแวร์ แปด STS เครื่องหมายถูกพัฒนา 2 skc1 3 สำหรับเกลือและ 3 เวลา ( ตารางที่ 1 ) และ wn11463 wn11466 ถูกออกแบบบนพื้นฐาน 4 BP และ 17 BP indels ท้ายน้ำ skc1 ( loc_os01g20160 ) ; wn13900 ยึด 4 BP INDEL น้ำเกลือ ( loc_os01g24710 )และ wn13902 wn13903 ขึ้นอยู่กับ 7 BP และ 8 indels BP ในเกลือเขตนะครับ ; th32637 ยึด 3 BP INDEL ต้นน้ำในเวลา ( loc_os03g57240 ) ; และ th32638 และ th32369 ขึ้นอยู่กับ 12 BP และ 18 indels BP ในรหัสภูมิภาคของเวลา .