to be 80 nucleotides long, and over

to be 80 nucleotides long, and overlapped by 40
nucleotides (2 9 tiling density), yielding 84 550 bait
candidates. These candidates were used in BLAST
searches (Altschul et al., 1997) against R. ferrumequinum
genomic data (Parker et al., 2013). A melting
temperature of cross-hybridization was predicted for
every BLAST hit outside the target regions. Bait candidates
likely to generate cross-hybridization to nonspecific
targets were filtered using a proprietary
algorithm developed by Mycroarray resulting in
75 817 unique baits. A MYbaits kit containing these
biotinylated RNA baits was supplied by MYcroarray.
TISSUE COLLECTION
For target sequence capture, we obtained tissue samples
from ten Rhinolophus species (Table 1): Rhinolophus
subrufus, Rhinolophus inops, Rhinolophus
shameli, Rhinolophus bocharicus, Rhinolophus clivosus,
Rhinolophus virgo, Rhinolophus malayanus, Rhinolophus
macrotis, Rhinolophus imaizumi, and
Rhinolophus formosae. These species cover six of the
15 recognized species groups based on Guill
en-Servent
et al. (2003) and were selected to cover a range of
phylogenetic distances from the two sister taxa whose
transciptomes were used for the bait design (Fig. 1).
Briefly, the bait model species belong to the pearsonigroup
(R. pearsoni and R. yunanensis), which is sister
to the euryotis-group, represented here by R. subrufus,
R. inops, and R. shameli. For the purposes of
relating capture to phylogenetic distance, we defined
these two sister groups (pearsoni and euryotis) (Fig. 1)
as having a most recent common ancestor (MRCA)
11 Mya. The [pearsoni, euryotis] clade is then sister to
the [megaphyllus, [pusillus, philippinensis]] clade
containing three species groups, all of which share a
common ancestor with the [pearsoni, euryotis] bait
model clade 12 Mya. The most phylogenetically distant
species groups from the bait taxa are the ferrumequinum
species group (MRCA = 14 Mya) and,
finally, the trifoliatus-group (MRCA = 15 Mya).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เป็น นิวคลีโอไทด์ 80 ยาว และคาบเกี่ยวกัน โดย 40นิวคลีโอไทด์ (9 2 ปูกระเบื้องหนาแน่น), ผลผลิตเหยื่อ 84 550ผู้สมัคร ผู้สมัครเหล่านี้ถูกนำมาใช้ในการระเบิดค้นหา (Altschul et al. 1997) กับอาร์ ferrumequinumข้อมูลออก (ปาร์คเกอร์ et al. 2013) การหลอมเหลวอุณหภูมิของข้าม hybridization ก็คาดว่า สำหรับระเบิดทุกตีภายนอกภูมิภาค เหยื่อผู้สมัครแนวโน้มที่จะสร้างข้าม hybridization เพื่อ nonspecificกรองใช้เป็นกรรมสิทธิ์ของเป้าหมายอัลกอริทึมที่พัฒนา โดย Mycroarray ใน75 baits 817 เฉพาะ ชุด MYbaits ที่ประกอบด้วยเหล่านี้biotinylated RNA เหยื่อมา โดย MYcroarrayเก็บเนื้อเยื่อสำหรับการจับภาพเป้าหมายลำดับ เรารับตัวอย่างเนื้อเยื่อจาก Rhinolophus 10 ชนิด (ตารางที่ 1): Rhinolophussubrufus, Rhinolophus inops, Rhinolophusshameli, Rhinolophus bocharicus, Rhinolophus clivosusRhinolophus ราศีกันย์ Rhinolophus malayanus, Rhinolophusmacrotis, Rhinolophus imaizumi และRhinolophus formosae สายพันธุ์เหล่านี้ครอบคลุมหกตัว15 รู้จักสายพันธุ์กลุ่มที่อิง Guill en-Serventet al. (2003) และได้เลือกครอบคลุมหลากหลายระยะทางจากน้องสองวงศ์ที่มีtransciptomes ถูกใช้สำหรับการออกแบบเหยื่อล่อ (1 รูป)สั้น ๆ พันธุ์รุ่นเหยื่อเป็นของ pearsonigroup(อาร์ pearsoni และอาร์ yunanensis), ซึ่งเป็นน้องสาวeuryotis-กลุ่ม การแสดงที่นี่ โดยอาร์ subrufusอาร์ inops และ shameli อาร์ สำหรับวัตถุประสงค์ในการเกี่ยวกับจับระยะทาง เรากำหนดน้องสาวเหล่านี้สองกลุ่ม (pearsoni และ euryotis) (รูปที่ 1)ว่ามีบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA)เมียะ 11 [Pearsoni, euryotis] clade เป็นน้องสาวแล้วไปใน [megaphyllus, [pusillus, philippinensis]] cladeประกอบด้วยสามสายพันธุ์รวม ร่วมกันซึ่งทั้งหมดเป็นบรรพบุรุษร่วมกันกับการ [pearsoni, euryotis] เหยื่อรุ่น clade 12 เมียะ ไกลสุด phylogeneticallyกลุ่มสายพันธุ์จากเหลืองเหยื่อเป็น ferrumequinumกลุ่มสายพันธุ์ (MRCA =เมียะ 14) และในที่สุด trifoliatus-กลุ่ม (MRCA =เมียะ 15)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จะเป็น 80 นิวคลีโอนานและซ้อนทับ 40
นิวคลีโอ (2 9 ความหนาแน่นของการปูกระเบื้อง) ผลผลิต 84 550 เหยื่อ
ผู้สมัคร ผู้สมัครเหล่านี้ถูกนำมาใช้ในการระเบิด
ค้นหา (Altschul et al., 1997) กับอาร์ ferrumequinum
ข้อมูลจีโนม (ปาร์กเกอร์ et al., 2013) ละลาย
อุณหภูมิข้ามผสมพันธุ์ได้รับการคาดการณ์ไว้สำหรับ
BLAST ตีนอกภูมิภาคเป้าหมายทุก ผู้สมัครเหยื่อ
แนวโน้มที่จะสร้างการผสมพันธุ์ข้ามไปเชิญชม
เป้าหมายถูกกรองโดยใช้ที่เป็นกรรมสิทธิ์ของ
อัลกอริทึมที่พัฒนาโดย Mycroarray ผลใน
75 817 เหยื่อที่ไม่ซ้ำกัน ชุด MYbaits ที่มีเหล่านี้
. เหยื่ออาร์เอ็นเอ biotinylated ถูกจัดทำโดย MYcroarray
เนื้อเยื่อคอลเลกชัน
สำหรับการจับภาพเป้าหมายลำดับเราได้รับตัวอย่างเนื้อเยื่อ
จากสิบมงกุฏชนิด (ตารางที่ 1): มงกุฏ
subrufus, inops มงกุฏ, มงกุฏ
shameli, มงกุฏ bocharicus, มงกุฏ clivosus,
มงกุฏราศีกันย์ , มงกุฏ malayanus, มงกุฏ
macrotis, มงกุฏ imaizumi และ
มงกุฏ formosae สายพันธุ์เหล่านี้ครอบคลุมหก
15 ได้รับการยอมรับในกลุ่มสายพันธุ์ขึ้นอยู่กับ Guill? en-servent
et al, (2003) และได้รับการคัดเลือกเพื่อให้ครอบคลุมช่วงของ
ระยะทางสายวิวัฒนาการจากแท็กซ่าน้องสาวทั้งสองที่มี
transciptomes ถูกนำมาใช้สำหรับการออกแบบเหยื่อ (รูปที่ 1)..
สั้น ๆ , รุ่นเหยื่อชนิดอยู่ใน pearsonigroup
(อาร์อาร์ pearsoni และ yunanensis ) ซึ่งเป็นน้องสาว
ไป euryotis กลุ่มแสดงที่นี่โดยอาร์ subrufus,
อาร์ inops และ shameli อาร์ สำหรับวัตถุประสงค์ของการ
ที่เกี่ยวข้องกับการจับกับระยะทาง phylogenetic เรากำหนดไว้
น้องสาวทั้งสองกลุ่ม (pearsoni และ euryotis) (รูปที่ 1).
ที่มีบรรพบุรุษร่วมกันล่าสุด (MRCA)
11 Mya [การ pearsoni, euryotis] clade แล้วน้องสาว
[การ megaphyllus [pusillus, philippinensis]] clade
มีสามกลุ่มสายพันธุ์ซึ่งทั้งหมดร่วมกัน
บรรพบุรุษร่วมกับ [pearsoni, euryotis] เหยื่อ
รุ่น clade 12 Mya ส่วนใหญ่ที่อยู่ห่างไกล phylogenetically
กลุ่มแท็กซ่าชนิดจากเหยื่อเป็น ferrumequinum
กลุ่มสปีชีส์ (MRCA = 14 ม) และ
ในที่สุด trifoliatus กลุ่ม (MRCA = 15 ม)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เป็น 80 คู่ยาวและจำนวน 40นิวคลีโอไทด์ ( 2 9 กระเบื้องความหนาแน่น ) ให้ผลผลิต 84 550 เหยื่อผู้สมัคร . ผู้สมัครเหล่านี้ถูกใช้ในระเบิดค้นหา ( แอลเชิล et al . , 1997 ) กับ อาร์ ferrumequinumข้อมูลจีโนม ( Parker et al . , 2013 ) หลอมอุณหภูมิของข้าม hybridization ได้คาดการณ์ไว้สำหรับทุกระเบิดตีนอกเป้าหมายภูมิภาค เหยื่อ ผู้สมัครน่าจะสร้าง cross hybridization สำหรับการติดเชื้อเป้าหมายที่ถูกใช้เป็นกรองขั้นตอนวิธีที่พัฒนาโดย mycroarray ที่เกิดใน75 เรื่องเหยื่อที่ไม่ซ้ำกัน เป็นชุด mybaits ที่มีเหล่านี้เหยื่อที่ถูกจัดโดย mycroarray ไล . .เก็บเนื้อเยื่อจับลำดับเป้าหมาย เราได้ตัวอย่างเนื้อเยื่อค้างคาวมงกุฎเทาแดง จาก 10 ชนิด ( ตารางที่ 1 ) : ค้างคาวมงกุฎเทาแดงค้างคาวมงกุฎเทาแดง subrufus inops ค้างคาวมงกุฎเทาแดง , ,ค้างคาวมงกุฎเทาแดง shameli bocharicus clivosus ค้างคาวมงกุฎเทาแดง , , ,ค้างคาวมงกุฎเทาแดงราศีกันย์ , ค้างคาวมงกุฎเทาแดง malayanus ค้างคาวมงกุฎเทาแดง ,macrotis ค้างคาวมงกุฎเทาแดง , อิไมซูมิ และค้างคาวมงกุฎเทาแดง formosae . สายพันธุ์เหล่านี้ครอบคลุมหกของ15 ชนิดได้แก่เซอร์เวนท์ยังรู้จักet al . ( 2003 ) และได้ถูกเลือกให้ครอบคลุมช่วงของซึ่งระยะทางจากพี่สาวสองคนและของใครtransciptomes ถูกใช้สำหรับเหยื่อออก ( รูปที่ 1 )สั้น ๆ , รูปแบบเหยื่อชนิดเป็นของ pearsonigroup( R . pearsoni และ R . yunanensis ) ซึ่งเป็นน้องสาวในกลุ่ม euryotis แสดงโดย subrufus ที่นี่ ,inops R และ R . shameli . สำหรับวัตถุประสงค์ของเกี่ยวกับบันทึก ซึ่งระยะทางที่เรากำหนดทั้งสองกลุ่ม ( และน้องสาว pearsoni euryotis ) ( รูปที่ 1 )มีบรรพบุรุษร่วม ( mrca ) ล่าสุด11 เมียะ . [ pearsoni euryotis ] clade , แล้วพี่สาว[ megaphyllus [ pusillus peltata ] ] clade ,ที่ประกอบด้วยสามกลุ่มเผ่าพันธุ์ ซึ่งทั้งหมดแบ่งปันบรรพบุรุษร่วมด้วย [ pearsoni euryotis ] เหยื่อ ,นางแบบ clade 12 เมียะ . phylogenetically ไกลมากที่สุดชนิดกลุ่มจากเหยื่อและเป็น ferrumequinumกลุ่มสายพันธุ์ ( mrca = 14 เมียะ ) และในที่สุดกลุ่ม trifoliatus ( mrca = 15 เมียะ )