2.3. Microbial analysesAt the end o

2.3. Microbial analyses
At the end of the study period, water and plant root samples
were taken from aquaponics, centrifuged and then kept at 20 C
for microbial analyses, which were conducted in Kartik Chandran
Laboratory at Columbia University. DNeasy plant mini kit (Qiagen,
Valencia, CA, USA) was used to extract DNA, and resulting
DNA concentrations and quality were measured by NanoDrop Lite
Spectrophotometer (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA).
The abundance of AOB was quantified via SYBR Green chemistry
quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays targeting
ammonia monooxygenase subunit A (amoA), using amoA-1F and
amoA-2R as target primers (Rotthauwe et al., 1997). Since no general
molecular probe targeting all known NOB is currently available,
we chose to target and quantify the two genera Nitrobacter
and Nitrospira, which are assumed to be the major players in nitrite
oxidation (Cébron and Garnier, 2005). Nitro-1198f and Nitro-1423r
were used as target primers for Nitrobacter, while NTSPAf and
NTSPAr were used as target primers for Nitrospira (Kindaichi
et al., 2006; Graham et al., 2007). qPCR assays were conducted in
triplicate on iQ5 real-time PCR thermal cycler (Bio-Rad Laboratories,
Hercules, CA. USA). Standard curves for qPCR were generated
via serial decimal dilutions of plasmid DNA and primer specificity
and the absence of primer-dimers were confirmed via melt curve
analysis performed for each and every qPCR assay conducted. qPCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. จุลินทรีย์วิเคราะห์เมื่อสิ้นสุดระยะเวลาการศึกษา น้ำ และพืชตัวอย่างรากได้มาจาก aquaponics, centrifuged แล้ว เก็บที่ 20 Cการวิเคราะห์จุลินทรีย์ ซึ่งได้ดำเนินการใน Kartik Chandranห้องปฏิบัติการที่มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย DNeasy ชุดมินิโรงงาน (QiagenValencia, CA, USA) ถูกใช้ในการแยกดีเอ็นเอ และผลลัพธ์มีวัดความเข้มข้นของดีเอ็นเอและมีคุณภาพ โดย NanoDrop Liteเครื่องทดสอบกรดด่าง (Fisher เทอร์โมวิทยาศาสตร์ Waltham, MA สหรัฐอเมริกา)มาย AOB ที่ quantified ผ่านเคมี SYBR Greenปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสเชิงปริมาณ (qPCR) assays กำหนดเป้าหมายแอมโมเนีย monooxygenase ย่อย (amoA), ใช้ amoA-1F และamoA-2R เป็นเป้าหมายไพรเมอร์ (Rotthauwe และ al., 1997) ตั้งแต่ทั่วไปไม่โพรบโมเลกุลเป้าหมายมมีทั้งหมดรู้จักใช้อยู่เราเลือกที่จะกำหนดเป้าหมาย และกำหนดปริมาณสองสกุล Nitrobacterและ Nitrospira ซึ่งถือว่าเป็น ผู้เล่นสำคัญในไนไตรต์ออกซิเดชัน (Cébron และ Garnier, 2005) 1198f ไนโตรและไนโตร-1423rใช้เป็นไพรเมอร์เป้าหมายสำหรับ Nitrobacter ในขณะที่ NTSPAf และNTSPAr ใช้เป็นไพรเมอร์เป้าหมายสำหรับ Nitrospira (คินและ al., 2006 แกรแฮม et al., 2007) qPCR assays ได้ดำเนินการในtriplicate บน iQ5 แบบ real-time PCR ร้อน cycler (ห้องปฏิบัติการชีวภาพราษฎร์เฮอร์คิวลิส รัฐ CA) มีสร้างเส้นโค้งมาตรฐานสำหรับ qPCRผ่านประจำ dilutions ทศนิยมของ plasmid DNA และพื้น specificityและการขาดงานของรองพื้น dimers ได้ยืนยันผ่านโค้งละลายวิเคราะห์ดำเนินการสำหรับทดสอบ qPCR แต่ละที่ดำเนินการ qPCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 วิเคราะห์จุลินทรีย์
ในตอนท้ายของระยะเวลาการศึกษาน้ำและตัวอย่างรากพืชที่
ถูกนำมาจาก aquaponics, ปั่นแล้วเก็บไว้ที่ 20 องศาเซลเซียส
สำหรับการวิเคราะห์จุลินทรีย์ซึ่งได้ดำเนินการใน Kartik Chandran
ห้องปฏิบัติการที่มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย DNeasy? โรงงานชุดมินิ (Qiagen,
วาเลนเซีย, CA, USA) ถูกนำมาใช้ในการสกัดดีเอ็นเอและส่งผลให้
ความเข้มข้นของดีเอ็นเอที่มีคุณภาพและถูกวัดโดย NanoDrop Lite
Spectrophotometer (เทอร์โมฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์, เคมบริดจ์, สหรัฐอเมริกา).
ความอุดมสมบูรณ์ของ AOB ถูกวัดผ่าน SYBR ? เคมีสีเขียว
ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเชิงปริมาณ (qPCR) กำหนดเป้าหมายการตรวจ
monooxygenase แอมโมเนีย subunit (AMOA) โดยใช้ AMOA-1F และ
AMOA-2R เป็นไพรเมอร์เป้าหมาย (Rotthauwe et al., 1997) เนื่องจากไม่มีทั่วไป
สอบสวนโมเลกุลกำหนดเป้าหมาย NOB ที่รู้จักกันทั้งหมดที่มีอยู่ในขณะนี้
เราเลือกที่จะกำหนดเป้าหมายและปริมาณสองจำพวก Nitrobacter
และ Nitrospira ซึ่งจะถือว่าเป็นผู้เล่นหลักในไนไตรท์
ออกซิเดชัน (Cébronและ Garnier, 2005) Nitro-1198f และ Nitro-1423r
ถูกนำมาใช้เป็นไพรเมอร์สำหรับเป้าหมาย Nitrobacter ขณะ NTSPAf และ
NTSPAr ถูกนำมาใช้เป็นไพรเมอร์สำหรับเป้าหมาย Nitrospira (Kindaichi
et al, 2006;.. เกรแฮม, et al, 2007) ตรวจ qPCR ได้ดำเนินการใน
เพิ่มขึ้นสามเท่าใน iQ5 แบบ real-time PCR Cycler ความร้อน (ห้องปฏิบัติการ Bio-Rad,
ดาว, แคลิฟอร์เนียสหรัฐอเมริกา) เส้นโค้งมาตรฐานสำหรับ qPCR ถูกสร้างขึ้น
ผ่านการเจือจางทศนิยมอนุกรมของพลาสมิดดีเอ็นเอและความจำเพาะไพรเมอร์
และการขาดการ dimers ไพรเมอร์ที่ได้รับการยืนยันผ่านทางโค้งละลาย
วิเคราะห์ดำเนินการสำหรับแต่ละคนและทุกการทดสอบ qPCR ดำเนินการ qPCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 จุลินทรีย์วิเคราะห์
เมื่อสิ้นสุดระยะเวลาการศึกษา , น้ำและรากพืชตัวอย่าง
ถ่ายจาก aquaponics ไฟฟ้าแล้วเก็บไว้ที่  20  C
วิเคราะห์จุลินทรีย์ ซึ่งมีวัตถุประสงค์ในกาติก chandran
ห้องปฏิบัติการที่มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย dneasy  ชุดมินิโรงงาน ( QIAGEN
, วาเลนเซีย , CA , USA ) ถูกใช้เพื่อสกัดดีเอ็นเอและเป็นผล
ปริมาณดีเอ็นเอและคุณภาพวัดจาก nanodrop Lite
Spectrophotometer ( เทอร์โมฟิชเชอร์ทางวิทยาศาสตร์ , วอลแทม , MA , USA ) .
ความอุดมสมบูรณ์ของ aob คือปริมาณทางเคมีสีเขียว SYBR 
ปริมาณการใช้ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส ( qpcr ) หรือเป้าหมาย
1 monooxygenase แอมโมเนีย ( amoa ) โดยใช้ไพรเมอร์และ amoa-1f
amoa-2r เป็นเป้าหมาย ( rotthauwe et al . , 1997 ) เนื่องจากไม่มีทั่วไป
โมเลกุลโพรบ เป้าหมายอยู่ที่รู้จักอยู่ในปัจจุบัน เราเลือกเป้าหมายและปริมาณ

สองจำพวกไนโตรแบคเตอร์ และไนโตรสไปรา ซึ่งถือว่าเป็นผู้เล่นหลักในปฏิกิริยาไนไตรท์
( C éที่มา และ การ์นิเยร์ , 2005 ) nitro-1198f nitro-1423r
ถูกใช้เป็นเป้าหมายและไพรเมอร์สำหรับไนโตรแบคเตอร์ ในขณะที่ ntspaf และ
ntspar ถูกใช้เป็นเป้าหมายสำหรับไนโตรสไปราไพรเมอร์ ( คินดะอิจิ
et al . , 2006 ;เกรแฮม et al . , 2007 ) qpcr ) มีวัตถุประสงค์ใน iq5 PCR แบบเรียลไทม์
ทำสำเนาสามฉบับใน Thermal cycler ( ไบโอ ราดห้องปฏิบัติการ
เฮอคิวลิส แคลิฟอร์เนีย สหรัฐอเมริกา ) เส้นโค้งมาตรฐาน qpcr ขึ้น
ผ่าน serial ทศนิยมเจือจางดีเอ็นเอและตรวจหาพลาสมิด
รองพื้นและการขาดงานของไพรเมอร์ได้รับการยืนยันผ่านทางสายละลายโค้ง
การวิเคราะห์ดำเนินการสำหรับแต่ละคนและทุก qpcr วิธีดำเนินการ qpcr