Molecular dynamics trajectory was t

Molecular dynamics trajectory was then
run using the minimized structure as the input, and periodic
boundary conditions and particle mesh Ewald electrostatics
(Essmann et al., 1995) were used in the simulation. SHAKE was
employed to keep all bonds involving hydrogen atoms rigid. The
time step of the simulations was 2.0 fs with a cutoff of 12 Å for
the non-bonded interaction. The General Amber Force Field
(GAFF) parameters were assigned to the ligand. The partial charges
were determined using the AM1-BCC method of the Antechamber
suite of AMBER 11.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิถี dynamics โมเลกุลได้แล้วเรียกใช้โครงสร้างย่อ เป็น input และเป็นครั้งคราวเงื่อนไขขอบเขตและอนุภาคตาข่าย Ewald electrostatics(Essmann et al. 1995) ถูกใช้ในการจำลอง สั่นได้จ้างเพื่อให้พันธบัตรทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับอะตอมไฮโดรเจนแข็ง การขั้นตอนเวลาจำลองคือ fs 2.0 กับตัด 12 Åสำหรับปฏิสัมพันธ์ที่ไม่ผูกมัด ฟิลด์บังคับทั่วไปสีเหลืองอำพัน(GAFF) พารามิเตอร์ถูกกำหนดให้กับลิแกนด์ ค่าใช้จ่ายบางส่วนกำหนดโดยใช้ AM1 BCC Antechamberชุดเหลือง 11

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเปลี่ยนแปลงวิถีโมเลกุลจากนั้นก็
ทำงานโดยใช้โครงสร้างลดลงเป็น input และระยะ
เงื่อนไขขอบเขตและอนุภาคตาข่ายไฟฟ้าสถิตวาลด์
(Essmann et al., 1995) ถูกนำมาใช้ในการจำลอง Shake ได้รับการ
ว่าจ้างเพื่อให้พันธบัตรทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับอะตอมไฮโดรเจนแข็ง
ขั้นตอนเวลาของการจำลองเป็น 2.0 FS พร้อมด้วยตัด 12 สำหรับ
การปฏิสัมพันธ์ที่ไม่ผูกมัด นายพลอำพันสนามพลัง
(ฉมวก) พารามิเตอร์ได้รับมอบหมายให้แกนด์ ค่าใช้จ่ายบางส่วน
ได้รับการพิจารณาโดยใช้วิธี AM1-BCC ของห้องโถง
ชุดของอำพัน 11

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิถีพลวัตโมเลกุลแล้วเรียกใช้ลดโครงสร้างที่นำเข้า และเป็นระยะ ๆเงื่อนไขขอบเขตและอนุภาคตาข่ายยูเอิลด์ไฟฟ้าสถิต( essmann et al . , 1995 ) ที่ใช้ในการจำลอง สั่นคือใช้เก็บพันธบัตรที่เกี่ยวข้องกับอะตอมไฮโดรเจนแข็ง ที่เวลาขั้นตอนของการจำลองคือ 2.0 FS กับการตัดของกริพเพน 12 สำหรับไม่ผูกมัดปฏิสัมพันธ์ แอมเบอร์ฟิลด์บังคับทั่วไป( สถานที่ ) โดยได้มอบหมายให้ลิแกนด์ . ค่าใช้จ่ายบางส่วนคำนวณโดยใช้วิธี am1-bcc ประภาคารแต่งงานของแอมเบอร์ 11