The genomic sequence of the chicken

The genomic sequence of the chicken has been unveiled. Although several mammalian species and various more primitive organisms have already had their genomes sequenced, the chicken is the first bird to join this prestigious roster.

The data will help to bridge the gap between the genomes already obtained from mammals and other organisms, and help scientists to refine their knowledge of evolution.

The most recent common ancestor for humans and chickens is thought to have been some kind of primitive reptile that lived more than 310 million years ago. The information from the chicken genome should paint a clearer picture of this divergence, and provide information about when mammals lost certain genes, and why.

Chick lit

The International Chicken Genome Sequencing Consortium, which is composed of researchers from around the world, decided on the red jungle fowl (Gallus gallus). This wild ancestor of domestic poultry still lives in parts of southern Asia.

The group sequenced the genome of one individual of this species using the shotgun approach. This involves extracting DNA from the bird, randomly breaking it up, sequencing the small bits, then piecing the sequence back together.

When the process was complete, the researchers found that the chicken genome contains 1 billion base pairs of DNA, which is only one-third as many as humans have. But packed into that are an estimated 20,000-23,000 genes, roughly the same as the human quota. The results are published this week in Nature1.

Shell shocks

Analysis of the data is only just beginning, but several surprising results have already emerged from the project. For example, it had been thought that chickens lack a sense of smell, but the large number of olfactory genes in the sequence suggests otherwise.

The gene for keratin, the protein that makes up hair and fingernails in people and beaks and feathers in chickens, also grabbed researchers' attention. According to Christopher Ponting, a functional geneticist at the University of Oxford, UK, and a member of the consortium, keratin is thought to have arisen from a common source in both mammals and birds. Yet the chicken sequence looks very different from the mammal keratin genes known so far, raising the possibility that keratin production might have evolved twice.

Another paper published in Nature this week2 highlights how three domestic breeds differ genetically from the red jungle fowl. In contrast to the idea that domestic animals are more highly inbred than their ancestors, the study detected a startling amount of genetic diversity in broiler, layer and Chinese silkie chickens as compared with their wild relative.

Taking stock

Many researchers may be most intrigued by the non-coding parts of the chicken genome. It is not unusual for different species to share regions of DNA that have a fundamental biological function. Scientists call these areas 'conserved' because any mutations within them disrupt that function and are usually selected against.

But when the group compared the chicken genome with that of other mammal species, including humans, they found a surprising amount of similarity in regions not thought to be involved in protein production.

"I don't think that anyone expected that the conservation would be so non-gene associated," says Ewan Birney of the European Bioinformatics Institute in Cambridge, UK, who was a coordinator of the sequencing consortium. But he and others remain uncertain about exactly what these conserved non-coding regions do.

One possibility is that these mysterious sequences are involved in the regulation of protein production and Birney says he hopes that analysis of the similarities will provide further clues. "It's an open question at the moment," he says.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

The genomic sequence of the chicken has been unveiled. Although several mammalian species and various more primitive organisms have already had their genomes sequenced, the chicken is the first bird to join this prestigious roster.The data will help to bridge the gap between the genomes already obtained from mammals and other organisms, and help scientists to refine their knowledge of evolution.The most recent common ancestor for humans and chickens is thought to have been some kind of primitive reptile that lived more than 310 million years ago. The information from the chicken genome should paint a clearer picture of this divergence, and provide information about when mammals lost certain genes, and why.Chick litThe International Chicken Genome Sequencing Consortium, which is composed of researchers from around the world, decided on the red jungle fowl (Gallus gallus). This wild ancestor of domestic poultry still lives in parts of southern Asia.The group sequenced the genome of one individual of this species using the shotgun approach. This involves extracting DNA from the bird, randomly breaking it up, sequencing the small bits, then piecing the sequence back together.When the process was complete, the researchers found that the chicken genome contains 1 billion base pairs of DNA, which is only one-third as many as humans have. But packed into that are an estimated 20,000-23,000 genes, roughly the same as the human quota. The results are published this week in Nature1.แรงกระแทกเชลล์วิเคราะห์ข้อมูลเป็นเพียงแค่จุดเริ่มต้น ได้ผลลัพธ์ที่น่าแปลกใจหลายมีแล้วเกิดขึ้นจากโครงการ ตัวอย่าง มันได้ถูกคิดว่า ไก่ขาดกลิ่น แต่ของยีนสมานลำดับแนะนำมิฉะนั้นยีนสำหรับ keratin โปรตีนที่ทำให้ผมและเล็บ ใน beaks และขนในไก่ ยังคว้าความสนใจของนักวิจัย ตามคริสโตเฟอร์ Ponting, geneticist ทำงานที่มหาวิทยาลัย Oxford, UK และสมาชิกของสมาคม keratin เป็นคิดว่า การได้เกิดขึ้นจากแหล่งทั่วไปในการเลี้ยงลูกด้วยนมและนก ยัง ลำดับไก่มีลักษณะแตกต่างกันมากจากเท้า keratin ยีนเรียกว่าฉะนี้ เพิ่มความเป็นไปได้ที่อาจมีพัฒนาผลิต keratin สองกระดาษอื่นที่เผยแพร่ในลักษณะนี้ week2 เน้นสายพันธุ์ภายในประเทศที่สามอย่างไรแตกต่างจากไก่ป่าสีแดงแปลงพันธุกรรม การศึกษาพบจำนวนพันธุตกใจในไก่เนื้อ เลเยอร์ และไก่ silkie จีนเมื่อเทียบกับญาติของพวกเขาป่าตรงข้ามความคิดที่ว่า สัตว์ในประเทศมีมากกว่า inbred กว่าบรรพบุรุษทำหุ้นนักวิจัยจำนวนมากอาจเป็นการประหลาดใจมากที่สุดส่วนไม่ใช่รหัสของกลุ่มไก่ ไม่ผิดปกติสำหรับสายพันธุ์ต่าง ๆ ร่วมภูมิภาคของดีเอ็นเอที่มีฟังก์ชั่นชีวภาพพื้นฐาน นักวิทยาศาสตร์เรียกพื้นที่เหล่านี้ 'อยู่' เนื่องจากการกลายพันธุ์อยู่ภายในรบกวนที่ทำงาน และมักจะเลือกจากแต่เมื่อกลุ่มเปรียบเทียบกลุ่มไก่กับพันธุ์อื่น ๆ เท้า รวมทั้งมนุษย์ พวกเขาพบจำนวนมิใช่น้อยที่น่าแปลกใจในภูมิภาคที่ไม่คิดว่า การมีส่วนร่วมในการผลิตโปรตีน"ฉันไม่คิดว่า ทุกคนคาดหวังว่า การอนุรักษ์จะดังไม่ใช่ยีนเกี่ยวข้อง กล่าวว่า Birney ยวนสถาบันยุโรป Bioinformatics ในเคมบริดจ์ ประเทศอังกฤษ ผู้ประสานงานของสมาคมจัดลำดับที่ แต่เขาและอื่น ๆ ยังคงไม่แน่นอนเกี่ยวกับสิ่งที่เหล่านี้อาศัยภูมิภาครหัสไม่ทำงานความเป็นไปได้หนึ่งคือ ลำดับลึกลับเหล่านี้เกี่ยวข้องในการควบคุมการผลิตโปรตีน และ Birney กล่าวว่า เขาหวังว่า การวิเคราะห์ความเหมือนที่จะให้เพิ่มเติมข้อมูล "ก็เป็นคำถามเปิดในขณะนี้ เขากล่าวว่า

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับจีโนมของไก่ได้รับการเปิดเผย แม้ว่าสายพันธุ์ที่เลี้ยงลูกด้วยนมหลายและสิ่งมีชีวิตดั้งเดิมต่างๆมีอยู่แล้วได้จีโนมของพวกเขาติดใจไก่เป็นนกครั้งแรกที่จะเข้าร่วมบัญชีรายชื่ออันทรงเกียรตินี้ข้อมูลที่จะช่วยในการลดช่องว่างระหว่างจีโนมที่ได้รับอยู่แล้วจากการเลี้ยงลูกด้วยนมและสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ และนักวิทยาศาสตร์ช่วยเหลือ เพื่อปรับแต่งความรู้ของวิวัฒนาการบรรพบุรุษร่วมกันที่ผ่านมามากที่สุดสำหรับมนุษย์และไก่ก็คิดว่าจะได้รับชนิดของสัตว์เลื้อยคลานดึกดำบรรพ์ที่อาศัยอยู่มากกว่า 310,000,000 ปีที่ผ่านมาบางส่วน ข้อมูลจากจีโนมไก่ควรวาดภาพที่ชัดเจนของความแตกต่างนี้และให้ข้อมูลเกี่ยวกับเมื่อเลี้ยงลูกด้วยนมที่สูญเสียยีนบางอย่างและทำไมไก่ไฟนานาชาติไก่จีโนมลำดับ Consortium ซึ่งประกอบด้วยนักวิจัยจากทั่วโลกตัดสินใจ ไก่ป่าสีแดง (กางเกงกางเกง) นี้บรรพบุรุษป่าของสัตว์ปีกในประเทศยังคงอาศัยอยู่ในส่วนของเอเชียใต้









กลุ่มติดใจจีโนมของคนใดคนหนึ่งของสายพันธุ์นี้ใช้วิธีปืนลูกซอง นี้เกี่ยวข้องกับการสกัดดีเอ็นเอจากนกสุ่มทำลายมันขึ้นลำดับบิตขนาดเล็กแล้ว piecing ลำดับกลับมารวมกันเมื่อกระบวนการเสร็จสมบูรณ์นักวิจัยพบว่าจีโนมไก่มี 1 พันล้านฐานคู่ของดีเอ็นเอซึ่งเป็นเพียงหนึ่ง -third มากที่สุดเท่าที่มนุษย์มี แต่บรรจุลงในที่มีประมาณ 20,000-23,000 ปยีนประมาณเดียวกับโควต้าของมนุษย์ ผลที่ได้รับการตีพิมพ์ในสัปดาห์นี้ใน Nature1 กระแทกเชลล์การวิเคราะห์ข้อมูลเป็นเพียงแค่จุดเริ่มต้น แต่ที่น่าแปลกใจหลายคนได้ออกมาแล้วจากโครงการ ยกตัวอย่างเช่นมันได้รับการคิดว่าไก่ขาดความรู้สึกของกลิ่น แต่จำนวนมากของยีนที่เกี่ยวกับจมูกในลำดับที่แสดงให้เห็นเป็นอย่างอื่นยีนสำหรับเคราตินโปรตีนที่ทำให้ผมและเล็บในผู้คนและจะงอยปากและขนในไก่, ยังคว้าความสนใจของนักวิจัย ตามที่คริสติ้งผาดทำงานที่มหาวิทยาลัยฟอร์ด, สหราชอาณาจักรและเป็นสมาชิกของสมาคม, เคราตินเป็นความคิดที่จะเกิดขึ้นจากแหล่งที่พบในทั้งสองเลี้ยงลูกด้วยนมและนก แต่ลำดับไก่ที่มีลักษณะแตกต่างจากยีนที่เลี้ยงลูกด้วยนมเคราตินที่รู้จักกันเพื่อให้ห่างไกลเพิ่มความเป็นไปได้ว่าการผลิตเคราตินอาจจะมีการพัฒนาเป็นครั้งที่สองบทความที่ตีพิมพ์ในวารสาร Nature อีก week2 นี้ไฮไลท์วิธีสามสายพันธุ์ในประเทศมีความแตกต่างทางพันธุกรรมจากไก่ป่าสีแดง ในทางตรงกันข้ามกับความคิดที่ว่าสัตว์ในประเทศมีมากขึ้นสูงกว่าพันธุ์บรรพบุรุษของพวกเขาการศึกษาที่ตรวจพบเป็นจำนวนเงินที่น่าตกใจของความหลากหลายทางพันธุกรรมในไก่เนื้อและไก่ชั้น Silkie จีนเมื่อเทียบกับญาติของพวกเขาป่าหุ้นสละนักวิจัยหลายคนอาจจะได้รับความสนใจมากที่สุดโดย ส่วนการเข้ารหัสที่ไม่ได้ของจีโนมไก่ มันไม่ได้เป็นเรื่องผิดปกติสำหรับสายพันธุ์ที่แตกต่างกันในการแบ่งปันภูมิภาคของดีเอ็นเอที่มีฟังก์ชั่นพื้นฐานทางชีววิทยา นักวิทยาศาสตร์เรียกพื้นที่เหล่านี้ 'อนุรักษ์' เพราะการกลายพันธุ์ใด ๆ ภายในพวกเขาส่งผลกระทบต่อการทำงานที่และมักจะได้รับการคัดเลือกจากกลุ่ม แต่เมื่อเทียบจีโนมไก่กับที่ของสายพันธุ์ที่เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆ รวมถึงมนุษย์ที่พวกเขาพบว่าเป็นจำนวนเงินที่น่าแปลกใจของความคล้ายคลึงกันในภูมิภาคไม่ได้คิด จะมีส่วนร่วมในการผลิตโปรตีน"ฉันไม่คิดว่าทุกคนคาดหวังว่าการอนุรักษ์จะให้ไม่มียีนที่เกี่ยวข้อง" อีแวน Birney ของชีวสารสนเทศศาสตร์สถาบันยุโรปในเคมบริดจ์, สหราชอาณาจักรที่เป็นผู้ประสานงานของสมาคมลำดับกล่าวว่า แต่เขาและคนอื่น ๆ ยังคงมีความไม่แน่นอนเกี่ยวกับสิ่งเหล่านี้พื้นที่ป่าสงวนที่ไม่ได้เข้ารหัสทำหนึ่งเป็นไปได้ก็คือลำดับลึกลับเหล่านี้มีส่วนร่วมในการควบคุมการผลิตโปรตีนและ Birney กล่าวว่าเขาหวังว่าการวิเคราะห์ความคล้ายคลึงกันจะให้เบาะแสเพิ่มเติม "มันเป็นคำถามที่เปิดอยู่ในขณะนี้" เขากล่าวว่า