RDP's ProbeMatch finds sequences ma

RDP's ProbeMatch finds sequences matching your probe in the RDP's database. A list of probes is available at sites such as Probebase. Use programs such as Primrose or ARB to assist you with phylogenetic probe design.

Probe: Please enter your probe(s) in the 5' to 3' direction. Only IUPAC codons can be used, including ambiguity codons. A probe must be less than 64 bases in length.

Restrict to Domain: Search only Bacteria, Archaea or Fungi sequences, if desired.

Restrict to Region: Only search sequences with sequence data in the specified E. coli region (GenBank J01695) for Bacteria or Archaea , or S. cerevisiae (GanBank NC_001144.5:455571..451786) for Fungi. There are many partial 16S sequences in the RDP database that may be missing data in the region your probe targets. This function can be useful if you're interested in what sequences your probe does not match. The coverage of the number of RDP sequences spanning each base position for each domain can be found on resources.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ProbeMatch ของ RDP พบลำดับที่ตรงกันของโพรบในฐานข้อมูลของ RDP ทางเว็บไซต์เช่น Probebase มีรายการของหัววัด ใช้โปรแกรมเช่นพริมโรสหรือ ARB ให้ออกรบ phylogeneticรบ: กรุณาใส่ probe(s) ของคุณใน 5' ไป 3' ทิศทาง เพียงยิ่ง ๆ codons ใช้ รวมทั้งคลุมเครือ codons การสืบสวนสอบสวนต้องน้อยกว่า 64 ฐานยาวจำกัดโดเมน: ค้นเฉพาะแบคทีเรีย อาร์เคีย หรือเชื้อลำดับ ถ้าต้องการจำกัดเขต: ค้นหาลำดับลำดับข้อมูลในภูมิภาคระบุ E. coli (GenBank J01695) สำหรับแบคทีเรียอาร์เคีย หรือ S. cerevisiae (GanBank NC_001144.5:455571..451786) สำหรับเชื้อรา มีหลายลำดับ 16S บางส่วนในฐานข้อมูล RDP ที่อาจไม่มีข้อมูลในพื้นที่เป้าหมายของรบ ฟังก์ชันนี้จะมีประโยชน์ถ้าคุณสนใจในลำดับใดโพรบของคุณไม่ตรงกับ ความครอบคลุมของหมายเลขลำดับ RDP ด้วยตำแหน่งแต่ละฐานสำหรับแต่ละโดเมนสามารถพบทรัพยากร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

RDP ของ ProbeMatch พบว่าลำดับที่ตรงกับการสอบสวนของคุณในฐานข้อมูลของ RDP รายชื่อของโพรบสามารถดูได้ที่เว็บไซต์เช่น Probebase ใช้โปรแกรมเช่นสีเหลืองอ่อนหรือ ARB ที่จะช่วยให้คุณมีการออกแบบการสอบสวน phylogenetic. Probe: กรุณากรอกสอบสวน (s) ใน 5 '3' ทิศทาง เพียง codons IUPAC สามารถนำมาใช้รวมทั้ง codons คลุมเครือ สอบสวนต้องน้อยกว่า 64 ฐานยาว. จำกัด เฉพาะโดเมน: ค้นหาแบคทีเรียเท่านั้นเคียหรือเชื้อราลำดับหากต้องการ. จำกัด เฉพาะภูมิภาค: ค้นหาเฉพาะลำดับที่มีข้อมูลลำดับที่ระบุ E. coli ภูมิภาค (GenBank J01695) สำหรับแบคทีเรีย หรือเคียหรือเอส cerevisiae (GanBank NC_001144.5: 455571..451786) สำหรับเชื้อรา มีหลายส่วน 16S ลำดับในฐานข้อมูล RDP ที่อาจจะหายไปข้อมูลในภูมิภาคเป้าหมายการสอบสวนของคุณ ฟังก์ชั่นนี้จะมีประโยชน์ถ้าคุณสนใจในสิ่งที่ลำดับการสอบสวนของคุณไม่ตรง ความคุ้มครองจำนวนลำดับ RDP ทอดแต่ละตำแหน่งฐานสำหรับแต่ละโดเมนที่สามารถพบได้ในทรัพยากร