methylation genes, with orthologs f

methylation genes, with orthologs for two maintenance DNA
methyltransferases (Dnmt1aand Dnmt1b), two de novo DNA
methyltransferases (Dnmt3aandDnmt3X), and the Dnmt2found in
all sequenced insect genomes. In addition to the DNA
methyltransferases, we also identified a single putative methylDNA-binding-domain-containing gene involved in the recruitment of chromatin modification enzymes.
Methylated C nucleotides in CpGs—the sites of known DNA
methylation in pea aphid—are prone to deamination to uracil,
after which DNA repair machinery can produce thymidine. Thus,
an excess of CpG sites over those expected at random can provide
evidence for purifying selection maintaining CpG sites for
methylation. This approach has been used previously to
successfully predict methylated genes [46]. We investigated the
frequency in aphid genes of CpG sites compared with the
frequency expected based on the low overall GC content. Pea
aphids, likeApis mellifera, exhibit a double peak in the frequency of
genes with different ratios of observed/expected CpG content, a
pattern different than that ofDrosophila melanogasterand ofTribolium
castaneum(Figure 7). The double peak suggests two broad classes of
genes with different methylation status. Direct examination of
DNA methylation states will be required to confirm that two major
groups of pea aphid genes are differentially regulated by
methylation.
Small non-coding regulatory RNAs. Micro RNA and small
interfering RNA gene silencing participates in regulation of
eukaryotic gene expression [47]. We identified 163 microRNAs,
including 52 conserved and 111 orphan microRNAs. We also
found an expansion of gene families related to miRNA-related
gene regulation (Figure 8). This expansion includes four copies of
pasha, a co-factor of drosha involved in the first step of miRNA
biosynthesis, a duplication ofdicer-1, an RNAse involved in the
processing of miRNAs, and a duplication ofArgonaute-1, the key
protein of the multiprotein RNA Induced Silencing Complex
(RISC). These gene family expansions are present in other aphid
species [21], but no other metazoa outside the aphids appear to
have duplications of these genes.
The Pea Aphid as a Host of Symbiont Bacteria
Genome of the primary symbiontBuchnera aphidicola.
Most aphid species harbor the obligate, mutualistic, primary
symbiont, Buchnera aphidicola(Gamma proteobacteria), within the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยีน methylation ด้วย orthologs สำหรับการบำรุงรักษาดีเอ็นเอสอง methyltransferases
(dnmt1aand dnmt1b) สองโนโวเด methyltransferases
dna (dnmt3aanddnmt3x) และ dnmt2found ใน
ทั้งหมดติดใจจีโนมของแมลง นอกเหนือไปจากดีเอ็นเอ methyltransferases
เรายังระบุยีนเดียว methyldna ผูกโดเมนที่มีสมมุติมีส่วนร่วมในการรับสมัครงานของเอนไซม์การปรับเปลี่ยนโครมาติ.
นิวคลีโอคแอลกอฮอล์ใน cpgs-เว็บไซต์ของดีเอ็นเอที่รู้จักกัน
methylation ในถั่วเพลี้ย-มีแนวโน้มที่จะไป deamination uracil
หลังจากที่เครื่องจักรซ่อมแซมดีเอ็นเอสามารถผลิต thymidine จึง
ส่วนเกินของเว็บไซต์ CPG กว่าที่คาดไว้ที่สุ่มสามารถให้หลักฐาน
สำหรับการเลือกบริสุทธิ์ที่ยังคงรักษาเว็บไซต์ CPG สำหรับ methylation
วิธีการนี​​้ถูกนำมาใช้ก่อนหน้านี้
ประสบความสำเร็จในการทำนายยีนแอลกอฮอล์ [46] เราตรวจสอบความถี่
เพลี้ยในยีนของเว็บไซต์ CPG เมื่อเทียบกับความถี่
ที่คาดว่าจะขึ้นอยู่กับเนื้อหา GC ต่ำโดยรวม เพลี้ย
ถั่ว likeapis mellifera, แสดงยอดเขาคู่ในความถี่ของยีน
ด้วยอัตราส่วนที่แตกต่างกันของเนื้อหา CPG สังเกต / คาดว่ารูปแบบที่แตกต่างกัน
ไปกว่านั้น ofdrosophila melanogasterand oftribolium
castaneum (รูปที่ 7) ยอดเขาที่สองแสดงให้เห็นสองชั้นกว้างของยีน
มีสถานะที่แตกต่างกัน methylation การตรวจสอบโดยตรงของรัฐ
ดีเอ็นเอเมทิลเลชั่จะต้องยืนยันว่าทั้งสองกลุ่ม
ที่สำคัญของยีนเพลี้ยถั่วถูกควบคุมที่แตกต่างกันโดยเมธิล
.
ขนาดเล็กที่ไม่ได้เข้ารหัส RNAs กฎระเบียบ ไมโครอาร์เอ็นเอและขนาดเล็ก
แทรกแซงอาร์เอ็นเอของยีนมิ่งสมรมีส่วนร่วมในการควบคุมการ
การแสดงออกของยีน eukaryotic [47] เราระบุ 163 microRNAs
52 รวมทั้งการอนุรักษ์และ 111 microRNAs เด็กกำพร้า เรายัง
พบการขยายตัวของครอบครัวของยีนที่เกี่ยวข้องกับการ Mirna ที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมยีน
(8 รูป) การขยายตัวนี้รวมสี่สำเนาของมหาอำมาตย์
, ปัจจัยร่วมของ drosha มีส่วนร่วมในขั้นตอนแรกของ Mirna
สังเคราะห์, การทำสำเนา ofdicer-1, RNase มีส่วนร่วมในการประมวลผล
ของ miRNAs,และการทำสำเนา ofargonaute-1, โปรตีน
ที่สำคัญของ multiprotein RNA เกิด silencing ซับซ้อน
(RISC) เหล่านี้ขยายครอบครัวของยีนที่มีอยู่ในตัวเพลี้ยชนิดอื่น ๆ
[21] แต่ไม่มี metazoa อื่น ๆ นอกเพลี้ยปรากฏ
มีซ้ำซ้อนกันของยีนเหล่านี้.
เพลี้ยอ่อนถั่วในฐานะเจ้าภาพของแบคทีเรีย symbiont จีโนม
จากหลัก symbiontbuchnera aphidicola.
สายพันธุ์เพลี้ยที่สุดภาระท่าเรือ,mutualistic, หลัก
symbiont, Buchnera aphidicola (แกมมาแบคทีเรีย) ภายใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปรับยีน กับ orthologs สำหรับการบำรุงรักษาสอง DNA
methyltransferases (Dnmt1aand Dnmt1b), ดีเอ็นเอ novo de 2
methyltransferases (Dnmt3aandDnmt3X), และ Dnmt2found ใน
ทั้งหมดเรียงลำดับ genomes แมลง นอกจากดีเอ็นเอ
methyltransferases เรายังระบุตัวเดียว putative methylDNA-ผูกพัน-โดประกอบด้วยยีนเกี่ยวข้องกับการสรรหาบุคลากรของโครมาตินแก้ไขเอนไซม์
Methylated C นิวคลีโอไทด์ใน CpGs — ไซต์เอ็นรู้จัก
ปรับ aphid ชัญ — มีแนวโน้มการ deamination เพื่อ uracil,
หลังจากเครื่องจักรที่ซ่อมแซมดีเอ็นเอสามารถผลิต thymidine การ ดังนั้น,
ให้มากเกินเว็บไซต์ประเภทวัสดุสิ้นเปลืองขึ้นคาดว่าสุ่ม
หลักฐานในการเลือกเว็บไซต์ประเภทวัสดุสิ้นเปลืองสำหรับรักษาบริสุทธิ์
ปรับได้ วิธีการนี้ได้ถูกใช้ก่อนหน้านี้
สำเร็จทำนายยีน methylated [46] เราตรวจสอบการ
ความถี่ในยีน aphid ของอเมริกาประเภทวัสดุสิ้นเปลืองเมื่อเทียบกับ
ความถี่คาดหวังตามเนื้อหา GC โดยรวมต่ำสุด ดอกอัญชัญ
aphids, likeApis mellifera แสดงสูงสุดในความถี่ของคู่
ยีน ด้วยอัตราส่วนต่าง ๆ ของเนื้อหาประเภทวัสดุสิ้นเปลืองสังเกต/คาด การ
รูปแบบที่แตกต่างนั้น ofDrosophila melanogasterand ofTribolium
castaneum (รูป 7) สูงสุดสองแนะนำ 2 ชั้นกว้างของ
ยีนกับสถานะอื่นปรับ โดยตรงตรวจสอบ
อเมริกาปรับ DNA จะต้องยืนยันว่า สองหลัก
differentially จะกำหนดกลุ่มของยีน aphid ชัญ
ปรับ
เล็กไม่รหัส RNAs กำกับดูแล อาร์เอ็นเอขนาดเล็กและขนาดเล็ก
รบกวนอาร์เอ็นเอยีน silencing เข้าร่วมในข้อบังคับของ
ยีน eukaryotic นิพจน์ [47] เราระบุ 163 microRNAs,
52 อยู่และสุดท้ายของย่อหน้า microRNAs 111 เรายัง
พบการขยายตัวของยีนที่เกี่ยวข้องกับ miRNA สัมพันธ์
ยีนควบคุม (รูปที่ 8) ขยายตัวนี้มี 4 สำเนา
พาชา ตัวคูณร่วมของ drosha ที่เกี่ยวข้องในขั้นตอนแรกของ miRNA
การสังเคราะห์ การสำเนา ofdicer-1, RNAse เกี่ยวข้องในการ
ประมวลผลของ miRNAs และทำซ้ำ ofArgonaute-1 คีย์
โปรตีน multiprotein อาร์เอ็นเอเกิด Silencing Complex
(RISC) ขยายครอบครัวยีนเหล่านี้อยู่ใน aphid อื่น ๆ
พันธุ์ [21], แต่ไม่ metazoa อื่น ๆ นอก aphids ปรากฏ
มี duplications ของยีนเหล่านี้
Aphid ถั่วที่เป็นเป็นโฮสต์แบคทีเรีย Symbiont
จีโนมของหลัก symbiontBuchnera aphidicola
ส่วนใหญ่พันธุ์ aphid harbor obligate หลัก mutualistic
symbiont, Buchnera aphidicola (แกมมา proteobacteria), ในการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

methylation ยีนพร้อมด้วย orthologs สำหรับสองการบำรุงรักษาดีเอ็นเอ
methyltransferases ( dnmt 1 aand dnmt 1 b )สองดีเอ็นเอ Novo de
methyltransferases ( x dnmt 3 aanddnmt 3 )และ dnmt 2 ที่พบในแมลง genomes อักษรเรียงลำดับ\
ทั้งหมด. นอกจากนี้ในการดีเอ็นเอ methyltransferases
ซึ่งจะช่วยให้เรายังระบุว่ายีนตัวเดียวสมมุติ methyldna - มีผลผูกพันในโดเมนที่มีที่มีส่วนร่วมในการสรรหาของเอ็นไซม์การแก้ไข chromatin .
เมทิลแอลกอฮอล์ C กว้างขวางใน cpgs - ยังสถานที่ต่างๆที่ใช้ในการเป็นที่รู้จักกันดีเอ็นเอ
methylation ในถั่วลันเตาเพลี้ยจะมีแนวโน้มที่จะ deamination เพื่อ uracil
หลังจากที่เครื่องจักรซ่อมแซมดีเอ็นเอจะสามารถผลิต thymidine . ดังนั้นส่วนเกิน
ของไซต์ CPG เดสก์ทอมากกว่าผู้ที่คาดว่าจะสามารถจัดให้บริการที่สุ่ม
หลักฐานสำหรับการเลือกการทำน้ำบริสุทธิ์รักษาสถานที่ CPG เดสก์ทอสำหรับ
methylation วิธีนี้ถูกใช้ก่อนหน้านี้เพื่อตอบแทน
เสร็จสมบูรณ์แล้วทำนายยีนเมทิลแอลกอฮอล์[ 46 ] เราจะตรวจสอบความถี่
ซึ่งจะช่วยให้อยู่ในยีนตัวเพลี้ยของไซต์ CPG เดสก์ทอเมื่อเทียบกับ
ซึ่งจะช่วยความถี่ที่คาดว่าจะยึดตามเนื้อหาเฉพาะรุ่น GC โดยรวมที่ต่ำ ถั่วลันเตา
aphids mellifera likeapis จัดแสดงนิทรรศการสูงสุดแบบเตียงนอนเดี่ยวขนาดใหญ่หนึ่งเตียงในความถี่ของ
ยีนพร้อมด้วยอัตราส่วนที่แตกต่างกันในเนื้อหา CPG เดสก์ทอสังเกตเห็น/คาดว่า oftribolium melanogasterand ofdrosophila แตกต่างจากที่

รูปแบบcastaneum (รูปที่ 7 ) ดับเบิลคลิกสูงสุดที่แนะนำให้สองชั้นเรียนของ
ยีนพร้อมด้วยสถานะ methylation แตกต่างกัน การตรวจสอบโดยตรงของรัฐ methylation
ซึ่งจะช่วยดีเอ็นเอจะต้องยืนยันว่าสองหลัก
ซึ่งจะช่วยกลุ่มของยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาจะมีการควบคุมโดย rnas กฎระเบียบ
methylation .
ขนาดเล็กที่ไม่มีการเข้ารหัสชนชั้นล่าง การปิดเสียงขนาดเล็กไมโคร rna
รบกวน rna ยีนและเข้าร่วมในการกำกับดูแลของ
การแสดงออกทางความคิดเห็น eukaryotic ยีน[ 47 ] เราพบว่า 163 micrornas
รวมถึง 52 ถังพักและ 111 เป็นเด็กกำพร้า micrornas นอกจากนั้นเรายัง
พบว่าการขยายตัวของครอบครัวยีนที่เกี่ยวข้องกับระเบียบ
mirna ยีนที่เกี่ยวข้อง(รูปที่ 8 ) การขยายตัวนี้รวมถึงสี่สำเนาของ
แม่ทัพผู้ร่วม - ปัจจัยหนึ่งที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับ drosha ในขั้นตอนแรกของ mirna
biosynthesis การทำซ้ำที่ ofdicer rnase 1 ที่มีส่วนร่วมในการประมวลผลของ
ซึ่งจะช่วย mirnasและทำซ้ำ ofargonaute 1 ปุ่ม
โปรตีนของ rna multiprotein ทำให้การปิดเสียงคอมเพล็กซ์
(แทนที่ RISC ) เหล่านี้ยีนครอบครัวขยายตัวอยู่ในสายพันธุ์อื่นๆตัวเพลี้ย
[ 21 ],แต่ไม่มีทางเป็นอย่างอื่น metazoa ทางด้านนอกที่ aphids จะปรากฏขึ้นในการ
มี duplications ของเหล่านี้ยีน.
ที่ถั่วลันเตาเพลี้ยเป็นโฮสต์ของ symbiont
ยีนของเชื้อแบคทีเรียที่เป็น Primary symbiontbuchnera aphidicola .
มากที่สุดเพลี้ยชนิดท่าเรือเนต,mutualistic หลัก
symbiont buchnera aphidicola ( proteobacteria แกมม่า)อยู่ ภายใน