MetabolomicsTwo cuttings of each of

Metabolomics
Two cuttings of each of the nine pepper accessions used in
the bioassay were grown together in one pot (25 cm in
diameter) with potting compost at 25 °C, L16:D8 in a
greenhouse for 3 weeks. For each accession, two pots were
infested by releasing 20 L1 larvae per cutting, and two pots
were not infested. Five days after infestation, pepper leaves
were collected from the two plants in each pot together
as one sample, carefully cleaned with a soft brush, and
immediately frozen in liquid nitrogen, after which they
were stored at
80 °C until use.
Each leaf sample was ground under liquid nitrogen to a
fine powder. Five hundred mg of leaf powder was put in a
reaction tube with 3 ml dichloromethane (DCM) as
solvent using carvone (5 lg ml

1, 96%; Sigma-Aldrich,
Zwijndrecht, The Netherlands) as internal standard. Tubes
were then placed in a ultrasonic bath at roomtemperature
for 10 min and centrifuged for 5 min at 1 515 g. The
supernatant was passed over a bed of sodium sulphate
(Na2SO4) powder to remove water. The DCM extracts
were analysed using gas chromatography-mass spectrometry
using an Agilent 7890A (Agilent Technologies,
Amstelveen, The Netherlands) equipped with a 30-m
Zebron ZB-5 ms column with 5 m retention gap
(0.25 mm i.d., 0.25-lm film thickness; Phenomenex,
Torrance, CA, USA) and an Agilent 5975C quadrupol
mass analyzer (Agilent Technologies). The GC was programmed
from45 °C for 1 min, raised to 300 °C at 10 °C
per min, and held at 300 °C for 7 min. One microliter of
sample was injected in splitless mode. The injection port
and interface temperature were 250 and 280 °C, respectively,
and the helium inlet pressure was controlled electronically
to achieve a constant column flow of 1.0 ml per
min. The column effluent was ionized using electron
impact at 70 eV, and scanning was performed from 45 to
450 atomicmass units.
An untargeted metabolomics approach was applied
to process the raw GC-MS data (Tikunov et al., 2005).
MetAlign software (Lommen, 2009) was used to extract
and align all mass signals (s/n 3). Absent mass signals
were randomized between 0.1 and 3 times the noise. Mass
signals that were present in 4 samples were discarded,
signal redundancy per metabolite was removed using
clustering and mass spectra were reconstructed using
MsClust software (Tikunov et al., 2011).Metabolites were
putatively identified by matching the mass spectra of
obtained metabolites to authentic reference standards, to
the commercial libraries NIST08 (http://www.nist.gov/
index.html) and Wiley (version 138, http://www.wiley.
com/WileyCDA/Section/index.html), to the Wageningen
Natural compounds spectral libraries (a custom made
library of authentic reference standards), and by comparison
with retention indices of the literature calculated using
a series of alkanes and fitted using a third-order polynomial
function (Strehmel et al., 2008).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Metabolomicsตัดสองของ accessions เก้าพริกที่ใช้ในการ bioassay ที่ปลูกรวมกันในหม้อหนึ่ง (25 ซม.ในเส้นผ่าศูนย์กลาง) กับ ปีพ.ศ.2538 ปุ๋ยหมักที่อุณหภูมิ 25 ° C, L16:D8 ในการเรือนกระจกสำหรับ 3 สัปดาห์ ละทะเบียน หม้อที่สองได้รบกวน โดยปล่อยตัวอ่อน L1 20 ต่อตัด และสองหม้อถูกรบกวน ห้าวันหลังรบกวน พริกไทยใบเก็บรวบรวมจากสองพืชในหม้อแต่ละกันตัวอย่างหนึ่ง ทำความสะอาด ด้วยแปรงขนนุ่ม อย่างระมัดระวัง และแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว ทันทีหลังจากที่พวกเขาถูกเก็บไว้ที่ 80 ° C จนถึงใช้ตัวอย่างแต่ละใบถูกพื้นดินภายใต้ไนโตรเจนเหลวเพื่อการผงละเอียด ห้าร้อยมิลลิกรัมของผงถูกนำในการหลอด มี 3 ml dichloromethane (DCM) เป็นตัวทำละลายที่ใช้ carvone (5 lg มล.1, 96% ซิกม่า-AldrichZwijndrecht ประเทศเนเธอร์แลนด์) เป็นมาตรฐานภายใน หลอดถูกวางลงในอ่างอาบน้ำอัลตราโซนิกที่ roomtemperature10 นาที และเหวี่ยง 5 นาทีที่ 1 515 กรัมsupernatant ถูกส่งผ่านเตียงของโซเดียมซัลเฟตผง (Na2SO4) การเอาน้ำ สารสกัด DCMได้วิเคราะห์โดยใช้หลักมวล chromatography ก๊าซใช้การ Agilent 7890A (Agilent เทคโนโลยีอัมสเทลวีน เนเธอร์แลนด์) ประกอบ ด้วย 30-mคอลัมน์ Zebron ZB-5 ms โดยมีระยะห่าง 5 เมตรเก็บ(รหัส 0.25 มม. ความหนาของฟิล์ม 0.25-lm Phenomenexรันซ์ CA, USA) และมี quadrupol Agilent 5975 Cตัววิเคราะห์มวล (Agilent เทคโนโลยี) ตั้งโปรแกรมการ GCfrom45 ° C สำหรับ 1 นาที เพิ่มขึ้นถึง 300 ° C ที่อุณหภูมิ 10 ° Cต่อนาที และ 300 ° C เป็นเวลา 7 นาที หนึ่งไมโครลิตรของตัวอย่างถูกส่งในโหมด splitless ท่าฉีดและอินเทอร์เฟซอุณหภูมิ 250 และ 280 ° C ตามลำดับและฮีเลียมเข้าดันถูกควบคุมด้วยระบบอิเล็กทรอนิกส์ให้มีการไหลคงคอลัมน์ของ 1.0 มิลลิลิตรต่อนาที น้ำคอลัมน์ถูกแตกตัวเป็นไอออนการใช้อิเล็กตรอนผลกระทบที่ 70 eV และการสแกนดำเนิน 45-450 atomicmass หน่วยงานใช้วิธีการ untargeted metabolomicsการประมวลผลข้อมูล GC MS ดิบ (Tikunov et al. 2005)ซอฟต์แวร์ MetAlign (Lommen, 2009) ใช้การแยกและการจัดตำแหน่งสัญญาณมวลทั้งหมด (s/n 3) สัญญาณโดยรวมการขาดงานถูกสุ่มระหว่าง 0.1 ถึง 3 ครั้งเสียง มวลสัญญาณที่มีอยู่ในตัวอย่างที่ 4 ถูกละทิ้งสัญญาณสำรองต่อ metabolite ที่ถูกเอาออกโดยใช้สเป็คแบบคลัสเตอร์ และมวลที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ MsClust (Tikunov et al. 2011) มีสารputatively ระบุ โดยตรงสเป็คโดยรวมของสารมาตรฐานอ้างอิงจริง ที่ได้รับการไลบรารีค้า NIST08 (http://www.nist.gov/index.html) และแนะนำ (รุ่น 138, http://www.wileycom/WileyCDA/Section/index.html), ไปไร Wageningenธรรมชาติสารประกอบไลบรารีสเปกตรัม (เองไลบรารีมาตรฐานอ้างอิงจริง), และโดยการเปรียบเทียบด้วยการเก็บดัชนีของเอกสารประกอบการคำนวณโดยใช้ชุดของ alkanes และพอใช้พหุนามลำดับที่สามฟังก์ชัน (Strehmel et al. 2008)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

metabolomics
สองตัดของแต่ละสายพริกไทยเก้าที่ใช้ในการ
ทดสอบฤทธิ์ทางชีวภาพที่ถูกปลูกด้วยกันในหนึ่งหม้อ (25 ซม. ใน
เส้นผ่าศูนย์กลาง) กับปลูกปุ๋ยหมักที่ 25 ° C, L16: D8 ใน
เรือนกระจกเป็นเวลา 3 สัปดาห์ สำหรับแต่ละภาคยานุวัติสองหม้อถูก
รบกวนโดยการปล่อย 20 L1 ตัวอ่อนต่อการตัดและสองหม้อ
ไม่ถูกรบกวน ห้าวันหลังจากการทำลายใบพริก
ที่ถูกเก็บรวบรวมจากทั้งสองพืชในแต่ละหม้อด้วยกัน
เป็นตัวอย่างหนึ่งทำความสะอาดอย่างระมัดระวังด้วยแปรงขนอ่อนและ
แช่แข็งทันทีในไนโตรเจนเหลวหลังจากที่พวกเขา
ได้รับการเก็บรักษาไว้ที่ 80 องศาเซลเซียสจนการใช้งาน.
แต่ละใบ ตัวอย่างพื้นดินภายใต้ไนโตรเจนเหลวกับ
ผงละเอียด ห้าร้อยมิลลิกรัมของผงใบใส่ใน
หลอดทำปฏิกิริยากับ 3 มลไดคลอโรมีเทน (DCM) เป็น
ตัวทำละลายที่ใช้คาร์โว (5 LG มล.
1, 96%; Sigma-Aldrich,
Zwijndrecht, เนเธอร์แลนด์) เป็นมาตรฐานภายใน ท่อ
ถูกวางไว้แล้วในอ่างอัลตราโซนิกที่ roomtemperature
เป็นเวลา 10 นาทีและปั่นเป็นเวลา 5 นาทีวันที่ 1 515 กรัม
ใสก็ผ่านไปเหนือเตียงของโซเดียมซัลเฟต
(Na2SO4) ผงเพื่อเอาน้ำ สารสกัด DCM
ถูกวิเคราะห์โดยใช้มวลสาร Gas Chromatography มวล
โดยใช้ Agilent 7890A (Agilent Technologies,
Amstelveen, เนเธอร์แลนด์) พร้อมกับ 30-M
Zebron ZB-5 MS คอลัมน์ที่มี 5 เมตรช่องว่างการเก็บรักษา
(0.25 มม ID, ฟิล์ม 0.25 LM ความหนา; Phenomenex,
Torrance, CA, USA) และ 5975C quadrupol Agilent
วิเคราะห์มวล (Agilent Technologies) ประชาคมโลกเป็นโปรแกรม
from45 ° C เป็นเวลา 1 นาทียกถึง 300 ° C ที่ 10 องศาเซลเซียส
ต่อนาทีและจัดขึ้นที่ 300 ° C เป็นเวลา 7 นาที หนึ่งไมโครลิตรของ
กลุ่มตัวอย่างที่ได้รับการฉีดในโหมด Splitless พอร์ตการฉีด
และอินเตอร์เฟซที่อุณหภูมิ 250 และ 280 องศาเซลเซียสตามลำดับ
และความดันก๊าซฮีเลียมเข้าถูกควบคุมด้วยระบบอิเล็กทรอนิกส์
เพื่อให้เกิดการไหลเวียนของคอลัมน์คงที่ 1.0 มิลลิลิตรต่อ
นาที น้ำทิ้งคอลัมน์ไอออนใช้อิเล็กตรอน
ผลกระทบที่ 70 eV และสแกนได้ดำเนินการจาก 45 ไป
450 หน่วย atomicmass.
วิธี metabolomics ไม่ตรงเป้าหมายถูกนำไปใช้
ในการประมวลผลข้อมูลดิบ GC-MS (Tikunov et al., 2005).
ซอฟต์แวร์ MetAlign (Lommen 2009) ถูกนำมาใช้ในการสกัด
และจัดสัญญาณมวลทั้งหมด (s / n? 3) สัญญาณมวลขาด
ถูกสุ่มระหว่าง 0.1 และ 3 ครั้งเสียง มวล
สัญญาณที่มีอยู่ใน 4 ตัวอย่างที่ถูกทิ้ง
สัญญาณซ้ำซ้อนต่อ metabolite ถูกลบออกโดยใช้
การจัดกลุ่มและสเปกตรัมมวลที่ถูกสร้างขึ้นใหม่โดยใช้
ซอฟแวร์ MsClust (Tikunov et al. 2011) .Metabolites ถูก
ระบุ putatively โดยการจับคู่สเปกตรัมมวลของ
สารที่ได้รับการ มาตรฐานการอ้างอิงของแท้เพื่อ
ห้องสมุดพาณิชย์ NIST08 (http://www.nist.gov/
index.html) และไวลีย์ (รุ่น 138 http:. //www.wiley
co.th / WileyCDA / มาตรา / index.html) เพื่อ Wageningen
ธรรมชาติสารประกอบห้องสมุดสเปกตรัม (กทำเอง
ห้องสมุดของมาตรฐานการอ้างอิงของแท้) และโดยเปรียบเทียบ
กับดัชนีการเก็บรักษาของวรรณกรรมคำนวณโดยใช้
ชุดของแอลเคนและติดตั้งโดยใช้บุคคลที่สามเพื่อพหุนาม
ฟังก์ชั่น (Strehmel et al., 2008)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมตะโบโลมิกสองกิ่งของแต่ละเก้าพริกไทยตัวอย่างที่ใช้ในไม่ปลูกกันในหม้อ ( 25 ซม.เส้นผ่าศูนย์กลาง ) กับกระถางปุ๋ยหมักที่ 25 ° C , l16 : d8 ในเรือนกระจกเป็นเวลา 3 สัปดาห์ สำหรับแต่ละชนิด หม้อ 2 คนรบกวนโดยปล่อย 20 L1 ตัวอ่อนต่อการตัดและหม้อสองไม่เหม็น ห้าวันหลังจากการรบกวน พริกไทย ใบรวบรวมจากสองโรงงานในแต่ละหม้อด้วยกันเป็นหนึ่งตัวอย่าง อย่างระมัดระวัง ทำความสะอาดด้วยแปรงที่อ่อนนุ่มและทันทีสดแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว หลังจากนั้น พวก เขาที่ถูก at80 ° C จนใช้แต่ละใบตัวอย่างดินในไนโตรเจนเหลว เพื่อผงละเอียด ห้าร้อยมิลลิกรัมผงใบถูกวางในหลอดปฏิกิริยาด้วยไดคลอโรมีเทน 3 ml ( DCM ) เป็นตัวทำละลายที่ใช้คาร์โวน ( 5 ) มล1 , 96 % ; ซิกม่า AldrichZwijndrecht , เนเธอร์แลนด์ ) เป็นมาตรฐานภายใน ท่อแล้ววางไว้ในอ่างอัลตราโซนิกที่อุณหภูมิห้อง10 นาที และ 5 นาทีที่ 1 ระดับ 515 กรัมนำผ่านเหนือเตียงของโซเดียม ซัลเฟต( na2so4 ) ผง เอาน้ำ สารสกัดจากดินสถิติที่ใช้คือก๊าซสัปดาห์ รีใช้เลนต์ 7890a ( Agilent เทคโนโลยีamstelveen , เนเธอร์แลนด์ ) พร้อมกับ 30-mzebron zb-5 MS คอลัมน์ที่มีช่องว่างใน 5 ม.( 0.25 mm บัตร ความหนาฟิล์ม phenomenex 0.25-lm ,Torrance , CA , USA ) และ 5975c quadrupol เลนต์เครื่องวิเคราะห์มวล ( Agilent Technologies ) GC เป็นโปรแกรมfrom45 ° C เป็นเวลา 1 นาที เพิ่มขึ้นถึง 300 องศา C ที่ 10 องศาซีต่อนาที และจัดขึ้นที่ 300 ° C เป็นเวลา 7 นาที 1 ไมโครลิตรตัวอย่างที่ฉีดในโหมด splitless . พอร์ตฉีดและอุณหภูมิอินเตอร์เฟซเป็น 250 280 °องศาเซลเซียส ตามลำดับและฮีเลียมความดันขาเข้าถูกควบคุมด้วยระบบอิเล็กทรอนิกส์เพื่อให้เกิดการไหลคงที่ของ 1.0 มิลลิลิตรต่อคอลัมน์นาที คอลัมน์น้ำบริสุทธิ์โดยใช้อิเล็กตรอนคือผลกระทบที่ 70 ปีที่ , และการสแกนได้จาก 45450 หน่วย atomicmass .การใช้ untargeted เมตะโบโลมิกกระบวนการวัตถุดิบและข้อมูล ( tikunov et al . , 2005 )ซอฟต์แวร์ metalign ( โลเมิ่น , 2009 ) ถูกใช้เพื่อสกัดและจัดสัญญาณมวลทั้งหมด ( s / n 3 ) สัญญาณขาดมวลสุ่มระหว่าง 0.1 และครั้งที่ 3 เสียง มวลสัญญาณที่ถูกนำเสนอใน 4 ตัวอย่างถูกยกเลิก ,ลูไลท์จะถูกลบออกโดยใช้สัญญาณต่อการจัดกลุ่มและมวลสเปกตรัมที่ถูกสร้างโดยใช้msclust ซอฟต์แวร์ ( tikunov et al . , 2011 ) . สารคือputatively ระบุโดยตรงกับมวลสเปกตรัมที่ได้รับสารมาตรฐานอ้างอิงของแท้ ,ห้องสมุด nist08 ( http://www.nist.gov/ พาณิชย์แฟ้ม index . html ) และนิ่ง ( รุ่น 3 , http://www.wiley .ขาย / wileycda / ส่วน / index . html ) ไป Wageningenสารประกอบธรรมชาติพื้นที่ห้องสมุด ( าเองห้องสมุดของมาตรฐานอ้างอิงจริง ) และโดยการเปรียบเทียบกับการคงอยู่ของวรรณกรรมคำนวณโดยใช้ดัชนีชุดของการติดตั้งโดยใช้พหุนามอันดับสามและฟังก์ชัน ( strehmel et al . , 2008 )