AbstractTo enrich the genomic infor

Abstract
To enrich the genomic information of the commercially important fish species, we obtained 5,063 high-quality
expressed sequence tags (ESTs) from the muscle cDNA database of the mandarin fish (Siniperca chuatsi). Clustering
analysis yielded 1,625 unique sequences including 443 contigs (from 3,881 EST sequences) and 1,182 singletons.
BLASTX searches showed that 959 unique sequences shared homology to proteins in the NCBI
non-redundant database. A total of 740 unique sequences were functionally annotated using Gene Ontology. The
1,625 unique sequences were assigned to Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes reference pathways, and the
results indicated that transcripts participating in nucleotide metabolism and amino acid metabolism are relatively
abundant in S. chuatsi. Meanwhile, we identified 15 genes to be abundantly expressed in muscle of the mandarin
fish. These genes are involved in muscle structural formation and regulation of muscle differentiation and development.
The most remarkable gene in S. chuatsi is nuclease diphosphate kinase B, which is represented by 449
EST sequences accounting for 8.86% of the total EST sequences. Our work provides a transcript profile expressed
in the white muscle of the mandarin fish, laying down a foundation in better understanding of fish genomics.
Key words: mandarin fish, cDNA library, EST, muscle

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อเพื่อเพิ่มข้อมูล genomic พันธุ์ปลาที่สำคัญในเชิงพาณิชย์ เราได้รับคุณภาพสูง 5,063แสดงลำดับแท็ก (ESTs) จากฐานข้อมูลของ cDNA ที่ให้กล้ามเนื้อของปลาแมนดาริน (Siniperca chuatsi) คลัสเตอร์วิเคราะห์หาลำดับเฉพาะ 1,625 443 contigs (จาก 3,881 EST ลำดับ) และ 1,182 singletonsค้นหา BLASTX พบว่า ลำดับเฉพาะ 959 ร่วม homology กับโปรตีนในการ NCBIฐานข้อมูลที่ไม่ซ้ำซ้อน จำนวนเฉพาะลำดับ 740 มีฟังก์ชันใส่คำอธิบายประกอบใช้ภววิทยายีน ที่ลำดับเฉพาะ 1,625 ถูกกำหนดให้กับสารานุกรมยีนเกียวโตและ Genomes มนต์อ้างอิง และผลลัพธ์บ่งชี้ว่า ใบแสดงผลการเข้าร่วมในการเผาผลาญกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์เมแทบอลิซึมได้ค่อนข้างอุดมสมบูรณ์ใน S. chuatsi ในขณะเดียวกัน เราระบุยีนที่ 15 การแสดงในกล้ามเนื้อของแมนดารินอุดมสมบูรณ์ปลา ยีนเหล่านี้เกี่ยวข้องในการกำเนิดโครงสร้างกล้ามเนื้อและข้อบังคับของกล้ามเนื้อสร้างความแตกต่างและพัฒนายีนโดดเด่นที่สุดใน S. chuatsi เป็น nuclease diphosphate kinase B ซึ่งแสดง โดย 449EST ลำดับบัญชี 8.86% ลำดับ EST รวม ทำงานให้เสียงบรรยายแสดงส่วนกำหนดค่าในกล้ามเนื้อสีขาวของปลาแมนดาริน วางลงรากฐานในการเข้าใจของ genomics ปลาคำสำคัญ: ปลาแมนดาริน cDNA ไลบรารี EST กล้ามเนื้อ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
เพื่อเพิ่มข้อมูลจีโนมของสายพันธุ์ปลาที่สำคัญในเชิงพาณิชย์เราได้รับ 5063 ที่มีคุณภาพสูง
แสดงแท็กลำดับ (โคลน) จากฐานข้อมูลดีเอ็นเอของกล้ามเนื้อของปลาแมนดาริน (Siniperca chuatsi) การจัดกลุ่ม
การวิเคราะห์ให้ผล 1,625 ลำดับไม่ซ้ำกันรวม 443 contigs (จาก 3,881 EST ลำดับ) และ 1,182 singletons.
ค้นหา BLASTX แสดงให้เห็นว่า 959 ลำดับที่ไม่ซ้ำกันที่ใช้ร่วมกันที่คล้ายคลึงกันกับโปรตีนใน NCBI
ฐานข้อมูลที่ไม่ซ้ำซ้อน รวมของ 740 ลำดับไม่ซ้ำกันถูกข้อเขียนหน้าที่โดยใช้ยีนอภิปรัชญา
1,625 ลำดับไม่ซ้ำกันได้รับมอบหมายให้เกียวโตสารานุกรมของยีนและจีโนมทางเดินอ้างอิงและ
ผลการชี้ให้เห็นว่าการถอดเสียงที่เข้าร่วมในการเผาผลาญเบื่อหน่ายและการเผาผลาญกรดอะมิโนที่มีความ
อุดมสมบูรณ์ใน S. chuatsi ในขณะเดียวกันเราระบุ 15 ยีนที่จะแสดงออกมากในกล้ามเนื้อของแมนดาริน
ปลา ยีนเหล่านี้มีส่วนร่วมในการสร้างโครงสร้างของกล้ามเนื้อและการควบคุมของความแตกต่างของกล้ามเนื้อและการพัฒนา.
ยีนที่โดดเด่นมากที่สุดในเอ chuatsi เป็นนิวไคเนสเพท B, ซึ่งเป็นตัวแทนจาก 449
EST ลำดับคิดเป็น 8.86% ของลำดับ EST ทั้งหมด การทำงานของเราให้รายละเอียดหลักฐานการแสดง
ในกล้ามเนื้อสีขาวของปลาแมนดาริน, การวางรากฐานในการทำความเข้าใจที่ดีขึ้นของฟังก์ชั่นปลา.
คำสำคัญ: ปลาแมนดารินห้องสมุด cDNA, EST, กล้ามเนื้อ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
เพื่อเพิ่มข้อมูลจีโนมของสายพันธุ์ปลาในเชิงพาณิชย์ที่สำคัญเราได้รับ 5063 คุณภาพสูง
แสดงลำดับแท็ก ( ฐานข้อมูล ) จากฐานข้อมูลของกล้ามเนื้อสายพันธุ์ปลาแมนดาริน ( siniperca chuatsi ) การวิเคราะห์หาลำดับเฉพาะการจัดกลุ่ม
1272 รวม 443 สูง ( จาก 3881 EST ลำดับ ) และโปรแกรม singletons .
การค้นหา blastx พบว่าลำดับเฉพาะร่วมกัน 959 ตัวโปรตีนใน ncbi
ไม่ซ้ำซ้อนกับฐานข้อมูล รวม 740 ลำดับไม่ซ้ำหน้าที่แสดงการใช้ยีนอภิปรัชญา .
1272 เฉพาะลำดับได้รับ Kyoto Encyclopedia ของยีนและหาอ้างอิงเซลล์และ
ผลการศึกษาพบว่า ใบที่เข้าร่วมในลำดับเบสและกรดอะมิโนเมแทบอลิซึมเมแทบอลิซึมจะค่อนข้าง
มากมายในสหรัฐอเมริกา chuatsi . ในขณะเดียวกันเราระบุ 15 ยีนเป็นพรืดแสดงในกล้ามเนื้อของปลาแมนดาริน
. ยีนเหล่านี้จะเกี่ยวข้องกับกล้ามเนื้อโครงสร้างการพัฒนาและการควบคุมของความแตกต่างของกล้ามเนื้อและการพัฒนา
ยีนที่โดดเด่นที่สุดในเกาหลีใต้chuatsi เป็นนิวเคลียส ไดฟอสเฟต ไคเนส B ซึ่งเป็นตัวแทนจาก 449
EST ลำดับบัญชี 8.86 % ของทั้งหมด และ ลำดับ ทำงานของเราให้สำเนาโปรไฟล์แสดงออก
ในกล้ามเนื้อขาวของปลาแมนดาริน วางพื้นฐานในความเข้าใจของพันธุกรรมปลา
คำสำคัญ : ปลาแมนดาริน ห้องสมุด cDNA EST , กล้ามเนื้อ