BACKGROUND: Using a novel combinati

BACKGROUND:
 Using a novel combination of whole-genome sequencing (WGS) analysis and geographic metadata, we traced the origins of Salmonella Bareilly isolates collected in 2012 during a widespread food-borne outbreak in the United States associated with scraped tuna imported from India.
METHODS:
 Using next-generation sequencing, we sequenced the complete genome of 100 Salmonella Bareilly isolates obtained from patients who consumed contaminated product, from natural sources, and from unrelated historically and geographically disparate foods. Pathogen genomes were linked to geography by projecting the phylogeny on a virtual globe and produced a transmission network.
RESULTS:
 Phylogenetic analysis of WGS data revealed a common origin for outbreak strains, indicating that patients in Maryland and New York were infected from sources originating at a facility in India.
CONCLUSIONS:
 These data represent the first report fully integrating WGS analysis with geographic mapping and a novel use of transmission networks. Results showed that WGS vastly improves our ability to delimit the scope and source of bacterial food-borne contamination events. Furthermore, these findings reinforce the extraordinary utility that WGS brings to global outbreak investigation as a greatly enhanced approach to protecting the human food supply chain as well as public health in general.
Published by Oxford University Press on behalf of the Infectious Diseases Society of America 2015. This work is written by (a) US Government employee(s) and is in the public domain in the US.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นหลัง: เราใช้นวนิยายของลำดับทั้งจีโนม (WGS) วิเคราะห์และ metadata ทางภูมิศาสตร์ ติดตามกำเนิดของแบร์ไรล์ลี่ซัลแยกเก็บระหว่างการแพร่เชื่อว่าอาหารระบาดในสหรัฐอเมริกาที่เกี่ยวข้องกับขูดปลาทูน่านำเข้าจากอินเดียในปี 2012วิธีการ: เราใช้รุ่นต่อไปลำดับ เรียงลำดับกลุ่มสมบูรณ์ของแบร์ไรล์ลี่ซัลเพิ่ม 100 ที่แยกได้จากผู้ป่วยที่ใช้ผลิตภัณฑ์ปนเปื้อน จากแหล่งธรรมชาติ และจากอาหารที่แตกต่างกันกันทางภูมิศาสตร์ และประวัติที่เกี่ยวข้อง ศึกษา genomes ถูกเชื่อมโยงกับภูมิศาสตร์ โดย projecting phylogeny ที่บนโลกเสมือน และสร้างเครือข่ายส่งผลลัพธ์: การวิเคราะห์ข้อมูล WGS phylogenetic เปิดเผยจุดเริ่มต้นทั่วไปสำหรับสายพันธุ์ระบาด การบ่งชี้ว่า ผู้ป่วยในแมริแลนด์และนิวยอร์กได้ติดเชื้อจากแหล่งที่มาที่สินเชื่อในประเทศอินเดียบทสรุป: ข้อมูลเหล่านี้แสดงรายการแรกทั้งหมดรวม WGS วิเคราะห์แผนที่ภูมิศาสตร์และใช้นวนิยายของเครือข่ายส่ง ผลพบว่า WGS เพิ่มสามารถจำกัดขอบเขตและแหล่งของการปนเปื้อนอาหารโดยเชื่อว่าเหตุการณ์สำคัญ ๆ นอกจากนี้ ผลการวิจัยเหล่านี้เสริมสร้างอรรถประโยชน์พิเศษที่ WGS นำไปสอบสวนการระบาดทั่วโลกเป็นวิธีการเพิ่มมากขึ้นเพื่อป้องกันโซ่อาหารมนุษย์รวมทั้งสาธารณสุขทั่วไปเผยแพร่ โดยกดมหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดในนามของการติดเชื้อโรคสังคมของอเมริกา 2015 งานนี้เขียน โดย (a) ในรัฐบาลของสหรัฐอเมริกา และอยู่ในโดเมนสาธารณะในสหรัฐอเมริกา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิหลัง:
 การใช้การรวมกันของนวนิยายลำดับจีโนมทั้งหมด (WGS) การวิเคราะห์และข้อมูลทางภูมิศาสตร์ที่เราตรวจสอบต้นกำเนิดของเชื้อ Salmonella Bareilly แยกเก็บรวบรวมในปี 2012 ในช่วงการระบาดของโรคที่เกิดจากอาหารที่แพร่หลายในประเทศสหรัฐอเมริกาที่เกี่ยวข้องกับปลาทูน่าที่คัดลอกนำเข้าจากอินเดีย.
วิธี :
 ใช้ลำดับรุ่นต่อไปเราติดใจจีโนมที่สมบูรณ์ของ 100 Salmonella Bareilly แยกได้จากผู้ป่วยที่บริโภคผลิตภัณฑ์ที่ปนเปื้อนจากแหล่งน้ำธรรมชาติและจากการที่ไม่เกี่ยวข้องในอดีตและอาหารที่แตกต่างกันทางภูมิศาสตร์ จีโนมของเชื้อโรคถูกเชื่อมโยงกับสภาพทางภูมิศาสตร์โดยการฉายเชื้อชาติในโลกเสมือนและผลิตเครือข่ายการส่ง.
ผลการศึกษา:
 การวิเคราะห์วิวัฒนาการของข้อมูลสักคนเผยให้เห็นต้นกำเนิดที่พบบ่อยสำหรับสายพันธุ์ที่ระบาดแสดงให้เห็นว่าผู้ป่วยในแมรี่แลนด์และนิวยอร์กมีการติดเชื้อจากแหล่งที่มาที่ .  สิ่งอำนวยความสะดวกในอินเดียสรุปข้อมูลเหล่านี้เป็นตัวแทนของรายงานครั้งแรกอย่างบูรณาการการวิเคราะห์สักคนกับการทำแผนที่ทางภูมิศาสตร์และการใช้งานนวนิยายเครือข่ายการส่ง ผลการศึกษาพบว่าสักคนอย่างมากมายช่วยเพิ่มความสามารถของเราที่จะกำหนดเขตขอบเขตและแหล่งที่มาของอาหารที่เกิดจากการปนเปื้อนของเชื้อแบคทีเรียเหตุการณ์ นอกจากนี้ผลการวิจัยเหล่านี้เสริมสร้างยูทิลิตี้พิเศษที่สักคนนำมาสู่การสอบสวนการระบาดทั่วโลกเป็นวิธีการเพิ่มขึ้นอย่างมากในการปกป้องห่วงโซ่อาหารของมนุษย์เช่นเดียวกับสุขภาพของประชาชนโดยทั่วไป. เผยแพร่โดย Oxford University Press ในนามของสมาคมโรคติดเชื้อแห่งอเมริกาในปี 2015 . งานนี้เขียนโดย (ก) รัฐบาลสหรัฐของพนักงาน (s) และอยู่ในโดเมนสาธารณะในสหรัฐอเมริกา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลัง :
 ใช้ร่วมกับนิยายทั้งจีโนมลำดับ ( wgs ) และการวิเคราะห์ข้อมูลทางภูมิศาสตร์ , เราแกะรอยกำเนิดของ Salmonella แบร์ไรล์ลี่ไอโซ 2012 ในระหว่างอาหาร borne ระบาดอย่างกว้างขวางในสหรัฐอเมริกาที่เกี่ยวข้องกับปลาทูน่านำเข้าจากอินเดียวิธีการขูด .
:
 โดยใช้ลำดับรุ่นต่อไป ,เราลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของเชื้อซัลโมเนลลาที่แยกได้จากผู้ป่วย 100 แบร์ไรล์ลี่ผู้บริโภคผลิตภัณฑ์ที่มีการปนเปื้อนจากแหล่งธรรมชาติ และจากประวัติศาสตร์และภูมิศาสตร์ที่แตกต่างกันกับอาหาร . เชื้อโรคจีโนมกับภูมิศาสตร์ โดย projecting ระบบเชื้อชาติบนโลกเสมือนจริง และผลิตผล :

ส่งเครือข่าย  ซึ่งการวิเคราะห์ข้อมูล wgs เปิดเผยที่มาร่วมกันสำหรับการระบาดของสายพันธุ์ ระบุว่า ผู้ป่วยในรัฐแมรี่แลนด์และนิวยอร์กมีการติดเชื้อจากแหล่งที่มาที่สถานที่ในอินเดีย สรุป :

 ข้อมูลเหล่านี้แสดงถึงการบูรณาการอย่างเต็มที่ก่อนรายงานการวิเคราะห์ wgs กับแผนที่ทางภูมิศาสตร์และการใช้นวนิยายของเครือข่ายการส่งผลการศึกษาพบว่า wgs อย่างมากมายช่วยเพิ่มความสามารถของเราเพื่อคั่นขอบเขตและแหล่งที่มาของอาหาร แบคทีเรียเกิดเหตุการณ์การปนเปื้อน นอกจากนี้ ผลการวิจัยเหล่านี้เสริมพิเศษโปรแกรมที่ wgs ทำให้การระบาดทั่วโลกเป็นวิธีการเพิ่มมากเพื่อปกป้องแหล่งอาหารห่วงโซ่ของมนุษย์ตลอดจนสาธารณสุขทั่วไป .
ที่ตีพิมพ์โดยสำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ดในนามของสมาคมโรคติดเชื้อแห่งอเมริกา 2015 งานนี้ถูกเขียนโดย ( ) เราจำแนก ( s ) และเป็นสาธารณสมบัติในสหรัฐอเมริกา .