Docking studies were performed with

Docking studies were performed with the molecular mechanics CDOCKER package in Discovery Studio 3.0 from Acoelrys(53อยู่ด้านบนขวา) CDOCKER is a grid-based molecular docking method that empioysCHARMm(59อยู่ด้านบนขวา)Curcumin was geometry optimized using the density functional thecry(DFT) DMol3 in cluded in Materials studio version 5.5 from Accelrys, using the (p-cymene)Ru(curcuminato) chloro complex. Initial docking of curcumin was performed on a DNA species deposited in the Protein Data Bank www.pdb.org(code 1AU7).(49อยุ่บนขวามือ) CDOCKER was used to dock curcumin into the double helix. The simulation was performed using a binding site sphere of radius 12 A centered in the minor groove of the receptor. An excellent agreement was obtained compared to published results as the best docked pose showed important binding features mostly based on interactions due to both peripheral moieties of curcumin including its twisted structural features.(49อยุ่บนขวามือ)Solvation of this receptor, including counterions, was performed and 1610 molecules of water, 22 Na(บวกอยู่บนขวา) and 4 Cl(ลบอยู่บนขวา)were obtained. Therefore, the 18 negative DNA phosphate charges were balanced with 18 positive charges, making the receptor neutral. The center of a 12 A radius sphere, defined as the midpoint between O(phosphate- cytosine3-“S”) and O(phosphate- cytosine3-“A”), was located in the major groove. The main purpose of the solvation protocol was to include counterions, and so these added waters were late removed. An initial docking of curcumin was performed requesting 10 poses. In 9 out of 10 poses, the keto-enolcurcumin moiety was not positioned toward the DNA, rather the DNA curcumin interaction was based on peripheral O(curcumin) atoms and curcumin loss of planarity, as indicated above for 1AU7.(49อยุ่บนขวามือ)This feature provides support for our next docking procedurefor a Ru-curcumincomple, e.g..for the metal coordinated to the keto-enol moiety and not, initially, involved in DNA binding while preserving peripheral interactions of curcumin with DNA. Additional docking for 100 poses was performed, confirming such statistics. Pose 21, suggested a Potential H(enol)-N7(guanine-“A”) approach and was selected. The complex (p-cymene)Ru(curcuminato)chloro, previously geometry optimized with DMol3, was curcuminato superimposed onto the originally docked curcumin, while holding its RuCl environment, and the free curcumin was eliminated. Because the CHARMm force field does not contain bonding parameters for Ru,the metal was treated as an ion (Ru2+). To account for the Ru coorbination sphere, we set (1) a flat-bottomed distance restraint between Ru and the center of p-cymene ring a force constant of 200 kcal/ and an upper threshold of 1.90A, so that a closely related Ru-arene distance could be kept while allowing p-cymene rotation during docking; (2) a rigid-body harmonic restraint to Ru-curcuminato chelate moiety using a force constant of 10 kcal/ , conserved planarity of the , with one O atom having a negative charge (anion) and the other set as a neutral carbonyl; (3) the Cl as an anion. Throughout this process, we wanted to be sure that the approach of the Ru complex to the DNA decamer receptor was not chemically affected before entering the groove. Subsequently, we eliminated DNA counterions and performed a new solvation-counterrion generation, eliminated all water molecules and performed a minnimization of ths counterion-decamer-Ru-complexpose-21 system, having the receptor and counterions fixed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดำเนินการศึกษาเทียบกับแพคเกจ CDOCKER กลศาสตร์โมเลกุลใน Discovery Studio 3.0 จาก Acoelrys(53อยู่ด้านบนขวา) CDOCKER เป็นตามตารางโมเลกุลเชื่อมต่อวิธีการ ที่ empioysCHARMm (59อยู่ด้านบนขวา) เคอร์เป็นเรขาคณิตเหมาะใช้ความหนาแน่นงาน thecry(DFT) DMol3 cluded ในวัสดุสตูดิโอรุ่น 5.5 จาก Accelrys ใช้การ (p-cymene)Ru(curcuminato) chloro ซับซ้อน เชื่อมต่อเริ่มต้นของเคอร์คูมินถูกดำเนินบนสายพันธุ์ดีเอ็นเอในการ www.pdb.org(code 1AU7) ธนาคารข้อมูลโปรตีน CDOCKER (49อยุ่บนขวามือ) ถูกใช้เพื่อเชื่อมต่อเคอร์เป็นเกลียวคู่ การจำลองถูกดำเนินการโดยใช้เว็บไซต์รวมรูปทรงกลมของรัศมี 12 A อยู่กึ่งกลางร่องรองของรับ ข้อตกลงที่ยอดเยี่ยมได้รับเมื่อเทียบกับประกาศผลเป็นท่าชิดที่สุดที่พบสำคัญผูกคุณสมบัติส่วนใหญ่อิงโต้ตอบเนื่องจาก moieties ทั้งอุปกรณ์ต่อพ่วงของเคอร์คูมินรวมทั้งคุณสมบัติของโครงสร้างที่บิด (49อยุ่บนขวามือ) อนุภาคที่นำของตัวรับนี้ รวมทั้ง counterions, 1610 และดำเนินโมเลกุลของน้ำ 22 Na(บวกอยู่บนขวา) และ Cl 4 (ลบอยู่บนขวา) ได้รับมา ดังนั้น ค่าฟอสเฟต DNA ลบ 18 ได้สมดุลกับ 18 ค่าบวก การรับกลาง ศูนย์ที่ 12 ทรงกลมรัศมี กำหนดเป็นจุดกึ่งกลางระหว่าง O (ฟอสเฟต - cytosine3- "% S") และ O (ฟอสเฟต - cytosine3- "A"), ร่องใหญ่ จุดประสงค์หลักของโพรโทคอลอนุภาคที่นำไปรวม counterions และเพื่อที่น้ำเหล่านี้เพิ่มได้หลังเอาออก การเชื่อมต่อเริ่มต้นของเคอร์คูมินได้ดำเนินขอ 10 ท่า ใน 9 ใน 10 ท่า ไม่วาง moiety keto-enolcurcumin ต่อดีเอ็นเอ การ โต้เคอร์ดีเอ็นเอตามอะตอม O(curcumin) อุปกรณ์ต่อพ่วงและการสูญเสียเคอร์ planarity ตามที่ระบุไว้ข้างต้นสำหรับ 1AU7 (49อยุ่บนขวามือ) คุณลักษณะนี้ให้การสนับสนุนสำหรับ procedurefor ของเราเชื่อมต่อถัดไป Ru-curcumincomple, e.g..for โลหะประสานการ moiety keto enol และไม่ เริ่ม ต้น ที่เกี่ยวข้องในดีเอ็นเอรวมรักษาโต้ตอบอุปกรณ์ต่อพ่วงของเคอร์คูมินกับดีเอ็นเอ เชื่อมต่อเพิ่มเติมสำหรับท่า 100 ทำ ยืนยันสถิติดังกล่าว เกิด 21 แนะนำวิธีการ H(enol)-N7(guanine-"A") ศักยภาพ และเลือก คอมเพล็กซ์ (p cymene) chloro Ru (curcuminato) ก่อนหน้านี้เรขาคณิตเหมาะกับ DMol3 ถูกซ้อนทับลงบนพุดชิดเดิม ในขณะที่ถือสภาพแวดล้อม RuCl, curcuminato และไอเคอร์ฟรี เนื่องจากฟิลด์บังคับ CHARMm ไม่ประกอบด้วยพันธะพารามิเตอร์สำหรับ Ru โลหะถูกถือว่าเป็นการไอออน (Ru2 +) บัญชีสำหรับทรง coorbination Ru เราตั้ง (1) เก้าอี้ชีวิตระยะระหว่างศูนย์ของ p cymene Ru แหวนคงแรง 200 kcal / และมีขีดจำกัดด้านบนของ 1.90A ดังนั้นควรเก็บไว้ระยะทาง Ru รีนฟีที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดจะอนุญาตให้หมุน p cymene ในระหว่างการเชื่อมต่อ (2 สำหรับค่า)ร่างกายแข็งกับ Ru-curcuminato moiety แอซิดใช้แรงคงที่ 10 kcal /, อนุรักษ์ planarity ของ กับ O หนึ่งอะตอมที่มีประจุลบ (ไอออน) และอื่น ๆ ตั้งเป็น carbonyl กลาง (3) Cl เป็นไอออนเป็น ตลอดกระบวนการนี้ เราต้องเพื่อให้แน่ใจว่า วิธีการของ Ru ซับซ้อนการรับ decamer ดีเอ็นเอจึงไม่เกิดสารเคมีก่อนที่จะเข้าร่อง ต่อมา เราตัดดีเอ็นเอ counterions และดำเนินอนุภาคที่นำ counterrion รุ่นใหม่ขึ้น ตัดโมเลกุลของน้ำทั้งหมด และทำ minnimization ของระบบ ths counterion-decamer-Ru-complexpose-21 รีเซพเตอร์และ counterions คง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เชื่อมต่อการศึกษาได้ดำเนินการกับกลศาสตร์โมเลกุลแพคเกจ CDOCKER ใน Discovery สตูดิโอ 3.0 จาก Acoelrys (53 อยู่ด้านบนขวา) CDOCKER เป็นวิธีการเชื่อมต่อโมเลกุลตารางตามที่ empioysCHARMm (59 อยู่ด้านบนขวา) Curcumin ถูกเรขาคณิตเพิ่มประสิทธิภาพการใช้ความหนาแน่น thecr​​y ทำงาน (DFT) DMol3 ใน cluded ในวัสดุสตูดิโอรุ่น 5.5 จาก Accelrys ใช้ (P-cymene) Ru (curcuminato) คลอโรซับซ้อน เทียบท่าเริ่มต้นของขมิ้นชันได้รับการดำเนินการเกี่ยวกับดีเอ็นเอสายพันธุ์ที่ฝากไว้ในธนาคารโปรตีนข้อมูล www.pdb.org (รหัส 1AU7). (49 อยุ่บนขวามือ) CDOCKER ถูกใช้ในการเทียบท่า curcumin เข้าเกลียวคู่ การจำลองได้รับการดำเนินการโดยใช้รูปทรงกลมเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันรัศมี 12 A ศูนย์กลางในร่องเล็ก ๆ น้อย ๆ ของตัวรับ ข้อตกลงที่ยอดเยี่ยมที่ได้รับเมื่อเทียบกับผลการตีพิมพ์เป็นลำที่ดีที่สุดท่าแสดงให้เห็นคุณสมบัติที่มีผลผูกพันที่สำคัญขึ้นอยู่กับการมีปฏิสัมพันธ์ส่วนใหญ่เนื่องจากทั้ง moieties อุปกรณ์ต่อพ่วงของขมิ้นชันรวมทั้งคุณสมบัติของโครงสร้างบิด. (49 อยุ่บนขวามือ) ซอลเวชันของตัวรับนี้รวมทั้ง counterions ได้รับการดำเนินการและ 1610 โมเลกุลของน้ำ 22 นา (บวกอยู่บนขวา) และ 4 Cl (ลบอยู่บนขวา) ที่ได้รับ ดังนั้นค่าใช้จ่ายดีเอ็นเอฟอสเฟตเชิงลบ 18 ถูกปรับให้สมดุลกับ 18 ประจุบวกทำให้รับเป็นกลาง ศูนย์กลางของ 12 รัศมีทรงกลมกำหนดให้เป็นจุดกึ่งกลางระหว่าง O (ฟอสฟอรัส cytosine3- "S") และ O (ฟอสฟอรัส cytosine3- "A") ตั้งอยู่ในร่องที่สำคัญ วัตถุประสงค์หลักของโปรโตคอล solvation คือการรวม counterions และอื่น ๆ เหล่านี้เพิ่มน้ำถูกถอดออกในช่วงปลาย เทียบท่าเริ่มต้นของขมิ้นชันที่ได้ดำเนินการขอ 10 โพสท่า ใน 9 จาก 10 โพสท่าครึ่ง Keto-enolcurcumin ไม่ได้อยู่ในตำแหน่งที่มีต่อดีเอ็นเอที่ค่อนข้างมีปฏิสัมพันธ์ดีเอ็นเอ curcumin ขึ้นอยู่กับอุปกรณ์ต่อพ่วง O (curcumin) อะตอมและการสูญเสีย curcumin ของ planarity ตามที่ระบุไว้ข้างต้นสำหรับ 1AU7. (49 อยุ่บน ขวามือ) คุณลักษณะนี้จะให้การสนับสนุนสำหรับการเชื่อมต่อของเราต่อไป procedurefor RU-curcumincomple, eg.for โลหะประสานงานไปครึ่ง Keto-enol และไม่ใช่ครั้งแรกที่เกี่ยวข้องกับดีเอ็นเอที่มีผลผูกพันในขณะที่รักษาปฏิสัมพันธ์ต่อพ่วงของขมิ้นชันกับดีเอ็นเอ เชื่อมต่อเพิ่มเติมสำหรับ 100 โพสท่าได้ดำเนินการยืนยันสถิติดังกล่าว Pose 21 แนะนำ H ที่มีศักยภาพ (enol) -N7 (guanine- "A") วิธีการและได้รับเลือก ที่ซับซ้อน (P-cymene) Ru (curcuminato) คลอโรฟิลก่อนหน้านี้เหมาะสมกับรูปทรงเรขาคณิต DMol3 ถูก curcuminato ทับลงบน curcumin เชื่อมต่อเดิมในขณะที่ถือสภาพแวดล้อม RuCl ของตนและขมิ้นชันฟรีถูกกำจัด เพราะสนามพลัง CHARMm ไม่ได้มีพันธะพารามิเตอร์สำหรับ Ru โลหะได้รับการรักษาเป็นไอออน (RU2 +) บัญชีสำหรับ coorbination ทรงกลม Ru เราตั้ง (1) ยับยั้งชั่งใจระยะทางที่ราบต่ำระหว่าง Ru และศูนย์กลางของแหวน P-cymene คงมีผลบังคับใช้ 200 kcal / และเกณฑ์บนของ 1.90A เพื่อให้ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด Ru ระยะทาง -arene อาจจะเก็บไว้ในขณะที่ให้การหมุน P-cymene ในระหว่างการเชื่อมต่อ; (2) แข็งร่างกายยับยั้งชั่งใจที่จะประสาน RU-curcuminato คีเลตครึ่งหนึ่งใช้คงแรง 10 กิโลแคลอรี / planarity ป่าสงวนของกับหนึ่ง O อะตอมที่มีประจุลบ (ประจุลบ) และชุดอื่น ๆ ที่เป็นคาร์บอนิลเป็นกลาง; (3) Cl เป็นประจุลบ ตลอดขั้นตอนนี้เราต้องการที่จะให้แน่ใจว่าวิธีการที่ซับซ้อน Ru ไปรับดีเอ็นเอ decamer ที่ไม่ได้รับผลกระทบทางเคมีก่อนที่จะเข้าร่อง ต่อจากนั้นเราตัดออก counterions ดีเอ็นเอและดำเนินการรุ่น solvation-counterrion ใหม่กำจัดโมเลกุลของน้ำทั้งหมดและดำเนินการ minnimization ของ ths counterion-decamer-RU-complexpose-21 ระบบที่มีตัวรับและ counterions คงที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ศึกษาการวางกับกลศาสตร์โมเลกุล cdocker แพคเกจในการค้นพบสตูดิโอ 3.0 จาก acoelrys ( 53 อยู่ด้านบนขวา ) cdocker เป็นตารางตามวิธีที่ empioyscharmm โมเลกุล Docking ( 59 อยู่ด้านบนขวา ) ที่สำคัญคือเรขาคณิตเหมาะใช้ความหนาแน่นของการทำงาน thecry ( DFT ) dmol3 ใน cluded ในวัสดุที่สตูดิโอเวอร์ชั่น 5.5 จาก accelrys โดยใช้ ( p-cymene ) รู ( curcuminato ) เห็นที่ซับซ้อน เริ่มต้น docking ของขมิ้นชันคือใช้ DNA สายพันธุ์ที่ฝากในธนาคารข้อมูลโปรตีน www.pdb . org ( รหัส 1au7 ) ( 49 อยุ่บนขวามือ ) cdocker เป็นท่าเรือสำคัญในเกลียวคู่ . การจำลองการใช้มัดเว็บไซต์ทรงกลมรัศมี 12 ตรงกลางร่องรองของรีเซพเตอร์ ข้อตกลงที่ยอดเยี่ยมได้เมื่อเทียบกับการตีพิมพ์ผลเป็นสิ่งที่ดีที่สุดเทียบท่า มีลักษณะการผูกสำคัญส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับปฏิสัมพันธ์เนื่องจากทั้งอุปกรณ์ต่อพ่วงของเคอร์คิวมินบิดของโครงสร้างดังกล่าว รวมถึงคุณสมบัติ ( 49 อยุ่บนขวามือ ) ซอลเวชันของตัวรับนี้ รวมถึง counterions าแฟน , และโมเลกุลของน้ำ , 22 ( บวกอยู่บนขวา ) และ Cl ( 4 ลบอยู่บนขวา ) ที่ได้รับ ดังนั้น , 18 ลบ DNA ฟอสเฟตข้อหาที่สมดุลกับ 18 ค่าใช้จ่ายในเชิงบวก ทำให้ตัวรับ เป็นกลาง ศูนย์กลางของ 12 รัศมีทรงกลม กําหนดเป็นจุดกึ่งกลางระหว่าง O ( ฟอสเฟต - cytosine3 - " s " ) และ O ( cytosine3 ฟอสเฟต - - " " ) อยู่ในร่องใหญ่ วัตถุประสงค์หลักของชั้นซอลเวชัน ( คือรวม counterions และดังนั้นเหล่านี้เพิ่มน้ำสายออก เริ่มต้นของการเชื่อมต่อที่สำคัญขอ 10 ท่าน 9 ออกมาจาก 10 ท่า , การกระตุ้นด้วย enolcurcumin กึ่งหนึ่งไม่วางต่อดีเอ็นเอ แต่ DNA ขมิ้นชันปฏิสัมพันธ์ขึ้นอยู่กับอุปกรณ์ต่อพ่วง O ( ขมิ้นชัน ) อะตอมและที่สำคัญการสูญเสีย planarity , ตามที่ระบุไว้ข้างต้น 1au7 ( 49 อยุ่บนขวามือ ) คุณลักษณะนี้จะให้การสนับสนุนเราต่อไป procedurefor Docking เป็นรู curcumincomple เช่น . โลหะประสานกับเคโต้นอลแน่นอน และไม่เริ่มเกี่ยวข้องกับดีเอ็นเอมัดในขณะที่รักษาต่อปฏิกิริยาของขมิ้นชันกับดีเอ็นเอ เพิ่มเติมสำหรับ 100 ท่านทำการยืนยันข้อมูลดังกล่าว โพส 21 ชี้ให้เห็นศักยภาพ H ( นอล ) - N7 ( กัวนีน - A ) วิธีการและได้รับเลือก ซับซ้อน ( p-cymene ) รู ( curcuminato ) เห็น ก่อนหน้านี้เรขาคณิตเหมาะกับ dmol3 , curcuminato ทับลงบนเดิมจอดกด ขณะกด rucl สภาพแวดล้อมของมัน และที่สำคัญฟรีถูกคัดออก เพราะ charmm บังคับเขตไม่ประกอบด้วยการเชื่อมพารามิเตอร์สำหรับรู โลหะที่ถูกถือว่าเป็นไอออน ( ru2 + ) บัญชีสำหรับรุ coorbination ทรงกลม เราตั้งค่า ( 1 ) ระยะห่างระหว่างรูแบน bottomed ความยับยั้งชั่งใจและเป็นศูนย์กลางของ p-cymene แหวนแรงคงที่ 200 kcal / และเพดานบนของ 1.90a ดังนั้นที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด รุ - ระยะทางที่อาจจะถูกเก็บไว้ในขณะที่ให้ p-cymene การหมุนระหว่าง docking ; ( 2 ) การร่าง แข็งฮาร์มอนิกึ่งหนึ่งคีเลต curcuminato รุใช้แรงคงที่ 10 กิโล / planarity อนุรักษ์ของ กับหนึ่ง O อะตอมมีประจุลบ ( Anion ) และอีกชุดเป็นคาร์บอนิลที่เป็นกลาง ; ( 3 ) คลอรีนเป็นประจุลบ . ตลอดกระบวนการนี้ เราต้องการให้แน่ใจว่าวิธีการของเกมที่ซับซ้อนดีเอ็นเอ decamer ตัวรับไม่เคมีผลกระทบก่อนเข้าร่อง ต่อมา เราตัดดีเอ็นเอ counterions และดำเนินการรุ่น counterrion แนวทางใหม่ กำจัดโมเลกุลของน้ำทั้งหมด และแสดง minnimization ของหน้า counterion-decamer-ru-complexpose-21 ระบบ มีตัวรับ และ counterions ถาวร