2.3. Design of real-time PCR primer

2.3. Design of real-time PCR primer and probe
A set of primers were first used for the amplificability tests
namely: TR03 50-TCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTA-30 and TR04
50-AATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTT-30 with a product size of
137 bp. These primers were used for the first time for the eukaryote
detection in the University of Berne in Switzerland (Allmann,
Candrian, Höfelein, & Lüthy, 1993). Then, a primer and probe set,
specific for S. salar L., was designed using the growth hormone
gene 1 (accession number X61938.1). The nucleotide sequences
encoding the gene selected are determined from the NCBI database
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Two major tools were applied:
Multiple sequence alignment with hierarchical clustering
(Multalin) and Basic Local Alignment Search Tool (Blast).
NetPrimer software (PREMIER Biosoft) was used to design primers.
The primers used were AM5F: 50-AAGGTGCAAAACCATGTTGCCTT
CT-30 and the AM5R 50-ATGTGAGTGTTCTAGGTCACTAGAC-30 . The
TaqMan probe was labeled on the 50 end with a fluorescent reporter
dye 6 carboxyfluorescein; FAM) and on the 30 end with a black
hole quencher-1 (BHQ1). The specificity of the primers and probe
was evaluated by BLASTN from NCBI. Syber Green was used for
specificity validation of the designed primers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. ออกแบบไพรเมอร์ PCR แบบเรียลไทม์และโพรบชุดไพรเมอร์ครั้งแรกใช้สำหรับการทดสอบ amplificabilityคือ: TR03 50-TCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTA-30 และ TR0450-AATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTT-30 ขนาดผลิตภัณฑ์137 bp ไพรเมอร์เหล่านี้ถูกใช้ครั้งแรกสำหรับการยูแคริโอตตรวจสอบในมหาวิทยาลัย Berne ในสวิตเซอร์แลนด์ (AllmannCandrian, Höfelein, & Lüthy, 1993) แล้ว สีรองพื้นและโพรบตั้งเฉพาะสำหรับ S. L. ซาลาร์ ถูกออกแบบโดยใช้ฮอร์โมนเจริญเติบโตยีน 1 (เลขทะเบียน X61938.1) ลำดับนิวคลีโอไทด์เข้ารหัสยีนที่เลือกจะถูกกำหนดจากฐานข้อมูล NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) ใช้เครื่องมือหลักที่สอง:หลาย ด้วยคลัสเตอร์ลำดับชั้นการจัดลำดับ(Multalin) และเครื่องมือการค้นหาตำแหน่งภายในพื้นฐาน (ระเบิด)ซอฟต์แวร์ NetPrimer (ห้อง Biosoft) ถูกใช้ในการออกแบบไพรเมอร์ไพรเมอร์ที่ใช้ได้ AM5F: 50-AAGGTGCAAAACCATGTTGCCTTCT-30 และการ AM5R 50-ATGTGAGTGTTCTAGGTCACTAGAC-30 การTaqMan รบถูกติดป้ายบนปลาย 50 โปรแกรมรายงานเรืองแสงcarboxyfluorescein ย้อม 6 FAM) และสิ้นสุด 30 มีสีดำหลุม quencher-1 (BHQ1) ความของไพรเมอร์และโพรบถูกประเมิน โดย BLASTN จาก NCBI สีเขียว Syber ใช้สำหรับตรวจสอบความของไพรเมอร์ที่ออกแบบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 การออกแบบของ Real-time PCR ไพรเมอร์และสอบสวน
ชุดของไพรเมอร์ถูกนำมาใช้เป็นครั้งแรกสำหรับการทดสอบ amplificability
คือ: TR03 50 TCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTA-30 และ TR04
50 AATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTT-30 ที่มีขนาดผลิตภัณฑ์จาก
137 bp ไพรเมอร์เหล่านี้ถูกนำมาใช้เป็นครั้งแรกสำหรับ eukaryote
การตรวจสอบในมหาวิทยาลัยเบิร์นในสวิส (Allmann,
Candrian, Höfeleinและ Luthy, 1993) จากนั้นไพรเมอร์และสอบสวนชุด
ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับเอสแซลิตรได้รับการออกแบบโดยใช้ฮอร์โมนการเจริญเติบโต
ของยีนที่ 1 (จำนวน X61938.1 ภาคยานุวัติ) ลำดับเบส
ยีนที่เลือกจะถูกกำหนดจากฐานข้อมูล NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) สองเครื่องมือหลักที่ถูกนำไปใช้:
ลำดับการจัดเรียงหลายด้วยการจัดกลุ่มตามลำดับชั้น
. (Multalin) และพื้นฐานในพื้นที่การจัดเครื่องมือค้นหา (ระเบิด)
ซอฟแวร์ NetPrimer (PREMIER Biosoft) ถูกนำมาใช้ในการออกแบบไพรเมอร์.
ไพรเมอร์ที่ใช้คือ AM5F: 50-AAGGTGCAAAACCATGTTGCCTT
CT-30 AM5R 50 ATGTGAGTGTTCTAGGTCACTAGAC-30
TaqMan? การสอบสวนเป็นป้ายที่สิ้นสุด 50 ห้องพร้อมด้วยนักข่าวเรืองแสง
สีย้อม 6 carboxyfluorescein; ฟินันซ่า) และในปลาย 30 ที่มีสีดำ
หลุมดับที่ 1 (BHQ1) ความจำเพาะของไพรเมอร์และสอบสวน
ถูกประเมินโดยดังกล่าวหาจาก NCBI Syber สีเขียวที่ใช้สำหรับ
การตรวจสอบความจำเพาะของไพรเมอร์ได้รับการออกแบบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 ออกแบบไพรเมอร์ PCR แบบเรียลไทม์ และสอบสวนชุดของดีเอ็นเอถูกใช้เป็นครั้งแรกสำหรับ amplificability การทดสอบคือ tr03 tr04 50-tctgccctatcaactttcgatggta-30 และ50-aatttgcgcgcctgctgccttcctt-30 กับผลิตภัณฑ์ ขนาดของ137 BP . ไพรเมอร์เหล่านี้ถูกใช้เป็นครั้งแรกสำหรับยูแคริโอตตรวจสอบในมหาวิทยาลัย ( allmann เบิร์นในสวิตเซอร์แลนด์ ,candrian H ö felein & L üของท่าน , 1993 ) แล้วรองพื้นและสอบสวนชุดเฉพาะสหรัฐอเมริกาซาลาร์ลิตร ถูกออกแบบมา โดยใช้ฮอร์โมนการเจริญเติบโตยีน 1 ( เข้าเบอร์ x61938.1 ) ลำดับยีนที่ยีนที่ถูกกำหนดจาก ncbi ฐานข้อมูลการเข้ารหัส( http : / / www.ncbi . nlm . NIH . gov / ) สองเครื่องมือหลักที่ใช้ :การเรียงลำดับข้อมูลแบบลำดับชั้น( multalin ) และเครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด )ซอฟต์แวร์ netprimer ( พรีเมียร์ ไบโอซอฟท์ ) ถูกใช้เพื่อการออกแบบไพรเมอร์ .ไพรเมอร์ใช้ am5f : 50-aaggtgcaaaaccatgttgccttct-30 และ am5r 50-atgtgagtgttctaggtcactagac-30 . ที่taqman สอบสวนได้มีข้อความใน 50 สิ้นสุดกับนักข่าวเรืองแสงสี 6 carboxyfluorescein ; FAM ) และ 30 จบด้วยสีดำหลุม quencher-1 ( bhq1 ) ความจำเพาะของไพรเมอร์และการสอบสวนประเมินโดย blastn จาก ncbi . Syber ใช้สีเขียวความจำเพาะของการออกแบบไพรเมอร์ .