Setup. The systems simulated contai

Setup. The systems simulated contained 1, 2, or 4 MG-H2 peptides, 128 DPPC lipids, and 6000 water molecules. The corresponding peptide/lipid (P/L) ratios are 1/128, 2/128, or 4/128. Multiple simulations were performed for each system, starting from different initial random velocity distributions. Initially, the peptides are in an α-helical configuration and are solvated in the water phase close to one of the monolayers of an equilibrated bilayer (see Figure 1). The asymmetric distribution of the peptides mimics the addition of peptide to a solution containing cells or liposomes, in which peptides adsorb to one monolayer only. To test whether the pores obtained were fully equilibrated, three additional simulations were performed starting from a random distribution of lipids, peptides, and water at P/L = 1/128, 2/128, and 3/128. An overview of the simulations performed is given in Table 1. Most systems were run between 20 and 100 ns, depending on when, and if, a pore was actually formed. Two simulations were extended to 250 ns to study the long-time behavior of the pore.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การติดตั้ง ระบบจำลองประกอบด้วย 1, 2 หรือ 4 MG-H2 เปปไทด์ โครงการ DPPC 128 และโมเลกุลของน้ำ 6000 อัตราส่วนไขมันเพปไทด์ (P/L) ที่สอดคล้องกันคือ 1/128, 2/128 หรือ 4/128 มีดำเนินการจำลองหลายสำหรับแต่ละระบบ เริ่มต้นจากการกระจายความเร็วสุ่มเริ่มต้นแตกต่างกัน ตอนแรก เปปไทด์มีในโครงแบบ helical ด้วยกองทัพ และมี solvated ในน้ำระยะใกล้ monolayers ของ bilayer equilibrated การอย่างใดอย่างหนึ่ง (ดูรูปที่ 1) การกระจาย asymmetric ของเปปไทด์เลียนแบบการเพิ่มเพปไทด์โซลูชันที่ประกอบด้วยเซลล์หรือ liposomes เปปไทด์ชื้นเพื่อ monolayer หนึ่งเท่านั้น การทดสอบทั้งหมดมี equilibrated รูขุมขนได้ จำลองสามเพิ่มเติมดำเนินเริ่มต้นจากการกระจายแบบสุ่มโครงการ เปปไทด์ และน้ำที่ P/L = 1/128, 2/128 และ 3/128 ภาพรวมของแบบจำลองที่ดำเนินถูกกำหนดในตารางที่ 1 ระบบส่วนใหญ่ถูกเรียกใช้ระหว่าง ns 20 และ 100 ขึ้นอยู่กับเมื่อ และ จริงก่อการรูขุมขน จำลองที่สองได้ขยาย 250 ns เพื่อศึกษาลักษณะการทำงานนานของรูพรุน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ติดตั้ง. ระบบจำลองที่มี 1, 2, 4 หรือเปปไทด์ MG-H2 128 DPPC ไขมันและ 6000 โมเลกุลของน้ำ เปปไทด์ที่เกี่ยวข้อง / ไขมัน (P / L) มีอัตราส่วน 1/128, 2/128, 4/128 หรือ จำลองหลายได้รับการดำเนินการสำหรับแต่ละระบบเริ่มต้นจากการที่แตกต่างกันเริ่มต้นการกระจายความเร็วสุ่ม ตอนแรกเปปไทด์ที่อยู่ในการกำหนดค่าα-ลานและในขั้นตอนการ solvated น้ำใกล้กับหนึ่งใน monolayers ของ bilayer equilibrated (ดูรูปที่ 1) การกระจายไม่สมมาตรของเปปไทด์เลียนแบบการเพิ่มของเปปไทด์ที่จะแก้ปัญหาที่มีเซลล์หรือไลโปโซมซึ่งเปปไทด์ที่จะดูดซับ monolayer เพียงอย่างใดอย่างหนึ่ง เพื่อทดสอบว่ารูขุมขนที่ได้มา equilibrated อย่างเต็มที่จำลองสามเพิ่มเติมได้ดำเนินการเริ่มต้นจากการกระจายแบบสุ่มของไขมันเปปไทด์และน้ำที่ P / L = 1/128, 2/128, 3/128 และ ภาพรวมของการจำลองการดำเนินการจะได้รับในตารางที่ 1 ระบบส่วนใหญ่วิ่งระหว่าง 20 และ 100 ns การขึ้นอยู่กับเมื่อใดและถ้ารูขุมขนที่ถูกสร้างขึ้นจริง สองจำลองกำลังขยาย 250 ns การที่จะศึกษาพฤติกรรมเป็นเวลานานของรูขุมขน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การติดตั้ง ระบบจำลองที่มีอยู่ 1 , 2 , 3 หรือ 4 mg-h2 เปปไทด์ , 128 dppc ไขมันและน้ำ 6 โมเลกุล ไขมันเปปไทด์ / ที่เกี่ยวข้อง ( P / L ) ในอัตราส่วน 1 / 128 , 2 / 5 , 4 / 128 . จำลองหลายดำเนินการสำหรับแต่ละระบบ เริ่มจากการแจกแจงความเร็วสุ่มเริ่มต้นที่แตกต่างกัน ในตอนแรกมีเปปไทด์ในการกำหนดค่าแอลฟาลานและ solvated ในเฟสน้ำใกล้หนึ่งของ monolayers ของ equilibrated สองชั้น ( ดูรูปที่ 1 ) การแจกแจงสมมาตรของเปปไทด์ที่เลียนแบบจากเปปไทด์เป็นสารละลายที่มีเซลล์หรือไลโปโซม ซึ่งสารดูดซับหนึ่งอย่างเท่านั้น เพื่อทดสอบว่ารูขุมขนได้ equilibrated อย่างเต็มที่ ,3 จำลองเพิ่มเติมจำนวน เริ่มจากการสุ่มการกระจายตัวของไขมัน เปปไทด์ และน้ำที่ P / L = 1 / 128 , 2 / 5 , 3 / 128 . ภาพรวมของผลแสดงไว้ในตารางที่ 1 ระบบส่วนใหญ่จะวิ่งระหว่าง 20 และ 100 นาโน ขึ้นอยู่กับเวลา และ ถ้า เพ่ง ก็เกิดขึ้น สองจำลองถูกขยายถึง 250 นาโนเพื่อศึกษาพฤติกรรมอันยาวนานของรูขุมขน