The linkage map was constructed usi

The linkage map was constructed using Joinmap 4.1 (Van Ooijen, 2011) with a haploid model (HAP) using Kosambi’s mapping function and default parameters setting (independence LOD score; significance levels from 2.0 to 10.0 LOD). Groups were defined at the level of LOD ⩾ 5, skewed segregation of markers was tested with chi-square (P < 0.05), and the crossover frequency was calculated as the crossover number per individual per chromosome. Due to a lack of recombination, the ranking order of markers within each linkage group deviates in Joinmap from their known position. For this reason we plotted the cumulative genetic distances (cM) of the SNP markers as calculated with Joinmap against their corresponding cumulative physical distance (kb).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แผนที่เชื่อมโยงก่อใช้ 4.1 Joinmap (Van Ooijen, 2011) กับรุ่นพริก (HAP) ใช้ของโกสัมพีแมปฟังก์ชันเริ่มต้นพารามิเตอร์และการตั้งค่า (เอกราช LOD คะแนน ระดับความสำคัญจาก 2.0 ไปลอด 10.0) กลุ่มกำหนดไว้ในระดับของ⩾ลอด 5 เครื่องหมายแบ่งแยกเบ้ได้รับการทดสอบ ด้วยไคสแควร์ (P < 0.05), และคำนวณความถี่ครอสโอเวอร์เป็นหมายเลขไขว้ต่อบุคคลต่อโครโมโซม เนื่องจากขาดการรวมตัวกัน จัดอันดับลำดับของเครื่องหมายในแต่ละกลุ่มเชื่อมโยงเบี่ยงเบนใน Joinmap จากตำแหน่งของพวกเขาเป็นที่รู้จัก ด้วยเหตุผลนี้ เราวางแผนสะสมพันธุระยะทาง (เซนติเมตร) ของเครื่องหมาย SNP คำนวณกับ Joinmap กับความสอดคล้องกันสะสมระยะทางจริง (kb)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แผนที่การเชื่อมโยงที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Joinmap 4.1 (Van Ooijen 2011) ที่มีรูปแบบเดี่ยว (HAP) โดยใช้ฟังก์ชั่นการทำแผนที่และเริ่มต้น Kosambi ของการตั้งค่าพารามิเตอร์ (อิสระคะแนน LOD; ระดับนัยสำคัญ 2.0-10.0 LOD) กลุ่มที่ถูกกำหนดไว้ที่ระดับล็อด⩾ 5, เบ้แยกของตัวบ่งชี้ได้รับการทดสอบกับไคสแควร์ (P <0.05) และความถี่ครอสโอเวอร์ที่คำนวณได้เป็นจำนวนครอสโอเวอร์ต่อบุคคลต่อโครโมโซม เนื่องจากการขาดการรวมตัวกันอีกที่สั่งซื้อการจัดอันดับของเครื่องหมายในแต่ละกลุ่มเชื่อมโยงเบี่ยงเบนใน Joinmap จากตำแหน่งของพวกเขาเป็นที่รู้จัก ด้วยเหตุนี้เราพล็อตที่สะสมระยะทางพันธุกรรม (CM) ของเครื่องหมาย SNP คำนวณกับ Joinmap กับระยะทางกายภาพของพวกเขาที่สอดคล้องกันสะสม (KB)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แผนที่การเชื่อมโยงถูกสร้างขึ้นโดยใช้ joinmap 4.1 ( รถตู้ ooijen 2011 ) กับแบบเดี่ยว ( แฮป ) โดยใช้โกสัมพีเป็นแผนที่ฟังก์ชันและเริ่มต้นการปรับตั้งพารามิเตอร์ ( ความเป็นอิสระจากคะแนน ความสำคัญระดับ 2.0 ถึง 10.0 โลด ) กลุ่ม คือ กลุ่มที่กำหนดไว้ที่ระดับ 5 จาก⩾เบ้ , แยกของเครื่องหมายถูกทดสอบไคสแควร์ ( p < 0.05 ) และค่าความถี่ครอสโอเวอร์เป็นครอสโอเวอร์เบอร์ต่อบุคคลต่อโครโมโซม เนื่องจากการขาดการ ลำดับคำสั่งของเครื่องหมายภายในแต่ละการเชื่อมโยงกลุ่มแตกใน joinmap จากพวกเขาทราบตำแหน่ง สำหรับเหตุผลนี้ เราวางแผนสะสมพันธุกรรมระยะทาง ( เซนติเมตร ) ของเครื่องหมาย SNP ที่คำนวณด้วย joinmap กับที่สอดคล้องกันของพวกเขาสะสมระยะทางทางกายภาพ ( KB )