GA3-induced pathways in grape flowe

GA3-induced pathways in grape flowers
In order to assess the functional roles of GA3-responsive
genes involved in different biochemical pathways, we
identified the pathways affected by GA3 application
based on our expression profiling analyses. A total of 70
and 85 biochemical pathways were significantly affected
by GA3 treatment (p value < 0.05) at 1 h and 24 h following
application, respectively (Figure 8; Additional file
1: Table S10). These pathways comprised the biosynthesis
or degradation of diverse metabolites including
hormones, sugars and polysaccharides, amino acids, fatty
acids and lipids, and secondary metabolites.
Among the hormone-related pathways, jasmonic acid
biosynthesis (Additional file 2: Figure S6), salicylate biosynthesis
(Additional file 2: Figure S7), ethylene biosynthesis
from methionine (Additional file 2: Figure S8), cytokinin
degradation (Additional file 2: Figure S9) and gibberellin
biosynthesis (Figure 1) included DEGs that exhibited
significant alterations following GA3 application. In the
case of the jasmonic acid biosynthetic pathway, DEGs
were up-regulated 1 h after treatment and were downregulated
24 h after treatment, and included lipoxygenases,
allene oxide synthases, allene oxide cyclase
and 12-oxophytodienoate reductases (Additional file 2:
Figure S6). In terms of ethylene biosynthesis from methionine
(Additional file 2: Figure S8), the gene encoding
the key enzyme 1-aminocyclopropane-1-carboxylate
synthase (ACS, GSVIVG01026962001) was up-regulated
1 h following treatment and down-regulated 24 h following
treatment, while two other genes (GSVIVG01005455001
and GSVIVG01019920001) were down-regulated 24 h following
treatment. Furthermore, the expression of five
genes encoding cytokinin oxidases (GSVIVG01028586001,
GSVIVG01006081001, GSVIVG01006150001, GSVIVG01
028599001 and GSVIVG01028610001), which are involved
in cytokinin degradation, were induced by more than
36-fold 24 h following GA3 treatment (Additional file 2:
Figure S9). Intriguingly, one of these (GSVIVG010286100
01) was up-regulated upwards of 340-fold.
Secondary metabolic pathways such as the biosynthesis
of farnesene (Additional file 2: Figure S10), flavonoids
(Additional file 2: Figure S11), linalool, phenylpropanoids
(Additional file 2: Figure S12), chlorogenic acid
(Additional file 2: Figure S12), monoterpenes, simple
coumarin, free phenylpropanoid acid and geranylgeranyldiphosphate
(via MEP) were significantly altered both 1 h
and 24 h following GA3 treatment. Within the farnesene
biosynthetic pathway (Additional file 2: Figure S10), 31
genes encoding terpenoid synthases were highly upregulated
1 h after GA3 treatment, while 27 genes encoding
terpenoid synthases were down-regulated and three
genes were up-regulated 24 h after treatment. In the case
of flavonoid biosynthesis (Additional file 2: Figure S11),
genes encoding the key chalcone synthases displayed 22–

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มนต์เกิด GA3 ในดอกไม้องุ่นเพื่อที่จะประเมินบทบาทหน้าที่ของ GA3 ตอบสนองยีนที่เกี่ยวข้องกับชีวเคมีทางเดินที่แตกต่างกัน เราระบุหลักที่ได้รับผลกระทบ โดยใช้ GA3ตามนิพจน์ของเราวิเคราะห์การสร้างโพรไฟล์ จำนวน 70และมนต์ 85 ชีวเคมีได้รับผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญโดยรักษา GA3 (p ค่า < 0.05) ที่ 1 h และ 24 ชมต่อไปนี้โปรแกรมประยุกต์ ตามลำดับ (รูปที่ 8 แฟ้มเพิ่มเติม1: S10 ตาราง) มนต์เหล่านี้ประกอบด้วยการสังเคราะห์หรือของ metabolites ที่หลากหลายรวมถึงฮอร์โมน น้ำตาล และ polysaccharides กรดอะมิโน ไขมันกรด และโครงการ และ metabolites รองผู้เกี่ยวข้องกับฮอร์โมนมนต์ กรดจัสโมนิกการสังเคราะห์ (เพิ่มเติมไฟล์ 2: รูป S6), ซาลิไซเลตสังเคราะห์(เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S7), การสังเคราะห์เอทิลีนจาก methionine (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S8), cytokininย่อยสลาย (เพิ่มเติมไฟล์ 2: S9 รูป) และ gibberellinการสังเคราะห์ (รูปที่ 1) รวม DEGs ที่จัดแสดงเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญต่อโปรแกรมประยุกต์ GA3 ในกรณีจัสโมนิกกรด biosynthetic ทางเดิน DEGsถูกกำหนดขึ้น h 1 หลังการรักษา และมี downregulated24 ชมหลังการรักษา และ lipoxygenases รวมsynthases allene ออกไซด์ allene cyclase ออกไซด์และ reductases 12 oxophytodienoate (เพิ่มเติมไฟล์ 2:รูป S6) ในการสังเคราะห์เอทิลีนจาก methionine(เพิ่มเติมไฟล์ 2: รูป S8), การเข้ารหัสยีนสำคัญเอนไซม์ 1-aminocyclopropane-1-carboxylatesynthase (ACS, GSVIVG01026962001) ถูกกำหนดขึ้นh 1 ต่อการรักษาและควบคุมลง 24 h ดังต่อไปนี้รักษา ในขณะที่สองอื่น ๆ ยีน (GSVIVG01005455001และ GSVIVG01019920001) มีกำหนดลง 24 ชมต่อไปนี้รักษา นอกจากนี้ นิพจน์ของห้ายีนที่เข้ารหัส cytokinin oxidases (GSVIVG01028586001GSVIVG01006081001, GSVIVG01006150001, GSVIVG01028599001 และ GSVIVG01028610001), ซึ่งเกี่ยวข้องในการย่อยสลาย cytokinin นำโดยมากกว่า36-fold 24 h ต่อ GA3 รักษา (เพิ่มเติมไฟล์ 2:รูป S9) Intriguingly หนึ่งเหล่านี้ (GSVIVG01028610001) ถูกตั้งระเบียบ upwards ของ 340-foldมนต์เผาผลาญรองเช่นการสังเคราะห์ของ farnesene (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S10), flavonoids(เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S11), linalool, phenylpropanoids(เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S12), กรด chlorogenic(เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S12), monoterpenes ง่ายcoumarin กรดฟรี phenylpropanoid และ geranylgeranyldiphosphate(ผ่าน MEP) ถูกมากเปลี่ยนแปลงไปทั้ง h 1และรักษา GA3 ต่อ 24 ชม ภายใน farneseneทางเดิน biosynthetic (เพิ่มเติมไฟล์ที่ 2: รูป S10), 31ยีนที่เข้า terpenoid synthases สูง upregulatedh 1 หลังการรักษา GA3 ในขณะที่ยีน 27 รหัสterpenoid synthases ถูกกำหนดลง และสามยีนที่ควบคุมสาย 24 ชมหลังการรักษา ในกรณีของ flavonoid สังเคราะห์ (เพิ่มเติมไฟล์ 2: S11 รูป),synthases chalcone คีย์การเข้ารหัสยีนแสดง 22-

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทางเดิน GA3
ที่เกิดขึ้นในดอกไม้องุ่นเพื่อที่จะประเมินบทบาทการทำงานของGA3
ที่ตอบสนองต่อยีนที่เกี่ยวข้องกับวิถีทางชีวเคมีที่แตกต่างกันเราระบุเส้นทางการได้รับผลกระทบโดยการประยุกต์ใช้
GA3
อยู่บนพื้นฐานของการวิเคราะห์การแสดงออกของเราโปรไฟล์ รวมของ 70
และ 85
ชีวเคมีได้รับผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญโดยการรักษาGA3 (ค่า p <0.05) ณ วันที่ 1 ชั่วโมงและ 24
ชั่วโมงต่อไปประยุกต์ใช้ตามลำดับ(รูปที่ 8
แฟ้มเพิ่มเติมที่1: ตาราง S10) ทางเดินเหล่านี้ประกอบไปด้วยการสังเคราะห์หรือการย่อยสลายของสารที่หลากหลายรวมทั้งฮอร์โมนน้ำตาลและpolysaccharides กรดอะมิโนไขมันกรดและไขมันและสารทุติยภูมิ. ท่ามกลางวิถีฮอร์โมนที่เกี่ยวข้องกับกรด jasmonic สังเคราะห์ (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S6) สังเคราะห์ซาลิไซเลต(แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูป S7) การสังเคราะห์เอทิลีนจากmethionine (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S8) ไซโตไคนิย่อยสลาย(แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S9) และ gibberellin สังเคราะห์ (รูปที่ 1) รวม degs ที่แสดงการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญดังต่อไปนี้การประยุกต์ใช้GA3 ในกรณีของกรด jasmonic เดินชีวสังเคราะห์, degs ขึ้นควบคุม 1 ชั่วโมงหลังการรักษาและได้รับการ downregulated 24 ชั่วโมงหลังการรักษาและรวมถึง lipoxygenases, synthases Allene ออกไซด์เคลสออกไซด์ Allene และดัก 12 oxophytodienoate (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S6 ) ในแง่ของการสังเคราะห์เอทิลีนจาก methionine (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S8) ซึ่งเป็นยีนเอนไซม์ที่สำคัญ1 aminocyclopropane-1-carboxylate เทส (เอซีเอส, GSVIVG01026962001) ได้รับการขึ้นควบคุม1 ชั่วโมงหลังการรักษาและควบคุมลง 24 ชั่วโมงต่อไปนี้การรักษาในขณะที่สองยีนอื่น ๆ (GSVIVG01005455001 และ GSVIVG01019920001) ได้รับการควบคุมลง 24 ชั่วโมงต่อไปนี้การรักษา นอกจากนี้การแสดงออกของห้ายีน oxidases ไซโตไคนิ (GSVIVG01028586001, GSVIVG01006081001, GSVIVG01006150001, GSVIVG01 028,599,001 และ GSVIVG01028610001) ซึ่งมีส่วนร่วมในการย่อยสลายไซโตไคนิถูกเหนี่ยวนำให้เกิดขึ้นมากกว่า36 เท่า 24 ชั่วโมงหลังการรักษา GA3 (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูป S9 ) น่าซึ่งเป็นหนึ่งในเหล่านี้ (GSVIVG010286100 01) ขึ้นการควบคุมมากกว่า 340 เท่า. เผาผลาญเซลล์รองเช่นการสังเคราะห์ของ farnesene (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S10) flavonoids (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S11), linalool, phenylpropanoids (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S12) กรด chlorogenic (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S12) monoterpenes ง่ายcoumarin กรด phenylpropanoid ฟรีและ geranylgeranyldiphosphate (ผ่าน MEP) มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญทั้ง 1 ชั่วโมงและ24 ชั่วโมงหลังการรักษา GA3 ภายใน farnesene เดินชีวสังเคราะห์ (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S10) 31 ยีน synthases terpenoid ถูก upregulated สูง1 ชั่วโมงหลังการรักษา GA3 ในขณะที่ 27 ยีนsynthases terpenoid ถูกควบคุมลงสามยีนถูกขึ้นควบคุม24 ชั่วโมงหลังการรักษา ในกรณีของการสังเคราะห์ flavonoid (แฟ้มเพิ่มเติม 2: รูปที่ S11) ยีนเข้ารหัส synthases chalcone สำคัญแสดง 22-

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเปลี่ยนแปลงใน GA3
ดอกไม้องุ่นเพื่อประเมินบทบาทหน้าที่ของยีนที่เกี่ยวข้องกับวิถี
GA3 ตอบสนองทางชีวเคมีที่แตกต่างกันเรา

การระบุเส้นทางที่ได้รับผลกระทบจาก GA3 ตามแบบแผนการแสดงออกการวิเคราะห์ . รวม 70
85 ชีวเคมีเส้นทางได้รับผลกระทบอย่างมากโดยการรักษา ( GA3
ค่า P < 0.05 ) ใน 1 ชั่วโมงและ 24 ชั่วโมงต่อไปนี้
โปรแกรมประยุกต์ตามลำดับ ( รูปที่ 8 ; แฟ้มเพิ่มเติม
1 : ตาราง S10 ) เซลล์เหล่านี้ประกอบด้วยกระบวนการ
หรือการสลายตัวของสารที่มีความหลากหลายรวมทั้ง
ฮอร์โมน , น้ำตาลและ polysaccharides กรดอะมิโน กรดไขมันและไขมัน และสาร secondary metabolites
, .
ของฮอร์โมนที่เกี่ยวข้องกับทางเดิน จังหวัดเอซอน
ชีวสังเคราะห์ ( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป s6 ) , ซาลิไซเลทใน
( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป S7 )
วิถีการสังเคราะห์เอทิลีนจากเมทไธโอนีน ( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป s8 ) การย่อยสลายไซโทไคนิน
( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูปที่ 3 ) และจิบเบอเรลลิน
ชีวสังเคราะห์ ( รูปที่ 1 ) รวม degs จำนวนมากการเปลี่ยนแปลงต่อไปนี้
) GA3 ใบสมัคร ใน
กรณีของกรดจัสโมนิกร่วมวิถี degs
1 H คือ คาหลังการรักษาและ downregulated
24 ชั่วโมงหลังจากการรักษารวม lipoxygenases
, แต่ไม่ allene ออกไซด์ , ออกไซด์ allene ไซเคลส
12 oxophytodienoate reductases ( เพิ่มเติมไฟล์ 2 :
รูป s6 ) ในแง่ของวิถีการสังเคราะห์เอทิลีนจากเมทไธโอนีน
( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป s8 ) , ยีนเอนไซม์ 1-aminocyclopropane-1-carboxylate

คีย์ synthase ( ACS , สามารถ gsvivg01026962001 )
1 h ต่อไปนี้การรักษาและลงระเบียบต่อไปนี้
24 ชั่วโมงการรักษา ในขณะที่ยีนสอง ( และ gsvivg01005455001
gsvivg01019920001 ) ลงมาควบคุม 24 H
ต่อไปนี้การรักษา นอกจากนี้การแสดงออกของยีนเข้ารหัส ) 5
( gsvivg01028586001 oxidases , gsvivg01006081001 gsvivg01006150001 gsvivg01

, , 028599001 และ gsvivg01028610001 ) ซึ่งเกี่ยวข้องในการสลาย
) ถูกชักนำโดยมากกว่า
,36 พับ 24 ชั่วโมงต่อไปนี้ GA3 รักษาเพิ่มเติม ( ไฟล์ 2 :
รูปที่ 3 ) ฟังดู หนึ่งของเหล่านี้ ( gsvivg010286100
01 ) สามารถพับขึ้น 340 .
วิถีการเผาผลาญรองเช่นกระบวนการ
ของ farnesene ( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป S10 ) , ฟลาโวนอยด์
( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป S11 ) , ลินาลูล phenylpropanoids ,
( เพิ่มเติมไฟล์ 2 : รูป s12 chlorogenic กรด
) ( แฟ้มเพิ่มเติม 2รูป s12 ) , องค์ประกอบง่ายๆ
phenylpropanoid coumarin , กรดฟรีและ geranylgeranyldiphosphate
( ผ่าน MEP ) พบการเปลี่ยนแปลงทั้ง 1 H
24 H ต่อไปนี้ GA3 รักษา ภายใน farnesene
ร่วมเส้นทางเพิ่มเติม ( ไฟล์ 2 : รูป S10 ) , 31
ยีนเข้ารหัสเทอร์ปีนอยด์แต่ไม่มี upregulated
1 h หลังจาก GA3 รักษา ขณะที่ 27 ยีนเข้ารหัส
เทอร์ปินอยด์แต่ไม่ได้ลงตั้ง 3
ยีนคา 24 ชั่วโมงหลังการรักษา ในกรณี
ของฟลาโวนอยด์ในเพิ่มเติม ( ไฟล์ 2 : รูป S11 )
ยีนการเข้ารหัสคีย์ chalcone 22 –แต่ไม่แสดง