H3 replacement variants arose at le

H3 replacement variants arose at least twice in evolution
Although hv2 is clearly an H3 replacement variant by its
expression, its sequence is distinct from those of other H3
replacement variants. To analyze the evolution of the H3 variants,
a phylogenetic tree was constructed using the neighbor-joining
(NJ) method of Saitou and Nei (36) on 73 H3 sequences compiled
from the GenBank and PIR databases (see Materials and
Methods). The total evolutionary divergence between two
sequences is represented by the sum of the horizontal branch
lengths between the two sequences. Vertical distances are for
illustration purposes only.
The NJ tree for H3 (Fig. 4A) indicates that the three types
of H3 replacement variants represented (animal H3.3, plant
H3.ITJ and Tetrahymena hv2 and H3(2)) are not monophyletic
that is, they do not have a single common ancestor. The H3 to
which the Tetrahymena variants hv2 and H3(2) are most closely
related is the Tetrahymena major H3. Animal H3.3s branch off
the tree prior to the divergence of plants and animals, while plant
H3.HI is found within the monophyletic plant branch. Although
this suggests that plant H3.rU may have evolved from an earlier
H3.3-type gene, other NJ trees which do not contain the
A.nidulans sequence have a different topology, in which animal
H3.3s and fungal H3s are monophyletic and branch after the
divergence of plant H3s (data not shown). To investigate this
discrepancy, a maximum parsimony analysis was carried out on
a subset of H3 proteins from major phylogenetic lineages with
the program PAUP (37) (Fig. 4B). The use of a subset containing
fewer taxa permits a more rigorous analysis using parsimony
methods. The parsimony tree places the divergence of animals
H3.3s and fungal H3s two branches deeper than plant H3.m with
a high degree of confidence. A NJ tree of the same subset was
identical to one of the minimum length parsimony trees (data not
shown). This confirms our NJ analyses that suggested that animal
H3.3s evolved after the plant-animal divergence and were closely
related to animal and fungal H3s. We carried out additional
parsimony and NJ analyses on several different subsets of H3
proteins and found that most NJ and all parsimony phylogenies
placed animal H3.3s and fungal H3s on the same branch, after
the divergence of plants (data not shown). Thus, the parsimony
method appears to be more robust with respect to this data set,
and suggests that animal, plant and Tetrahymena H3 replacement
variants arose independendy. Both NJ and parsimony analyses
agree unequivocally that Tetrahymena replacement variant arose
independently of other H3 variants.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

H3 แทนตัวแปรเกิดขึ้นน้อยในวิวัฒนาการแม้ว่า hv2 จะแปรเปลี่ยนเป็น H3 โดยชัดเจนของนิพจน์ ลำดับแตกต่างจากที่อื่น ๆ H3ตัวแปรทดแทน การวิเคราะห์วิวัฒนาการของสายพันธุ์ H3สร้างต้นไม้ phylogenetic ใช้เข้าร่วมเพื่อนบ้านวิธี (NJ) Saitou และเล่ง (36) ในลำดับ H3 73 ที่คอมไพล์จากฐานข้อมูลของ GenBank และ PIR (ดูวัสดุ และวิธี) Divergence วิวัฒนาการรวมระหว่างสองลำดับจะแทน ด้วยผลรวมของสาขาแนวนอนความยาวระหว่างลำดับที่สอง มีระยะแนวตั้งสำหรับภาพประกอบเท่านั้นต้น NJ สำหรับ H3 (รูปที่ 4A) บ่งชี้ว่า สามชนิดของ H3 แทนตัวแปรแทน (H3.3 พืชและสัตว์H3 ITJ และ Tetrahymena hv2 และ H3(2)) ไม่ monophyleticคือ พวกเขาไม่มีบรรพบุรุษร่วมกันเดียว H3 จะซึ่ง Tetrahymena ย่อย hv2 และ H3(2) สุดที่เกี่ยวข้องเป็น H3 สำคัญ Tetrahymena สัตว์ H3.3s สาขาออกต้นไม้ก่อน divergence ของพืชและสัตว์ ในขณะที่โรงงานH3.HI ตั้งอยู่ภายในสาขาพืช monophyletic ถึงแม้ว่านี้แนะนำพืชที่ H3.rU อาจมีพัฒนาจากโปรแกรมก่อนหน้ายีนชนิด H3.3 ต้นไม้อื่น ๆ NJ ซึ่งไม่ประกอบด้วยการA.nidulans ลำดับแตกต่างกันโทโพโลยี ในสัตว์ที่มีH3.3s และ H3s เชื้อรา monophyletic และสาขาหลังจากdivergence พืช H3s (ไม่แสดงข้อมูล) การตรวจสอบนี้ความขัดแย้ง การวิเคราะห์ parsimony สูงสุดดำเนินการในชุดย่อยของ H3 โปรตีนจากหลัก phylogenetic ชาติด้วยโปรแกรม PAUP (37) (รูปที่ 4B) การใช้การชุดย่อยที่ประกอบด้วยแท็กซ่าน้อยลงช่วยให้การวิเคราะห์แม่นยำมากใช้ parsimonyวิธีการนี้ สถานต้นไม้ parsimony divergence ของสัตว์H3.3s และเชื้อรา H3s สองสาขาที่ลึกกว่าพืช H3.m ด้วยระดับสูงของความเชื่อมั่น ต้นไม้ NJ ของย่อยเดียวกันเหมือนต้นไม้ parsimony ความยาวต่ำสุดอย่างใดอย่างหนึ่ง (ข้อมูลไม่แสดง) นี้ยืนยันเราวิเคราะห์ NJ ที่แนะนำสัตว์ที่H3.3s พัฒนาหลังการ divergence พืชสัตว์ และได้ใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับสัตว์ และเชื้อรา H3s เราดำเนินการเพิ่มเติมparsimony และวิเคราะห์ NJ ในส่วนย่อยแตกต่างกันหลายของ H3โปรตีน และพบว่าส่วนใหญ่ NJ และ phylogenies parsimony ทั้งหมดวางสัตว์ H3.3s และ H3s เชื้อราเดียวกันสาขา หลังdivergence ของพืช (ไม่แสดงข้อมูล) ดังนั้น parsimonyวิธีที่จะ แข็งแกร่งยิ่งขึ้นกับชุดข้อมูลและแนะนำว่า สัตว์ พืชและ Tetrahymena H3 แทนตัวแปรเกิดขึ้น independendy วิเคราะห์ NJ และ parsimonyตกลง unequivocally ว่า Tetrahymena แปรเปลี่ยนเกิดเป็นอิสระจากตัวแปรอื่น ๆ ของ H3

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

H3 สายพันธุ์ทดแทนเกิดขึ้นอย่างน้อยสองครั้งในการวิวัฒนาการ
แม้ว่า hv2 เห็นได้ชัดว่าการเปลี่ยนตัวแปร H3 โดยตัวของมัน
แสดงออกลำดับของมันแตกต่างจากผู้อื่น H3
สายพันธุ์ทดแทน การวิเคราะห์วิวัฒนาการของสายพันธุ์ H3 ที่
ต้นไม้สายวิวัฒนาการถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านเข้า
(NJ) วิธีการ Saitou และ Nei (36) 73 ลำดับ H3 รวบรวม
จากฐานข้อมูลของ GenBank และ PIR (ดูวัสดุและ
วิธีการ) ความแตกต่างวิวัฒนาการรวมระหว่างสอง
ลำดับเป็นตัวแทนจากผลรวมของแนวนอนสาขา
ความยาวระหว่างสองลำดับ ระยะทางแนวตั้งสำหรับ
วัตถุประสงค์ในการประกอบการอธิบายเท่านั้น.
ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์สำหรับ H3 (รูป. 4A) ระบุว่าทั้งสามประเภท
ของการเปลี่ยน H3 สายพันธุ์เป็นตัวแทน (H3.3 สัตว์พืช
H3.ITJ และ Tetrahymena hv2 และ H3 (2)) ไม่ได้ไฟย์เลติ
นั่นคือพวกเขาไม่ได้มีบรรพบุรุษร่วมกันเพียงครั้งเดียว H3 เพื่อ
ที่ Tetrahymena พันธุ์ hv2 และ H3 (2) จะใกล้ชิดที่สุด
ที่เกี่ยวข้องกับการเป็น Tetrahymena H3 สำคัญ สาขาสัตว์ H3.3s ปิด
ต้นไม้ก่อนที่จะมีความแตกต่างของพืชและสัตว์ในขณะที่พืช
H3.HI พบภายในสาขาพืชไฟย์เลติ แม้ว่า
นี้แสดงให้เห็นว่าพืช H3.rU อาจมีวิวัฒนาการมาจากก่อนหน้านี้
H3.3 ประเภทยีนต้นไม้นิวเจอร์ซีย์อื่น ๆ ที่ไม่ได้มี
ลำดับ A.nidulans มีโครงสร้างที่แตกต่างกันซึ่งในสัตว์
H3.3s และเชื้อรา H3s มีไฟย์เลติและ สาขาหลังจากที่
ความแตกต่างของ H3s พืช (ไม่ได้แสดงข้อมูล) ตรวจสอบเรื่องนี้
แตกต่างการวิเคราะห์ความประหยัดสูงสุดดำเนินการใน
กลุ่มย่อยของโปรตีน H3 จาก lineages phylogenetic สำคัญกับ
โปรแกรม PAUP (37) (รูป. 4B) การใช้งานของระบบย่อยที่มี
แท็กซ่าน้อยอนุญาตให้การวิเคราะห์ที่เข้มงวดมากขึ้นโดยใช้ความตระหนี่
วิธี ต้นไม้ประหยัดสถานที่ที่แตกต่างของสัตว์
H3.3s และเชื้อรา H3s สองสาขาลึกกว่าพืช H3.m กับ
ระดับสูงของความเชื่อมั่น ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์ของระบบย่อยเดียวกันก็
เหมือนกันให้เป็นหนึ่งในต้นไม้ยาวต่ำสุดประหยัดนี้ (ข้อมูลไม่
แสดง) นี้เป็นการยืนยันว่านิวเจอร์ซีย์ของเราจะวิเคราะห์ที่ชี้ให้เห็นว่าสัตว์
H3.3s วิวัฒนาการมาหลังจากที่แตกต่างจากพืชสัตว์และได้รับการอย่างใกล้ชิด
ที่เกี่ยวข้องกับสัตว์และเชื้อรา H3s เราดำเนินการเพิ่มเติม
ความประหยัดและนิวเจอร์ซีย์วิเคราะห์ในส่วนย่อยแตกต่างกันหลาย H3
โปรตีนและพบว่าส่วนใหญ่นิวเจอร์ซีย์และทุก phylogenies ประหยัด
วาง H3.3s สัตว์และ H3s เชื้อราในสาขาเดียวกันหลังจากที่
ความแตกต่างของพืช (ไม่ได้แสดงข้อมูล) ดังนั้นความตระหนี่
วิธีที่ดูเหมือนจะมีประสิทธิภาพมากขึ้นด้วยความเคารพในข้อมูลชุดนี้
และแสดงให้เห็นว่าสัตว์พืชและ Tetrahymena H3 ทดแทน
สายพันธุ์ที่เกิดขึ้น independendy ทั้งนิวเจอร์ซีย์และประหยัดวิเคราะห์
เห็นอย่างแจ่มแจ้งว่า Tetrahymena ทดแทนแตกต่างที่เกิดขึ้น
เป็นอิสระจากสายพันธุ์อื่น ๆ H3

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

H3 เปลี่ยนแปรเกิดขึ้นอย่างน้อยสองครั้งในวิวัฒนาการแม้ว่า hv2 อย่างชัดเจน H3 เปลี่ยนแปรโดยของการแสดงออก , ลำดับของมันแตกต่างจากคน H3 อื่น ๆการเปลี่ยนแปร เพื่อวิเคราะห์วิวัฒนาการของ H3 ตัวแปรphylogenetic ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านเข้าร่วม( NJ ) ของไซโตะกับเนย ( 36 ) 73 H3 ลำดับเรียบเรียงจากขนาดและวัสดุและฐานข้อมูล PIR ( ดูวิธีการ ) รวมวิวัฒนาการความแตกต่างระหว่างสองลำดับแทนโดยรวมของสาขาตามแนวนอนความยาวระหว่างสองลำดับ ระยะทางแนวตั้งสำหรับภาพประกอบเพื่อวัตถุประสงค์เฉพาะต้นไม้ NJ สำหรับ H3 ( ภาพที่ 4 ) พบว่าทั้งสามชนิดของสายพันธุ์ H3 แทนแทน ( h3.3 สัตว์ พืชh3.itj และเตตราไฮมีนา hv2 และ H3 ( 2 ) ไม่ monophyleticนั่นคือพวกเขาไม่ได้มีบรรพบุรุษร่วมเดียว . ส่วน H3 เพื่อซึ่งตัวแปร hv2 เตตราไฮมีนา และ H3 ( 2 ) อย่างใกล้ชิดที่สุดที่เกี่ยวข้องเป็น H3 สาขาเตตราไฮมีนา . h3.3s ปิดสาขาสัตว์ต้นไม้ก่อนความแตกต่างของพืชและสัตว์ ในขณะที่พืชh3.hi พบภายในสาขาพืช monophyletic . ถึงแม้ว่านี้แสดงให้เห็นว่า h3.ru พืชอาจจะมีการพัฒนาจากก่อนหน้านี้ยีน h3.3-type , NJ ซึ่งไม่ประกอบด้วยต้นไม้a.nidulans ลำดับมีโครงสร้างที่แตกต่างกัน ซึ่งในสัตว์h3.3s และเชื้อรา h3s เป็น monophyletic และสาขา หลังจากความแตกต่างของ h3s พืช ( ข้อมูลไม่แสดง ) การตรวจสอบนี้ความขัดแย้ง , ความตระหนี่สูงสุดดำเนินการในการวิเคราะห์เป็นเซตย่อยของโปรตีนจากเผ่าพันธุ์ต่างๆ H3 ใหญ่โปรแกรมยาจก ( 37 ) ( ภาพที่ 4B ) ใช้เป็นเซตย่อยที่มีน้อยลงและอนุญาตให้เข้มงวดมากขึ้นโดยใช้การวิเคราะห์ความตระหนี่วิธีการ ต้นไม้ตระหนี่แห่งความแตกต่างของสัตว์h3.3s และเชื้อรา h3s สองสาขาลึกกว่า H3 M กับพืชระดับสูงของความเชื่อมั่น เป็น NJ ต้นไม้ของย่อยเดียวกันเหมือนหนึ่งของความยาวความตระหนี่ต้นไม้ ( ข้อมูลไม่แสดง ) นี้เป็นการยืนยันว่า NJ วิเคราะห์ชี้ให้เห็นว่าสัตว์ของเราh3.3s พัฒนาหลังจากที่พืชสัตว์แตกต่างและอย่างใกล้ชิดที่เกี่ยวข้องกับสัตว์และเชื้อรา h3s เราดำเนินการเพิ่มเติมความตระหนี่และวิเคราะห์ NJ ในส่วนย่อยที่แตกต่างกันหลายของ H3โปรตีน และพบว่าส่วนใหญ่ของ NJ phylogenies ตระหนี่และทั้งหมดวาง h3.3s สัตว์และ h3s เชื้อราในสาขาเดียวกันหลังจากความแตกต่างของพืช ( ข้อมูลไม่แสดง ) ดังนั้น ความตระหนี่วิธีดูเหมือนจะมีเสถียรภาพมากขึ้น ด้วยความเคารพในข้อมูลชุดนี้และแสดงให้เห็นว่า สัตว์ พืช และเตตราไฮมีนาแทน H3ตัวแปรที่เกิดขึ้น independendy . และการวิเคราะห์ทั้ง NJ ตระหนี่เห็นด้วยอย่างแจ่มแจ้งว่า เตตราไฮมีนา เปลี่ยนแปรได้อิสระของสายพันธุ์ H3 อื่น ๆ