ผลเสียจากใช้ยาปฏิชีวนะนานๆหรือพร่ำเพรื่อ ที่พบบ่อยคือ
เชื้อโรคมีพัฒนาการต่อต้านยาปฏิชีวนะ ส่งผลให้เกิดภาวะดื้อยา (เชื้อดื้อยา)
เกิดการกดภูมิคุ้มกันต้านทานโรคของร่างกายที่มีตามธรรมชาติ ทำให้ร่างกายอ่อนแอลง ไม่สามารถต้านทานเชื้อโรคได้ด้วยภูมิคุ้มกันของตัวเอง ซึ่งมักพบภาวะกดภูมิคุ้มกันกับการใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินไปในเด็ก
เกิดการทำลายจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ ซึ่งอาศัยอยู่ในทางเดินอาหาร ส่งผลให้การสร้าง และ/หรือ การดูดซึมวิตามินบางกลุ่มสูญเสียไป เช่น วิตามิน เค เป็นต้น
ได้รับผลอันไม่พึงประสงค์ (ผลข้างเคียง) ของการใช้ยา เช่น ท้องเสีย ผื่นคัน ลมพิษ และ โรคหืด
รบกวนการทำงานของยากลุ่มอื่น (ปฏิกิริยาระหว่างยา) เช่น การใช้ยาปฏิชีวนะบางกลุ่มพร้อมกับยาเม็ดคุมกำเนิด จะทำให้ฤทธิ์ในการคุมกำเนิดลดลง จนอาจเกิดการตั้งครรภ์ตามมาได้
อนึ่ง อ่านเพิ่มเติมในเว็บ haamor.com บทความเรื่อง หลักการใช้ยาปฏิชีวนะ