The ITS1, 5.8S, and ITS2 rDNA of C.

The ITS1, 5.8S, and ITS2 rDNA of C. polykrikoides and G.
impudicum were amplified using primers ITSF2 and ITSR2 (Table 4).
The PCR was performed using Takara EX Taq DNA polymerase
(Takara Mirus Bio, Madison, WI, USA) with an initial stage of 94 8C
for 2 min, followed by 32 cycles of denaturation at 94 8C for 1 min,
annealing at 56 8C for 1.5 min, and extension at 72 8C for 1 min. The
PCR products were visualized on 2% agarose gel stained with
ethidium bromide, and successful PCR products were purified
using QIAquick PCR purification columns (Qiagen, Hildon, Germany).
The amplified PCR fragments were cloned using the pGEMT
vector system (Promega, Madison, WI, USA) and insert-containing
plasmids were isolated from overnight bacteria cultures
(Promega, Madison, WI, USA). Plasmid DNA yield were determined
using the PicoGreen double-stranded DNA (dsDNA) quantification
kit (Molecular Probes, Eugene, Oregon). Standard curves were
constructed with 10-fold serial dilutions of plasmid DNA (106–102
copies) containing the ITS rDNA of C. polykrikoides and G.
impudicum, respectively. The abundance of the target species in
sediment samples was measured by using the standard curves.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ITS1, 5.8S และ ITS2 rDNA C. polykrikoides และกรัมimpudicum ถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์ ITSF2 และ ITSR2 (ตาราง 4)ทำ PCR ใช้ Takara EX Taq DNA พอลิเมอเรส(ไบโอ Mirus Takara เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา) กับระยะเริ่มต้นของ 94 8Cใน 2 นาที ตาม ด้วยรอบ 32 ของ denaturation ที่ 94 8C ใน 1 นาทีการอบเหนียวที่ 8C 56 1.5 นาที และส่วนขยายที่ 8C 72 ใน 1 นาทีผลิตภัณฑ์ PCR มี visualized บน 2% agarose เจลสีด้วยบริสุทธิ์โบรไมด์ ethidium และผลิตภัณฑ์ PCR ประสบความสำเร็จใช้คอลัมน์ฟอก QIAquick PCR (Qiagen, Hildon เยอรมนี)ชิ้นส่วน PCR เอาต์ได้โคลนโดยใช้การ pGEMTเวกเตอร์ระบบ (Promega เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา) และประกอบด้วยการแทรกplasmids ถูกแยกต่างหากจากบัตรกำนัลแบคทีเรียวัฒนธรรม(Promega เมดิสัน WI สหรัฐอเมริกา) Plasmid DNA ผลผลิตถูกกำหนดใช้ PicoGreen ขนคู่ดีเอ็นเอ (dsDNA) นับชุด (Probes โมเลกุล Eugene ออริกอน) มีเส้นโค้งมาตรฐานสร้างขึ้น ด้วย dilutions 10-fold ประจำของ plasmid DNA (106-102สำเนา) ประกอบด้วย rDNA ของ C. polykrikoides และกรัมimpudicum ตามลำดับ ความอุดมสมบูรณ์ของชนิดเป้าหมายในตัวอย่างตะกอนถูกวัด โดยใช้เส้นโค้งมาตรฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ITS1, 5.8S และ ITS2 rDNA ของ polykrikoides ซีและจี
impudicum ถูกขยายโดยใช้ไพรเมอร์และ ITSF2 ITSR2 (ตารางที่ 4).
PCR ได้รับการดำเนินการโดยใช้ Takara EX Taq ดีเอ็นเอโพลิเมอร์
(Takara Mirus ไบโอเมดิสันวิสคอนซินสหรัฐอเมริกา) ที่มีขั้นตอนการเริ่มต้นของ 94 8C
เป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 32 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่ 94 8C เวลา 1 นาที,
หลอมที่ 56 8C 1.5 นาที, และการขยายที่ 72 8C เวลา 1 นาที
ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกมองเห็นเมื่อวันที่ 2% agarose เจลย้อมด้วย
ethidium bromide และผลิตภัณฑ์ PCR ที่ประสบความสำเร็จได้รับการทำให้บริสุทธิ์
โดยใช้คอลัมน์บริสุทธิ์ QIAquick PCR (Qiagen, Hildon, เยอรมนี).
เศษ PCR ขยายถูกโคลนใช้ pGEMT
ระบบเวกเตอร์ (Promega เมดิสัน WI, USA) และใส่ที่มี
พลาสมิดที่แยกได้จากวัฒนธรรมแบคทีเรียในชั่วข้ามคืน
(Promega, Madison, WI, สหรัฐอเมริกา) ผลผลิตดีเอ็นเอได้รับการพิจารณา
โดยใช้ PicoGreen ดีเอ็นเอเกลียวคู่ (dsDNA) ปริมาณ
ชุด (วัดระดับโมเลกุล, ออริกอน) เส้นโค้งมาตรฐานถูก
สร้างด้วย 10 เท่าเจือจางอนุกรมของพลาสมิดดีเอ็นเอ (106-102
สำเนา) ที่มี ITS rDNA ซี polykrikoides กรัมและ
impudicum ตามลำดับ ความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์เป้าหมายใน
ตัวอย่างตะกอนวัดโดยใช้เส้นโค้งมาตรฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การ its1 5.8s , และ its2 ด้วย C และ G
polykrikoides impudicum ถูกขยายและใช้ไพรเมอร์ itsf2 itsr2 ( ตารางที่ 4 ) .
ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสโดยใช้ทาการะ อดีตได้ดี DNA polymerase
( ทาคาระมิรัสชีวภาพ , Madison , WI , USA ) กับขั้นตอนการเริ่มต้นที่ 94 8C
2 นาที ตามด้วย 32 รอบ ( ที่ 94 8C 1 นาที
annealing ที่ 56 8C 1.5 นาที และนามสกุลที่ 72 8C 1 นาที
ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกมองเห็นใน 2% เจลเปื้อน
ทิเดียมโบรไมด์ และผลิตภัณฑ์ PCR คือการประสบความสำเร็จ
qiaquick บริสุทธิ์บริสุทธิ์โดยคอลัมน์ ( เพิ่ม hildon , เยอรมนี )
) ของชิ้นส่วนถูกโคลนโดยใช้ระบบเวกเตอร์ pgemt
( promega เมดิสัน , WI , USA ) และใส่แยกประกอบด้วย
พลาสมิด จากค้างคืนแบคทีเรียวัฒนธรรม
( promega เมดิสัน , WI , USA )ผลผลิตดีเอ็นเอพลาสมิดเป็น
ใช้ picogreen คู่เกลียวดีเอ็นเอ ( dsdna ) ปริมาณ
Kit ( โมเลกุลโพรบ ยูจีน ออริกอน ) เส้นโค้งมาตรฐาน
สร้างด้วยพลาสมิดดีเอ็นเอของซีเรียลเจือจาง 10 เท่า ( 106 ) 102
เนา ) ที่มีการ polykrikoides ด้วย C .
impudicum ตามลำดับ ความอุดมสมบูรณ์ของเป้าหมายชนิด
ตัวอย่างดินถูกวัดโดยใช้เส้นโค้งมาตรฐาน